Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000466074
• Subject: NM_001252580.1
• Aligned Length: 3405
• Identities: 2755
• Gaps: 183

Alignment

Query    1  ATGCCTGCTGTGGCTTCAGTTCCTAAAGAACTCTACCTCAGTTCTTCACTAAAAGACCTTAATAAGAAGACAGA  74
            |||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||
Sbjct    1  ATGCCTGCTGTAGCTTCAGTTCCTAAAGAACTCTACCTCAGTTCTTCACTAAAAGACCTCAATAAGAAGACCGA  74

Query   75  AGTTAAACCAGAGAAAATAAGCACTAAG---------------------------------AGTTATGTGCACA  115
            |||||||||.|||||||..|||||.|||                                 ||||||.|.||||
Sbjct   75  AGTTAAACCTGAGAAAACCAGCACCAAGAATACCAAGTTTTGTAAATTCTCTTCGTTTCTAAGTTATATACACA  148

Query  116  GTGCCCTGAAGATCTTTAAGACAGCAGAAGAATGCAGATTAGATCGTGATGAGGAAAGGGCCTATGTACTATAT  189
            |.||.|.|||||||||.|||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||.||.|||
Sbjct  149  GCGCGCAGAAGATCTTCAAGACAGCAGAAGAATGCAGACTAGATCGTGATGAGGAAAGGGCCTATGTGCTTTAT  222

Query  190  ATGAAATACGTGACTGTTTATAATCTTATCAAAAAAAGACCTGATTTCAAGCAACAGCAGGATTATTTCCATTC  263
            ||||||||.|||.|.||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||..|.|||
Sbjct  223  ATGAAATATGTGGCAGTTTATAATCTTATCAAAAAGAGACCTGATTTCAAGCAACAGCAGGATTATTATCTTTC  296

Query  264  AATACTTGGACCTGGAAACATCAAAAAAGCTGTCGAAGAAGCTGAAAGACTCTCTGAAAGCCTTAAATTAAGAT  337
            ||||||||||||||.||||||||||||||||.|.||||||||||||||||||||.||||||||||||.||||||
Sbjct  297  AATACTTGGACCTGCAAACATCAAAAAAGCTATTGAAGAAGCTGAAAGACTCTCCGAAAGCCTTAAACTAAGAT  370

Query  338  ATGAAGAAGCTGAAGTCCGGAAAAAACTTGAGGAAAAAGACAGGCAGGAGGAAGCACAGCGGCTACAACAAAAA  411
            |.|||||.||||||||.||||||.|||||||.|||||.|||||.|.||||||||..||||.||..|||||.|||
Sbjct  371  ACGAAGAGGCTGAAGTTCGGAAACAACTTGAAGAAAAGGACAGACGGGAGGAAGAGCAGCTGCAGCAACAGAAA  444

Query  412  AGGCAGGAAACAGGAAGAGAGGA---TGGT--GGCACATTGGCTAAAGGCTCTTTGGAGAATGTTTTGGATTCC  480
            ||||||||.|..||.||||||||   .|||  ||||     ||.|||.|||||.||||.|||.|..||||||||
Sbjct  445  AGGCAGGAGATGGGGAGAGAGGACAGCGGTGCGGCA-----GCCAAACGCTCTGTGGAAAATTTACTGGATTCC  513

Query  481  AAAGACAAAACCCAAAAGAGCAATGGTGAAAAGAATGAAAAATGTG-AGACCAAAGAGAAAGGAGCAATCACAG  553
            |||..|||||||||||.||..||.||.||.||||.||||..|..|| || |...|||||.||||||.|||||||
Sbjct  514  AAAACCAAAACCCAAAGGATTAACGGCGAGAAGAGTGAAGGAGCTGCAG-CTGCAGAGAGAGGAGCCATCACAG  586

Query  554  CAAAGGAACTATACACAATGATGACGGATAAAAACATCAGCTTGATTATAATGGATGCTCGAAGAATGCAGGAT  627
            |||||||||||||.||.|||||||.|||||||||||..|||||.|||||||||||||||||||.|||.||||||
Sbjct  587  CAAAGGAACTATATACGATGATGATGGATAAAAACACAAGCTTAATTATAATGGATGCTCGAAAAATACAGGAT  660

Query  628  TATCAGGATTCCTGTATTTTACATTCTCTCAGTGTTCCTGAAGAAGCCATCAGTCCAGGAGTCACTGCTAGTTG  701
            ||||||.||||||||||.||..|||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  661  TATCAGCATTCCTGTATCTTGGATTCTCTCAGTGTTCCTGAAGAAGCTATCAGTCCAGGAGTCACTGCTAGTTG  734

Query  702  GATTGAAGCACACCTGCCAGATGATTCTAAAGACACATGGAAGAAGAGGGGGAATGTGGAGTATGTGGTACTTC  775
            ||||||||||.||||..|||||||||||||||||||||||||.||||||||||.||||||.||||||||.||||
Sbjct  735  GATTGAAGCAAACCTCTCAGATGATTCTAAAGACACATGGAAAAAGAGGGGGAGTGTGGACTATGTGGTCCTTC  808

Query  776  TTGACTGGTTTAGTTCTGCCAAAGATTTACAGATTGGAACAACTCTCCGGAGTCTGAAAGATGCACTTTTCAAG  849
            |.||||||||||||||.||.||||||||.|.|.||||.||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  809  TCGACTGGTTTAGTTCAGCGAAAGATTTGCTGCTTGGGACCACTCTACGGAGTCTGAAAGATGCACTTTTCAAG  882

Query  850  TGGGAAAGTAAAACTGTCCTGCGCAATGAGCCTTTGGTTTTAGAGGGAGGCTATGAAAACTGGCTCCTTTGTTA  923
            ||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||.||.|||||.|||||||||||||||||.|||||.||
Sbjct  883  TGGGAAAGTAAAACTGTCCTGCGCCATGAGCCTTTGGTGTTGGAGGGCGGCTATGAAAACTGGCTGCTTTGCTA  956

Query  924  TCCCCAGTATACAACAAATGCTAAGGTCACTCCACCCCCACGACGCCAGA-ATGAAGAGGTGTCTATCTCATTG  996
            .||.||||.||||||.|||||||||||||||||||||||.||..| |||| .|||||||||||||.||||||||
Sbjct  957  CCCGCAGTTTACAACCAATGCTAAGGTCACTCCACCCCCTCGGAG-CAGAGCTGAAGAGGTGTCTGTCTCATTG  1029

Query  997  GATTTTACTTATCCCTCATTGGAAGAATCAATTCCTTCTAAACCTGCTGCCCAGACGCCACCTGCATCTATAGA  1070
            |||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||.||||.|.||.||||||.|||||||.|..|||||||
Sbjct 1030  GATTTTACTTATCCCTCATTGGAAGAACCAGTTCCTTCCAAACTTCCTACCCAGATGCCACCTCCTCCTATAGA  1103

Query 1071  AGTAGATGAAAATATAGAATTGATAAGTGGTCAAAATGA------GAGAATGGGACCACTGAATATATCAACTC  1138
            |..|.|||||||...|...|||.|||.||.||||.||||      ||||.||..|.|.|.|      .||.|||
Sbjct 1104  AACAAATGAAAAGGCACTGTTGGTAACTGATCAAGATGAAAAGCTGAGACTGTCAACCCAG------CCAGCTC  1171

Query 1139  CAGTTGAACCAGTTGCTGCTTCTAAATCTGATGTTTCACCCATAATTCAGCCAGTGCCTAGTATAAAGAATGTT  1212
            .||.||.|||.|.|||.|||.|.|.|.||||.|..|||||||||||||||||||.||||..||.|||||.||||
Sbjct 1172  TAGCTGGACCTGGTGCGGCTCCCAGAGCTGAAGCCTCACCCATAATTCAGCCAGCGCCTGCTACAAAGAGTGTT  1245

Query 1213  CCACAGATTGATCGTACTAAAAAACCAGCAGTCAAATTGCCTGAAGAGCATAGAATAAAATCTGAAAGTACAAA  1286
            ||||||.||||||||||.||||||||..|||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||.||||.|
Sbjct 1246  CCACAGGTTGATCGTACGAAAAAACCGTCAGTCAAGTTGCCTGAAGATCATAGAATAAAATCTGAAAATACAGA  1319

Query 1287  CCATGAGCAACAATCTCCTCAGAGTGGAAAAGTTATTCCTGATCGTTCCACCAAGCCAGTAGTTTTTTCTCCAA  1360
                              |||||||||||.||||.||.|||||||.|||||||||||||||.||...|||||||
Sbjct 1320  ------------------TCAGAGTGGAAGAGTTCTTTCTGATCGATCCACCAAGCCAGTATTTCCCTCTCCAA  1375

Query 1361  CTCTCATGTTAACAGATGAAGAAAAGGCTCGTATTCATGCAGAAACTGCTCTTCTAATGGAAAAAAACAAACAA  1434
            |...||||||||||||||||||||||||||||||||||..|||||||||.|||||.||||||||.||.|||||.
Sbjct 1376  CCACCATGTTAACAGATGAAGAAAAGGCTCGTATTCATCAAGAAACTGCCCTTCTTATGGAAAAGAATAAACAG  1449

Query 1435  GAAAAAGAACTTCGGGAAAGGCAGCAAGAGGAACAGAAAGAGAAACTGAGGAAGGAAGAACAAGAACAAAAAGC  1508
            ||.||.||||||.||||.|.||||||..||||||||||||||||.|||||.|.|||.||||||||.|..|||||
Sbjct 1450  GAGAAGGAACTTTGGGACAAGCAGCAGAAGGAACAGAAAGAGAAGCTGAGAAGGGAGGAACAAGAGCGCAAAGC  1523

Query 1509  CAAAAAGAAACAAGAAGCTGAAGAAAATGAAATTACAGAGAAGCAACAAAAAGCAAAAGAAGAAATGGAGAAGA  1582
            ...|||||.|||.||.||.||.|||..|||....||.|||||.||.||.||||||||.||.|.|...|||||.|
Sbjct 1524  TGGAAAGACACAGGATGCAGATGAACGTGACTCCACTGAGAATCAGCACAAAGCAAAGGATGGACAAGAGAAAA  1597

Query 1583  AAGAAAGTGAACAGGCCAAGAAAGAAGATAAAGAAACCTCAGCAAAGAGGGGCAAAGAAATAACAGGAGTAAAA  1656
            ||||.||..|||||.||||||..|||||.|.|||....||||||.|..|||.|.|.|||...||||||..|.||
Sbjct 1598  AAGACAGCAAACAGACCAAGACGGAAGACAGAGAGCTTTCAGCAGACGGGGCCCAGGAAGCCACAGGAACACAA  1671

Query 1657  AGACAAAGTAAAAGTGAACATGAAACTTCTGATGCCAAGAAATCTGTAGAAGATAGGGGGAAAAGGTGTCCAAC  1730
            |||||||||||.|||||.||||||.||||||||||.|||..|.||||.|||      ||.|||||||||||.||
Sbjct 1672  AGACAAAGTAAGAGTGAGCATGAAGCTTCTGATGCTAAGGTACCTGTGGAA------GGTAAAAGGTGTCCCAC  1739

Query 1731  CCCAGAAATACAGAAAAAGTCAACAGGAGATGTGCCCCATACATCTGTGACAGGGGATTCAGG-----TTCAGG  1799
            ..||||....|||||.|.|   .|||.|||||||.|||.|.||||.|||.||||.||     |     |.||||
Sbjct 1740  GTCAGAGGCGCAGAAGAGG---CCAGCAGATGTGTCCCCTGCATCCGTGTCAGGAGA-----GCTGAATGCAGG  1805

Query 1800  CAAGCCATTTAAGATTAAAGGACAACCAGAAAGTGGAATTCTAAGGACAGGAACTTTTAGAGAGGATACAGACG  1873
            ||||                                                                      
Sbjct 1806  CAAG----------------------------------------------------------------------  1809

Query 1874  ATACCGAAAGAAATAAAGCTCAACGAGAACCTTTGACAAGAGCACGAAGTGAAGAAATGGGGAGGATCGTACCA  1947
                             |||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||.||.||.
Sbjct 1810  -----------------GCTCAGCGAGAACCTTTGACGAGAGCACGAAGTGAAGAAATGGGGAGAATTGTGCCG  1866

Query 1948  GGACTGCCTTCAGGCTGGGCCAAGTTTCTTGACCCAATCACTGGAACCTTTCGTTATTATCATTCACCCACCAA  2021
            ||||||||||..||||||||||||||||||||.||||||||.||.|||||||||||.||.|||||.|||||.||
Sbjct 1867  GGACTGCCTTTGGGCTGGGCCAAGTTTCTTGATCCAATCACCGGGACCTTTCGTTACTACCATTCCCCCACAAA  1940

Query 2022  CACTGTTCATATGTACCCACCGGAAATGGCTCCTTCATCTGCACCTCCTTCCACCCCTCCAACTCATAAAGCCA  2095
            |||.|||||||||||.|||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||.|||||.||||.||
Sbjct 1941  CACAGTTCATATGTATCCACCTGAAATGGCTCCTTCGTCTGCACCTCCTTCCACCCCGCCCACTCACAAAGTCA  2014

Query 2096  AGCCACAGATTCCTGCTGAGCGGGATAGGGAACCTTCCAAACTGAAGCGCTCCTACTCCTCCCCAGATATAACC  2169
            ||||.|||.|.|||||.||||||||.|||||.||.||.|||||||||||||||||||||||.||||||||.||.
Sbjct 2015  AGCCCCAGGTCCCTGCCGAGCGGGACAGGGAGCCATCGAAACTGAAGCGCTCCTACTCCTCACCAGATATCACT  2088

Query 2170  CAGGCTATTCAAGAGGAAGAGAAGAGGAAGCCAACAGTAACTCCAACAGTTAATCGGGAAAACAAGCCAACATG  2243
            |||||..|.||.|||||.||||||||||.|||..||||.||.||.|..||.||.|||||||||||||||.||||
Sbjct 2089  CAGGCCCTGCAGGAGGAGGAGAAGAGGAGGCCGGCAGTGACCCCGATGGTCAACCGGGAAAACAAGCCACCATG  2162

Query 2244  TTATCCTAAAGCTGAGATCTCAAGGCTTTCTGCTTCTCAGATTCGGAACCTCAATCCTGTTTTTGGAGGTTCTG  2317
            |||.||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||.|
Sbjct 2163  TTACCCTAAAGCTGAGATTTCGAGGCTTTCTGCTTCTCAGATTCGGAACCTCAATCCTGTATTTGGAGGATCAG  2236

Query 2318  GACCAGCTCTTACTGGACTTCGTAACTTAGGAAATACTTGTTATATGAACTCAATATTGCAGTGCCTATGTAAC  2391
            |||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||.|||||.
Sbjct 2237  GACCAGCTCTTACTGGACTTCGTAATTTGGGAAATACTTGTTACATGAACTCAATCTTGCAGTGCCTGTGTAAT  2310

Query 2392  GCTCCACATTTGGCTGATTATTTCAACCGAAACTGTTATCAGGATGATATTAACAGGTCAAATTTGTTGGGGCA  2465
            |||||||||.|||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct 2311  GCTCCACATCTGGCTGATTATTTCAACCGAAACTGCTACCAGGATGATATCAACAGGTCAAATTTGTTGGGGCA  2384

Query 2466  TAAAGGTGAAGTGGCAGAAGAATTTGGTATAATCATGAAAGCCCTGTGGACAGGACAGTATAGATATATCAGTC  2539
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct 2385  TAAAGGTGAAGTGGCAGAAGAATTTGGTATAATCATGAAAGCACTGTGGACAGGACAGTATAGATACATCAGTC  2458

Query 2540  CAAAGGACTTTAAAATCACCATTGGGAAGATCAATGACCAGTTTGCAGGATACAGTCAGCAAGATTCACAAGAA  2613
            ||||||||||||||.||||||||||.|||||.|||||||||||||||||.|.|||.||.||.|||||||||||.
Sbjct 2459  CAAAGGACTTTAAAGTCACCATTGGTAAGATTAATGACCAGTTTGCAGGCTCCAGCCAACAGGATTCACAAGAG  2532

Query 2614  TTGCTTCTGTTCCTAATGGATGGTCTCCATGAAGATCTAAATAAAGCTGATAATCGGAAGAGATATAAAGAAGA  2687
            .|||||||||||||.||||||||.||.|||||.|||||.|||||.|||||.|||||||||||..|.||.|||||
Sbjct 2533  CTGCTTCTGTTCCTCATGGATGGCCTGCATGAGGATCTGAATAAGGCTGACAATCGGAAGAGGCACAAGGAAGA  2606

Query 2688  AAATAATGATCATCTCGATGACTTTAAAGCTGCAGAACATGCCTGGCAGAAACACAAGCAGCTCAATGAGTCTA  2761
            .||.||.||.||.||.||||||.|..|.||.||.||.||.|||||||||||.||||||||||||||.|||||.|
Sbjct 2607  GAACAACGAGCACCTGGATGACCTGCAGGCGGCCGAGCACGCCTGGCAGAAGCACAAGCAGCTCAACGAGTCCA  2680

Query 2762  TTATTGTTGCACTTTTTCAGGGTCAATTCAAATCTACAGTACAGTGCCTCACATGTCACAAAAAGTCTAGGACA  2835
            |.||.||.||.||.||.|||||.||.|||||.||.|||||.|||||||||||.||.|.||..|.|||..|.||.
Sbjct 2681  TCATCGTGGCCCTGTTCCAGGGCCAGTTCAAGTCCACAGTGCAGTGCCTCACCTGCCGCAGGAGGTCGCGCACC  2754

Query 2836  TTTGAGGCCTTCATGTATTTGTCTCTACCACTAGCATCCACAAGTAAATGTACATTACAGGATTGCCTTAGATT  2909
            ||.||||||||||||||.||||||.|.||.|||||||||||||||||||||||..|||||||.|||||||||||
Sbjct 2755  TTCGAGGCCTTCATGTACTTGTCTTTGCCGCTAGCATCCACAAGTAAATGTACTCTACAGGACTGCCTTAGATT  2828

Query 2910  ATTTTCCAAAGAAGAAAAACTCACAGATAACAACAGATTTTACTGCAGTCATTGCAGAGCTCGACGGGATTCTC  2983
            ||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||.||||||.|||||||.||||||||||
Sbjct 2829  ATTTTCCAAAGAAGAAAAGCTTACAGATAACAACAGATTTTACTGCAGCCATTGCCGAGCTCGGCGGGATTCTC  2902

Query 2984  TAAAAAAGATAGAAATCTGGAAGTTACCACCTGTGCTTTTAGTGCATCTGAAACGTTTTTCCTACGATGGCAGG  3057
            ||||.||.||||||||||||||.|||||.||||||||.||||||||.||||||||.||||||||.||.||||||
Sbjct 2903  TAAAGAAAATAGAAATCTGGAAATTACCTCCTGTGCTGTTAGTGCACCTGAAACGATTTTCCTATGACGGCAGG  2976

Query 3058  TGGAAACAAAAATTACAGACATCTGTGGACTTCCCGTTAGAAAATCTTGACTTGTCACAGTATGTTATTGGTCC  3131
            |||||.||.||..|.||.|||||.|||||.|||||.||.||||||||||||.||||||||||.|||||||||||
Sbjct 2977  TGGAAGCAGAAGCTGCAAACATCCGTGGATTTCCCATTGGAAAATCTTGACCTGTCACAGTACGTTATTGGTCC  3050

Query 3132  AAAGAACAATTTGAAGAAATATAATTTGTTTTCTGTTTCAAATCACTACGGTGGGCTGGATGGAGGCCACTACA  3205
            |||.||||..||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||.|||||.||.|||||||||||||
Sbjct 3051  AAAAAACAGCTTGAAGAAATATAACTTGTTTTCTGTTTCAAACCACTACGGCGGGCTAGACGGAGGCCACTACA  3124

Query 3206  CAGCCTATTGTAAAAATGCAGCAAGACAACGGTGGTTTAAGTTTGATGATCATGAAGTTTCTGATATCTCCGTT  3279
            |||||||.|||||.||.||.|||||.||.||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||.
Sbjct 3125  CAGCCTACTGTAAGAACGCGGCAAGGCAGCGCTGGTTTAAGTTTGATGACCATGAAGTTTCTGATATCTCTGTG  3198

Query 3280  TCTTCTGTGAAATCTTCAGCAGCTTATATCCTCTTTTATACTTCATTGGGACCACGAGTAACTGATGTAGCCAC  3353
            ||||||||||..||.|||||||||||||||||||||||||||||..||||||||||..||||||||||||||||
Sbjct 3199  TCTTCTGTGAGGTCATCAGCAGCTTATATCCTCTTTTATACTTCCCTGGGACCACGCATAACTGATGTAGCCAC  3272

Query 3354  A  3354
            |
Sbjct 3273  A  3273