Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- TRCN0000466300
- Subject:
- XM_011246022.1
- Aligned Length:
- 2276
- Identities:
- 1729
- Gaps:
- 244
Alignment
Query 1 AT------------GCCTCTG------------TTCCTCCTGCTCTTACTTGTCCTG------CTGCTGCTGCT 44
|| |||.||| ..||.||.| .||||.| |.||.|| ||.
Sbjct 1 ATGGCGAGCCGGGCGCCGCTGAGAGCCGCGCGCAGCCCCCAG--------GGTCCCGGAGGCCCGGCCGC-GCC 65
Query 45 CG------------AGGACGCTGGAGCCCAGCAAGGTGATGGATG-TGGACACACTGTACTAGGCCCTGAGAGT 105
|| .||.||| |..||||||| |..||.|| ||..|.|.|..|.|| ||||
Sbjct 66 CGCCGCCACCGGCCGGGCCGC-GCTGCCCAGC-----GCCGGCTGCTGTCCCCTCCCTCCT-GGCC-------- 124
Query 106 GGAAC-CCTTACATCCATAAACTACCCACAGACCTATCCCAACAGCACTGTTTGTGAATGGGAGATCCGTGTAA 178
|.||| ||| ||..|||.||| |.||.|| |||
Sbjct 125 GCAACTCCT---------------CCTCCAGGCCT----CGACTGC-------------------TCC------ 154
Query 179 AGATGGGAGAGAGAGTTCGCATCAAATTTGGTGACTTTGACATTGAAGATTCTGATTCTTGTCACTTTAATTAC 252
|||||.|.||..| |.|.|
Sbjct 155 -------------------------------------------------TTCTGCTGCTCCT-------ACTGC 172
Query 253 TTGAGAATTTATAATGGA-ATTGGA-GTCAGCAGAACTGAAATAGGCAAATACTGTGGTCTGGGGTTGCAAATG 324
|..| ||| ..|||| |.||||| |||||||||||||||||||||.||.||||||
Sbjct 173 TCCA-----------GGACGCTGGAGGCCAGCA----------AGGCAAATACTGTGGTCTGGGTTTACAAATG 225
Query 325 AACCATTCAATTGAATCAAAAGGCAATGAAATCACATTGCTGTTCATGAGTGGAATCCATGTTTCTGGACGCGG 398
||.||.||||||||.||.|||||||.||||.|||||.||||||||||||||||||.|||||.|.||||.||.||
Sbjct 226 AATCAGTCAATTGAGTCCAAAGGCAGTGAAGTCACAGTGCTGTTCATGAGTGGAACCCATGCTGCTGGGCGAGG 299
Query 399 ATTTTTGGCCTCATACTCTGTTATAGATAAACAAGATCTAATTACTTGTTTGGACACTGCATCCAATTTTTTGG 472
|||||||||.||||||||.||||||||||||.|||||.||||.|||||||||||.||||.|||.||||||||||
Sbjct 300 ATTTTTGGCTTCATACTCAGTTATAGATAAAGAAGATTTAATCACTTGTTTGGATACTGTATCTAATTTTTTGG 373
Query 473 AACCTGAGTTCAGTAAGTACTGCCCAGCTGGTTGTCTGCTTCCTTTTGCTGAGATATCTGGAACAATTCCTCAT 546
||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||..|.|||||||||||.|||||||||||||||||||||
Sbjct 374 AACCAGAGTTCAGTAAGTACTGCCCAGCTGGCTGTCTTTTGCCTTTTGCTGAAATATCTGGAACAATTCCTCAT 447
Query 547 GGATATAGAGATTCCTCGCCATTGTGCATGGCTGGTGTGCATGCAGGAGTAGTGTCAAACACGTTGGGCGGCCA 620
|||||.||||||||.||.||||||||.||||||||..|.|||||||||||||||||||||..|.||||.|||||
Sbjct 448 GGATACAGAGATTCTTCACCATTGTGTATGGCTGGAATCCATGCAGGAGTAGTGTCAAACGTGCTGGGTGGCCA 521
Query 621 AATCAGTGTTGTAATTAGTAAAGGTATCCCCTATTATGAAAGTTCTTTGGCTAACAACGTCACATCTGTGGTGG 694
||||||..||||.|||||.|||||.|.|||.|||||||||||.||||||||.|||||.|||||.||...|||||
Sbjct 522 AATCAGCATTGTGATTAGCAAAGGGACCCCATATTATGAAAGCTCTTTGGCCAACAATGTCACTTCCACGGTGG 595
Query 695 GACACTTATCTACAAGTCTTTTTACATTTAAGACAAGTGGATGTTATGGAACACTGGGGATGGAGTCTGGTGTG 768
||.||||||||.|||||||.||||||||||||||||||||.||.|||||.||.|||||||||||||||||||||
Sbjct 596 GATACTTATCTGCAAGTCTGTTTACATTTAAGACAAGTGGTTGCTATGGGACTCTGGGGATGGAGTCTGGTGTG 669
Query 769 ATCGCGGATCCTCAAATAACAGCATCATCTGTGCTGGAGTGGACTGACCACACAGGGCAAGAGAACAGTTGGAA 842
||.||.|||||.||.|||||||||||.||||..|||||||||||||||||||..|||||.||||||||.||||.
Sbjct 670 ATTGCCGATCCCCAGATAACAGCATCGTCTGCACTGGAGTGGACTGACCACATGGGGCAGGAGAACAGCTGGAC 743
Query 843 ACCCAAAAAAGCCAGGCTGAAAAAACCTGGACCGCCTTGGGCTGCTTTTGCCACTGATGAATACCAGTGGTTAC 916
|.|..|.||.||||||||||.||||||.||.||.||.|||||||||||||||||||||||..|.||||||.|.|
Sbjct 744 AGCGGAGAAGGCCAGGCTGAGAAAACCCGGGCCTCCCTGGGCTGCTTTTGCCACTGATGAGCATCAGTGGCTGC 817
Query 917 AAATAGATTTGAATAAGGAAAAGAAAATAACAGGCATTATAACCACTGGATCCACCATGGTGGAGCACAATTAC 990
|.|||||..|.||.|||||.|||||.||||||||.||..||||||||||.||.||||||.|.||.||||.||||
Sbjct 818 AGATAGACCTTAACAAGGAGAAGAAGATAACAGGTATCGTAACCACTGGGTCTACCATGATAGAACACAGTTAC 891
Query 991 TATGTGTCTGCCTACAGAATCCTGTACAGTGATGATGGGCAGAAATGGACTGTGTACAGAGAGCCTGGTGTGGA 1064
||||||||||||||||||.|||||||||||||.||||||||||.||||||||||||||||||.|||||||||||
Sbjct 892 TATGTGTCTGCCTACAGAGTCCTGTACAGTGACGATGGGCAGAGATGGACTGTGTACAGAGAACCTGGTGTGGA 965
Query 1065 GCAAGATAAGATATTTCAAGGAAACAAAGATTATCACCAGGATGTGCGTAATAACTTTTTGCCACCAATTATTG 1138
.||.||.||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||.||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 966 CCAGGACAAGATATTTCAAGGAAACAAAGATTATCACAAGGATGTTCGTAATAACTTTTTGCCACCAATTATTG 1039
Query 1139 CACGTTTTATTAGAGTGAATCCTACCCAATGGCAGCAGAAAATTGCCATGAAAATGGAGCTGCTCGGATGTCAG 1212
|||||||.|||||||||||.|||..|||.|||||.||||||||||||||||||.||||.|||||||||||||||
Sbjct 1040 CACGTTTCATTAGAGTGAACCCTGTCCAGTGGCAACAGAAAATTGCCATGAAAGTGGAACTGCTCGGATGTCAG 1113
Query 1213 TTTATTCCTAAAGGTCGTCCTCCAAAACTTACTCAACCTCCACCTCCTCGGAACAGCAATGACCTCAAAAACAC 1286
||||.||..||||||||.|.||||||.|||| |||||||||||||||||.|||||.||||||.|||.||
Sbjct 1114 TTTACTCTCAAAGGTCGCCTTCCAAAGCTTA------CTCCACCTCCTCGGAACGGCAATAACCTCAGAAATAC 1181
Query 1287 TACAGCCCCTCCAAAAATAGCCAAAGGTCGTGCCCCAAAATTTACGCAACCACTACAACCTCGCAGTAGCAATG 1360
||||||.|.|||.|||.|||..||||||||||||||.||||||||.|||...||.||||||||.|||||.||||
Sbjct 1182 TACAGCTCGTCCCAAACTAGGTAAAGGTCGTGCCCCTAAATTTACTCAAGTGCTCCAACCTCGAAGTAGGAATG 1255
Query 1361 AATTTCCTGCACAGACAGAACAAACAACTGCCAGTCCTGATATCAGAAATACTACCGTAACTCCAAATGTAACC 1434
||.||||||..|||.|.|...|.||||||.|||.|||||||||.|.|||.||.||.||||||||.|.|||||||
Sbjct 1256 AACTTCCTGTGCAGCCGGCGGAGACAACTACCACTCCTGATATAAAAAACACGACTGTAACTCCCAGTGTAACC 1329
Query 1435 AAAGATGTAGCGCTGGCTGCAGTTCTTGTCCCTGTGCTGGTCATGGTCCTCACTACTCTCATTCTCATATTAGT 1508
||||||||.||.||||||||.|||||.|||||||||||||||||||.||||||.||.|||||.|||||..||||
Sbjct 1330 AAAGATGTCGCACTGGCTGCCGTTCTGGTCCCTGTGCTGGTCATGGCCCTCACCACACTCATCCTCATTCTAGT 1403
Query 1509 GTGTGCTTGGCACTGGAGAAACAGAAAGAAAAAAACTGAAGGCACCTATGACTTACCTTACTGGGACCGGGCAG 1582
||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||.|||||||.|||||..|||||||.|||||
Sbjct 1404 GTGTGCTTGGCACTGGAGAAACAGGAAGAAGAAAACTGAAGGCGCCTATGATTTACCCCACTGGGATCGGGC-- 1475
Query 1583 GTTTTTATTTAATGGTCTCTTTGGCTTGCCGTCACAATGAAGGTTGGTGGAAAGGAATGAAGCAGTTTCTTCCT 1656
|||||||||||||||||||||||||.||||.|||
Sbjct 1476 ----------------------------------------AGGTTGGTGGAAAGGAATGAAGCAGCTTCTCCCT 1509
Query 1657 GCAAAAGCAGTGGACCATGAGGAAACCCCAGTTCGCTATAGCAGCAGTGAAGTTAATCACCTGAGTCCAAGAGA 1730
||.||..|.||||||||.|||||.||.|||||.|||||.||||..||||||||.|.||||||||||.|.||.||
Sbjct 1510 GCCAAGTCGGTGGACCACGAGGAGACGCCAGTGCGCTACAGCACTAGTGAAGTCAGTCACCTGAGTGCCAGGGA 1583
Query 1731 AGTCACCACAGTGCTGCAGGCTGACTCTGCAGAGTATGCTCAGCCACTGGTAGGAGGAATTGTTGGTACACTTC 1804
|||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||.|||||.||.||.||||||||||||||.|||||.|
Sbjct 1584 AGTCACCACAGTGCTGCAGGCCGACTCTGCAGAATATGCACAGCCCCTCGTGGGAGGAATTGTTGGCACACTCC 1657
Query 1805 ATCAAAGATCTACCTTTAAACCAGAAGAAGGAAAAGAAGCAGGCTATGCAGACCTAGATCCTTACAACTCACCA 1878
||||.|||||.|||||||||||.||.|||||.||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||
Sbjct 1658 ATCAGAGATCCACCTTTAAACCTGAGGAAGGGAAGGAAGCAGGCTATGCAGACCTCGATCCTTACAACTCTCCA 1731
Query 1879 GGGCAGGAAGTTTATCATGCCTATGCTGAACCACTCCCAATTACGGGGCCTGAGTATGCAACCCCAATCATCAT 1952
..|||||||||.||.||.|||||||||||||||||.||..|.||||||||||||||.||||||||.|||.||||
Sbjct 1732 ATGCAGGAAGTGTACCACGCCTATGCTGAACCACTGCCCGTAACGGGGCCTGAGTACGCAACCCCGATCGTCAT 1805
Query 1953 GGACATGTCAGGGCACCCCACAACTTCAGTTGGTCAGCCCTCCACATCCACTTTCAAGGCTACGGGGAACCAAC 2026
||||||||||||||||||||||.|.||||||||||.|||||||||||||||.|||||..||.|.||||.|||.|
Sbjct 1806 GGACATGTCAGGGCACCCCACAGCCTCAGTTGGTCTGCCCTCCACATCCACCTTCAAAACTGCAGGGACCCAGC 1879
Query 2027 CTCCCCCACTAGTGGGAACTTACAATACACTTCTCTCCAGGACTGACAGCTGCTCCTCAGCCCAGGCCCAGTAT 2100
|||.|.|..||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||.|||||||.||||||.||||||
Sbjct 1880 CTCACGCTTTAGTGGGAACTTACAACACTCTTCTCTCCAGGACTGACAGCTGTTCCTCAGGCCAGGCTCAGTAT 1953
Query 2101 GATACCCCGAAAGCTGGGAAGCCAGGT-CTACCTGCCCCAGACGAATTGGTGTACCAGGTGCCACAGAGCACAC 2173
||.|||||.||||.|||||||.|||.| ||| |||||||.|||.||||.|||||||||||.||||||||.|
Sbjct 1954 GACACCCCAAAAGGTGGGAAGTCAGCTGCTA----CCCCAGAGGAACTGGTATACCAGGTGCCCCAGAGCACCC 2023
Query 2174 AAGAAGTATCAGGAGCAGGAAGGGATGGGGAATGTGATGTTTTTAAAGAAATCCTT 2229
|.||..|||||||||||||||||||||.|.|.|.|||||.||||||||||||||||
Sbjct 2024 AGGAGCTATCAGGAGCAGGAAGGGATGAGAAGTTTGATGCTTTTAAAGAAATCCTT 2079