Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_15119
• Subject: NM_001366488.2
• Aligned Length: 1569
• Identities: 1254
• Gaps: 315

Alignment

Query    1  ATGGCCAGAAAGGCTCTCAAGCTTGCTTCGTGGACCAGCATGGCTCTTGCTGCCTCTGGCATCTACTTCTACAG  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGCCAGAAAGGCTCTCAAGCTTGCTTCGTGGACCAGCATGGCTCTTGCTGCCTCTGGCATCTACTTCTACAG  74

Query   75  TAACAAGTACTTGGACCCTAATGACTTTGGCGCTGTCAGGGTGGGCAGAGCAGTTGCTACGACGGCTGTCATCA  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  TAACAAGTACTTGGACCCTAATGACTTTGGCGCTGTCAGGGTGGGCAGAGCAGTTGCTACGACGGCTGTCATCA  148

Query  149  GTTACGACTACCTCACTTCCCTGAAGAGTGTCCCTTATGGCTCAGAGGAGTACTTGCAGCTGAGATCTAAGGTG  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  GTTACGACTACCTCACTTCCCTGAAGAGTGTCCCTTATGGCTCAGAGGAGTACTTGCAGCTGAGATCTAAGGTG  222

Query  223  CACCTTCGCTCTGCCAGGCGTCTCTGTGAGCTCTGCTGTGCCAACCGGGGCACCTTCATCAAGGTGGGCCAGCA  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  CACCTTCGCTCTGCCAGGCGTCTCTGTGAGCTCTGCTGTGCCAACCGGGGCACCTTCATCAAGGTGGGCCAGCA  296

Query  297  CCTGGGGGCTCTGGACTACCTGTTGCCAGAGGAGTACACCAGCACGCTGAAGGTACTGCACAGCCAGGCTCCAC  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  CCTGGGGGCTCTGGACTACCTGTTGCCAGAGGAGTACACCAGCACGCTGAAGGTACTGCACAGCCAGGCTCCAC  370

Query  371  AGAGCAGCATGCAAGAGATCCGCCAGGTCATCCGAGAAGATCTGGGCAAGGAGATCCATGATTTGTTCCAGAGC  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  AGAGCAGCATGCAAGAGATCCGCCAGGTCATCCGAGAAGATCTGGGCAAGGAGATCCATGATTTGTTCCAGAGC  444

Query  445  TTCGATGACACCCCTCTGGGGACGGCCTCCCTGGCCCAGGTCCACAAGGCAGTGCTGCATGATGGGCGGACGGT  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  TTCGATGACACCCCTCTGGGGACGGCCTCCCTGGCCCAGGTCCACAAGGCAGTGCTGCATGATGGGCGGACGGT  518

Query  519  GGCCGTGAAGGTCCAGCACCCAAAGGTGCGGGCTCAGAGCTCGAAGGACATTCTCCTGATGGAGGTGCTCGTTC  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  GGCCGTGAAGGTCCAGCACCCAAAGGTGCGGGCTCAGAGCTCGAAGGACATTCTCCTGATGGAGGTGCTCGTTC  592

Query  593  TGGCTGTGAAGCAGCTGTTCCCAGAGTTTGAGTTTATGTGGCTTGTGGATGAAGCCAAGAAGAACCTGCCTTTG  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  TGGCTGTGAAGCAGCTGTTCCCAGAGTTTGAGTTTATGTGGCTTGTGGATGAAGCCAAGAAGAACCTGCCTTTG  666

Query  667  GAGCTGGATTTCCTCAATGAAGGGAGGAATGCTGAGAAGGTGTCCCAGATGCTCAGGCATTTTGACTTCTTGAA  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
Sbjct  667  GAGCTGGATTTCCTCAATGAAGGGAGGAATGCTGAGAAGGTGTCCCAGATGCTCAGGCATTTTGACTTCTTGA-  739

Query  741  GGTCCCCCGAATCCACTGGGACCTGTCCACGGAGCGGGTCCTCCTGATGGAGTTTGTGGATGGCGGGCAGGTCA  814
                                                                                      
Sbjct  740  --------------------------------------------------------------------------  739

Query  815  ATGACAGAGACTACATGGAGAGGAACAAGATCGACGTCAATGAGATCTCACGCCACCTGGGCAAGATGTATAGT  888
                                                      ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  740  ------------------------------------------AGATCTCACGCCACCTGGGCAAGATGTATAGT  771

Query  889  GAGATGATCTTCGTCAATGGCTTCGTGCACTGCGATCCCCACCCCGGCAATGTACTGGTGCGGAAGCACCCCGG  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  772  GAGATGATCTTCGTCAATGGCTTCGTGCACTGCGATCCCCACCCCGGCAATGTACTGGTGCGGAAGCACCCCGG  845

Query  963  CACGGGAAAGGCGGAGATTGTCCTGTTGGACCATGGGCTTTACCAGATGCTCACGGAAGAATTCCGCCTGAATT  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                              
Sbjct  846  CACGGGAAAGGCGGAGATTGTCCTGTTGGACCATGGGCTTTACC------------------------------  889

Query 1037  ACTGCCACCTCTGGCAGTCTCTGATCTGGACTGACATGAAGAGAGTGAAGGAGTACAGCCAGCGACTGGGAGCC  1110
                                                                                      
Sbjct  890  --------------------------------------------------------------------------  889

Query 1111  GGGGATCTCTACCCCTTGTTTGCCTGCATGCTGACGGCGCGATCGTGGGACTCGGTCAACAGAGGCATCAGCCA  1184
                                                                                      
Sbjct  890  --------------------------------------------------------------------------  889

Query 1185  AGCTCCCGTCACTGCCACTGAGGACTTAGAGATTCGCAACAACGCGGCCAACTACCTCCCCCAGATCAGCCATC  1258
                                ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  890  --------------------AGGACTTAGAGATTCGCAACAACGCGGCCAACTACCTCCCCCAGATCAGCCATC  943

Query 1259  TCCTCAACCACGTGCCGCGCCAGATGCTGCTCATCTTGAAGACCAACGACCTGCTGCGTGGCATTGAGGCCGCC  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  944  TCCTCAACCACGTGCCGCGCCAGATGCTGCTCATCTTGAAGACCAACGACCTGCTGCGTGGCATTGAGGCCGCC  1017

Query 1333  CTGGGCACCCGCGCCAGCGCCAGCTCCTTTCTCAACATGTCACGTTGCTGCATCAGAGCGCTAGCTGAGCACAA  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1018  CTGGGCACCCGCGCCAGCGCCAGCTCCTTTCTCAACATGTCACGTTGCTGCATCAGAGCGCTAGCTGAGCACAA  1091

Query 1407  GAAGAAGAATACCTGTTCATTCTTCAGAAGGACCCAGATCTCTTTCAGCGAGGCCTTCAACTTATGGCAGATCA  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1092  GAAGAAGAATACCTGTTCATTCTTCAGAAGGACCCAGATCTCTTTCAGCGAGGCCTTCAACTTATGGCAGATCA  1165

Query 1481  ACCTCCATGAGCTCATCCTGCGTGTGAAGGGGTTGAAGCTGGCTGACCGGGTCTTGGCCCTAATATGCTGGCTG  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1166  ACCTCCATGAGCTCATCCTGCGTGTGAAGGGGTTGAAGCTGGCTGACCGGGTCTTGGCCCTAATATGCTGGCTG  1239

Query 1555  TTCCCTGCTCCACTC  1569
            |||||||||||||||
Sbjct 1240  TTCCCTGCTCCACTC  1254