Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000467712
• Subject: XM_006516546.3
• Aligned Length: 2226
• Identities: 1982
• Gaps: 45

Alignment

Query    1  ATGCCGCCACCCGCGGACATCGTCAAGGTGGCCATAGAATGGCCGGGCGCCTACCCCAAACTCATGGAAATTGA  74
            ||||||||.||..||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||.|||||
Sbjct    1  ATGCCGCCGCCTTCGGACATCGTGAAGGTGGCCATAGAATGGCCTGGCGCCTACCCTAAACTCATGGAGATTGA  74

Query   75  TCAGAAAAAACCACTGTCTGCAATAATAAAGGAAGTCTGTGATGGGTGGTCTCTTGCCAACCATGAATATTTTG  148
            .||||||||.|||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  CCAGAAAAAGCCACTGTCTGCCATTATAAAGGAAGTCTGTGATGGGTGGTCTCTTGCCAACCATGAATATTTTG  148

Query  149  CACTCCAGCATGCCGATAGTTCAAACTTCTATATCACAGAAAAGAACCGCAATGAGATAAAAAATGGCACTATC  222
            ||||.|||||.||.|||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||.||.||||||||||||||.|||
Sbjct  149  CACTGCAGCACGCTGATAGTTCAAACTTCTACATCACAGAAAAGAATCGCAACGAAATAAAAAATGGCACGATC  222

Query  223  CTTCGATTAACCACATCTCCAGCTCAGAACGCCCAGCAGCTCCATGAACGAATCCAGTCCTCGAGTATGGATGC  296
            |||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||.||.|||||||||||
Sbjct  223  CTTCGATTAACCACATCTCCAGCTCAGAATGCCCAGCAGCTCCATGAACGAATACAGTCATCAAGTATGGATGC  296

Query  297  CAAGCTGGAAGCCCTGAAGGACTTGGCCAGCCTCTCCCGGGATGTCACGTTTGCCCAGGAGTTTATAAACCTGG  370
            ||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||.||||||||.||||||||||
Sbjct  297  CAAGTTGGAAGCCCTGAAGGACTTGGCCAGCCTCTCCCGGGATGTTACCTTTGCTCAGGAGTTCATAAACCTGG  370

Query  371  ACGGTATCTCTCTCCTCACGCAGATGGTAGAGAGCGGCACTGAGCGATACCAGAAATTGCAGAAGATCATGAAG  444
            |.||.|||||.||.|||||.||||||||.||.||.||||||||.|||||||||||.|||||||||||.||||||
Sbjct  371  ATGGCATCTCACTTCTCACTCAGATGGTGGAAAGTGGCACTGAACGATACCAGAAGTTGCAGAAGATTATGAAG  444

Query  445  CCTTGCTTTGGAGACATGCTGTCCTTCACCCTGACGGCCTTCGTTGAGCTGATGGACCATGGCATAGTGTCCTG  518
            ||.||||||||||||||||||||||||||.||.||.|||||.||.|||.||||||||||.|||||.||.||.||
Sbjct  445  CCCTGCTTTGGAGACATGCTGTCCTTCACTCTCACAGCCTTTGTGGAGTTGATGGACCACGGCATTGTATCATG  518

Query  519  GGATACATTTTCGGTGGCGTTCATTAAGAAGATAGCAAGTTTTGTGAACAAGTCAGCCATAGACATCTCGATCC  592
            |||||||||.||.|||||.|||||||||||||||||.||.||||||||||||||.||||||||||||||.||||
Sbjct  519  GGATACATTCTCAGTGGCCTTCATTAAGAAGATAGCCAGCTTTGTGAACAAGTCTGCCATAGACATCTCAATCC  592

Query  593  TGCAGCGGTCCTTGGCCATTTTGGAGTCGATGGTGCTCAATAGCCATGACCTCTACCAGAAAGTGGCGCAGGAG  666
            |.||||||||||||||||||.|||||||.|||||.|||||.||.||||||||||||||.||.||.||.||||||
Sbjct  593  TCCAGCGGTCCTTGGCCATTCTGGAGTCAATGGTTCTCAACAGTCATGACCTCTACCAAAAGGTAGCCCAGGAG  666

Query  667  ATCACCATCGGCCAGCTCATTCCACACCTGCAAGGGTCAGATCAAGAAATCCAAACCTATACTATTGCAGTGAT  740
            ||||||||.|||||.||||||||.||.||.||.|||.||||.||||||||.|||||.||.||.|||||.||.||
Sbjct  667  ATCACCATTGGCCAACTCATTCCTCATCTTCAGGGGACAGACCAAGAAATACAAACTTACACCATTGCTGTAAT  740

Query  741  TAATGCGCTTTTCCTGAAGGCTCCTGATGAGAGGAGGCAG----------------------------------  780
            .||.||.||||||||.||.|||||||||||||||||.|||                                  
Sbjct  741  CAACGCACTTTTCCTCAAAGCTCCTGATGAGAGGAGACAGGTTGATGTAGAGAGCAATGTTGACATCCTTGATT  814

Query  781  -----------GAGATGGCGAATATTTTGGCTCAGAAGCAACTGCGTTCCATCATTTTAACACATGTCATCCGA  843
                       |||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|.|||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  GCCCTCTGACTGAGATGGCGAATATTTTGGCTCAGAAGCAGCTGCGCTACATCATTTTAACACATGTCATCCGA  888

Query  844  GCCCAGCGGGCCATCAACAATGAGATGGCGCACCAGCTGTATGTTCTACAAGTGCTCACCTTTAACCTCCTGGA  917
            ||.||||||||||||||||||||||||||.||||||.|.||||||||.||||||||.|||||||||||.|||||
Sbjct  889  GCACAGCGGGCCATCAACAATGAGATGGCACACCAGTTATATGTTCTCCAAGTGCTGACCTTTAACCTTCTGGA  962

Query  918  AGACAGGATGATGACCAAAATGGACCCCCAGGACCAGGCTCAGAGGGACATCATATTTGAACTTCGAAGAATTG  991
            |||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  AGACAGGATGATGACTAAGATGGACCCCCAGGACCAGGCCCAAAGGGACATCATATTTGAACTTCGAAGAATTG  1036

Query  992  CTTTTGATGCTGAGTCTGAACCTAACAACAGCAGTGGCAGCATGGAGAAACGCAAGTCCATGTACACGCGAGAT  1065
            ||||.|||||.|||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||
Sbjct 1037  CTTTCGATGCAGAGTCAGAACCTAATAACAGCAGTGGCAGCATGGAGAAACGCAAGTCCATGTACACTCGGGAT  1110

Query 1066  TATAAGAAGCTTGGGTTCATTAATCATGTCAACCCTGCCATGGACTTCACGCAGACTCCACCTGGGATGTTGGC  1139
            |||||.||.|||||.|||||||||||.|||||.|||||||||||||||||.|||||.||.|||||||||.||||
Sbjct 1111  TATAAAAAACTTGGCTTCATTAATCACGTCAATCCTGCCATGGACTTCACACAGACCCCTCCTGGGATGCTGGC  1184

Query 1140  TCTGGACAACATGCTGTACTTTGCCAAGCACCACCAAGATGCCTACATCCGGATTGTGCTTGAGAACAGTAGTC  1213
            ||||||||||||||||||.||.||.|||||||||||.|||||.|||||||||||.|||||.||||||||.||.|
Sbjct 1185  TCTGGACAACATGCTGTATTTCGCTAAGCACCACCAGGATGCATACATCCGGATCGTGCTAGAGAACAGCAGCC  1258

Query 1214  GAGAAGACAAGCATGAATGTCCCTTTGGCCGCAGTAGTATAGAGCTGACCAAGATGCTATGTGAGATCTTGAAA  1287
            |||||||.||.|||||.||.|||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||.|.|||
Sbjct 1259  GAGAAGATAAACATGAGTGCCCCTTCGGCCGCAGCAGTATAGAGCTGACCAAGATGCTGTGTGAGATCCTCAAA  1332

Query 1288  GTGGGCGAGTTGCCTAGTGAGACCTGCAACGACTTCCACCCGATGTTCTTCACCCACGACAGATCCTTTGAGGA  1361
            |||||||||.|||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||
Sbjct 1333  GTGGGCGAGCTGCCTAGTGAGACCTGCAACGACTTTCACCCGATGTTCTTCACCCATGACAGATCTTTTGAGGA  1406

Query 1362  GTTTTTCTGCATCTGTATCCAGCTCCTGAACAAGACATGGAAGGAAATGAGGGCAACTTCTGAAGACTTCAACA  1435
            .||.||||||||.||.||.||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||
Sbjct 1407  ATTCTTCTGCATTTGCATTCAACTCCTGAACAAAACATGGAAGGAAATGAGGGCAACATCTGAAGACTTCAACA  1480

Query 1436  AGGTAATGCAGGTGGTGAAGGAGCAGGTTATGAGAGCACTTACAACCAAGCCTAGCTCCCTGGACCAGTTCAAG  1509
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||.
Sbjct 1481  AGGTAATGCAGGTGGTGAAGGAGCAGGTTATGAGAGCGCTTACAACCAAGCCTAGTTCCCTGGACCAGTTCAAA  1554

Query 1510  AGCAAACTGCAGAACCTGAGCTACACTGAGATCCTGAAAATCCGCCAGTCCGAGAGGATGAACCAGGAAGATTT  1583
            |||||.|||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  AGCAAGCTGCAAAACCTGAGCTACACCGAGATCCTGAAAATCCGCCAGTCTGAGAGGATGAACCAGGAAGATTT  1628

Query 1584  CCAGTCCCGCCCGATTTTGGAACTAAAGGAGAAGATTCAGCCAGAAATCTTAGAGCTGATCAAACAGCAACGCC  1657
            ||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||.||||
Sbjct 1629  CCAGTCTCGCCCGATTTTGGAACTAAAGGAGAAGATCCAGCCAGAAATCTTAGAGCTGATTAAACAGCAGCGCC  1702

Query 1658  TGAACCGCCTTGTGGAAGGGACCTGCTTTAGGAAACTCAATGCCCGGCGGAGGCAAGACAAGTTTTGGTATTGT  1731
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||.|||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  TGAACCGCCTTGTGGAAGGGACCTGCTTTAGGAAACTCAATGCTCGCCGGAGACAAGACAAGTTTTGGTATTGT  1776

Query 1732  CGGCTTTCGCCAAATCACAAAGTCCTGCATTACGGAGACTTAGAAGAGAGTCCTCAGGGAGAAGTGCCCCACGA  1805
            ||||||||.|||||||||||.|||.|.|||||.||.|||||.||||||||.||.||.|||||||||||||||||
Sbjct 1777  CGGCTTTCACCAAATCACAAGGTCTTACATTATGGCGACTTGGAAGAGAGCCCCCAAGGAGAAGTGCCCCACGA  1850

Query 1806  TTCCTTGCAGGACAAACTGCCGGTGGCAGATATCAAAGCCGTGGTGACGGGAAAGGACTGCCCTCATATGAAAG  1879
            ||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  TTCCCTGCAGGACAAATTGCCGGTGGCAGATATCAAAGCAGTGGTGACGGGAAAGGACTGCCCTCATATGAAAG  1924

Query 1880  AGAAAGGTGCCCTTAAACAAAACAAGGAGGTGCTTGAACTCGCTTTCTCCATCTTGTATGACTCAAACTGCCAA  1953
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||.||||||||.||||||
Sbjct 1925  AGAAAGGTGCCCTTAAACAAAACAAGGAGGTGCTTGAACTTGCTTTCTCCATCTTATACGACTCAAATTGCCAA  1998

Query 1954  CTGAACTTCATCGCTCCTGACAAGCATGAGTACTGTATCTGGACGGATGGACTGAATGCGCTACTCGGGAAGGA  2027
            |||||||||||.||||||||.||||||||||||||.||||||||.|||||.||||||||.||.||.||||||||
Sbjct 1999  CTGAACTTCATTGCTCCTGATAAGCATGAGTACTGCATCTGGACAGATGGGCTGAATGCACTGCTTGGGAAGGA  2072

Query 2028  CATGATGAGCGACCTGACGCGGAATGACCTGGACACCCTGCTCAGCATGGAAATCAAGCTCCGCCTCCTGGACC  2101
            |||||||||.||||||||.||.||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||.|||||.|||||||
Sbjct 2073  CATGATGAGTGACCTGACACGCAATGACCTGGACACCCTGCTGAGCATGGAGATCAAGCTTCGCCTGCTGGACC  2146

Query 2102  TGGAAAACATCCAGATCCCTGACGCACCTCCGCCGATTCCCAAGGAGCCCAGCAACTATGACTTCGTCTATGAC  2175
            |||||||||||||||||||.||.|||||||||||.||.||||||||.||.||||||||||||||.|||||||||
Sbjct 2147  TGGAAAACATCCAGATCCCGGATGCACCTCCGCCTATCCCCAAGGAACCTAGCAACTATGACTTTGTCTATGAC  2220

Query 2176  TGTAAC  2181
            ||||||
Sbjct 2221  TGTAAC  2226