Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- ccsbBroadEn_15413
- Subject:
- XR_002958676.1
- Aligned Length:
- 3854
- Identities:
- 1930
- Gaps:
- 1924
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------ATGGCGT 7
|||||||
Sbjct 1 AGTGCGGCGCCTAGAGGGAAAGCGAGAGGGAGACGGACGTTGAGAGAACGAGGAGGAAGGAGAGAAAATGGCGT 74
Query 8 CCACGGATTACAGTACCTATAGCCAAGCTGCAGCGCAGCAGGGCTACAGTGCTTACACCGCCCAGCCCACTCAA 81
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 75 CCACGGATTACAGTACCTATAGCCAAGCTGCAGCGCAGCAGGGCTACAGTGCTTACACCGCCCAGCCCACTCAA 148
Query 82 GGATATGCACAGACCACCCAGGCATATGGGCAACAAAGCTATGGAACCTATGGACAGCCCACTGATGTCAGCTA 155
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 149 GGATATGCACAGACCACCCAGGCATATGGGCAACAAAGCTATGGAACCTATGGACAGCCCACTGATGTCAGCTA 222
Query 156 TACCCAGGCTCAGACCACTGCAACCTATGGGCAGACCGCCTATGCAACTTCTTATGGACAGCCTCCCACTGGTT 229
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 223 TACCCAGGCTCAGACCACTGCAACCTATGGGCAGACCGCCTATGCAACTTCTTATGGACAGCCTCCCACTGGTT 296
Query 230 ATACTACTCCAACTGCCCCCCAGGCATACAGCCAGCCTGTCCAGGGGTATGGCACTGGTGCTTATGATACCACC 303
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 297 ATACTACTCCAACTGCCCCCCAGGCATACAGCCAGCCTGTCCAGGGGTATGGCACTGGTGCTTATGATACCACC 370
Query 304 ACTGCTACAGTCACCACCACCCAGGCCTCCTATGCAGCTCAGTCTGCATATGGCACTCAGCCTGCTTATCCAGC 377
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 371 ACTGCTACAGTCACCACCACCCAGGCCTCCTATGCAGCTCAGTCTGCATATGGCACTCAGCCTGCTTATCCAGC 444
Query 378 CTATGGGCAGCAGCCAGCAGCCACTGCACCTACAAGACCGCAGGATGGAAACAAGCCCACTGAGACTAGTCAAC 451
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 445 CTATGGGCAGCAGCCAGCAGCCACTGCACCTACAAGACCGCAGGATGGAAACAAGCCCACTGAGACTAGTCAAC 518
Query 452 CTCAATCTAGCACAGGGGGTTACAACCAGCCCAGCCTAGGATATGGACAGAGTAACTACAGTTATCCCCAGGTA 525
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 519 CTCAATCTAGCACAGGGGGTTACAACCAGCCCAGCCTAGGATATGGACAGAGTAACTACAGTTATCCCCAGGTA 592
Query 526 CCTGGGAGCTACCCCATGCAGCCAGTCACTGCACCTCCATCCTACCCTCCTACCAGCTATTCCTCTACACAGCC 599
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 593 CCTGGGAGCTACCCCATGCAGCCAGTCACTGCACCTCCATCCTACCCTCCTACCAGCTATTCCTCTACACAGCC 666
Query 600 GACTAGTTATGATCAGAGCAGTTACTCTCAGCAGAACACCTATGGGCAACCGAGCAGCTATGGACAGCAGAGTA 673
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 667 GACTAGTTATGATCAGAGCAGTTACTCTCAGCAGAACACCTATGGGCAACCGAGCAGCTATGGACAGCAGAGTA 740
Query 674 GCTATGGTCAACAAAGCAGCTATGGGCAGCAGCCTCCCACTAGTTACCCACCCCAAACTGGATCCTACAGCCAA 747
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 741 GCTATGGTCAACAAAGCAGCTATGGGCAGCAGCCTCCCACTAGTTACCCACCCCAAACTGGATCCTACAGCCAA 814
Query 748 GCTCCAAGTCAATATAGCCAACAGAGCAGCAGCTACGGGCAGCAGAGTTCATTCCGACAGGACCACCCCAGTAG 821
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 815 GCTCCAAGTCAATATAGCCAACAGAGCAGCAGCTACGGGCAGCAGAGTTCATTCCGACAGGACCACCCCAGTAG 888
Query 822 CATGGGTGTTTATGGGCAGGAGTCTGGAGGATTTTCCGGACCAGGAGAGAACCGGAGCATGAGTGGCCCTGATA 895
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 889 CATGGGTGTTTATGGGCAGGAGTCTGGAGGATTTTCCGGACCAGGAGAGAACCGGAGCATGAGTGGCCCTGATA 962
Query 896 ACCGGGGCAGGGGAAGAGGGGGATTTGATCGTGGAGGCATGAGCAGAGGTGGGCGGGGAGGAGGACGCGGTGGA 969
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 963 ACCGGGGCAGGGGAAGAGGGGGATTTGATCGTGGAGGCATGAGCAGAGGTGGGCGGGGAGGAGGACGCGGTGGA 1036
Query 970 ATGGGCGCTGGAGAGCGAGGTGGCTTCAATAAGCCTGGTGGACCCATGGATGAAGGACCAGATCTTGATCTAGG 1043
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037 ATGG-----------------------------------GGACCCATGGATGAAGGACCAGATCTTGATCTAGG 1075
Query 1044 CCCACCTGTAGATCCAGATGAAGACTCTGACAACAGTGCAATTTATGTACAAGGATTAAATGACAGTGTGACTC 1117
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1076 CCCACCTGTAGATCCAGATGAAGACTCTGACAACAGTGCAATTTATGTACAAGGATTAAATGACAGTGTGACTC 1149
Query 1118 TAGATGATCTGGCAGACTTCTTTAAGCAGTGTGGGGTTGTTAAGATGAACAAGAGAACTGGGCAACCCATGATC 1191
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1150 TAGATGATCTGGCAGACTTCTTTAAGCAGTGTGGGGTTGTTAAGATGAACAAGAGAACTGGGCAACCCATGATC 1223
Query 1192 CACATCTACCTGGACAAGGAAACAGGAAAGCCCAAAGGCGATGCCACAGTGTCCTATGAAGACCCACCCACTGC 1265
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1224 CACATCTACCTGGACAAGGAAACAGGAAAGCCCAAAGGCGATGCCACAGTGTCCTATGAAGACCCACCCACTGC 1297
Query 1266 CAAGGCTGCCGTGGAATGGTTTGAT------------------------------------------------- 1290
|||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1298 CAAGGCTGCCGTGGAATGGTTTGATGGTGAGATGTACTCACTGGCATTCTTAATCTCCCTGGCTATAGAATATG 1371
Query 1291 -------------------------------------------------------------------------- 1290
Sbjct 1372 GCATGAGGGAGAAACTTGTGAACCATAGGAGCAAGAAGACCTTCCATCTCTTCCTGGGGGAGGTAGATGGCCGG 1445
Query 1291 -------------------------------------------------------------------------- 1290
Sbjct 1446 TCTCCCTGCAGTAGTAGTAGCACCCAGCCATTGACCCTGGATTTGGAGATCCCTTTATTTTGAGGCATTAGTAT 1519
Query 1291 -------------------------------------------------------------------------- 1290
Sbjct 1520 TACAAATCAACCTTGCTTAAAGTGGCAAACACTTCCTAAGCACAGATTATCAGAAGGTACAGAAAACCCTTCAA 1593
Query 1291 -------------------------------------------------------------------------- 1290
Sbjct 1594 AAGAACATCTTAGCCAGTGTACATTTGCATATAGATAAATATATATATTTAAATGAGGCCTTGACATTAATGGT 1667
Query 1291 -------------------------------------------------------------------------- 1290
Sbjct 1668 GGGATTTCACTTCAGACAAAACCAACTTGAAAGCATTGAATGACTTGGCCATGTCCAGTGGCTTGCACCTGTAA 1741
Query 1291 -------------------------------------------------------------------------- 1290
Sbjct 1742 TCCCAGCACTTTGGGAGGCCAACATCGGTGCATTGCTTGAATCCAGGGGCTTGAGACCAGCCTGGGGAACATGG 1815
Query 1291 -------------------------------------------------------------------------- 1290
Sbjct 1816 CAAAACCCTGTCTCTACAAAAAAAATACAAAAATTAGCCAGGTGTTGTGGCACACTCCTATACCTATAGTACCA 1889
Query 1291 -------------------------------------------------------------------------- 1290
Sbjct 1890 GCCACTCAGGAGGCTGAGGTGGGAGGATCACTTGAGCCCGGAGAGTTTGAAGCTCCAGTGAGCTGAGATTGCAC 1963
Query 1291 -------------------------------------------------------------------------- 1290
Sbjct 1964 CACTGCACTCCAACCTGGGCAACGGAGCAAGACTCTGTCTCAAAGAAAGTGTCAAATAACAAGTCCTGGTTCTG 2037
Query 1291 -------------------------------------------------------------------------- 1290
Sbjct 2038 TTTTCTTGGTCATGCAGTCAGCTTCCCACCAGCTTATTTTCCTCCTTATGGTAGACAGTGTTTTTTGCTTGTGT 2111
Query 1291 -------------------------------------------------------------------------- 1290
Sbjct 2112 TGTTTTTTTTGAGATGGTCTCACTTTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGACACAAGCCATCTCAGCTTACTGCA 2185
Query 1291 -------------------------------------------------------------------------- 1290
Sbjct 2186 ACCTCCACCTCCCAGGTTCAAGCCAATCTTGTGCGTCAGCCACTCGAGTAGCTGCTGGACTACAGGCGCATGTC 2259
Query 1291 -------------------------------------------------------------------------- 1290
Sbjct 2260 ACCACGCTGAGCCTAACTTTTGTATTTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGTCAGGCTGTAGGAAGGT 2333
Query 1291 -------------------------------------------------------------------------- 1290
Sbjct 2334 TTTTAAGTGTATTTAAGTATGGCCTTTTTCTGGCCAGGCACAGTGGCTCTTGCCTATAATCCTACCACTTCAGG 2407
Query 1291 -------------------------------------------------------------------------- 1290
Sbjct 2408 AGGCCAAGGCAGGAGGATTGTTTGAACCAAGGAGTTCACTAGCAGCCTGGGCAACCTAGTGAGACACTGCCTCT 2481
Query 1291 -------------------------------------------------------------------------- 1290
Sbjct 2482 ACAAACAATTTTGTAAAATTAGTCGGGCATGGTGATGCGTGCCTGTAGTCCCAGCTACTTGGGAGGATTGCTTG 2555
Query 1291 -------------------------------------------------------------------------- 1290
Sbjct 2556 AGCAAGTGAGATTGAAACTGCAGTGAGCTGTGCCACTGCACTCCAGCCCGGGCAACAGAGTGAGACTCCCATCT 2629
Query 1291 -------------------------------------------------------------------------- 1290
Sbjct 2630 CAAAAAAAGCCTTTTTCTGGCCTTGTCATTAAAGATCTTAGAGAAGATTACAGGCAGACCTAATGCATCTGGGA 2703
Query 1291 -------------------------------------------------------------------------- 1290
Sbjct 2704 GTGGTCATTTGATGATGATGTGGAGTTGGTGAACAGGGAGTACAGGGGAGTAATTGATGTTCTGTTGTCTTGTT 2777
Query 1291 ---GGGAAAGATTTTCAAGGGAGCAAACTTAAAGTCTCCCTTGCTCGGAAGAAGCCTCCAATGAACAGTATGCG 1361
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2778 CCAGGGAAAGATTTTCAAGGGAGCAAACTTAAAGTCTCCCTTGCTCGGAAGAAGCCTCCAATGAACAGTATGCG 2851
Query 1362 GGGTGGTCTGCCACCCCGTGAGGGCAGAGGCATGCCACCACCACTCCGTGGAGGTCCAGGAGGCCCAGGAGGTC 1435
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2852 GGGTGGTCTGCCACCCCGTGAGGGCAGAGGCATGCCACCACCACTCCGTGGAGGTCCAGGAGGCCCAGGAGGTC 2925
Query 1436 CTGGGGGACCCATGGGTCGCATGGGAGGCCGTGGAGGAGATAGAGGAGGCTTCCCTCCAAGAGGACCCCGGGGT 1509
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2926 CTGGGGGACCCATGGGTCGCATGGGAGGCCGTGGAGGAGATAGAGGAGGCTTCCCTCCAAGAGGACCCCGGGGT 2999
Query 1510 TCCCGAGGGAACCCCTCTGGAGGAGGAAACGTCCAGCACCGAGCTGGAGACTGGCAGTGTCCCAATCCGGGTTG 1583
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3000 TCCCGAGGGAACCCCTCTGGAGGAGGAAACGTCCAGCACCGAGCTGGAGACTGGCAGTGTCCCAATCCGGGTTG 3073
Query 1584 TGGAAACCAGAACTTCGCCTGGAGAACAGAGTGCAACCAGTGTAAGGCCCCAAAGCCTGAAGGCTTCCTCCCGC 1657
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3074 TGGAAACCAGAACTTCGCCTGGAGAACAGAGTGCAACCAGTGTAAGGCCCCAAAGCCTGAAGGCTTCCTCCCGC 3147
Query 1658 CACCCTTTCCGCCCCCGGGTGGTGATCGTGGCAGAGGTGGCCCTGGTGGCATGCGGGGAGGAAGAGGTGGCCTC 1731
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3148 CACCCTTTCCGCCCCCGGGTGGTGATCGTGGCAGAGGTGGCCCTGGTGGCATGCGGGGAGGAAGAGGTGGCCTC 3221
Query 1732 ATGGATCGTGGTGGTCCCGGTGGAATGTTCAGAGGTGGCCGTGGTGGAGACAGAGGTGGCTTCCGTGGTGGCCG 1805
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3222 ATGGATCGTGGTGGTCCCGGTGGAATGTTCAGAGGTGGCCGTGGTGGAGACAGAGGTGGCTTCCGTGGTGGCCG 3295
Query 1806 GGGCATGGACCGAGGTGGCTTTGGTGGAGGAAGACGAGGTGGCCCTGGGGGGCCCCCTGGACCTTTGATGGAAC 1879
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3296 GGGCATGGACCGAGGTGGCTTTGGTGGAGGAAGACGAGGTGGCCCTGGGGGGCCCCCTGGACCTTTGATGGAAC 3369
Query 1880 AGATGGGAGGAAGAAGAGGAGGACGTGGAGGACCTGGAAAAATGGATAAAGGCGAGCACCGTCAGGAGCGCAGA 1953
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3370 AGATGGGAGGAAGAAGAGGAGGACGTGGAGGACCTGGAAAAATGGATAAAGGCGAGCACCGTCAGGAGCGCAGA 3443
Query 1954 GATCGGCCCTAC-------------------------------------------------------------- 1965
||||||||||||
Sbjct 3444 GATCGGCCCTACTAGATGCAGAGACCCCGCAGAGCTGCATTGACTACCAGATTTATTTTTTAAACCAGAAAATG 3517
Query 1966 -------------------------------------------------------------------------- 1965
Sbjct 3518 TTTTAAATTTATAATTCCATATTTATAATGTTGGCCACAACATTATGATTATTCCTTGTCTGTACTTTAGTATT 3591
Query 1966 -------------------------------------------------------------------------- 1965
Sbjct 3592 TTTCACCATTTGTGAAGAAACATTAAAACAAGTTAAATGGTAGTGTGCGGAGTTTTTTTTTCTTCCTTCTTTTA 3665
Query 1966 -------------------------------------------------------------------------- 1965
Sbjct 3666 AAAATGGTTGTTTAAGACTTTAACAATGGGAACCCCTTGTGAGCATGCTCAGTATCATTGTGGAGAACCAAGAG 3739
Query 1966 -------------------------------------------------------------------------- 1965
Sbjct 3740 GGCCTCTTAACTGTAACAATGTTCATGGTTGTGATGTTTTTTTTTTTTTTTTAAATAAAATTCCAAATGTTTAT 3813
Query 1966 ------ 1965
Sbjct 3814 AAAGAG 3819
