Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000465586
• Subject: XM_011510409.1
• Aligned Length: 3027
• Identities: 2527
• Gaps: 498

Alignment

Query    1  ATGCCGGACCAGATCTCCGTGTCGGAATTCGTGGCCGAGACCCATGAGGACTACAAGGCGCCCACGGCCTCCAG  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  CTTCACCACCCGCACGGCGCAGTGCCGGAACACTGTGGCGGCCATCGAGGAGGCTTTGGACGTGGACCGGATGG  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  TTCTTTACAAAATGAAGAAATCCGTGAAAGCAATCAACAGCTCTGGGCTGGCTCACGTGGAAAATGAAGAGCAG  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  TACACCCAGGCTCTGGAGAAGTTTGGCGGCAACCGTGTATGCAGAGATGACCCAGATTTAGGAAGTGCGTTCCT  296
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  297  GAAGTTCTCAGTGTTTACAAAGGAGTTGACAGCACTTTTCAAAAACCTGATTCAGAATATGAACAACATAATCT  370
                                                                      ||||||||||||||||
Sbjct    1  ----------------------------------------------------------ATGAACAACATAATCT  16

Query  371  CCTTCCCTTTGGACAGTTTGCTGAAGGGGGACCTGAAAGGAGTGAAAGGGGATCTGAAAAAGCCTTTTGATAAA  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   17  CCTTCCCTTTGGACAGTTTGCTGAAGGGGGACCTGAAAGGAGTGAAAGGGGATCTGAAAAAGCCTTTTGATAAA  90

Query  445  GCTTGGAAGGACTATGAAACAAAAATAACCAAGATAGAAAAGGAGAAAAAGGAACACGCCAAGCTCCATGGGAT  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   91  GCTTGGAAGGACTATGAAACAAAAATAACCAAGATAGAAAAGGAGAAAAAGGAACACGCCAAGCTCCATGGGAT  164

Query  519  GATTCGGACTGAAATAAGCGGAGCGGAAATTGCCGAAGAGATGGAAAAGGAGAGGCGCTTCTTCCAGCTACAGA  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  165  GATTCGGACTGAAATAAGCGGAGCGGAAATTGCCGAAGAGATGGAAAAGGAGAGGCGCTTCTTCCAGCTACAGA  238

Query  593  TGTGCGAGTATCTGCTGAAGGTCAACGAAATCAAGATTAAAAAGGGAGTAGATTTACTTCAGAATCTGATCAAA  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  239  TGTGCGAGTATCTGCTGAAGGTCAACGAAATCAAGATTAAAAAGGGAGTAGATTTACTTCAGAATCTGATCAAA  312

Query  667  TACTTTCATGCCCAATGCAATTTTTTTCAGGATGGACTCAAAGCCGTGGAAAGCCTCAAACCTTCCATTGAAAC  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  313  TACTTTCATGCCCAATGCAATTTTTTTCAGGATGGACTCAAAGCCGTGGAAAGCCTCAAACCTTCCATTGAAAC  386

Query  741  GCTGTCTACGGATCTTCACACGATCAAACAGGCCCAGGATGAAGAAAGAAGGCAGTTGATACAGCTTCGAGATA  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  387  GCTGTCTACGGATCTTCACACGATCAAACAGGCCCAGGATGAAGAAAGAAGGCAGTTGATACAGCTTCGAGATA  460

Query  815  TTTTGAAATCCGCATTGCAGGTTGAACAGAAAGAG---------GACTCCCAAATTCGTCAGAGCACAGCTTAT  879
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  461  TTTTGAAATCCGCATTGCAGGTTGAACAGAAAGAGTCTAGGAGAGACTCCCAAATTCGTCAGAGCACAGCTTAT  534

Query  880  AGCTTACATCAGCCTCAGGGAAACAAGGAACATGGGACCGAGCGGAACGGCAGCCTCTACAAGAAGAGTGACGG  953
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  535  AGCTTACATCAGCCTCAGGGAAACAAGGAACATGGGACCGAGCGGAACGGCAGCCTCTACAAGAAGAGTGACGG  608

Query  954  GATCCGAAAAGTGTGGCAGAAAAGGAAATGTTCAGTTAAAAATGGTTTTCTGACCATATCCCATGGTACCGCTA  1027
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  609  GATCCGAAAAGTGTGGCAGAAAAGGAAATGTTCAGTTAAAAATGGTTTTCTGACCATATCCCATGGTACCGCTA  682

Query 1028  ACCGGCCTCCTGCAAAGCTCAACCTGCTAACCTGCCAGGTGAAGACCAACCCTGAGGAGAAGAAGTGCTTTGAC  1101
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  683  ACCGGCCTCCTGCAAAGCTCAACCTGCTAACCTGCCAGGTGAAGACCAACCCTGAGGAGAAGAAGTGCTTTGAC  756

Query 1102  CTTATTTCACATGACAGAACTTACCACTTTCAAGCTGAAGATGAACAGGAATGTCAAATATGGATGTCTGTGCT  1175
            ||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  757  CTCATTTCACATGACAGAACTTACCACTTTCAAGCTGAAGATGAACAGGAATGTCAAATATGGATGTCTGTGCT  830

Query 1176  GCAAAATAGCAAAGAAGAAGCTTTAAACAATGCATTTAAGGGGGATGACAATACTGGAGAAAATAACATCGTCC  1249
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  831  GCAAAATAGCAAAGAAGAAGCTTTAAACAATGCATTTAAGGGGGATGACAATACTGGAGAAAATAACATCGTCC  904

Query 1250  AAGAACTGACAAAGGAGATCATCTCAGAAGTGCAGAGGATGACGGGCAATGACGTCTGCTGTGACTGTGGGGCG  1323
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  905  AAGAACTGACAAAGGAGATCATCTCAGAAGTGCAGAGGATGACGGGCAATGACGTCTGCTGTGACTGTGGGGCG  978

Query 1324  CCAGATCCTACATGGCTTTCCACCAACCTGGGCATCCTGACCTGCATCGAGTGTTCCGGAATCCACCGAGAGCT  1397
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  979  CCAGATCCTACATGGCTTTCCACCAACCTGGGCATCCTGACCTGCATCGAGTGTTCCGGAATCCACCGAGAGCT  1052

Query 1398  GGGGGTTCATTATTCCAGGATGCAGTCCCTGACCTTAGATGTACTGGGAACATCTGAGCTGCTGCTCGCCAAGA  1471
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1053  GGGGGTTCATTATTCCAGGATGCAGTCCCTGACCTTAGATGTACTGGGAACATCTGAGCTGCTGCTCGCCAAGA  1126

Query 1472  ATATTGGGAATGCAGGCTTTAATGAGATCATGGAATGTTGCCTACCAGCTGAGGACTCAGTCAAACCCAACCCA  1545
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1127  ATATTGGGAATGCAGGCTTTAATGAGATCATGGAATGTTGCCTACCAGCTGAGGACTCAGTCAAACCCAACCCA  1200

Query 1546  GGCAGCGACATGAATGCAAGAAAGGACTACATCACAGCCAAGTACATCGAGAGGAGATACGCAAGGAAGAAGCA  1619
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201  GGCAGCGACATGAATGCAAGAAAGGACTACATCACAGCCAAGTACATCGAGAGGAGATACGCAAGGAAGAAGCA  1274

Query 1620  CGCGGATAACGCGGCGAAGCTTCACAGTCTTTGCGAGGCCGTCAAAACGAGAGATATTTTTGGATTGCTCCAAG  1693
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1275  CGCGGATAACGCGGCGAAGCTTCACAGTCTTTGCGAGGCCGTCAAAACGAGAGATATTTTTGGATTGCTCCAAG  1348

Query 1694  CTTATGCTGATGGTGTGGATCTTACGGAAAAAATCCCACTGGCCAACGGACATGAGCCGGATGAAACGGCCCTC  1767
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1349  CTTATGCTGATGGTGTGGATCTTACGGAAAAAATCCCACTGGCCAACGGACATGAGCCGGATGAAACGGCCCTC  1422

Query 1768  CACCTTGCAGTCAGATCCGTGGATCGAACCTCTCTTCACATTGTAGACTTTTTAGTTCAGAACAGTGGGAACCT  1841
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1423  CACCTTGCAGTCAGATCCGTGGATCGAACCTCTCTTCACATTGTAGACTTTTTAGTTCAGAACAGTGGGAACCT  1496

Query 1842  GGATAAACAGACAGGGAAAGGCAGCACAGCCCTGCACTACTGCTGCCTGACCGACAATGCCGAGTGCCTCAAGT  1915
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1497  GGATAAACAGACAGGGAAAGGCAGCACAGCCCTGCACTACTGCTGCCTGACCGACAATGCCGAGTGCCTCAAGT  1570

Query 1916  TGCTCCTGCGGGGGAAGGCCTCCATCGAGATAGCAAACGAGTCAGGAGAGACTCCGCTGGACATTGCCAAGCGC  1989
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1571  TGCTCCTGCGGGGGAAGGCCTCCATCGAGATAGCAAACGAGTCAGGAGAGACTCCGCTGGACATTGCCAAGCGC  1644

Query 1990  CTCAAGCACGAGCACTGTGAGGAGCTGCTGACCCAAGCCTTATCTGGAAGATTTAATTCTCACGTTCACGTTGA  2063
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1645  CTCAAGCACGAGCACTGTGAGGAGCTGCTGACCCAAGCCTTATCTGGAAGATTTAATTCTCACGTTCACGTTGA  1718

Query 2064  ATATGAATGGCGACTACTCCACGAAGACCTGGATGAAAGTGATGACGACATGGATGAGAAATTGCAGCCCAGTC  2137
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1719  ATATGAATGGCGACTACTCCACGAAGACCTGGATGAAAGTGATGACGACATGGATGAGAAATTGCAGCCCAGTC  1792

Query 2138  CCAACCGGCGGGAAGACCGGCCCATCAGCTTCTACCAGCTGGGCTCCAACCAGCTTCAGTCTAACGCTGTATCT  2211
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1793  CCAACCGGCGGGAAGACCGGCCCATCAGCTTCTACCAGCTGGGCTCCAACCAGCTTCAGTCTAACGCTGTATCT  1866

Query 2212  TTGGCCAGAGATGCTGCAAACCTTGCCAAGGACAAGCAGAGGGCTTTCATGCCCAGCATCTTGCAGAATGAGAC  2285
            ||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1867  TTGGCCAGAGATGCTGCAAACCTTGCCAAGGAGAAGCAGAGGGCTTTCATGCCCAGCATCTTGCAGAATGAGAC  1940

Query 2286  TTACGGAGCCCTCCTGAGTGGCAGCCCACCTCCCGCCCAGCCTGCAGCCCCCAGCACCACCAGCGCCCCCCCGC  2359
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1941  TTACGGAGCCCTCCTGAGTGGCAGCCCACCTCCCGCCCAGCCTGCAGCCCCCAGCACCACCAGCGCCCCCCCGC  2014

Query 2360  TTCCTCCACGGAATGTTGGCAAAG--------------------------------------------------  2383
            ||||||||||||||||||||||||                                                  
Sbjct 2015  TTCCTCCACGGAATGTTGGCAAAGTTCAGACAGCCTCCTCTGCTAACACCCTGTGGAAGACAAACTCTGTAAGT  2088

Query 2384  --------------------------------------------------------------------------  2383
                                                                                      
Sbjct 2089  GTGGACGGTGGAAGCCGGCAGCGATCTTCGTCAGATCCGCCAGCTGTCCATCCACCGCTGCCCCCTCTTCGCGT  2162

Query 2384  -----------ATCCCCTGACCCCCACGCCGCCCCCACCCGTTGCCAAGACGCCCAGCGTAATGGAAGCCTTGA  2446
                       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2163  GACATCTACCAATCCCCTGACCCCCACGCCGCCCCCACCCGTTGCCAAGACGCCCAGCGTAATGGAAGCCTTGA  2236

Query 2447  GCCAGCCGAGCAAGCCTGCCCCGCCTGGGATCTCACAGATCAGGCCCCCACCTCTGCCCCCACAGCCGCCCAGC  2520
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2237  GCCAGCCGAGCAAGCCTGCCCCGCCTGGGATCTCACAGATCAGGCCCCCACCTCTGCCCCCACAGCCGCCCAGC  2310

Query 2521  CGCCTCCCGCAGAAGAAGCCTGCGCCGGGGGCTGACAAGTCCACCCCACTGACCAACAAAGGCCAACCGAGAGG  2594
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2311  CGCCTCCCGCAGAAGAAGCCTGCGCCGGGGGCTGACAAGTCCACCCCACTGACCAACAAAGGCCAACCGAGAGG  2384

Query 2595  ACCTGTGGATCTCTCTGCAACGGAAGCTCTGGGTCCTCTGTCCAATGCTATGGTCCTGCAGCCCCCTGCACCCA  2668
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2385  ACCTGTGGATCTCTCTGCAACGGAAGCTCTGGGTCCTCTGTCCAATGCTATGGTCCTGCAGCCCCCTGCACCCA  2458

Query 2669  TGCCTAGGAAGTCGCAGGCAACCAAGTTGAAGCCTAAGCGGGTGAAAGCGCTCTATAACTGTGTGGCTGACAAC  2742
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2459  TGCCTAGGAAGTCGCAGGCAACCAAGTTGAAGCCTAAGCGGGTGAAAGCGCTCTATAACTGTGTGGCTGACAAC  2532

Query 2743  CCCGATGAGCTCACCTTCTCCGAGGGGGATGTGATCATCGTGGACGGGGAGGAGGACCAGGAGTGGTGGATTGG  2816
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2533  CCCGATGAGCTCACCTTCTCCGAGGGGGATGTGATCATCGTGGACGGGGAGGAGGACCAGGAGTGGTGGATTGG  2606

Query 2817  CCACATTGATGGAGATCCTGGTCGCAAAGGCGCATTCCCGGTGTCATTTGTGCACTTTATCGCTGAC  2883
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2607  CCACATTGATGGAGATCCTGGTCGCAAAGGCGCATTCCCGGTGTCATTTGTGCACTTTATCGCTGAC  2673