Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: ccsbBroadEn_15672
• Subject: NM_001323422.2
• Aligned Length: 1590
• Identities: 1428
• Gaps: 162

Alignment

Query    1  ATGGCAGACGATATTGATATTGAAGCAATGCTTGAGGCTCCTTACAAGAAGGATGAGAACAAGTTGAGCAGTGC  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGCAGACGATATTGATATTGAAGCAATGCTTGAGGCTCCTTACAAGAAGGATGAGAACAAGTTGAGCAGTGC  74

Query   75  CAACGGCCATGAAGAACGTAGCAAAAAGAGGAAAAAAAGCAAGAGCAGAAGTCGTAGTCATGAACGAAAGAGAA  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  CAACGGCCATGAAGAACGTAGCAAAAAGAGGAAAAAAAGCAAGAGCAGAAGTCGTAGTCATGAACGAAAGAGAA  148

Query  149  GCAAAAGTAAGGAACGGAAGCGAAGTAGAGACAGAGAAAGGAAAAAGAGCAAAAGCCGTGAAAGAAAGCGAAGT  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  GCAAAAGTAAGGAACGGAAGCGAAGTAGAGACAGAGAAAGGAAAAAGAGCAAAAGCCGTGAAAGAAAGCGAAGT  222

Query  223  AGAAGCAAAGAGAGGCGACGGAGCCGCTCAAGAAGTCGAGATCGAAGATTTAGAGGCCGCTACAGAAGTCCTTA  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  AGAAGCAAAGAGAGGCGACGGAGCCGCTCAAGAAGTCGAGATCGAAGATTTAGAGGCCGCTACAGAAGTCCTTA  296

Query  297  ------------------------------------------------------------------CAGACGAC  304
                                                                              ||||||||
Sbjct  297  CTCCGGACCAAAATTTAACAGTGCCATCCGAGGAAAGATTGGGTTGCCTCATAGCATCAAATTAAGCAGACGAC  370

Query  305  GTTCCCGAAGCAAAAGTCCATTCAGAAAAGACAAGAGCCCTGTGAGAGAACCTATTGATAATTTAACTCCTGAG  378
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  GTTCCCGAAGCAAAAGTCCATTCAGAAAAGACAAGAGCCCTGTGAGAGAACCTATTGATAATTTAACTCCTGAG  444

Query  379  GAAAGAGATGCAAGGACAGTCTTCTGTATGCAGCTGGCGGCAAGAATTCGACCAAGGGATTTGGAAGAGTTTTT  452
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  GAAAGAGATGCAAGGACAGTCTTCTGTATGCAGCTGGCGGCAAGAATTCGACCAAGGGATTTGGAAGAGTTTTT  518

Query  453  CTCTACAGTAGGAAAGGTTCGAGATGTGAGGATGATTTCTGACAGAAATTCAAGACGTTCCAAAGGAATTGCTT  526
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  CTCTACAGTAGGAAAGGTTCGAGATGTGAGGATGATTTCTGACAGAAATTCAAGACGTTCCAAAGGAATTGCTT  592

Query  527  ATGTGGAGTTCGTCGATGTTAGCTCAGTGCCTCTAGCAATAGGATTAACTGGCCAACGAGTTTTAGGCGTGCCA  600
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  ATGTGGAGTTCGTCGATGTTAGCTCAGTGCCTCTAGCAATAGGATTAACTGGCCAACGAGTTTTAGGCGTGCCA  666

Query  601  ATCATAGTACAGGCATCACAGGCAGAAAAAAACAGAGCTGCAGCAATGGCAAACAATTTACAAAAGGGAAGTGC  674
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  ATCATAGTACAGGCATCACAGGCAGAAAAAAACAGAGCTGCAGCAATGGCAAACAATTTACAAAAGGGAAGTGC  740

Query  675  TGGACCTATGAGGCTTTATGTGGGCTCATTACACTTCAACATAACTGAAGATATGCTTCGTGGGATCTTTGAGC  748
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  TGGACCTATGAGGCTTTATGTGGGCTCATTACACTTCAACATAACTGAAGATATGCTTCGTGGGATCTTTGAGC  814

Query  749  CTTTTGGAAGAATTGAAAGTATCCAGCTGATGATGGACAGTGAAACTGGTCGATCCAAGGGATATGGATTTATT  822
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  CTTTTGGAAGAATTGAAAGTATCCAGCTGATGATGGACAGTGAAACTGGTCGATCCAAGGGATATGGATTTATT  888

Query  823  ACATTTTCTGACTCAGAATGTGCCAAAAAGGCTTTGGAACAACTTAATGGATTTGAACTAGCAGGAAGACCAAT  896
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  ACATTTTCTGACTCAGAATGTGCCAAAAAGGCTTTGGAACAACTTAATGGATTTGAACTAGCAGGAAGACCAAT  962

Query  897  GAAAGTTGGTCATGTTACTGAACGTACTGATGCTTCGAGTGCTAGTTCATTTTTGGACAGTGATGAACTGGAAA  970
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  GAAAGTTGGTCATGTTACTGAACGTACTGATGCTTCGAGTGCTAGTTCATTTTTGGACAGTGATGAACTGGAAA  1036

Query  971  GGACTGGAATTGATTTGGGAACAACTGGTCGTCTTCAGTTAATGGCAAGACTTGCAGAGGGTACAGGTTTGCAG  1044
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||               
Sbjct 1037  GGACTGGAATTGATTTGGGAACAACTGGTCGTCTTCAGTTAATGGCAAGACTTGCAGAG---------------  1095

Query 1045  ATTCCGCCAGCAGCACAGCAAGCTCTACAGATGAGTGGCTCTTTGGCATTTGGTGCTGTGGCAGAATTCTCTTT  1118
                                                                                      
Sbjct 1096  --------------------------------------------------------------------------  1095

Query 1119  TGTTATAGATTTGCAAACAAGACTTTCCCAGCAGACTGAAGCTTCAGCTTTAGCTGCAGCTGCCTCTGTTCAGC  1192
                   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1096  -------GATTTGCAAACAAGACTTTCCCAGCAGACTGAAGCTTCAGCTTTAGCTGCAGCTGCCTCTGTTCAGC  1162

Query 1193  CACTTGCAACACAATGTTTCCAACTCTCTAACATGTTTAACCCTCAAACAGAAGAAGAAGTTGGATGGGATACC  1266
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1163  CACTTGCAACACAATGTTTCCAACTCTCTAACATGTTTAACCCTCAAACAGAAGAAGAAGTTGGATGGGATACC  1236

Query 1267  GAGATTAAGGATGATGTGATTGAAGAATGTAATAAACATGGAGGAGTTATTCATATTTATGTTGACAAAAATTC  1340
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1237  GAGATTAAGGATGATGTGATTGAAGAATGTAATAAACATGGAGGAGTTATTCATATTTATGTTGACAAAAATTC  1310

Query 1341  AGCTCAGGGCAATGTGTATGTGAAGTGCCCATCAATTGCTGCAGCTATTGCTGCTGTCAATGCATTGCATGGCA  1414
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1311  AGCTCAGGGCAATGTGTATGTGAAGTGCCCATCAATTGCTGCAGCTATTGCTGCTGTCAATGCATTGCATGGCA  1384

Query 1415  GGTGGTTTGCTGGTAAAATGATAACAGCAGCATATGTACCTCTTCCAACTTACCACAACCTGTTTCCTGATTCT  1488
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1385  GGTGGTTTGCTGGTAAAATGATAACAGCAGCATATGTACCTCTTCCAACTTACCACAACCTGTTTCCTGATTCT  1458

Query 1489  ATGACAGCAACACAGCTACTGGTTCCAAGTAGACGA  1524
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1459  ATGACAGCAACACAGCTACTGGTTCCAAGTAGACGA  1494