Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_15242
• Subject: NM_001033369.3
• Aligned Length: 1479
• Identities: 954
• Gaps: 390

Alignment

Query    1  ATGACCCGGGCGCTCTGCTCAGCGCTCCGCCAGGCTCTCCTGCTGCTCGCAGCGGCCGCCGAGCTCTCGCCAGG  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  ACTGAAGTGTGTATGTCTTTTGTGTGATTCTTCAAACTTTACCTGCCAAACAGAAGGAGCATGTTGGGCATCAG  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  TCATGCTAACCAATGGAAAAGAGCAGGTGATCAAATCCTGTGTCTCCCTTCCAGAACTGAATGCTCAAGTCTTC  222
              |||||||||||.||.||||||||||||||||||||.|||||.|||||.||.|||||.||||||||.||||||
Sbjct    1  --ATGCTAACCAACGGGAAAGAGCAGGTGATCAAATCGTGTGTGTCCCTCCCGGAACTAAATGCTCAGGTCTTC  72

Query  223  TGTCATAGTTCCAACAATGTTACCAAAACCGAATGCTGCTTCACAGATTTTTGCAACAACATAACACTGCACCT  296
            |||||.|||||||||||.||.||||||||||||||.|||||||||||.||.||||||||.||.|||||||||||
Sbjct   73  TGTCACAGTTCCAACAACGTGACCAAAACCGAATGTTGCTTCACAGACTTCTGCAACAATATCACACTGCACCT  146

Query  297  TCCAACAGCATCACCAAATGCCCCAAAACTTGGACCCATGGAGCTGGCCATCATTATTACTGTGCCTGTTTGCC  370
            |||.|||                                                                   
Sbjct  147  TCCCACA-------------------------------------------------------------------  153

Query  371  TCCTGTCCATAGCTGCGATGCTGACAGTATGGGCATGCCAGGGTCGACAGTGCTCCTACAGGAAGAAAAAGAGA  444
                                                                                      
Sbjct  154  --------------------------------------------------------------------------  153

Query  445  CCAAATGTGGAGGAACCACTCTCTGAGTGCAATCTGGTAAATGCTGGAAAAACTCTGAAAGATCTGATTTATGA  518
                                                                                      
Sbjct  154  --------------------------------------------------------------------------  153

Query  519  TGTGACCGCCTCTGGATCTGGCTCTGGTCTACCTCTGTTGGTTCAAAGGACAATTGCAAGGACGATTGTGCTTC  592
                                     |||||.|||||.|||||||||||.|||||.||||||||.|||||.||||
Sbjct  154  -------------------------GGTCTGCCTCTCTTGGTTCAAAGAACAATCGCAAGGACAATTGTACTTC  202

Query  593  AGGAAATAGTAGGAAAAGGTAGATTTGGTGAGGTGTGGCATGGAAGATGGTGTGGGGAAGATGTGGCTGTGAAA  666
            |.|||||.||||||||||||.|.|||||.||.||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||
Sbjct  203  AAGAAATCGTAGGAAAAGGTCGGTTTGGGGAAGTGTGGCACGGAAGATGGTGTGGAGAAGATGTGGCTGTGAAA  276

Query  667  ATATTCTCCTCCAGAGATGAAAGATATTGGTTTCGTGAGGCAGAAATTTACCAGACGGTCATGCTGCGACATGA  740
            ||||||||||||||.|||||.||||.||||||.||||||||.||||||||.||||||||.||||||.||||.||
Sbjct  277  ATATTCTCCTCCAGGGATGAGAGATCTTGGTTCCGTGAGGCGGAAATTTATCAGACGGTGATGCTGAGACACGA  350

Query  741  AAACATCCTTGGTTTCATTGCTGCTGACAACAAAGATAATGGAACTTGGACTCAACTTTGGCTGGTATCTGAAT  814
            .||||||||.||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||.||.||.||.|
Sbjct  351  GAACATCCTCGGTTTCATCGCAGCTGACAACAAAGATAATGGAACTTGGACACAACTCTGGCTTGTGTCAGAGT  424

Query  815  ATCATGAACAGGGCTCCTTATATGACTATTTGAATAGAAATATAGTGACCATGGCTGGAATGATCAAGCTGGCG  888
            ||||.||.|||||||||||.||||||||||||||.|||||.||||||||..|||||||||||.|||||||||||
Sbjct  425  ATCACGAGCAGGGCTCCTTGTATGACTATTTGAACAGAAACATAGTGACTGTGGCTGGAATGGTCAAGCTGGCG  498

Query  889  CTCTCAATTGCTAGTGGTCTGGCACACCTTCATATGGAGATTGTTGGTACACAAGGTAAACCTGCTATTGCTCA  962
            ||.||.||.||.|||||||||||.|||||.||.||||||||.||.|||||.||||||||.||||||||||||||
Sbjct  499  CTTTCCATAGCGAGTGGTCTGGCTCACCTGCACATGGAGATCGTGGGTACTCAAGGTAAGCCTGCTATTGCTCA  572

Query  963  TCGAGACATAAAATCAAAGAATATCTTAGTAAAAAAGTGTGAAACTTGTGCCATAGCGGACTTAGGGTTGGCTG  1036
            .|||||.|||||.||||||||||||.||||.|||||.|||||.||||||||||||||.|||||||||.||||||
Sbjct  573  CCGAGATATAAAGTCAAAGAATATCCTAGTCAAAAAATGTGACACTTGTGCCATAGCTGACTTAGGGCTGGCTG  646

Query 1037  TGAAGCATGATTCAATACTGAACACTATCGACATACCTCAGAATCCTAAAGTGGGAACCAAGAGGTATATGGCT  1110
            |||||||.|||||.||..||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||
Sbjct  647  TGAAGCACGATTCTATCATGAACACTATAGACATACCCCAGAATCCTAAAGTGGGAACCAAGAGGTACATGGCT  720

Query 1111  CCTGAAATGCTTGATGATACAATGAATGTGAATATCTTTGAGTCCTTCAAACGAGCTGACATCTATTCTGTTGG  1184
            ||.|||||||||||||||||||||||..|||..|||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||.||
Sbjct  721  CCCGAAATGCTTGATGATACAATGAACCTGAGCATCTTTGAGTCCTTCAAGCGAGCTGACATCTATTCGGTGGG  794

Query 1185  TCTGGTTTACTGGGAAATAGCCCGGAGGTGTTCAGTCGGAGGAATTGTTGAGGAGTACCAATTGCCTTATTATG  1258
            .||||||||||||||||||||.||.|||||||||||.||||||.||||||||||||||||.||||||||.||||
Sbjct  795  GCTGGTTTACTGGGAAATAGCTCGAAGGTGTTCAGTTGGAGGAGTTGTTGAGGAGTACCAGTTGCCTTACTATG  868

Query 1259  ACATGGTGCCTTCAGATCCCTCGATAGAGGAAATGAGAAAGGTTGTTTGTGACCAGAAGTTTCGACCAAGTATC  1332
            |||||||||||||||||||.||||||||.||||||||.||||||||.|||||.|||||..|.|||||||.|.||
Sbjct  869  ACATGGTGCCTTCAGATCCTTCGATAGAAGAAATGAGGAAGGTTGTCTGTGATCAGAAACTCCGACCAAATCTC  942

Query 1333  CCAAACCAGTGGCAAAGTTGTGAAGCACTCCGAGTCATGGGGAGAATAATGCGTGAGTGTTGGTATGCCAACGG  1406
            |||||||||||||||||.||||||||.||.||.||||||||.|||||||||||||||||.|||||.||||||||
Sbjct  943  CCAAACCAGTGGCAAAGCTGTGAAGCGCTGCGGGTCATGGGAAGAATAATGCGTGAGTGCTGGTACGCCAACGG  1016

Query 1407  AGCGGCCCGCCTAACTGCTCTTCGTATTAAGAAGACTATATCTCAACTTTGTGTCAAAGAAGACTGCAAAGCC  1479
            .||.||.|||||.||.||.||.||..|.||||||||.||.||.||.||.||||||||.||||||||.|||||.
Sbjct 1017  GGCAGCACGCCTGACAGCCCTGCGCGTGAAGAAGACCATCTCCCAGCTGTGTGTCAAGGAAGACTGTAAAGCT  1089