Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000470451
• Subject: XM_006518683.2
• Aligned Length: 2666
• Identities: 1941
• Gaps: 553

Alignment

Query    1  ATGCCCATCTTACTGTTCCTGATAGACACGTCTGCCTCTATGAACCAGCGCAGCCATCTGGGCACCACCTACCT  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  GGACACGGCCAAAGGCGCGGTAGAGACCTTCATGAAGCTCCGTGCCCGGGACCCTGCCAGCAGAGGAGACAGGT  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  ATATGCTGGTCACTTTCGAAGAGCCGCCCTATGCTATCAAGGCTGGATGGAAAGAAAACCATGCAACGTTTATG  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  AATGAATTGAAAAACCTTCAGGCTGAAGGACTTACGACTCTTGGCCAATCCCTAAGGACAGCTTTTGATTTATT  296
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  297  AAATTTAAATAGATTAGTAACTGGCATAGACAACTATGGGCAGGGAAGAAACCCTTTTTTCTTGGAGCCAGCAA  370
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  371  TAATTATCACAATTACTGATGGGAGCAAGTTGACTACCACCAGTGGAGTCCAGGATGAGCTTCATTTACCTCTT  444
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  445  AATTCTCCTTTGCCTGGAAGTGAATTGACCAAGGAACCTTTTCGTTGGGATCAGAGACTCTTTGCATTAGTGTT  518
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  519  GCGGTTGCCTGGCACCATGTCAGTAGAATCAGAACAGTTGACAGGTGTGCCTTTAGATGACTCTGCAATCACAC  592
                            |||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||.|||||||
Sbjct    1  ----------------ATGTCGGTGGAATCAGAACAGTTGACAGGTGTGCCTTTGGATGATTCTGCTATCACAC  58

Query  593  CAATGTGTGAAGTGACAGGCGGCCGTTCATATTCTGTGTGTTCTCCAAGAATGCTTAATCAGTGTCTGGAGTCC  666
            |||||||||||||||||||.|||||.|||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
Sbjct   59  CAATGTGTGAAGTGACAGGAGGCCGGTCATACTCTGTATGTTCTCCAAGAATGCTTAATCAGTGTCTGGAATCC  132

Query  667  TTGGTGCAGAAAGTACAAAGTGGGGTGGTAATAAACTTTGAAAAAGCAGGACCAGATCCTTCCC---CTGTAGA  737
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||.|||   |||.||.
Sbjct  133  TTGGTGCAGAAAGTACAAAGTGGGGTGGTAATAAACTTTGAAAAGGCAGGACCAGATCCTCCCCCTGCTGAAGC  206

Query  738  AGATGGGCAGCCAGATATATCAAGGCCTTTTGGATCTCAGCCTTGGCATAGCTGTCACAAACTCATATATGTCA  811
            |||.||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||
Sbjct  207  AGAGGGGCAGCCAGATATATCAAGACCTTTTGGATCTCAGCCTTGGCATAGCTGTCACAAGCTCATATATGTCA  280

Query  812  GACCAAATCCTAAAACTGGGGTTCCTATAGGTCATTGGCCTGTTCCAGAGTCTTTTTGGCCAGATCAAAATTCG  885
            |||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.
Sbjct  281  GACCAAATCCTAAAACTGGGGTTCCTATAGGCCATTGGCCTGTTCCAGAGTCTTTTTGGCCAGATCAGAATTCT  354

Query  886  CCAACACTACCACCTCGTACATCTCATCCTGTAGTGAAGTTTTCCTGTACAGACTGTGAACCAATGGTTATTGA  959
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||
Sbjct  355  CCAACACTACCACCTCGTACATCTCATCCTGTAGTGAAGTTTTCCTGTACAGACTGTGAGCCAATGGTTATTGA  428

Query  960  TAAACTTCCTTTTGACAAATATGAGTTGGAACCTTCACCACTGACTCAATTTATCCTGGAAAGGAAATCTCCTC  1033
            .|||.|.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.||||||||||||||||
Sbjct  429  CAAATTGCCTTTTGACAAATATGAGTTGGAACCTTCACCACTGACTCAGTTTATTCTAGAAAGGAAATCTCCTC  502

Query 1034  AAACATGTTGGCAGGTGTACGTGAGCAATAGTGCAAAATACAGTGAACTTGGTCATCCTTTTGGTTACTTGAAA  1107
            ||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||.||.|.|||||||||.|||||.|||||||||||||||
Sbjct  503  AAACGTGTTGGCAGGTGTATGTGAGCAATAGTGCAAAGTATAATGAACTTGGCCATCCCTTTGGTTACTTGAAA  576

Query 1108  GCCAGTACAGCACTGAACTGTGTCAACTTATTTGTGATGCCTTACAATTATCCAGTCCTTCTTCCCCTCTTAGA  1181
            ||.|||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||.||.|||||
Sbjct  577  GCTAGTACAGCACTGACCTGTGTCAACTTATTTGTGATGCCTTACAATTACCCAGTCCTCCTTCCTCTATTAGA  650

Query 1182  TGACTTGTTTAAAGTGCATAAAGCAAAACCAACATTGAAGTGGAGACAGTCATTTGAAAGTTATTTGAAGACAA  1255
            |||||||||.||||||||.||||||||||||||..||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  651  TGACTTGTTCAAAGTGCACAAAGCAAAACCAACTCTGAAATGGAGACAGTCATTTGAAAGTTATTTGAAGACAA  724

Query 1256  TGCCTCCCTACTATCTTGGGCCCTTGAAGAAAGCTGTTAGGATGATGGGAGCACCTAACCTAATAGCAGACAGT  1329
            |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||.||||||||.||||||||.||.||||||||||||
Sbjct  725  TGCCTCCCTACTATCTTGGGCCCCTGAAGAAAGCTGTTAGAATGATGGGTGCACCTAATCTGATAGCAGACAGT  798

Query 1330  ATGGAATATGGACTTAGTTACAGTGTCATTTCATACCTCAAAAAACTGAGTCAACAGGCCAAAATAGAATCTGA  1403
            |||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||.||||||||
Sbjct  799  ATGGAGTATGGACTCAGTTACAGTGTCATTTCATACCTCAAAAAATTGAGTCAACAGGCCAAAATTGAATCTGA  872

Query 1404  TCGAGTCATTGGATCTGTAGGCAAAAAAGTAGTACAGGAGACTGGAATAAAAGTCCGGAGCCGATCACATGGTT  1477
            |.|||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||.|||||.||||||||.|
Sbjct  873  TAGAGTCATCGGATCCGTAGGCAAAAAAGTAGTACAGGAAACTGGAATTAAAGTCCGAAGCCGGTCACATGGGT  946

Query 1478  TATCAATGGCATATAGGAAAGATTTTCAACAACTCCTCCAGGGAATTTCAGAGGATGTCCCTCACAGACTGCTA  1551
            |.||||||||..|||||||||.||||   |||.|.||.|||||.|||||.|||||||||||.|||||..|||||
Sbjct  947  TGTCAATGGCGCATAGGAAAGGTTTT---CAAGTGCTGCAGGGTATTTCGGAGGATGTCCCCCACAGGTTGCTA  1017

Query 1552  GACCTTAATATGAAGGAATACACTGGGTTCCAAGTTGCTTTGCTGAATAAGGATTTGAAGCCACAGACATTTAG  1625
            |||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||.||.|||||||||||||||||.|||||.|||||
Sbjct 1018  GACCTTAATATGAAGGAGTACACTGGGTTCCAGGTTGCTTTACTAAATAAGGATTTGAAGCCTCAGACCTTTAG  1091

Query 1626  AAATGCTTATGACATACCAAGACGAAATCTTTTGGATCACTTAACAAGAATGAGATCTAATCTTTTGAAGAGCA  1699
            |||.||||||||.|||||||||||.||.|||.|||||||.|||||||||||||||||.||.|||||.|||||||
Sbjct 1092  AAACGCTTATGATATACCAAGACGGAACCTTCTGGATCATTTAACAAGAATGAGATCGAACCTTTTAAAGAGCA  1165

Query 1700  CTCGCAGATTTCTGAAAGGACAGGACGAAGATCAAGTGCACAGTGTTCCTATAGCACAAATGGGGAACTACCAG  1773
            |.||||.||||||.|||||.|||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||
Sbjct 1166  CCCGCAAATTTCTTAAAGGCCAGGATGAAGATCAAGTGCACAGTGTACCTATAGCACAAATGGGGAATTACCAG  1239

Query 1774  GAATACCTCAAGCAAGTACCTTCTCCACTAAGAGAACTTGATCCTGATCAGCCACGAAGGTTGCATACATTTGG  1847
            |||||||||||||||||||||||||||.|.|||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||
Sbjct 1240  GAATACCTCAAGCAAGTACCTTCTCCATTGAGAGAACTTGATCCTGATCAGCCTCGAAGGTTGCATACATTTGG  1313

Query 1848  CAACCCCTTTAAGCTGGATAAGAAGGGTATGATGATAGATGAAGCAGATGAATTTGTGGCTGGACCTCAAAATA  1921
            |||.||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
Sbjct 1314  CAATCCCTTTAAACTGGATAAAAAGGGTATGATGATAGATGAAGCAGATGAATTTGTGGCTGGACCTCAGAATA  1387

Query 1922  AACATAAACGACCCGGAGAACCAAATATGCAAGGGATCCCTAAAAGACGTCGGTGTATGTCTCCACTACTAAGA  1995
            ||||.||.||.||.|||||.||||..||||||||||||||.||||||||.||||||...||||||||..|.|||
Sbjct 1388  AACACAAGCGGCCTGGAGAGCCAAGCATGCAAGGGATCCCAAAAAGACGCCGGTGTGCCTCTCCACTCTTGAGA  1461

Query 1996  GGCAGACAGCAGAATCCTGTTGTAAACAATCATATTGGGGGAAAAGGACCACCTGCACCTACAACTCAAGCACA  2069
            |||.||..|||||..||||.|||.||||.|||.||.||.||.|||||||||||||||||.|..||.||||||||
Sbjct 1462  GGCCGAAGGCAGAGCCCTGCTGTGAACAGTCACATCGGAGGGAAAGGACCACCTGCACCCATGACGCAAGCACA  1535

Query 2070  GCCAGATCTTATTAAACCTCTTCCTCTTCATAAAATTTCAGAAACCACTAATGATTCGATAATACATGATGTGG  2143
            |||||.||||||||||||.||||||||.|||||      ||||.|||||||||||||.|||.||.|||||||||
Sbjct 1536  GCCAGGTCTTATTAAACCCCTTCCTCTGCATAA------AGAAGCCACTAATGATTCAATAGTAGATGATGTGG  1603

Query 2144  TTGAAAATCATGTTGCAGACCAACTTTCATCAGACATTACACCAAATGCTATGGATACGGAATTTTCAGCATCT  2217
            ||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||||.|.|||||
Sbjct 1604  TTGAAAATCATGTTGCTGACCAACTTTCATCAGACATGACACCAAATGCTATGGATACTGAATTTTTAACATCT  1677

Query 2218  TCTCC--AGCCAGTTTACTGGAACGGCCAACCAATCATATGGAGGCTCTTGGTCATGACCATTTAGGAACCAAT  2289
            .|.||  |.|   |||  ||||||...||||||||||||..|||||.|||||||||||.||||||||||.||||
Sbjct 1678  CCCCCTAATC---TTT--TGGAACCATCAACCAATCATACAGAGGCCCTTGGTCATGAACATTTAGGAAACAAT  1746

Query 2290  GACCTCACTGTTGGTGGATTTTTAGAAAATCATGAGGAGCCAAGAGATAAAGAACAATGTGCTGAAGAGAACAT  2363
            |||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||.||||||||.||
Sbjct 1747  GACCTCACTGTTGGTGGGTTTTTAGAAAATCATGAGGAGCCAAGAAATAAAGAACAAAGTGCCGAAGAGAATAT  1820

Query 2364  ACCAGCATCTTCACTCAACAAAGGAAAGAAATTGATGCATTGCAGAAGCCATGAAGAGGTCAATACTGAACTAA  2437
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||||
Sbjct 1821  ACCAGCATCTTCACTCAACAAAGGAAAGAAATTGATGCATTGTAGAAGCCATGAAGAGGTCAACACTGAACTAA  1894

Query 2438  AAGCACAAATAATGAAAGAGATCCGAAAGCCAGGAAGAAAATATGAAAGAATCTTCACTTTACTGAAGCATGTG  2511
            |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
Sbjct 1895  AAGCACAAATAATGAAAGAGATCAGAAAGCCAGGAAGAAAATATGAAAGAATCTTCACCTTACTGAAGCATGTG  1968

Query 2512  CAAGGCAGTTTACAAACAAGACTAATATTTTTACAAAATGTCATTAAAGAAGCATCAAGGTTTAAAAAACGAAT  2585
            ||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||.||||||||.||||||||.||||||||
Sbjct 1969  CAAGGCAGTTTACAAACAAGGCTAATATTCTTACAAAATGTCATTAAGGAAGCATCCAGGTTTAAGAAACGAAT  2042

Query 2586  GCTAATAGAACAACTGGAGAACTTCTTGGATGAAATTCATCGAAGAGCCAATCAGATCAACCATATTAATAGCA  2659
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
Sbjct 2043  GCTAATAGAACAACTGGAGAACTTCTTGGATGAAATTCATCGAAGAGCCAATCAAATCAACCATATTAATAGCA  2116

Query 2660  AT  2661
            ||
Sbjct 2117  AT  2118