Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000468540
• Subject: XM_017010427.1
• Aligned Length: 2531
• Identities: 1948
• Gaps: 571

Alignment

Query    1  ATGGTGAAGCAGACTATCCAGATATTCGCGAGGGTGAAGCCCCCTGTCCGGAAGCACCAACAAGGGATTTATTC  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  CATAGATGAAGATGAAAAATTAATACCTAGCTTGGAAATCATCTTACCACGTGATTTGGCAGATGGGTTTGTGA  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  ATAATAAGCGAGAAAGCTACAAATTTAAATTTCAAAGAATTTTTGATCAGGATGCAAACCAAGAGACCGTTTTT  222
                                                               |||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ---------------------------------------------------ATGCAAACCAAGAGACCGTTTTT  23

Query  223  GAAAACATTGCCAAACCAGTTGCTGGGAGTGTCCTGGCAGGTTACAATGGTACCATCTTTGCATATGGGCAAAC  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   24  GAAAACATTGCCAAACCAGTTGCTGGGAGTGTCCTGGCAGGTTACAATGGTACCATCTTTGCATATGGGCAAAC  97

Query  297  AGGCAGCGGGAAGACATTCACTATCACAGGGGGTGCAGAGCGTTACAGTGACAGAGGCATTATCCCAAGGACAC  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   98  AGGCAGCGGGAAGACATTCACTATCACAGGGGGTGCAGAGCGTTACAGTGACAGAGGCATTATCCCAAGGACAC  171

Query  371  TGTCATACATTTTTGAACAGTTACAAAAGGACAGCAGCAAAATATATACAACACACATTTCCTATTTGGAAATC  444
            |||||||||||||||||||||||||||||                                             
Sbjct  172  TGTCATACATTTTTGAACAGTTACAAAAG---------------------------------------------  200

Query  445  TACAATGAATGTGGTTATGATCTTTTGGATCCAAGACATGAAGCCTCCAGTTTGGAAGATTTGCCGAAAGTGAC  518
                                                                             |||||||||
Sbjct  201  -----------------------------------------------------------------GAAAGTGAC  209

Query  519  AATACTGGAGGATCCTGATCAGAACATTCACCTGAAAAACTTGACTCTCCATCAGGCAACCACAGAGGAAGAAG  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  210  AATACTGGAGGATCCTGATCAGAACATTCACCTGAAAAACTTGACTCTCCATCAGGCAACCACAGAGGAAGAAG  283

Query  593  CTCTGAATTTGCTTTTTTTAGGAGACACCAACCGAATGATTGCAGAGACTCCTATGAACCAAGCTTCAACCCGT  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  284  CTCTGAATTTGCTTTTTTTAGGAGACACCAACCGAATGATTGCAGAGACTCCTATGAACCAAGCTTCAACCCGT  357

Query  667  TCCCACTGCATTTTCACCATTCATTTGTCAAGCAAGGAACCAGGATCTGCAACTGTACGACATGCCAAACTCCA  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  358  TCCCACTGCATTTTCACCATTCATTTGTCAAGCAAGGAACCAGGATCTGCAACTGTACGACATGCCAAACTCCA  431

Query  741  TCTGGTTGACCTGGCTGGTTCAGAGCGAGTTGCAAAGACTGGAGTAGGGGGCCATCTTCTAACAGAGGCCAAGT  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  432  TCTGGTTGACCTGGCTGGTTCAGAGCGAGTTGCAAAGACTGGAGTAGGGGGCCATCTTCTAACAGAGGCCAAGT  505

Query  815  ATATCAACTTGTCACTACATTACTTAGAACAGGTTATCATTGCCCTTTCAGAAAAGCACCGTTCGCACATTCCT  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  506  ATATCAACTTGTCACTACATTACTTAGAACAGGTTATCATTGCCCTTTCAGAAAAGCACCGTTCGCACATTCCT  579

Query  889  TATAGAAACTCCATGATGACCAGTGTCCTAAGAGACAGTTTGGGAGGGAACTGCATGACAACTATGATTGCAAC  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  580  TATAGAAACTCCATGATGACCAGTGTCCTAAGAGACAGTTTGGGAGGGAACTGCATGACAACTATGATTGCAAC  653

Query  963  ACTCTCCTTGGAGAAAAGGAATCTTGATGAGTCTATATCAACCTGCAGATTTGCACAGCGAGTGGCACTCATAA  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  654  ACTCTCCTTGGAGAAAAGGAATCTTGATGAGTCTATATCAACCTGCAGATTTGCACAGCGAGTGGCACTCATAA  727

Query 1037  AGAATGAAGCTGTTCTTAATGAAGAAATTAACCCCAGATTAGTGATTAAACGCCTACAAAAGGAAATCCAGGAA  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  728  AGAATGAAGCTGTTCTTAATGAAGAAATTAACCCCAGATTAGTGATTAAACGCCTACAAAAGGAAATCCAGGAA  801

Query 1111  CTGAAGGATGAACTGGCCATGGTCACTGGGGAGCAGAGGACAGAGGCACTCACAGAAGCAGAGCTCCTTCAGCT  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  802  CTGAAGGATGAACTGGCCATGGTCACTGGGGAGCAGAGGACAGAGGCACTCACAGAAGCAGAGCTCCTTCAGCT  875

Query 1185  GGAAAAACTAATAACATCCTTTTTGGAAGACCAGGATTCAGACAGTAGATTAGAGGTTGGCGCGGATATGCGTA  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  876  GGAAAAACTAATAACATCCTTTTTGGAAGACCAGGATTCAGACAGTAGATTAGAGGTTGGCGCGGATATGCGTA  949

Query 1259  AAGTTCATCACTGTTTTCATCATTTAAAGAAACTATTGAATGACAAGAAGATCCTTGAAAACAATACAGTCTCC  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  950  AAGTTCATCACTGTTTTCATCATTTAAAGAAACTATTGAATGACAAGAAGATCCTTGAAAACAATACAGTCTCC  1023

Query 1333  TCTGAAAGCAAAGACCAAGATTGTCAAGAACCATTAAAAGAAGAAGAATATAGAAAGCTACGAGATATTCTGAA  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1024  TCTGAAAGCAAAGACCAAGATTGTCAAGAACCATTAAAAGAAGAAGAATATAGAAAGCTACGAGATATTCTGAA  1097

Query 1407  ACAGAGAGATAACGAAATCAGTATCCT-TTC----TG-------AAGTGATGAAGAAA----------------  1452
            ||||||||||||||||||||.|||||| .||    ||       |||..|.|||||||                
Sbjct 1098  ACAGAGAGATAACGAAATCAATATCCTGGTCAACATGTTAAAAAAAGAAAAGAAGAAAGCTCAGGAGGCTCTCC  1171

Query 1453  -------------------------------------------------CTTCC--------------------  1457
                                                             |||||                    
Sbjct 1172  ACTTGGCTGGCATGGATAGACGTGAATTCAGACAGTCCCAGAGCCCACCCTTCCGCCTAGGAAACCCAGAAGAA  1245

Query 1458  --------------TCTATCCT-----------------------------------------------GGTTT  1470
                          .|||||||                                               .||||
Sbjct 1246  GGTCAAAGAATGCGACTATCCTCAGCTCCCTCACAGGCCCAGGACTTCAGCATTTTGGGGAAAAGATCCAGTTT  1319

Query 1471  G----------AAAGGGGAATGAGAGAGGAAATGTCATTAGGATGCCAGGAGGCTTTTGAAATCTTCAAGAGGG  1534
            |          |||..||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320  GCTCCACAAGAAAATAGGAATGAGAGAGGAAATGTCATTAGGATGCCAGGAGGCTTTTGAAATCTTCAAGAGGG  1393

Query 1535  ACCACGCTGACAGCGTTACCATCGATGACAACAAACAGATTCTGAAACAGAGATTTTCTGAAGCCAAGGCCCTG  1608
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1394  ACCACGCTGACAGCGTTACCATCGATGACAACAAACAGATTCTGAAACAGAGATTTTCTGAAGCCAAGGCCCTG  1467

Query 1609  GGAGAAAGTATAAATGAAGCAAGAAGTAAAATTGGTCACCTGAAGGAAGAAATCACCCAGCGGCATATACAGCA  1682
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1468  GGAGAAAGTATAAATGAAGCAAGAAGTAAAATTGGTCACCTGAAGGAAGAAATCACCCAGCGGCATATACAGCA  1541

Query 1683  AGTAGCCCTAGGAATCTCGGAAAACATGGCCGTGCCTCTGATGCCAGACCAGCAGGAGGAGAAGCTGCGATCAC  1756
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1542  AGTAGCCCTAGGAATCTCGGAAAACATGGCCGTGCCTCTGATGCCAGACCAGCAGGAGGAGAAGCTGCGATCAC  1615

Query 1757  AACTGGAGGAAGAAAAGAGAAGGTATAAAACAATGTTCACTCGCCTGAAAGCCCTGAAGGTGGAGATCGAGCAC  1830
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1616  AACTGGAGGAAGAAAAGAGAAGGTATAAAACAATGTTCACTCGCCTGAAAGCCCTGAAGGTGGAGATCGAGCAC  1689

Query 1831  TTGCAGCTGCTCATGGACAAAGCCAAGGTGAAGCTACAGAAAGAGTTTGAAGTCTGGTGGGCAGAGGAGGCCAC  1904
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1690  TTGCAGCTGCTCATGGACAAAGCCAAGGTGAAGCTACAGAAAGAGTTTGAAGTCTGGTGGGCAGAGGAGGCCAC  1763

Query 1905  CAACCTGCAGGTAAATTCTCCAGCAGTGAATTCACTCGATCACACGAAGCCATTTCTCCAGACATCTGACTCCC  1978
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1764  CAACCTGCAGGTAAATTCTCCAGCAGTGAATTCACTCGATCACACGAAGCCATTTCTCCAGACATCTGACTCCC  1837

Query 1979  AGCATGAACGGTCCCAACTCCTCTCTAACAAAAGTTCTGGAGGCTGGGAAGTCCAAGATCAAGGCACTGGCAGA  2052
            ||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1838  AGCATGAATGGTCCCAACTCCTCTCTAACAAAAGTTCTGGAGGCTGGGAAGTCCAAGATCAAGGCACTGGCAGA  1911

Query 2053  TTCGATGTCTGTGATGTGAATGCCAGGAAAATCCTGCCCTCGCCTTGCCCCAGTCCACACAGCCAGAAACAGAG  2126
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1912  TTCGATGTCTGTGATGTGAATGCCAGGAAAATCCTGCCCTCGCCTTGCCCCAGTCCACACAGCCAGAAACAGAG  1985

Query 2127  CAGCACCAGCACCCCACTGGAAGACAGCATCCCCAAGAGGCCAGTGTCGTCCATCCCTCTCACCGGAGACAGCC  2200
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1986  CAGCACCAGCACCCCACTGGAAGACAGCATCCCCAAGAGGCCAGTGTCGTCCATCCCTCTCACCGGAGACAGCC  2059

Query 2201  AGACGGACTCGGACATCATCGCCTTCATCAAGGCCAGACAGAGCATTCTGCAGAAGCAATGT-TTGGGAAGCAA  2273
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.| ||   .|||  
Sbjct 2060  AGACGGACTCGGACATCATCGCCTTCATCAAGGCCAGACAGAGCATTCTGCAGAAGCAATATCTT---CAGC--  2128

Query 2274  T-------------------------------------------------------------------------  2274
            |                                                                         
Sbjct 2129  TCCTTTGTTCTCTGTTCCCAAAGTCAGCTGTCTCCTCTGCTCAGGCTTCTACAAACAGGAAGGGGCTGAGTGAT  2202

Query 2275  ---------------  2274
                           
Sbjct 2203  GTTTTGGTAACTCGT  2217