Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- TRCN0000467358
- Subject:
- XM_006517342.3
- Aligned Length:
- 3697
- Identities:
- 2740
- Gaps:
- 503
Alignment
Query 1 ATGAGCAAGTTAAAAGTGATACCAGAAAAAAGCCTTACCAATAATTCTAGGATCGTAGGACTCCTGGCTCAACT 74
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 75 GGAGAAGATCAATGCTGAGCCTTCAGAATCAGACACTGCCCGATATGTTACATCAAAAATTCTTCATCTGGCTC 148
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 149 AGAGTCAAGAAAAAACAAGGAGAGAAATGACAGCCAAAGGTTCTACAGGAATGGAAATTCTGCTGTCAACATTA 222
||||||.||||||||||||||||.||||||.|||||.||||||||||.
Sbjct 1 --------------------------ATGACAACCAAAGGTTCTACAGGCATGGAAGTTCTGTTGTCAACATTG 48
Query 223 GAGAACACAAAAGATCTTCAAACTACACTTAATATCTTAAGCATTCTTGTTGAGCTGGTGTCAGCTGGTGGAGG 296
||||||||.|||||||||||.|||..||||||||||.||||||||||..||||||||||||||
Sbjct 49 GAGAACACGAAAGATCTTCAGACTGTACTTAATATCCTAAGCATTCTCATTGAGCTGGTGTCA----------- 111
Query 297 TCGAAGAGTGAGTTTCTTAGTCACCAAAGGTGGTTCACAAATATTGTTGCAGTTACTTATGAATGCCAGCAAAG 370
|||
Sbjct 112 TCG----------------------------------------------------------------------- 114
Query 371 AATCTCCCCCACATGAGGACTTAATGGTACAGATTCATTCTATTCTTGCAAAGATTGGACCAAAAGATAAAAAA 444
|||||.|||
Sbjct 115 -----------------------------------------------------------------GATAAGAAA 123
Query 445 TTTGGAGTAAAGGCTAGAATTAATGGGGCTCTGAATATAACCCTGAATTTGGTCAAGCAGAATTTGCAGAATCA 518
||||||||.||.|||.||.||||.|||||.||||.|.|.||.|||||.|||||.||||||.|.||.|||||..|
Sbjct 124 TTTGGAGTGAAAGCTCGAGTTAACGGGGCACTGACTGTGACTCTGAACTTGGTAAAGCAGCACTTTCAGAACTA 197
Query 519 TCGCTTGGTTCTACCTTGCCTTCAGCTTTTACGAGTATATTCTGCCAACTCTGTGAATTCAGTATCCTTAGGGA 592
.|||||||||||.|||||.||||||||.||.|||||.||||||.|||||||||||||.||||||||.|||||.|
Sbjct 198 CCGCTTGGTTCTTCCTTGTCTTCAGCTCTTGCGAGTCTATTCTACCAACTCTGTGAACTCAGTATCTTTAGGTA 271
Query 593 AAAATGGAGTTGTGGAACTGATGTTTAAAATCATTGGACCATTTAGTAAGAAGAATTCCAGTCTTATAAAGGTT 666
||||||||||||||||..|||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||..||||.||.||||||
Sbjct 272 AAAATGGAGTTGTGGAGTTGATGTTTAAAATCATTGGGCCATTCAGTAAGAAGAATTCGGGTCTCATGAAGGTT 345
Query 667 GCTTTAGACACTCTTGCTGCATTGCTAAAATCAAAAACAAATGCCAGGAGAGCTGTAGACAGAGGATATGTCCA 740
|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||.||.||||||||.||.||.||
Sbjct 346 GCTTTAGACACTCTTGCTGCATTGCTAAAATCAAAGACAAACGCCAGGAGAGCGGTGGACAGAGGGTACGTTCA 419
Query 741 AGTGCTTTTAACAATTTATGTAGATTGGCACCGCCATGATAACCGGCATAGAAACATGCTCATTCGGAAAGGAA 814
|||||||.||||.||.|||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||.|
Sbjct 420 AGTGCTTCTAACCATCTATGTAGATTGGCACCGGCATGATAATCGGCATAGAAACATGCTCATTCGGAAGGGGA 493
Query 815 TTTTACAGAGTTTAAAAAGTGTTACAAACATCAAGTTGGGAAGAAAAGCATTTATTGATGCCAATGGGATGAAA 888
||.|||||||.|||||||||||.||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||
Sbjct 494 TTCTACAGAGCTTAAAAAGTGTCACGAACATCAAGTTGGGCAGAAAAGCATTTATTGATGCGAATGGGATGAAA 567
Query 889 ATTCTGTATAATACTTC--------------------------------------------------------- 905
|||||||||||.|||||
Sbjct 568 ATTCTGTATAACACTTCTCAAGAGTGCTTGGCGGTCAGGACTCTTGATCCTCTTGTCAACACATCCAGTCTGAT 641
Query 906 ---------------------------------------------------------------GCAATTGCCTG 916
.||||||||..
Sbjct 642 AATGAGAAAATGCTTCCCCAAAAACCGCCTTCCGCTCCCCACCATTAAAAGTTCTTTCCACTTCCAATTGCCAA 715
Query 917 TTATTCCTGTGACTGGTCCTGTGGCTCAGCTCTACAGCTTACCTCCTGAAGTGGATGACGTAGTAGATGAAAGT 990
||||.|||||||||||.||||||||.||||||||||||||.||.|||||||||||.||.||.||.||.||.|||
Sbjct 716 TTATCCCTGTGACTGGACCTGTGGCCCAGCTCTACAGCTTGCCGCCTGAAGTGGACGATGTGGTGGACGAGAGT 789
Query 991 GATGACAACGATGATATTGATGTAGAAGCTGAAAACGAAACT-GAGAATGAAGATGACCTAGATCAAAATTTTA 1063
||.||||||||.||.||||||.||||||..|||||.| |||| |||||||||||||||||||||||.|.|||||
Sbjct 790 GACGACAACGACGACATTGATTTAGAAGTGGAAAATG-AACTCGAGAATGAAGATGACCTAGATCAGAGTTTTA 862
Query 1064 AGAATGATGATATTGAAACAGATATTAACAAACTAAAACCCCAGCAAGAACCGGGACGAACAATAGAAGATCTA 1137
||||||||||||||||||||||||||||.|||.|||.|||.|||||||.|||.|||||||||||||||||.|||
Sbjct 863 AGAATGATGATATTGAAACAGATATTAATAAATTAAGACCTCAGCAAGTACCAGGACGAACAATAGAAGAACTA 936
Query 1138 AAAATGTATGAACACCTTTTCCCTGAGCTTGTTGATGATTTTCAGGACTATGATTTAATCTCCAAAGAACCAAA 1211
||||||||.||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||..|.|||||.||.|||||.||
Sbjct 937 AAAATGTACGAGCACCTTTTCCCCGAGCTTGTTGATGATTTTCAGGACTATGAACTGATCTCTAAGGAACCCAA 1010
Query 1212 GCCTTTTGTATTTGAGGGAAAAGTACGTGGTCCTATTGTTGTTCCTACGGCAGGCGAGGAAACATCTGGGAATT 1285
.||||||||.||||||||.||.|..||.||.||.|||||.|||||.||.||.||.|||||...|.|||||||||
Sbjct 1011 ACCTTTTGTGTTTGAGGGGAAGGCTCGGGGCCCCATTGTAGTTCCCACAGCTGGAGAGGAGGTACCTGGGAATT 1084
Query 1286 CTGGCA-ATTTAAGAAA--AGTTGTAATGAAG--GAGAACATATCTTCTAAAGGAGATGAAGGTGAAAAGAAGT 1354
|.||.| ..|.|||||| |||.||||||||| ||||.||..|| ||||||||||.||
Sbjct 1085 CAGGGAGCGTAAAGAAAGGAGTGGTAATGAAGGAGAGAGCAAGTC--CTAAAGGAGAGGA-------------- 1142
Query 1355 CTACCTTTATGGATCTAGCAAAAGAAGATATTAAAGATAATGATAGAACATTACAACAGCAGCCAGGTGATCAA 1428
|||.||.|||||...|||.|...|.||.||.|||.|.|..|||||||..||||..||.
Sbjct 1143 ----------------AGCCAAGGAAGACCCTAAGGGCCACGACAGGACACTGCCGCAGCAGCTGGGTGGCCAG 1200
Query 1429 AATAGAACTATTT-----CATCAGTCCATGGTTTAAACAATGATATTGTAAAGGCCTTGGACCGAATTACATTG 1497
|..||| .| |.||||.|||..|.||.|||||||||.||||.||||||.|.||||||||.|||.||
Sbjct 1201 AGCAGA-----GTGGCCCCCTCAGCCCACAGCTTCAACAATGATCTTGTGAAGGCCCTAGACCGAATCACACTG 1269
Query 1498 CAGAATATTCCTTCTCAAACAGCCCCAGGTTTTACTGCAGAAATGAAGAAGGACTGCAGTCTTCCTCTTACTGT 1571
||||||.|||||||.|||..||||.|.||.||.|..||||.|||||.||||||||...||||.|||||.|||||
Sbjct 1270 CAGAATGTTCCTTCGCAAGTAGCCTCGGGCTTGAACGCAGGAATGAGGAAGGACTTTGGTCTCCCTCTCACTGT 1343
Query 1572 CCTTACCTGTGCTAAAGCATGTCCACACATGGCTACTTGTGGAAATGTTCTGTTTGAGGGAAGAACAGTTCAGC 1645
|||..|.||..|.|||||.|||||.|||.||||||..|||||||.|..|||.|||||.||..|.||.||.||.|
Sbjct 1344 CCTCTCATGCACGAAAGCTTGTCCTCACGTGGCTAAGTGTGGAAGTACTCTCTTTGAAGGGCGGACGGTACATC 1417
Query 1646 TAGGGAAGCTTTGCTGCACTGGAGTTGAAACTGAAGATGATGAAGATACTGAGTCAAATTCATCGGTAGAACA- 1718
|.||||||||.||.||.||||||||||||||.||||||||.|||||.||||||||..|.||||| ||||
Sbjct 1418 TTGGGAAGCTGTGTTGTACTGGAGTTGAAACGGAAGATGACGAAGACACTGAGTCCCACTCATC-----AACAG 1486
Query 1719 AGCA-------TCGGTTGAAGTACCTGATGGACCAACACTCCATGACCCAGACCTCTATATTGAGATTGTGAAA 1785
|||| ||.|||||||...||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1487 AGCAGGCCCCCTCTGTTGAAGCCTCTGATGGACCAACACTGCACGACCCAGACCTCTATATTGAGATTGTGAAA 1560
Query 1786 AATACGAAGTCTGTCCCAGAATATTCAGAGGTGGCTTATCCCGATTATTTTGGTCACATTCCGCCTCCATTCAA 1859
|||||||||||.||.||||||||.|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||.|||||
Sbjct 1561 AATACGAAGTCCGTTCCAGAATACTCAGAGGTGGCTTATCCTGATTATTTTGGTCACATTCCACCTCCCTTCAA 1634
Query 1860 AGAGCCTATTTTAGAAAGGCCTTATGGTGTACAAAGGACAAAAATTGCTCAAGATATTGAAAGGCTAATACATC 1933
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.||.|||||.|||||.|
Sbjct 1635 AGAGCCTATTTTAGAAAGGCCTTATGGTGTACAAAGGACAAAAATTGCCCAAGACATCGAGAGGCTGATACACC 1708
Query 1934 AGAGTGATATCATAGATCGTGTGGTATATGACTTGGATAACCCAAATTACACCATTCCAGAAGAGGGAGATATT 2007
|||..|||||||||||.||.|||||.||||||||.||.|||||.|..||.||||.|||||||||.|||||||.|
Sbjct 1709 AGAACGATATCATAGACCGCGTGGTGTATGACTTAGACAACCCTACCTATACCACTCCAGAAGAAGGAGATACT 1782
Query 2008 TTGAAATTTAACTCCAAATTTGAGTCTGGGAATCTGCGCAAAGTAATTCAAATTAGAAAAAATGAATATGATCT 2081
|||||.||||||||.|||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||..||.||.||.||
Sbjct 1783 TTGAAGTTTAACTCAAAATTCGAATCTGGGAATCTGCGCAAAGTAATTCAAATTAGAAAAAGCGAGTACGACCT 1856
Query 2082 TATTCTGAACTCAGACATAAACAGCAATCATTATCATCAGTGGTTTTACTTTGAAGTCAGTGGAATGCGACCAG 2155
|||.||||||||.||.||||||||.||.|||||.||.||||||||.|||||||||||||||||.|||||.||.|
Sbjct 1857 TATCCTGAACTCTGATATAAACAGTAACCATTACCACCAGTGGTTCTACTTTGAAGTCAGTGGGATGCGGCCTG 1930
Query 2156 GTGTTGCTTACAGGTTTAACATCATTAACTGTGAAAAGTCCAACAGTCAGTTTAATTATGGTATGCAACCACTC 2229
||||.||.||.|||||.||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.
Sbjct 1931 GTGTGGCATATAGGTTCAACATCATCAACTGTGAGAAGTCCAACAGTCAGTTTAATTATGGTATGCAGCCACTT 2004
Query 2230 ATGTATTCGGTTCAGGAAGCATTAAATGCCAGACCATGGTGGATTCGTATGGGGACTGACATTTGTTACTATAA 2303
||||||||.||||||||||||.||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||.||
Sbjct 2005 ATGTATTCAGTTCAGGAAGCACTAAATGCCAGACCATGGTGGATCCGTATGGGCACTGACATTTGTTACTACAA 2078
Query 2304 AAATCATTTCTCAAGAAGTTCAGTTGCTGCAGGTGGGCAAAAGGGAAAATCCTACTATACAATTACATTTACTG 2377
||||||.||||||.||||.||||||||.|||||.||.||.|||||.||.||||||||.||.||.||.||.||.|
Sbjct 2079 AAATCACTTCTCACGAAGCTCAGTTGCCGCAGGCGGACAGAAGGGCAAGTCCTACTACACCATCACCTTCACCG 2152
Query 2378 TCAATTTTCCACATAAAGATGATGTTTGCTACTTTGCTTATCACTATCCATATACGTATTCAACTTTACAGATG 2451
|.||.||.||.||.||.||.|||||.|||||.||.||.||||||||||||||.|||||.||.|||.|.||||||
Sbjct 2153 TGAACTTCCCGCACAAGGACGATGTCTGCTATTTCGCCTATCACTATCCATACACGTACTCGACTCTGCAGATG 2226
Query 2452 CATCTTCAAAAATTGGAATCAGCACACAATCCTCAGCAAATCTATTTTCGGAAAGATGTGTTATGTGAAACCCT 2525
||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||.|||||.|||||.|||||||||.|
Sbjct 2227 CATCTTCAAAAATTGGAATCGGCACACAATCCTCAACAAATCTATTTTCGAAAAGACGTGTTGTGTGAAACCTT 2300
Query 2526 GTCTGGAAACAGCTGCCCCTTGGTGACTATAACAGCAATGCCAGAGTCTAATTATTATGAACATATCTGCCATT 2599
|||||||||||.|||.||.||||||||.||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.||.|
Sbjct 2301 GTCTGGAAACATCTGTCCTTTGGTGACCATAACAGCAATGCCAGAGTCCAATTACTATGAACATATCTGTCAGT 2374
Query 2600 TCAGAAATCGCCCTTACGTTTTCTTGTCTGCTCGGGTACATCCTGGAGAAACTAATGCAAGTTGGGTTATGAAA 2673
||||||.|||||||||..|||||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||.|||||.||||||
Sbjct 2375 TCAGAACTCGCCCTTATATTTTCTTGTCTGCTCGGGTCCATCCTGGAGAAACCAATGCAAGCTGGGTAATGAAA 2448
Query 2674 GGAACGTTGGAATATCTCATGAGCAATAACCCCACTGCTCAGAGCTTACGAGAATCTTATATTTTTAAAATTGT 2747
|||||..||||.||.|||||||||||||.|||.|||||.||||||.||||.||.|||||.||||||||||||||
Sbjct 2449 GGAACACTGGAGTACCTCATGAGCAATAGCCCGACTGCCCAGAGCCTACGGGAGTCTTACATTTTTAAAATTGT 2522
Query 2748 CCCTATGTTAAATCCAGATGGTGTCATCAATGGAAATCATCGCTGTTCTTTAAGTGGAGAGGATTTGAATAGGC 2821
|||.|||.|||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.||||||||||||||||||||.||.|
Sbjct 2523 CCCCATGCTAAATCCAGATGGTGTCATCAATGGAAATCACCGCTGCTCCTTAAGTGGAGAGGATTTGAACAGAC 2596
Query 2822 AGTGGCAAAGTCCAAGTCCGGATTTACATCCTACAATTTACCATGCTAAGGGGCTGTTGCAATACTTGGCTGCA 2895
|||||||||||||||..||.||.|||||.||.||.|||||.|||||.|||||||||.||||.|||.||||.||.
Sbjct 2597 AGTGGCAAAGTCCAAACCCAGAGTTACACCCCACGATTTATCATGCCAAGGGGCTGCTGCAGTACCTGGCCGCG 2670
Query 2896 GTGAAGCGTTTACCCTTGGTTTATTGTGATTATCATGGCCATTCCCGAAAGAAGAATGTATTTATGTATGGTTG 2969
||||||||..||||..||||||||||||||||.|||||||||||.|||||.|||||||||||.|||||.||.||
Sbjct 2671 GTGAAGCGCCTACCTCTGGTTTATTGTGATTACCATGGCCATTCTCGAAAAAAGAATGTATTCATGTACGGCTG 2744
Query 2970 CAGCATCAAAGAGACAGTGTGGCATACCAATGATAATGCAACTTCATGTGATGTTGTGGAGGATACGGGATACA 3043
|||||||||||||||.||||||||.|||.||||.||..|..||||.||||||.|||||||.||.|.||||||||
Sbjct 2745 CAGCATCAAAGAGACGGTGTGGCACACCCATGACAACTCGGCTTCCTGTGATATTGTGGAAGACATGGGATACA 2818
Query 3044 GGACATTGCCTAAGATACTGAGCCATATCGCCCCAGCATTTTGCATGAGCAGCTGTAGCTTCGTAGTGGAAAAA 3117
||||.||||||||||||||||||||.||.||.||.|||||||||||||||||.||||||||.||.|||||||||
Sbjct 2819 GGACTTTGCCTAAGATACTGAGCCACATTGCTCCGGCATTTTGCATGAGCAGTTGTAGCTTTGTGGTGGAAAAA 2892
Query 3118 TCTAAAGAATCCACAGCACGTGTTGTAGTTTGGAGGGAAATAGGAGTACAAAGAAGTTATACCATGGAGAGTAC 3191
|||||||||||||||||.||.|||||.||.|||.|||||||.|||||.||.||.||.||.||||||||||||||
Sbjct 2893 TCTAAAGAATCCACAGCTCGGGTTGTCGTGTGGCGGGAAATTGGAGTTCAGAGGAGCTACACCATGGAGAGTAC 2966
Query 3192 TTTATGTGGCTGTGATCAGGGAAAATACAAGGGTTTACAGATTGGTACCCGAGAACTGGAAGAGATGGGAGCAA 3265
||||||||||||.||||||||.|.|||||||||||||||||||||.||.||||||.||||||||||||||||||
Sbjct 2967 TTTATGTGGCTGCGATCAGGGTAGATACAAGGGTTTACAGATTGGGACTCGAGAATTGGAAGAGATGGGAGCAA 3040
Query 3266 AATTTTGTGTTGGTCTTTTACGTTTGAAAAGACTGACCTCTCCATTGGAGTATAATCTGCCTTCCAGCCTGCTT 3339
||||||||||||||.|.||.|||||||||.|||||||.|||.|||||||.|||||||||||.||||.|||||||
Sbjct 3041 AATTTTGTGTTGGTTTATTGCGTTTGAAACGACTGACTTCTTCATTGGAATATAATCTGCCCTCCAACCTGCTT 3114
Query 3340 GACTTTGAAAATGATTTAATTGAATCAAGCTGCAAAGTAACTAGCCCTACCACTTATGTCTTGGATGAAGATGA 3413
||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||.||||||||.||||||||.||.||||||||||||||
Sbjct 3115 GACTTTGAAAATGACTTAATTGAATCAAGCTGTAAAGTGACTAGCCCCACCACTTACGTTTTGGATGAAGATGA 3188
Query 3414 ACCTCGATTCCTTGAAGAAGTTGATTACAGTGCAGAAAGTAATGATGAGTTAGATATTGAGTTGGCTGAAAATG 3487
||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||.||||.||.||.||.||..
Sbjct 3189 ACCTCGGTTCCTTGAAGAAGTTGATTACAGTGCAGAAAGCAATGATGAGTTAGATGTTGAATTAGCGGAGAACA 3262
Query 3488 TAGGAGATTATGAACCTTCTGCTCAAGAAGAAGTACTTTCTGACTCTGAATTATCAAGAACATACCTACCT 3558
.|||.||||||||.||||||||.||||||||||..||||||||||||||..|||||||||||.||||...|
Sbjct 3263 CAGGTGATTATGAGCCTTCTGCCCAAGAAGAAGCCCTTTCTGACTCTGAGGTATCAAGAACACACCTGATT 3333