Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_15456
• Subject: NM_001017963.3
• Aligned Length: 2562
• Identities: 1904
• Gaps: 657

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGCCCCCGTGTTCGGGCGGGGACGGCTCCACCCCTCCTGGGCCCTCCCTTCGGGACAGGGACTGTCCCGCCCA  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  GAGTGCTGAATACCCGCGCGACCGTCTGGATCCCCGCCCAGGAAGCCCCTCTGAAGCCTCCTCGCCGCCGTTTC  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  TGAGAAGCAGGGCACCTGTTAACTGGTACCAAGAAAAGGCCCAAGTGTTTCTCTGGCATCTGATGGTGTCTGGA  222

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  223  TCCACCACTCTACTCTGTCTCTGGAAACAGCCCTTCCACGTCTCTGCATTCCCTGTCACCGCGTCACTGGCCTT  296

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  297  CAGACAGAGCCAAGGTGCAGGGCAACACCTCTACAAGGATCTGCAGCCATTTATATTGCTTAGGCTACTGATGC  370

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  371  CTGAGGAAACCCAGACCCAAGACCAACCGATGGAGGAGGAGGAGGTTGAGACGTTCGCCTTTCAGGCAGAAATT  444

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  445  GCCCAGTTGATGTCATTGATCATCAATACTTTCTACTCGAACAAAGAGATCTTTCTGAGAGAGCTCATTTCAAA  518

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  519  TTCATCAGATGCATTGGACAAAATCCGGTATGAAAGCTTGACAGATCCCAGTAAATTAGACTCTGGGAAAGAGC  592

Query    1  -----------------------------------------------------------------ATGACCAAG  9
                                                                             |||||||||
Sbjct  593  TGCATATTAACCTTATACCGAACAAACAAGATCGAACTCTCACTATTGTGGATACTGGAATTGGAATGACCAAG  666

Query   10  GCTGACTTGATCAATAACCTTGGTACTATCGCCAAGTCTGGGACCAAAGCGTTCATGGAAGCTTTGCAGGCTGG  83
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  GCTGACTTGATCAATAACCTTGGTACTATCGCCAAGTCTGGGACCAAAGCGTTCATGGAAGCTTTGCAGGCTGG  740

Query   84  TGCAGATATCTCTATGATTGGCCAGTTCGGTGTTGGTTTTTATTCTGCTTATTTGGTTGCTGAGAAAGTAACTG  157
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  TGCAGATATCTCTATGATTGGCCAGTTCGGTGTTGGTTTTTATTCTGCTTATTTGGTTGCTGAGAAAGTAACTG  814

Query  158  TGATCACCAAACATAACGATGATGAGCAGTACGCTTGGGAGTCCTCAGCAGGGGGATCATTCACAGTGAGGACA  231
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  TGATCACCAAACATAACGATGATGAGCAGTACGCTTGGGAGTCCTCAGCAGGGGGATCATTCACAGTGAGGACA  888

Query  232  GACACAGGTGAACCTATGGGTCGTGGAACAAAAGTTATCCTACACCTGAAAGAAGACCAAACTGAGTACTTGGA  305
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  GACACAGGTGAACCTATGGGTCGTGGAACAAAAGTTATCCTACACCTGAAAGAAGACCAAACTGAGTACTTGGA  962

Query  306  GGAACGAAGAATAAAGGAGATTGTGAAGAAACATTCTCAGTTTATTGGATATCCCATTACTCTTTTTGTGGAGA  379
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  GGAACGAAGAATAAAGGAGATTGTGAAGAAACATTCTCAGTTTATTGGATATCCCATTACTCTTTTTGTGGAGA  1036

Query  380  AGGAACGTGATAAAGAAGTAAGCGATGATGAGGCTGAAGAAAAGGAAGACAAAGAAGAAGAAAAAGAAAAAGAA  453
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  AGGAACGTGATAAAGAAGTAAGCGATGATGAGGCTGAAGAAAAGGAAGACAAAGAAGAAGAAAAAGAAAAAGAA  1110

Query  454  GAGAAAGAGTCGGAAGACAAACCTGAAATTGAAGATGTTGGTTCTGATGAGGAAGAAGAAAAGAAGGATGGTGA  527
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  GAGAAAGAGTCGGAAGACAAACCTGAAATTGAAGATGTTGGTTCTGATGAGGAAGAAGAAAAGAAGGATGGTGA  1184

Query  528  CAAGAAGAAGAAGAAGAAGATTAAGGAAAAGTACATCGATCAAGAAGAGCTCAACAAAACAAAGCCCATCTGGA  601
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  CAAGAAGAAGAAGAAGAAGATTAAGGAAAAGTACATCGATCAAGAAGAGCTCAACAAAACAAAGCCCATCTGGA  1258

Query  602  CCAGAAATCCCGACGATATTACTAATGAGGAGTACGGAGAATTCTATAAGAGCTTGACCAATGACTGGGAAGAT  675
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  CCAGAAATCCCGACGATATTACTAATGAGGAGTACGGAGAATTCTATAAGAGCTTGACCAATGACTGGGAAGAT  1332

Query  676  CACTTGGCAGTGAAGCATTTTTCAGTTGAAGGACAGTTGGAATTCAGAGCCCTTCTATTTGTCCCACGACGTGC  749
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  CACTTGGCAGTGAAGCATTTTTCAGTTGAAGGACAGTTGGAATTCAGAGCCCTTCTATTTGTCCCACGACGTGC  1406

Query  750  TCCTTTTGATCTGTTTGAAAACAGAAAGAAAAAGAACAATATCAAATTGTATGTACGCAGAGTTTTCATCATGG  823
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  TCCTTTTGATCTGTTTGAAAACAGAAAGAAAAAGAACAACATCAAATTGTATGTACGCAGAGTTTTCATCATGG  1480

Query  824  ATAACTGTGAGGAGCTAATCCCTGAATATCTGAACTTCATTAGAGGGGTGGTAGACTCGGAGGATCTCCCTCTA  897
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  ATAACTGTGAGGAGCTAATCCCTGAATATCTGAACTTCATTAGAGGGGTGGTAGACTCGGAGGATCTCCCTCTA  1554

Query  898  AACATATCCCGTGAGATGTTGCAACAAAGCAAAATTTTGAAAGTTATCAGGAAGAATTTGGTCAAAAAATGCTT  971
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  AACATATCCCGTGAGATGTTGCAACAAAGCAAAATTTTGAAAGTTATCAGGAAGAATTTGGTCAAAAAATGCTT  1628

Query  972  AGAACTCTTTACTGAACTGGCGGAAGATAAAGAGAACTACAAGAAATTCTATGAGCAGTTCTCTAAAAACATAA  1045
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  AGAACTCTTTACTGAACTGGCGGAAGATAAAGAGAACTACAAGAAATTCTATGAGCAGTTCTCTAAAAACATAA  1702

Query 1046  AGCTTGGAATACACGAAGACTCTCAAAATCGGAAGAAGCTTTCAGAGCTGTTAAGGTACTACACATCTGCCTCT  1119
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  AGCTTGGAATACACGAAGACTCTCAAAATCGGAAGAAGCTTTCAGAGCTGTTAAGGTACTACACATCTGCCTCT  1776

Query 1120  GGTGATGAGATGGTTTCTCTCAAGGACTACTGCACCAGAATGAAGGAGAACCAGAAACATATCTATTATATCAC  1193
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  GGTGATGAGATGGTTTCTCTCAAGGACTACTGCACCAGAATGAAGGAGAACCAGAAACATATCTATTATATCAC  1850

Query 1194  AGGTGAGACCAAGGACCAGGTAGCTAACTCAGCCTTTGTGGAACGTCTTCGGAAACATGGCTTAGAAGTGATCT  1267
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  AGGTGAGACCAAGGACCAGGTAGCTAACTCAGCCTTTGTGGAACGTCTTCGGAAACATGGCTTAGAAGTGATCT  1924

Query 1268  ATATGATTGAGCCCATTGATGAGTACTGTGTCCAACAGCTGAAGGAATTTGAGGGGAAGACTTTAGTGTCAGTC  1341
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  ATATGATTGAGCCCATTGATGAGTACTGTGTCCAACAGCTGAAGGAATTTGAGGGGAAGACTTTAGTGTCAGTC  1998

Query 1342  ACCAAAGAAGGCCTGGAACTTCCAGAGGATGAAGAAGAGAAAAAGAAGCAGGAAGAGAAAAAAACAAAGTTTGA  1415
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  ACCAAAGAAGGCCTGGAACTTCCAGAGGATGAAGAAGAGAAAAAGAAGCAGGAAGAGAAAAAAACAAAGTTTGA  2072

Query 1416  GAACCTCTGCAAAATCATGAAAGACATATTGGAGAAAAAAGTTGAAAAGGTGGTTGTGTCAAACCGATTGGTGA  1489
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  GAACCTCTGCAAAATCATGAAAGACATATTGGAGAAAAAAGTTGAAAAGGTGGTTGTGTCAAACCGATTGGTGA  2146

Query 1490  CATCTCCATGCTGTATTGTCACAAGCACATATGGCTGGACAGCAAACATGGAGAGAATCATGAAAGCTCAAGCC  1563
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  CATCTCCATGCTGTATTGTCACAAGCACATATGGCTGGACAGCAAACATGGAGAGAATCATGAAAGCTCAAGCC  2220

Query 1564  CTAAGAGACAACTCAACAATGGGTTACATGGCAGCAAAGAAACACCTGGAGATAAACCCTGACCATTCCATTAT  1637
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  CTAAGAGACAACTCAACAATGGGTTACATGGCAGCAAAGAAACACCTGGAGATAAACCCTGACCATTCCATTAT  2294

Query 1638  TGAGACCTTAAGGCAAAAGGCAGAGGCTGATAAGAACGACAAGTCTGTGAAGGATCTGGTCATCTTGCTTTATG  1711
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  TGAGACCTTAAGGCAAAAGGCAGAGGCTGATAAGAACGACAAGTCTGTGAAGGATCTGGTCATCTTGCTTTATG  2368

Query 1712  AAACTGCGCTCCTGTCTTCTGGCTTCAGTCTGGAAGATCCCCAGACACATGCTAACAGGATCTACAGGATGATC  1785
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369  AAACTGCGCTCCTGTCTTCTGGCTTCAGTCTGGAAGATCCCCAGACACATGCTAACAGGATCTACAGGATGATC  2442

Query 1786  AAACTTGGTCTGGGTATTGATGAAGATGACCCTACTGCTGATGATACCAGTGCTGCTGTAACTGAAGAAATGCC  1859
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443  AAACTTGGTCTGGGTATTGATGAAGATGACCCTACTGCTGATGATACCAGTGCTGCTGTAACTGAAGAAATGCC  2516

Query 1860  ACCCCTTGAAGGAGATGACGACACATCACGCATGGAAGAAGTAGAC  1905
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517  ACCCCTTGAAGGAGATGACGACACATCACGCATGGAAGAAGTAGAC  2562