Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000465965
• Subject: XM_006534865.2
• Aligned Length: 2247
• Identities: 1974
• Gaps: 123

Alignment

Query    1  ATGGCGGCTGACAGTCGGGAGGAGAA------------------------------------AGATGGAGAACT  38
            ||||||||.|||||.|||||||||||                                    ||||||.|||||
Sbjct    1  ATGGCGGCCGACAGCCGGGAGGAGAAAGAAGATTGCCAAGACTGCTCCAGCTGGTTGTTTTCAGATGGGGAACT  74

Query   39  TAATGTTCTGGATGATATTTTAACTGAAGTACCAGAACAAGATGATGAACTGTATAATCCAGAGAGTGAACAAG  112
            |||||||.|||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||.||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  TAATGTTTTGGATGATATTTTGACTGAAGTACCAGAACAGGATGATGAATTGTATAATCCAGAGAGTGAACAAG  148

Query  113  ATAAAAATGAGAAAAAGGGATCAAAAAGAAAAAGTGATCGAATGGAATCTACTGATACCAAACGACAAAAGCCT  186
            ||||||||||||||||.||||||||||||||||||||..|||||||.||||||||.|||||.||||||||.|||
Sbjct  149  ATAAAAATGAGAAAAAAGGATCAAAAAGAAAAAGTGAGAGAATGGAGTCTACTGACACCAAGCGACAAAAACCT  222

Query  187  TCTGTCCATTCAAGACAACTGGTTTCTAAGCCACTGAGCTCATCTGTTAGCAATAACAAAAGAATAGTTAGTAC  260
            ||..||||||||||||||.||.|||||||||||||.|||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||
Sbjct  223  TCCATCCATTCAAGACAATTGATTTCTAAGCCACTAAGCTCATCTGTAAGCAATAATAAAAGAATAGTTAGTAC  296

Query  261  AAAAGGAAAGTCAGCCACAGAGTATAAAAATGAGGAATATCAAAGATCTGAAAGAAACAAGCGTCTAGATGCTG  334
            ||||||||||||.|..|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
Sbjct  297  AAAAGGAAAGTCGGTTACAGAATATAAAAATGAGGAATATCAAAGATCTGAAAGGAACAAGCGTCTAGATGCTG  370

Query  335  ATCGGAAAATTCGTCTATCAAGTAGTGCCTCCAGAGAACCTTATAAGAATCAACCTGAAAAAACCTGTGTCCGG  408
            ||||.|||||||||||.|||||.|||.||||.|||||||||||.||||.||||||.||||||||.|||.|.|||
Sbjct  371  ATCGAAAAATTCGTCTGTCAAGCAGTTCCTCTAGAGAACCTTACAAGAGTCAACCAGAAAAAACTTGTCTACGG  444

Query  409  AAAAGGGATCCTGAAAGGAGGGCCAAATCTCCTACGCCAGATGGTTCTGAGAGAATTGGGCTTGAAGTGGATAG  482
            |||||||||.|||||||.||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
Sbjct  445  AAAAGGGATTCTGAAAGAAGGGCCAAGTCTCCTACACCAGATGGTTCTGAGAGAATTGGGCTTGAAGTTGATAG  518

Query  483  ACGTGCAAGCAGATCCAGCCAGTCTTCTAAGGAAGAAGTGAACTCTGAAGAATATGGCTCTGACCATGAGACTG  556
            |||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||.|||||.|
Sbjct  519  ACGTGCAAGCAGATCCAGCCAGTCTTCAAAGGAAGAGGTGAACTCTGAAGACTATGGCTCTGACCACGAGACAG  592

Query  557  GCAGCAGTGGTTCTTCTGATGAGCAAGGGAACAACACTGAGAATGAGGAGGAAGGAGTGGAAGAAGATGTGGAG  630
            |.||||||||||||||   |||.||.||.||||||||||||||||||||||||||||.|||.||||||||.|||
Sbjct  593  GAAGCAGTGGTTCTTC---TGAACAGGGCAACAACACTGAGAATGAGGAGGAAGGAGGGGAGGAAGATGTAGAG  663

Query  631  GAAGATGAAGAAGTAGAAGAAGATGCAGAAGAAGATGAAGAGGTGGATGAAGATGGAGAGGAGGAGGAGGAAGA  704
            |||||||||||.|||||.||||||||||||||.|||||.||.|||||||||||||.||||||||||||||||||
Sbjct  664  GAAGATGAAGAGGTAGATGAAGATGCAGAAGATGATGAGGAAGTGGATGAAGATGCAGAGGAGGAGGAGGAAGA  737

Query  705  GGAGGAGGAGGAAGAGGAGGAGGAGGAGGAG------GAAGAAGAAGAATATGAACAGGATGAGAGAGACCAGA  772
            |||.||.||||||||.|||||.|||||.|||      ||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||
Sbjct  738  GGATGAAGAGGAAGAAGAGGATGAGGACGAGGATGAAGAGGAAGAAGAATATGAACAGGATGAGAGAGATCAGA  811

Query  773  AAGAGGAGGGAAATGATTATGACACTCGAAGTGAGGCCAGTGACTCTGGTTCTGAATCTGTTTCCTTCACAGAT  846
            |.||.||.||.||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||.||.||||||||||||||||||
Sbjct  812  AGGAAGAAGGGAATGATTATGACACCCGAAGTGAGGCCAGTGATTCTGGTTCCGAGTCTGTTTCCTTCACAGAT  885

Query  847  GGGTCTGTCAGATCTGGTTCAGGCACAGATGGATCAGATGAGAAAAAGAAGGAAAGGAAGAGAGCTAGAGGCAT  920
            ||.||||||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct  886  GGATCTGTCAGATCTGGGTCAGGAACAGATGGATCAGATGAGAAAAAGAAGGAAAGGAAGAGAGCTCGAGGCAT  959

Query  921  ATCTCCAATTGTTTTTGATAGAAGTGGAAGCTCTGCATCAGAGTCATATGCAGGTTCAGAAAAGAAGCATGAGA  994
            |||.||.|||||.||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||                       
Sbjct  960  ATCACCCATTGTCTTTGATAGAAGTGGCAGTTCTGCATCAGAGTCATATGC-----------------------  1010

Query  995  AATTATCATCTTCCGTTCGTGCTGTCCGAAAAGATCAAACCAGTAAACTCAAATATGTGCTTCAAGATGCAAGA  1068
                                           |||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||
Sbjct 1011  -------------------------------AGATCAAACCAGTAAACTCAAATATGTCCTTCAGGATGCAAGA  1053

Query 1069  TTTTTCCTCATAAAGAGTAACAACCATGAGAATGTGTCTCTTGCCAAAGCGAAGGGTGTATGGTCCACGCTCCC  1142
            ||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||..|.||
Sbjct 1054  TTTTTCCTCATAAAGAGTAATAACCATGAGAATGTGTCTCTTGCCAAAGCAAAGGGTGTATGGTCCACATTGCC  1127

Query 1143  TGTAAATGAGAAGAAATTAAATCTTGCATTTAGATCTGCAAGGAGTGTTATCTTAATATTTTCTGTCAGAGAGA  1216
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|
Sbjct 1128  TGTAAATGAGAAGAAATTAAATCTTGCATTTAGATCTGCAAGGAGTGTTATATTAATATTTTCTGTCAGAGAAA  1201

Query 1217  GTGGAAAATTTCAAGGGTTTGCAAGACTTTCTTCAGAATCACATCACGGAGGATCTCCTATACACTGGGTGCTT  1290
            ||||||||||||||||.|||||.|||.|.||||||||||||||.||.||.||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1202  GTGGAAAATTTCAAGGTTTTGCCAGATTGTCTTCAGAATCACACCATGGCGGATCTCCTATACACTGGGTGCTT  1275

Query 1291  CCAGCAGGAATGAGTGCTAAAATGCTGGGAGGTGTCTTTAAAATTGACTGGATTTGCAGGCGTGAATTACCCTT  1364
            ||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1276  CCAGCAGGAATGAGTGCTAAAATGCTTGGAGGTGTTTTTAAAATAGACTGGATTTGCAGGCGTGAATTACCCTT  1349

Query 1365  CACTAAGTCGGCTCATCTCACCAATCCTTGGAATGAACATAAACCAGTAAAGATCGGACGTGATGGACAGGAAA  1438
            .|||||.||.|||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||
Sbjct 1350  TACTAAATCAGCTCATCTCACCAATCCCTGGAATGAACATAAGCCAGTAAAGATTGGACGTGATGGACAGGAAA  1423

Query 1439  TTGAACTTGAATGTGGAACCCAGCTTTGTCTTCTGTTTCCCCCCGATGAAAGTATTGACTTGTATCAGGTCATT  1512
            |||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||.|||||
Sbjct 1424  TTGAACTTGAATGTGGAACTCAGCTTTGTCTTCTGTTTCCCCCTGATGAAAGTATTGACTTGTATCAGCTCATT  1497

Query 1513  CATAAAATGCGTCACAAGAGAAGAATGCATTCTCAGCCCCGATCACGAGGACGTCCATCCCGTCGAGAACCAGT  1586
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||.||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1498  CATAAAATGCGTCACAAGAGAAGAATGCATTCTCAGCCTCGATCAAGAGGACGTCCATCCCGTCGAGAACCAGT  1571

Query 1587  CCGGGATGTGGGAAGGCGTCGACCAGAAGATTATGATATTCATAACAGCAGAAAGAAACCAAGGATTGACTATC  1660
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1572  CCGGGATGTGGGAAGGCGTCGACCAGAAGATTATGATATTCATAACAGCAGAAAGAAACCAAGGATTGACTATC  1645

Query 1661  CCCCTGAGTTTCACCAGAGACCAGGGTATTTAAAGGATCCACGATACCAGGAAGTGG-----------------  1717
            |||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||.||||||||||||||||                 
Sbjct 1646  CCCCTGAGTTTCACCAGAGACCAGGGTATGTAAAGGATCCCCGATACCAGGAAGTGGACAGTTTTACAAATCTT  1719

Query 1718  -------ACAGACGATTTTCAGGAGTTCGCCGAGATGTGTTTTTAAATGGGTCCTACAATGATTATGTGAGGGA  1784
                   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1720  ATTCCCAACAGACGATTTTCAGGAGTTCGCCGAGATGTGTTTTTAAATGGGTCCTACAATGATTATGTGAGGGA  1793

Query 1785  ATTTCATAACATGGGACCACCACCACCTTGGCAAGGAATGCCCCCTTACCCAGGAATGGAACAACCTCCACACC  1858
            |||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.||||||||.|||||.||||||||||||||||
Sbjct 1794  ATTTCATAACATGGGACCACCGCCTCCTTGGCAAGGAATGCCTCCTTACCCGGGAATAGAACAACCTCCACACC  1867

Query 1859  ATCCTTACTATCAGCACCATGCTCCACCTCCTCAAGCTCATCCCCCTTACTCAGGACATCATCCAGTACCACAT  1932
            ||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.|||||.|||||||||
Sbjct 1868  ATCCTTACTACCAGCACCATGCCCCACCTCCTCAAGCCCACCCCCCTTACTCAGGACACCATCCGGTACCACAT  1941

Query 1933  GAAGCAAGATACAGAGATAAACGAGTACATGATTATGATATGAGGGTGGATGATTTCCTTCGTCGCACACAAGC  2006
            ||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||.|||||.|||||
Sbjct 1942  GAAGCAAGATACAGAGATAAACGAGTACATGACTATGATATGAGGGTCGATGATTTCCTTCGCCGCACGCAAGC  2015

Query 2007  TGTTGTCAGTGGCCGGAGAAGTAGACCCCGTGAAAGAGACCGGGAACGAGAGCGAGACCGCCCTAGAGATAACA  2080
            |||.||||||||.||||||||||||||.||.||||||||.|||||.|||||||||||||||||.||||||||||
Sbjct 2016  TGTGGTCAGTGGTCGGAGAAGTAGACCTCGAGAAAGAGATCGGGAGCGAGAGCGAGACCGCCCCAGAGATAACA  2089

Query 2081  GACGAGACAGAGAGCGAGATAGAGGACGTGATAGAGAAAGAGAAAGAGAGCGATTATGTGATCGAGACAGAGAC  2154
            ||.||||.|||||||||||.|||||.||||||.||||||||||.|||||..||.||||||||||.|||||||||
Sbjct 2090  GAAGAGATAGAGAGCGAGACAGAGGTCGTGATCGAGAAAGAGAGAGAGAAAGAATATGTGATCGGGACAGAGAC  2163

Query 2155  CGAGGGGAGAGAGGTCGATATAGAAGA  2181
            |||||||||||||||||.|||.|||||
Sbjct 2164  CGAGGGGAGAGAGGTCGTTATCGAAGA  2190