Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000471117
• Subject: XM_011534039.3
• Aligned Length: 2531
• Identities: 2213
• Gaps: 302

Alignment

Query    1  ATGCCCCTGGCCGCCTACTGCTACCTGCGGGTCGTGGGCAAGGGGAGCTATGGAGAGGTGACGCTTGTGAAGCA  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGCCCCTGGCCGCCTACTGCTACCTGCGGGTCGTGGGCAAGGGGAGCTATGGAGAGGTGACGCTTGTGAAGCA  74

Query   75  CCGGCGGGACGGCAAGCAGTATGTCATCAAAAAACTGAACCTCCGAAATGCCTCTAGCCGAGAGCGGCGAGCTG  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  CCGGCGGGACGGCAAGCAGTATGTCATCAAAAAACTGAACCTCCGAAATGCCTCTAGCCGAGAGCGGCGAGCTG  148

Query  149  CTGAACAGGAAGCCCAGCTCTTGTCTCAGTTGAAGCATCCCAACATTGTCACCTACAAGGAGTCATGGGAAGGA  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  CTGAACAGGAAGCCCAGCTCTTGTCTCAGTTGAAGCATCCCAACATTGTCACCTACAAGGAGTCATGGGAAGGA  222

Query  223  GGAGATGGTCTGCTCTACATTGTCATGGGCTTCTGTGAAGGAGGTGATTTGTACCGAAAGCTCAAGGAGCAGAA  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  GGAGATGGTCTGCTCTACATTGTCATGGGCTTCTGTGAAGGAGGTGATTTGTACCGAAAGCTCAAGGAGCAGAA  296

Query  297  AGGGCAGCTTCTGCCGGAGAATCAGGTGGTAGAGTGGTTTGTACAGATCGCCATGGCTTTGCAGTATTTACATG  370
            |||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  AGGGCAGCTTCTGCCTGAGAATCAGGTGGTAGAGTGGTTTGTACAGATCGCCATGGCTTTGCAGTATTTACATG  370

Query  371  AAAAACACATCCTTCATCGAGATCTGAAAACTCAAAATGTCTTCCTAACAAGAACAAACATCATCAAAGTAGGG  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  AAAAACACATCCTTCATCGAGATCTGAAAACTCAAAATGTCTTCCTAACAAGAACAAACATCATCAAAGTAGGG  444

Query  445  GACCTAGGAATTGCCCGAGTGTTGGAGAACCACTGTGACATGGCTAGCACCCTCATTGGCACACCCTACTACAT  518
            |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  GACCTAGGAATTGCCCGAGTGTTAGAGAACCACTGTGACATGGCTAGCACCCTCATTGGCACACCCTACTACAT  518

Query  519  GAGCCCTGAATTGTTCTCAAACAAACCCTACAACTATAAGTCTGATGTTTGGGCTCTAGGATGCTGTGTCTATG  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  GAGCCCTGAATTGTTCTCAAACAAACCCTACAACTATAAGTCTGATGTTTGGGCTCTAGGATGCTGTGTCTATG  592

Query  593  AAATGGCCACCTTGAAGCATGCTTTCAATGCAAAAGATATGAATTCTTTAGTTTATCGGATTATTGAAGGAAAG  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  AAATGGCCACCTTGAAGCATGCTTTCAATGCAAAAGATATGAATTCTTTAGTTTATCGGATTATTGAAGGAAAG  666

Query  667  CTGCCAGCAATGCCAAGAGATTACAGCCCAGAGCTGGCAGGACCTGATAAGAACAATGCTGAGCAAAAGGCCTG  740
            ||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||| ||.|||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  CTGCCACCAATGCCAAGAGATTACAGCCCAGAGCTGGCA-GAACTGATAAGAACAATGCTGAGCAAAAGGCCTG  739

Query  741  AAGAAAGGCCGTCTGTGAGGAGCATCCTGAGGCAGCCTTATATAAAGCGGCAAATCTCCTTCTTTTTGGAGGCC  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  740  AAGAAAGGCCGTCTGTGAGGAGCATCCTGAGGCAGCCTTATATAAAGCGGCAAATCTCCTTCTTTTTGGAGGCC  813

Query  815  ACAAAGATAAAAACCTCCAAAAATAACATTAAAAATGGTGACTCTCAATCCAAGCCTTTTGCTACAGTGGTTTC  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  814  ACAAAGATAAAAACCTCCAAAAATAACATTAAAAATGGTGACTCTCAATCCAAGCCTTTTGCTACAGTGGTTTC  887

Query  889  TGGAGAGGCAGAATCAAATCATGAAGTAATCCACCCCCAACCACTCTCTTCTGAGGGCTCCCAGACATATATAA  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  888  TGGAGAGGCAGAATCAAATCATGAAGTAATCCACCCCCAACCACTCTCTTCTGAGGGCTCCCAGACATATATAA  961

Query  963  TGGGTGAAGGCAAATGTTTGTCCCAGGAGAAACCCAGGGCCTCTGGTCTCTTGAAGTCACCTGCCAGTCTGAAA  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  962  TGGGTGAAGGCAAATGTTTGTCCCAGGAGAAACCCAGGGCCTCTGGTCTCTTGAAGTCACCTGCCAGTCTGAAA  1035

Query 1037  GCCCATACCTGCAAACAGGACTTGAGCAATACCACAGAACTAGCCACAATCAGTAGCGTAAATATTGACATCTT  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1036  GCCCATACCTGCAAACAGGACTTGAGCAATACCACAGAACTAGCCACAATCAGTAGCGTAAATATTGACATCTT  1109

Query 1111  ACCTGCAAAAGGGAGGGATTCAGTGAGTGATGGCTTTGTTCAGGAGAATCAGCCAAGATATTTGGATGCCTCTA  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1110  ACCTGCAAAAGGGAGGGATTCAGTGAGTGATGGCTTTGTTCAGGAGAATCAGCCAAGATATTTGGATGCCTCTA  1183

Query 1185  ATGAGTTAGGAGGTATATGCAGTATTTCTCAAGTGGAAGAGGAGATGCTGCAGGACAACACTAAATCCAGTGCC  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1184  ATGAGTTAGGAGGTATATGCAGTATTTCTCAAGTGGAAGAGGAGATGCTGCAGGACAACACTAAATCCAGTGCC  1257

Query 1259  CAGCCTGAAAACCTGATTCCCATGTGGTCCTCTGACATTGTCACTGGGGAAAAGAATGAACCAGTGAAGCCTCT  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1258  CAGCCTGAAAACCTGATTCCCATGTGGTCCTCTGACATTGTCACTGGGGAAAAGAATGAACCAGTGAAGCCTCT  1331

Query 1333  GCAGCCCCTAATCAAAGAACAAAAGCCAAAGGA-----------------------------------------  1365
            |||||||||||||||||||||||||||||||||                                         
Sbjct 1332  GCAGCCCCTAATCAAAGAACAAAAGCCAAAGGACCAGAGTCTTGCCCTGTCGCCCAAGCTGGAGTGCAGTGGCA  1405

Query 1366  --------------------------------------------------------------------------  1365
                                                                                      
Sbjct 1406  CAATCTTGGCTCACAGCAACCTCCGCCTCCTGGGTTCAAGTGATTCTCCAGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGG  1479

Query 1366  -----------------------CCAGGATCAAGTTGCTGGTGAATGTATTATAGAAAAACAGGGCAGAATCCA  1416
                                   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1480  ATTACAGGCGTGTGCCACCACGCCCAGGATCAAGTTGCTGGTGAATGTATTATAGAAAAACAGGGCAGAATCCA  1553

Query 1417  CCCAGATTTACAGCCACACAACTCTGGGTCTGAACCTTCCCTGTCTCGACAGCGACGGCAAAAGAGGAGAGAAC  1490
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1554  CCCAGATTTACAGCCACACAACTCTGGGTCTGAACCTTCCCTGTCTCGACAGCGACGGCAAAAGAGGAGAGAAC  1627

Query 1491  AGACTGAGCACAGAGGGGAAAAGAGACAGGTCCGCAGAGATCTCTTTGCTTTCCAAGAGTCGCCTCCTCGATTT  1564
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1628  AGACTGAGCACAGAGGGGAAAAGAGACAGGTCCGCAGAGATCTCTTTGCTTTCCAAGAGTCGCCTCCTCGATTT  1701

Query 1565  TTGCCTTCTCATCCCATTGTTGGGAAAGTGGATGTCACATCAACACAAAAAGAGGCTGAAAACCAACGTAGAGT  1638
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1702  TTGCCTTCTCATCCCATTGTTGGGAAAGTGGATGTCACATCAACACAAAAAGAGGCTGAAAACCAACGTAGAGT  1775

Query 1639  GGTCACTGGGTCTGTGAGCAGTTCAAGGAGCAGTGAGATGTCATCATCAAAGGATCGACCATTATCAGCCAGAG  1712
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1776  GGTCACTGGGTCTGTGAGCAGTTCAAGGAGCAGTGAGATGTCATCATCAAAGGATCGACCATTATCAGCCAGAG  1849

Query 1713  AGAGGAGGCGACTAAAGCAGTCACAGGAAGAAATGTCCTCT---------------------------------  1753
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                                 
Sbjct 1850  AGAGGAGGCGACTAAAGCAGTCACAGGAAGAAATGTCCTCTTCAGGCCCTTCAGTGAGGAAAGCGTCTCTGAGT  1923

Query 1754  --------------------------------------------------------------------------  1753
                                                                                      
Sbjct 1924  GTAGCAGGGCCAGGAAAACCCCAGGAAGAAGACCAGCCCTTGCCTGCCCGACGGCTCTCCTCTGACTGCAGCGT  1997

Query 1754  ---TCAGGAAAGGAAACAGATTCATTGTCTGTCTGAGGATGAGTTAAGTTCTTCTACAAGTTCAACTGATAAGT  1824
               |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1998  CACTCAGGAAAGGAAACAGATTCATTGTCTGTCTGAGGATGAGTTAAGTTCTTCTACAAGTTCAACTGATAAGT  2071

Query 1825  CAGATGGGGATTACGGGGAAGGGAAAGGTCAGACAAATGAAATTAATGCCTTGGTACAATTGATGACTCAGACC  1898
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2072  CAGATGGGGATTACGGGGAAGGGAAAGGTCAGACAAATGAAATTAATGCCTTGGTACAATTGATGACTCAGACC  2145

Query 1899  CTGAAACTGGATTCTAAAGAGAGCTGTGAAGATGTCCCGGTAGCAAACCCAGTGTCAGAATTCAAACTTCATCG  1972
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2146  CTGAAACTGGATTCTAAAGAGAGCTGTGAAGATGTCCCGGTAGCAAACCCAGTGTCAGAATTCAAACTTCATCG  2219

Query 1973  GAAATATCGGGACACACTGATACTTCATGGGAAGGTTGCAGAAGAGGCAGAGGAAATCCATTTTAAAGAGCTAC  2046
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2220  GAAATATCGGGACACACTGATACTTCATGGGAAGGTTGCAGAAGAGGCAGAGGAAATCCATTTTAAAGAGCTAC  2293

Query 2047  CTTCAGCTATTATGCCAGGTTCTGAAAAGATCAGGAGACTAGTTGAAGTCTTGAGAACTGATGTAATTCGTGGC  2120
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2294  CTTCAGCTATTATGCCAGGTTCTGAAAAGATCAGGAGACTAGTTGAAGTCTTGAGAACTGATGTAATTCGTGGC  2367

Query 2121  CTGGGAGTTCAGCTTTTAGAGCAGGTGTATGATCTTTTGGAGGAGGAGGATGAATTTGATAGAGAGGTG-----  2189
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||     
Sbjct 2368  CTGGGAGTTCAGCTTTTAGAGCAGGTGTATGATCTTTTGGAGGAGGAGGATGAATTTGATAGAGA-GTGTCCCT  2440

Query 2190  ---------------------AGTGT-------CTCATTAACTGTATCAAGA------------TGCTTATGT-  2222
                                 |.|||       |||||.||.||.|.||.||            |.||.|..| 
Sbjct 2441  GTCTGGCCCCAGCACCAGGGCATTGTCGTCAGCCTCATAAAATGAACCAGGAATTACCCCTTCCTCCTCAACTC  2514

Query 2223  TATAGAA---TTTTT  2234
            |.|.|||   ||   
Sbjct 2515  TCTGGAAAAGTT---  2526