Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_15456
• Subject: NM_005348.4
• Aligned Length: 2196
• Identities: 1904
• Gaps: 291

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGCCTGAGGAAACCCAGACCCAAGACCAACCGATGGAGGAGGAGGAGGTTGAGACGTTCGCCTTTCAGGCAGA  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  AATTGCCCAGTTGATGTCATTGATCATCAATACTTTCTACTCGAACAAAGAGATCTTTCTGAGAGAGCTCATTT  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  CAAATTCATCAGATGCATTGGACAAAATCCGGTATGAAAGCTTGACAGATCCCAGTAAATTAGACTCTGGGAAA  222

Query    1  ---------------------------------------------------------------------ATGAC  5
                                                                                 |||||
Sbjct  223  GAGCTGCATATTAACCTTATACCGAACAAACAAGATCGAACTCTCACTATTGTGGATACTGGAATTGGAATGAC  296

Query    6  CAAGGCTGACTTGATCAATAACCTTGGTACTATCGCCAAGTCTGGGACCAAAGCGTTCATGGAAGCTTTGCAGG  79
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  CAAGGCTGACTTGATCAATAACCTTGGTACTATCGCCAAGTCTGGGACCAAAGCGTTCATGGAAGCTTTGCAGG  370

Query   80  CTGGTGCAGATATCTCTATGATTGGCCAGTTCGGTGTTGGTTTTTATTCTGCTTATTTGGTTGCTGAGAAAGTA  153
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  CTGGTGCAGATATCTCTATGATTGGCCAGTTCGGTGTTGGTTTTTATTCTGCTTATTTGGTTGCTGAGAAAGTA  444

Query  154  ACTGTGATCACCAAACATAACGATGATGAGCAGTACGCTTGGGAGTCCTCAGCAGGGGGATCATTCACAGTGAG  227
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  ACTGTGATCACCAAACATAACGATGATGAGCAGTACGCTTGGGAGTCCTCAGCAGGGGGATCATTCACAGTGAG  518

Query  228  GACAGACACAGGTGAACCTATGGGTCGTGGAACAAAAGTTATCCTACACCTGAAAGAAGACCAAACTGAGTACT  301
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  GACAGACACAGGTGAACCTATGGGTCGTGGAACAAAAGTTATCCTACACCTGAAAGAAGACCAAACTGAGTACT  592

Query  302  TGGAGGAACGAAGAATAAAGGAGATTGTGAAGAAACATTCTCAGTTTATTGGATATCCCATTACTCTTTTTGTG  375
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  TGGAGGAACGAAGAATAAAGGAGATTGTGAAGAAACATTCTCAGTTTATTGGATATCCCATTACTCTTTTTGTG  666

Query  376  GAGAAGGAACGTGATAAAGAAGTAAGCGATGATGAGGCTGAAGAAAAGGAAGACAAAGAAGAAGAAAAAGAAAA  449
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  GAGAAGGAACGTGATAAAGAAGTAAGCGATGATGAGGCTGAAGAAAAGGAAGACAAAGAAGAAGAAAAAGAAAA  740

Query  450  AGAAGAGAAAGAGTCGGAAGACAAACCTGAAATTGAAGATGTTGGTTCTGATGAGGAAGAAGAAAAGAAGGATG  523
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  AGAAGAGAAAGAGTCGGAAGACAAACCTGAAATTGAAGATGTTGGTTCTGATGAGGAAGAAGAAAAGAAGGATG  814

Query  524  GTGACAAGAAGAAGAAGAAGAAGATTAAGGAAAAGTACATCGATCAAGAAGAGCTCAACAAAACAAAGCCCATC  597
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  GTGACAAGAAGAAGAAGAAGAAGATTAAGGAAAAGTACATCGATCAAGAAGAGCTCAACAAAACAAAGCCCATC  888

Query  598  TGGACCAGAAATCCCGACGATATTACTAATGAGGAGTACGGAGAATTCTATAAGAGCTTGACCAATGACTGGGA  671
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  TGGACCAGAAATCCCGACGATATTACTAATGAGGAGTACGGAGAATTCTATAAGAGCTTGACCAATGACTGGGA  962

Query  672  AGATCACTTGGCAGTGAAGCATTTTTCAGTTGAAGGACAGTTGGAATTCAGAGCCCTTCTATTTGTCCCACGAC  745
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  AGATCACTTGGCAGTGAAGCATTTTTCAGTTGAAGGACAGTTGGAATTCAGAGCCCTTCTATTTGTCCCACGAC  1036

Query  746  GTGCTCCTTTTGATCTGTTTGAAAACAGAAAGAAAAAGAACAATATCAAATTGTATGTACGCAGAGTTTTCATC  819
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  GTGCTCCTTTTGATCTGTTTGAAAACAGAAAGAAAAAGAACAACATCAAATTGTATGTACGCAGAGTTTTCATC  1110

Query  820  ATGGATAACTGTGAGGAGCTAATCCCTGAATATCTGAACTTCATTAGAGGGGTGGTAGACTCGGAGGATCTCCC  893
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  ATGGATAACTGTGAGGAGCTAATCCCTGAATATCTGAACTTCATTAGAGGGGTGGTAGACTCGGAGGATCTCCC  1184

Query  894  TCTAAACATATCCCGTGAGATGTTGCAACAAAGCAAAATTTTGAAAGTTATCAGGAAGAATTTGGTCAAAAAAT  967
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  TCTAAACATATCCCGTGAGATGTTGCAACAAAGCAAAATTTTGAAAGTTATCAGGAAGAATTTGGTCAAAAAAT  1258

Query  968  GCTTAGAACTCTTTACTGAACTGGCGGAAGATAAAGAGAACTACAAGAAATTCTATGAGCAGTTCTCTAAAAAC  1041
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  GCTTAGAACTCTTTACTGAACTGGCGGAAGATAAAGAGAACTACAAGAAATTCTATGAGCAGTTCTCTAAAAAC  1332

Query 1042  ATAAAGCTTGGAATACACGAAGACTCTCAAAATCGGAAGAAGCTTTCAGAGCTGTTAAGGTACTACACATCTGC  1115
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  ATAAAGCTTGGAATACACGAAGACTCTCAAAATCGGAAGAAGCTTTCAGAGCTGTTAAGGTACTACACATCTGC  1406

Query 1116  CTCTGGTGATGAGATGGTTTCTCTCAAGGACTACTGCACCAGAATGAAGGAGAACCAGAAACATATCTATTATA  1189
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  CTCTGGTGATGAGATGGTTTCTCTCAAGGACTACTGCACCAGAATGAAGGAGAACCAGAAACATATCTATTATA  1480

Query 1190  TCACAGGTGAGACCAAGGACCAGGTAGCTAACTCAGCCTTTGTGGAACGTCTTCGGAAACATGGCTTAGAAGTG  1263
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  TCACAGGTGAGACCAAGGACCAGGTAGCTAACTCAGCCTTTGTGGAACGTCTTCGGAAACATGGCTTAGAAGTG  1554

Query 1264  ATCTATATGATTGAGCCCATTGATGAGTACTGTGTCCAACAGCTGAAGGAATTTGAGGGGAAGACTTTAGTGTC  1337
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  ATCTATATGATTGAGCCCATTGATGAGTACTGTGTCCAACAGCTGAAGGAATTTGAGGGGAAGACTTTAGTGTC  1628

Query 1338  AGTCACCAAAGAAGGCCTGGAACTTCCAGAGGATGAAGAAGAGAAAAAGAAGCAGGAAGAGAAAAAAACAAAGT  1411
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  AGTCACCAAAGAAGGCCTGGAACTTCCAGAGGATGAAGAAGAGAAAAAGAAGCAGGAAGAGAAAAAAACAAAGT  1702

Query 1412  TTGAGAACCTCTGCAAAATCATGAAAGACATATTGGAGAAAAAAGTTGAAAAGGTGGTTGTGTCAAACCGATTG  1485
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  TTGAGAACCTCTGCAAAATCATGAAAGACATATTGGAGAAAAAAGTTGAAAAGGTGGTTGTGTCAAACCGATTG  1776

Query 1486  GTGACATCTCCATGCTGTATTGTCACAAGCACATATGGCTGGACAGCAAACATGGAGAGAATCATGAAAGCTCA  1559
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  GTGACATCTCCATGCTGTATTGTCACAAGCACATATGGCTGGACAGCAAACATGGAGAGAATCATGAAAGCTCA  1850

Query 1560  AGCCCTAAGAGACAACTCAACAATGGGTTACATGGCAGCAAAGAAACACCTGGAGATAAACCCTGACCATTCCA  1633
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  AGCCCTAAGAGACAACTCAACAATGGGTTACATGGCAGCAAAGAAACACCTGGAGATAAACCCTGACCATTCCA  1924

Query 1634  TTATTGAGACCTTAAGGCAAAAGGCAGAGGCTGATAAGAACGACAAGTCTGTGAAGGATCTGGTCATCTTGCTT  1707
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  TTATTGAGACCTTAAGGCAAAAGGCAGAGGCTGATAAGAACGACAAGTCTGTGAAGGATCTGGTCATCTTGCTT  1998

Query 1708  TATGAAACTGCGCTCCTGTCTTCTGGCTTCAGTCTGGAAGATCCCCAGACACATGCTAACAGGATCTACAGGAT  1781
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  TATGAAACTGCGCTCCTGTCTTCTGGCTTCAGTCTGGAAGATCCCCAGACACATGCTAACAGGATCTACAGGAT  2072

Query 1782  GATCAAACTTGGTCTGGGTATTGATGAAGATGACCCTACTGCTGATGATACCAGTGCTGCTGTAACTGAAGAAA  1855
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  GATCAAACTTGGTCTGGGTATTGATGAAGATGACCCTACTGCTGATGATACCAGTGCTGCTGTAACTGAAGAAA  2146

Query 1856  TGCCACCCCTTGAAGGAGATGACGACACATCACGCATGGAAGAAGTAGAC  1905
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  TGCCACCCCTTGAAGGAGATGACGACACATCACGCATGGAAGAAGTAGAC  2196