Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000469635
• Subject: XM_006505538.3
• Aligned Length: 1860
• Identities: 1524
• Gaps: 150

Alignment

Query    1  ---------------------------------ATGGATAGCAGGGTCTCAGGAGCAACCAGTAATGGAGAGAC  41
                                             |||||.|.|||||.|||.|||.|||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGAGGCCGAGAAGATCAGGTCAGTCAGGTGGGATGGAGAACAGGGCCTCGGGAACAACCAGTAATGGAGAGAC  74

Query   42  AAAACCAGTGTATCCAGTCATGGA-AAAGAAGGAGGAAGATGGCACCCTGGAGCGGGGGCACTGGAACAACAAG  114
            |||.|||||||.|||||.|||||| |||| .||||||||||||.||||||||.||||.||||||||||||||||
Sbjct   75  AAAGCCAGTGTGTCCAGCCATGGAGAAAG-TGGAGGAAGATGGTACCCTGGAACGGGAGCACTGGAACAACAAG  147

Query  115  ATGGAGTTTGTGCTGTCAGTGGCTGGGGAGATCATTGGCTTAGGCAACGTCTGGAGGTTTCCCTATCTCTGCTA  188
            |||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  148  ATGGAGTTTGTGCTGTCTGTGGCTGGGGAGATCATTGGCTTAGGCAACGTCTGGAGGTTTCCCTATCTCTGCTA  221

Query  189  CAAAAATGGGGGAGGTGCCTTCTTCATCCCCTACCTCGTCTTCCTCTTTACCTGTGGCATTCCTGTCTTCCTTC  262
            |||.||.|||||||||||||||||.||||||||||||.|||||||.||||||||||||||.|||||||| ||||
Sbjct  222  CAAGAACGGGGGAGGTGCCTTCTTTATCCCCTACCTCATCTTCCTTTTTACCTGTGGCATCCCTGTCTT-CTTC  294

Query  263  -TGGAGACAGCACTAGGCCAGTACACTAGCCAGGGAGGCGTCACAGCCTGGAGGAAGATCTGCCCCATCTTTGA  335
             ||||||||||.||.|||||||||||.|.||||||||||.|||||||||||||||..|||||.|||||||||||
Sbjct  295  TTGGAGACAGCGCTTGGCCAGTACACCAACCAGGGAGGCATCACAGCCTGGAGGAGAATCTGTCCCATCTTTGA  368

Query  336  GGGCATTGGCTATGCCTCCCAGATGATCGTCATCCTCCTCAACGTCTACTACATCATTGTGTTGGCCTGGGCCC  409
            .|||||.|||||||||||.|||||||||||||.|||||||||.||||||||||||.||||..||||||||||||
Sbjct  369  AGGCATCGGCTATGCCTCACAGATGATCGTCAGCCTCCTCAATGTCTACTACATCGTTGTCCTGGCCTGGGCCC  442

Query  410  TGTTCTACCTCTTCAGCAGCTTCACCATCGACCTGCCCTGGGGCGGCTGCTACCATGAGTGGAACACAGAACAC  483
            |.|||||||||||||||||||||||||..|||||.||||||||..|.|||..||||||||||||.||||||.||
Sbjct  443  TCTTCTACCTCTTCAGCAGCTTCACCACTGACCTCCCCTGGGGAAGTTGCAGCCATGAGTGGAATACAGAAAAC  516

Query  484  TGTATGGAGTTCCAGAAGACCAACGGCTCCCTGAATGGTACCTCTGAGAATGCCACCTCTCCTGTCATCGAGTT  557
            |||.||||.|||||||||.||||.|..|||.||||||..|||||.||||||||||||||.||||||||||||||
Sbjct  517  TGTGTGGAATTCCAGAAGGCCAATGATTCCATGAATGTGACCTCCGAGAATGCCACCTCCCCTGTCATCGAGTT  590

Query  558  CTGGGAGCGGCGGGTCTTGAAGATCTCTGATGGGATCCAGCACCTGGGGGCCCTGCGCTGGGAGCTGGCTCTGT  631
            |||||||.||||.|||.|||||.||||.|||||.|||||||||||||||.|||||||||||||.||||..||||
Sbjct  591  CTGGGAGAGGCGAGTCCTGAAGCTCTCGGATGGCATCCAGCACCTGGGGTCCCTGCGCTGGGAACTGGTCCTGT  664

Query  632  GCCTCCTGCTGGCCTGGGTCATCTGCTACTTCTGCATCTGGAAGGGGGTGAAGTCCACAGGCAAGGTGGTGTAC  705
            ||||||||||.||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||.|||
Sbjct  665  GCCTCCTGCTCGCCTGGATCATCTGCTACTTCTGCATCTGGAAGGGGGTCAAGTCCACGGGCAAGGTGGTCTAC  738

Query  706  TTCACGGCCACATTTCCTTACCTCATGCTGGTGGTCCTGTTAATTCGAGGGGTGACGTTGCCTGGGGCAGCCCA  779
            |||||.|||||.||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||..||||.||.||||||||
Sbjct  739  TTCACAGCCACTTTCCCTTACCTCATGCTGGTGGTCCTGTTGATTCGAGGAGTGACACTGCCCGGAGCAGCCCA  812

Query  780  AGGAATTCAGTTTTACCTGTACCCAAACCTCACGCGTCTGTGGGATCCCCAGGTGTGGATGGATGCAGGCACCC  853
            ||||||||||||||||||||||||.|||.||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  813  AGGAATTCAGTTTTACCTGTACCCCAACATCACACGTCTGTGGGATCCCCAGGTGTGGATGGATGCAGGCACCC  886

Query  854  AGATATTCTTCTCCTTCGCCATCTGTCTTGGGTGCCTGACAGCCCTGGGCAGCTACAACAAGTACCACAACAAC  927
            ||||.|||||||||||.|||||||||||.||||||||.||.||||||||.|||||||||||||||||||||||.
Sbjct  887  AGATCTTCTTCTCCTTTGCCATCTGTCTGGGGTGCCTCACGGCCCTGGGAAGCTACAACAAGTACCACAACAAT  960

Query  928  TGCTACAGGGACTGCATCGCCCTCTGCTTCCTCAACAGCGGCACCAGCTTTGTGGCCGGCTTTGCCATCTTCTC  1001
            |||||||||||||||||||||||.|||.|||||||||||.||||||||||..|||||||.|||||.||||||||
Sbjct  961  TGCTACAGGGACTGCATCGCCCTTTGCATCCTCAACAGCAGCACCAGCTTCATGGCCGGGTTTGCTATCTTCTC  1034

Query 1002  CATCCTGGGCTTAGGGTCTCAGGAGCAGGGGGTGCCCATTTCTGAGGTGGCCGAGTCAGGCCCTGGCCTGGCTT  1075
            ||||||||||||...|||||||||||||||.||||||||.||||||||.||.||.|||||||||||||||||.|
Sbjct 1035  CATCCTGGGCTTCATGTCTCAGGAGCAGGGTGTGCCCATATCTGAGGTTGCTGAATCAGGCCCTGGCCTGGCAT  1108

Query 1076  TCATCGCTTACCCGCGGGCTGTGGTGATGCTGCCCTTCTCTCCTCTCTGGGCCTGCTGTTTCTTCTTCATGGTC  1149
            |||||||.|||||.||.||||||||||||.|.||||||||.||..|.|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1109  TCATCGCCTACCCTCGAGCTGTGGTGATGTTACCCTTCTCACCGTTGTGGGCCTGCTGTTTCTTCTTCATGGTC  1182

Query 1150  GTTCTCCTGGGACTGGATAGCCAGTTTGTGTGTGTAGAAAGCCTGGTGACAGCGCTGGTGGACATGTACCCTCA  1223
            ||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||..|.|||||||||||.||.|.
Sbjct 1183  GTTCTCCTGGGACTAGATAGCCAGTTTGTGTGTGTAGAAAGCCTTGTGACAGCATTAGTGGACATGTATCCCCG  1256

Query 1224  CGTGTTCCGCAAGAAGAACCGGAGGGAAGTCCTCATCCTTGGAGTATCTGTCGTCTCCTTCCTTGTGGGGCTGA  1297
            .||||||||.||||||||.||||||||.||||||||||||...||.||.|||.||||.|||.|..|.|||||.|
Sbjct 1257  GGTGTTCCGTAAGAAGAATCGGAGGGAGGTCCTCATCCTTATTGTGTCCGTCATCTCGTTCTTCATCGGGCTCA  1330

Query 1298  TCATGCTCACAGAGGGCGGAATGTACGTGTTCCAGCTCTTTGACTACTATGCGGCCAGTGGCATGTGCCTCCTG  1371
            |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||.||.
Sbjct 1331  TCATGCTCACAGAGGGCGGCATGTACGTGTTCCAGCTCTTTGACTACTATGCAGCCAGTGGCATGTGTCTTCTC  1404

Query 1372  TTCGTGGCCATCTTCGAGTCCCTCTGTGTGGCTTGGGTTTACGGAGCCAAGCGCTTCTACGACAACATCGAAGA  1445
            ||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||...|||||||||||||||||.||.||
Sbjct 1405  TTCGTGGCCATCTTTGAGTCCCTCTGTGTGGCTTGGGTTTATGGAGCCGGCCGCTTCTACGACAACATTGAGGA  1478

Query 1446  CATGATTGGGTACAGGCCATGGCCTCTTATCAAATACTGTTGGCTCTTCCTCACACCAGCTGTGTGC------A  1513
            .|||||||||||.|.|||||||||||||||||||||.|||||||||||..||||.||||||||||||      |
Sbjct 1479  TATGATTGGGTATAAGCCATGGCCTCTTATCAAATATTGTTGGCTCTTTTTCACGCCAGCTGTGTGCCTGGTAA  1552

Query 1514  CA-------------GCCACCTTTCTCTTCTCCCTGATAAAGTACACTCCGCTGACCTACAACAAGAAGTACAC  1574
            ||             ||.|||||.||.|||||||||||.||.|||||.||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct 1553  CAGAACTCTCAAGGGGCGACCTTCCTGTTCTCCCTGATCAAATACACGCCACTGACCTACAACAAGAAGTACAC  1626

Query 1575  GTACCCGTGGTGGGGCGATGCCCTGGGCTGGCTCCTGGCTCTGTCCTCCATGGTCTGCATTCCTGCCTGGAGCC  1648
            ||||||.||||||||.||||||||.||.||||||||.|||||||||||||||.||||||||||||||||||||.
Sbjct 1627  GTACCCATGGTGGGGGGATGCCCTAGGGTGGCTCCTAGCTCTGTCCTCCATGATCTGCATTCCTGCCTGGAGCA  1700

Query 1649  TCTACAGACTCGGAACCCTCAAGGGCCCCTTCAGAGAGAGAATCCGTCAGCTCATGTGCCCAGCCGAGGACTTG  1722
            ||||||..||..|.||.|||||||||||..|||||||||||.|.||.||||||.|||||||.||          
Sbjct 1701  TCTACAAGCTGAGGACTCTCAAGGGCCCACTCAGAGAGAGACTTCGCCAGCTCGTGTGCCCGGC----------  1764

Query 1723  CCCCAGCGGAACCCAGCAGGACCCTCGGCTCCCGCCACCCCCAGGACCTCACTGCTCAGACTCACAGAGCTAGA  1796
                                                                                      
Sbjct 1765  --------------------------------------------------------------------------  1764

Query 1797  GTCTCACTGC  1806
                      
Sbjct 1765  ----------  1764