Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000465586
• Subject: XM_011510405.3
• Aligned Length: 3060
• Identities: 2805
• Gaps: 252

Alignment

Query    1  ATGCCGGACCAGATCTCCGTGTCGGAATTCGTGGCCGAGACCCATGAGGACTACAAGGCGCCCACGGCCTCCAG  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGCCGGACCAGATCTCCGTGTCGGAATTCGTGGCCGAGACCCATGAGGACTACAAGGCGCCCACGGCCTCCAG  74

Query   75  CTTCACCACCCGCACGGCGCAGTGCCGGAACACTGTGGCGGCCATCGAGG------------------------  124
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                        
Sbjct   75  CTTCACCACCCGCACGGCGCAGTGCCGGAACACTGTGGCGGCCATCGAGGAGGTGAGGCGGCCTGCGCGGCGGC  148

Query  125  ---------AGGCTTTGGACGTGGACCGGATGGTTCTTTACAAAATGAAGAAATCCGTGAAAGCAATCAACAGC  189
                     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  TCCGGCCGCAGGCTTTGGACGTGGACCGGATGGTTCTTTACAAAATGAAGAAATCCGTGAAAGCAATCAACAGC  222

Query  190  TCTGGGCTGGCTCACGTGGAAAATGAAGAGCAGTACACCCAGGCTCTGGAGAAGTTTGGCGGCAACCGTGTATG  263
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct  223  TCTGGGCTGGCTCACGTGGAAAATGAAGAGCAGTACACCCAGGCTCTGGAGAAGTTTGGCGGCAACTGTGTATG  296

Query  264  CAGAGATGACCCAGATTTAGGAAGTGCGTTCCTGAAGTTCTCAGTGTTTACAAAGGAGTTGACAGCACTTTTCA  337
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  CAGAGATGACCCAGATTTAGGAAGTGCGTTCCTGAAGTTCTCAGTGTTTACAAAGGAGTTGACAGCACTTTTCA  370

Query  338  AAAACCTGATTCAGAATATGAACAACATAATCTCCTTCCCTTTGGACAGTTTGCTGAAGGGGGACCTGAAAGGA  411
            |||||||                                                                   
Sbjct  371  AAAACCT-------------------------------------------------------------------  377

Query  412  GTGAAAGGGGATCTGAAAAAGCCTTTTGATAAAGCTTGGAAGGACTATGAAACAAAAATAACCAAGATAGAAAA  485
                    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  378  --------GGATCTGAAAAAGCCTTTTGATAAAGCTTGGAAGGACTATGAAACAAAAATAACCAAGATAGAAAA  443

Query  486  GGAGAAAAAGGAACACGCCAAGCTCCATGGGATGATTCGGACTGAAATAAGCGGAGCGGAAATTGCCGAAGAGA  559
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  444  GGAGAAAAAGGAACACGCCAAGCTCCATGGGATGATTCGGACTGAAATAAGCGGAGCGGAAATTGCCGAAGAGA  517

Query  560  TGGAAAAGGAGAGGCGCTTCTTCCAGCTACAGATGTGCGAGTATCTGCTGAAGGTCAACGAAATCAAGATTAAA  633
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  518  TGGAAAAGGAGAGGCGCTTCTTCCAGCTACAGATGTGCGAGTATCTGCTGAAGGTCAACGAAATCAAGATTAAA  591

Query  634  AAGGGAGTAGATTTACTTCAGAATCTGATCAAATACTTTCATGCCCAATGCAATTTTTTTCAGGATGGACTCAA  707
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  592  AAGGGAGTAGATTTACTTCAGAATCTGATCAAATACTTTCATGCCCAATGCAATTTTTTTCAGGATGGACTCAA  665

Query  708  AGCCGTGGAAAGCCTCAAACCTTCCATTGAAACGCTGTCTACGGATCTTCACACGATCAAACAGGCCCAGGATG  781
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  666  AGCCGTGGAAAGCCTCAAACCTTCCATTGAAACGCTGTCTACGGATCTTCACACGATCAAACAGGCCCAGGATG  739

Query  782  AAGAAAGAAGGCAGTTGATACAGCTTCGAGATATTTTGAAATCCGCATTGCAGGTTGAACAGAAAGAG------  849
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
Sbjct  740  AAGAAAGAAGGCAGTTGATACAGCTTCGAGATATTTTGAAATCCGCATTGCAGGTTGAACAGAAAGAGTCTAGG  813

Query  850  ---GACTCCCAAATTCGTCAGAGCACAGCTTATAGCTTACATCAGCCTCAGGGAAACAAGGAACATGGGACCGA  920
               |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  814  AGAGACTCCCAAATTCGTCAGAGCACAGCTTATAGCTTACATCAGCCTCAGGGAAACAAGGAACATGGGACCGA  887

Query  921  GCGGAACGGCAGCCTCTACAAGAAGAGTGACGGGATCCGAAAAGTGTGGCAGAAAAGGAAATGTTCAGTTAAAA  994
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  888  GCGGAACGGCAGCCTCTACAAGAAGAGTGACGGGATCCGAAAAGTGTGGCAGAAAAGGAAATGTTCAGTTAAAA  961

Query  995  ATGGTTTTCTGACCATATCCCATGGTACCGCTAACCGGCCTCCTGCAAAGCTCAACCTGCTAACCTGCCAGGTG  1068
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  962  ATGGTTTTCTGACCATATCCCATGGTACCGCTAACCGGCCTCCTGCAAAGCTCAACCTGCTAACCTGCCAGGTG  1035

Query 1069  AAGACCAACCCTGAGGAGAAGAAGTGCTTTGACCTTATTTCACATGACAGAACTTACCACTTTCAAGCTGAAGA  1142
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1036  AAGACCAACCCTGAGGAGAAGAAGTGCTTTGACCTCATTTCACATGACAGAACTTACCACTTTCAAGCTGAAGA  1109

Query 1143  TGAACAGGAATGTCAAATATGGATGTCTGTGCTGCAAAATAGCAAAGAAGAAGCTTTAAACAATGCATTTAAGG  1216
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1110  TGAACAGGAATGTCAAATATGGATGTCTGTGCTGCAAAATAGCAAAGAAGAAGCTTTAAACAATGCATTTAAGG  1183

Query 1217  GGGATGACAATACTGGAGAAAATAACATCGTCCAAGAACTGACAAAGGAGATCATCTCAGAAGTGCAGAGGATG  1290
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1184  GGGATGACAATACTGGAGAAAATAACATCGTCCAAGAACTGACAAAGGAGATCATCTCAGAAGTGCAGAGGATG  1257

Query 1291  ACGGGCAATGACGTCTGCTGTGACTGTGGGGCGCCAGATCCTACATGGCTTTCCACCAACCTGGGCATCCTGAC  1364
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1258  ACGGGCAATGACGTCTGCTGTGACTGTGGGGCGCCAGATCCTACATGGCTTTCCACCAACCTGGGCATCCTGAC  1331

Query 1365  CTGCATCGAGTGTTCCGGAATCCACCGAGAGCTGGGGGTTCATTATTCCAGGATGCAGTCCCTGACCTTAGATG  1438
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1332  CTGCATCGAGTGTTCCGGAATCCACCGAGAGCTGGGGGTTCATTATTCCAGGATGCAGTCCCTGACCTTAGATG  1405

Query 1439  TACTGGGAACATCTGAGCTGCTGCTCGCCAAGAATATTGGGAATGCAGGCTTTAATGAGATCATGGAATGTTGC  1512
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1406  TACTGGGAACATCTGAGCTGCTGCTCGCCAAGAATATTGGGAATGCAGGCTTTAATGAGATCATGGAATGTTGC  1479

Query 1513  CTACCAGCTGAGGACTCAGTCAAACCCAACCCAGGCAGCGACATGAATGCAAGAAAGGACTACATCACAGCCAA  1586
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1480  CTACCAGCTGAGGACTCAGTCAAACCCAACCCAGGCAGCGACATGAATGCAAGAAAGGACTACATCACAGCCAA  1553

Query 1587  GTACATCGAGAGGAGATACGCAAGGAAGAAGCACGCGGATAACGCGGCGAAGCTTCACAGTCTTTGCGAGGCCG  1660
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1554  GTACATCGAGAGGAGATACGCAAGGAAGAAGCACGCGGATAACGCGGCGAAGCTTCACAGTCTTTGCGAGGCCG  1627

Query 1661  TCAAAACGAGAGATATTTTTGGATTGCTCCAAGCTTATGCTGATGGTGTGGATCTTACGGAAAAAATCCCACTG  1734
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1628  TCAAAACGAGAGATATTTTTGGATTGCTCCAAGCTTATGCTGATGGTGTGGATCTTACGGAAAAAATCCCACTG  1701

Query 1735  GCCAACGGACATGAGCCGGATGAAACGGCCCTCCACCTTGCAGTCAGATCCGTGGATCGAACCTCTCTTCACAT  1808
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1702  GCCAACGGACATGAGCCGGATGAAACGGCCCTCCACCTTGCAGTCAGATCCGTGGATCGAACCTCTCTTCACAT  1775

Query 1809  TGTAGACTTTTTAGTTCAGAACAGTGGGAACCTGGATAAACAGACAGGGAAAGGCAGCACAGCCCTGCACTACT  1882
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1776  TGTAGACTTTTTAGTTCAGAACAGTGGGAACCTGGATAAACAGACAGGGAAAGGCAGCACAGCCCTGCACTACT  1849

Query 1883  GCTGCCTGACCGACAATGCCGAGTGCCTCAAGTTGCTCCTGCGGGGGAAGGCCTCCATCGAGATAGCAAACGAG  1956
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1850  GCTGCCTGACCGACAATGCCGAGTGCCTCAAGTTGCTCCTGCGGGGGAAGGCCTCCATCGAGATAGCAAACGAG  1923

Query 1957  TCAGGAGAGACTCCGCTGGACATTGCCAAGCGCCTCAAGCACGAGCACTGTGAGGAGCTGCTGACCCAAGCCTT  2030
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1924  TCAGGAGAGACTCCGCTGGACATTGCCAAGCGCCTCAAGCACGAGCACTGTGAGGAGCTGCTGACCCAAGCCTT  1997

Query 2031  ATCTGGAAGATTTAATTCTCACGTTCACGTTGAATATGAATGGCGACTACTCCACGAAGACCTGGATGAAAGTG  2104
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1998  ATCTGGAAGATTTAATTCTCACGTTCACGTTGAATATGAATGGCGACTACTCCACGAAGACCTGGATGAAAGTG  2071

Query 2105  ATGACGACATGGATGAGAAATTGCAGCCCAGTCCCAACCGGCGGGAAGACCGGCCCATCAGCTTCTACCAGCTG  2178
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2072  ATGACGACATGGATGAGAAATTGCAGCCCAGTCCCAACCGGCGGGAAGACCGGCCCATCAGCTTCTACCAGCTG  2145

Query 2179  GGCTCCAACCAGCTTCAGTCTAACGCTGTATCTTTGGCCAGAGATGCTGCAAACCTTGCCAAGGACAAGCAGAG  2252
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||
Sbjct 2146  GGCTCCAACCAGCTTCAGTCTAACGCTGTATCTTTGGCCAGAGATGCTGCAAACCTTGCCAAGGAGAAGCAGAG  2219

Query 2253  GGCTTTCATGCCCAGCATCTTGCAGAATGAGACTTACGGAGCCCTCCTGAGTGGCAGCCCACCTCCCGCCCAGC  2326
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2220  GGCTTTCATGCCCAGCATCTTGCAGAATGAGACTTACGGAGCCCTCCTGAGTGGCAGCCCACCTCCCGCCCAGC  2293

Query 2327  CTGCAGCCCCCAGCACCACCAGCGCCCCCCCGCTTCCTCCACGGAATGTTGGCAAAG-----------------  2383
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                 
Sbjct 2294  CTGCAGCCCCCAGCACCACCAGCGCCCCCCCGCTTCCTCCACGGAATGTTGGCAAAGTTCAGACAGCCTCCTCT  2367

Query 2384  --------------------------------------------------------------------------  2383
                                                                                      
Sbjct 2368  GCTAACACCCTGTGGAAGACAAACTCTGTAAGTGTGGACGGTGGAAGCCGGCAGCGATCTTCGTCAGATCCGCC  2441

Query 2384  --------------------------------------------ATCCCCTGACCCCCACGCCGCCCCCACCCG  2413
                                                        ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2442  AGCTGTCCATCCACCGCTGCCCCCTCTTCGCGTGACATCTACCAATCCCCTGACCCCCACGCCGCCCCCACCCG  2515

Query 2414  TTGCCAAGACGCCCAGCGTAATGGAAGCCTTGAGCCAGCCGAGCAAGCCTGCCCCGCCTGGGATCTCACAGATC  2487
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2516  TTGCCAAGACGCCCAGCGTAATGGAAGCCTTGAGCCAGCCGAGCAAGCCTGCCCCGCCTGGGATCTCACAGATC  2589

Query 2488  AGGCCCCCACCTCTGCCCCCACAGCCGCCCAGCCGCCTCCCGCAGAAGAAGCCTGCGCCGGGGGCTGACAAGTC  2561
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2590  AGGCCCCCACCTCTGCCCCCACAGCCGCCCAGCCGCCTCCCGCAGAAGAAGCCTGCGCCGGGGGCTGACAAGTC  2663

Query 2562  CACCCCACTGACCAACAAAGGCCAACCGAGAGGACCTGTGGATCTCTCTGCAACGGAAGCTCTGGGTCCTCTGT  2635
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2664  CACCCCACTGACCAACAAAGGCCAACCGAGAGGACCTGTGGATCTCTCTGCAACGGAAGCTCTGGGTCCTCTGT  2737

Query 2636  CCAATGCTATGGTCCTGCAGCCCCCTGCACCCATGCCTAGGAAGTCGCAGGCAACCAAGTTGAAGCCTAAGCGG  2709
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2738  CCAATGCTATGGTCCTGCAGCCCCCTGCACCCATGCCTAGGAAGTCGCAGGCAACCAAGTTGAAGCCTAAGCGG  2811

Query 2710  GTGAAAGCGCTCTATAACTGTGTGGCTGACAACCCCGATGAGCTCACCTTCTCCGAGGGGGATGTGATCATCGT  2783
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2812  GTGAAAGCGCTCTATAACTGTGTGGCTGACAACCCCGATGAGCTCACCTTCTCCGAGGGGGATGTGATCATCGT  2885

Query 2784  GGACGGGGAGGAGGACCAGGAGTGGTGGATTGGCCACATTGATGGAGATCCTGGTCGCAAAGGCGCATTCCCGG  2857
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2886  GGACGGGGAGGAGGACCAGGAGTGGTGGATTGGCCACATTGATGGAGATCCTGGTCGCAAAGGCGCATTCCCGG  2959

Query 2858  TGTCATTTGTGCACTTTATCGCTGAC  2883
            ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2960  TGTCATTTGTGCACTTTATCGCTGAC  2985