Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000471538
• Subject: XR_938771.1
• Aligned Length: 2266
• Identities: 1616
• Gaps: 650

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  AGTGACGTTACTTCCCTTTTTCCGGTCCGCCGGATTATGAATGACGGCCGGCGCGAGTATTTTCCACATAAGGT  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  GGCTGTCGTTTTTCTCCTGGCGTCTGTGGAGGCGAGTGGTCTGCGGGCAGCAGCTCCCAGAGGCAGCCTTGGAA  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct  149  TTCCAGCTCGGACTGGGCGGGAAGGCGCAGGCGGCCCAGGTCGCCGACACGCTCACGCACCCTCCCTGCCTGGC  222

Query    1  --------------------------------------ATGAAAGCCATAAAGAAAAGTCTTACAGAAGAAGAA  36
                                                  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  CGCGCCTCTGCGACCAGGTGACCCAATGAAAGAAGAAAATGAAAGCCATAAAGAAAAGTCTTACAGAAGAAGAA  296

Query   37  TACCTGTACCTGGACTTTTCTCACCAAACAGAAGGATGCATCTTTCCTCTTCATACATCTGTAACTTTATTTCT  110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  TACCTGTACCTGGACTTTTCTCACCAAACAGAAGGATGCATCTTTCCTCTTCATACATCTGTAACTTTATTTCT  370

Query  111  GTTATCTTACTGTGACTGTAAAATCTTTAAAATTTGCTTAGTTGTCACCAAAGAGGTGAGTAGAGATAGTTCAC  184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  GTTATCTTACTGTGACTGTAAAATCTTTAAAATTTGCTTAGTTGTCACCAAAGAGGTGAGTAGAGATAGTTCAC  444

Query  185  TACTAAGAGATGACCTGATCCAGGATGTTGAAATACAGATTATTTCAAGGCAGGAGCTCCCACCAATAGTCCAA  258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  TACTAAGAGATGACCTGATCCAGGATGTTGAAATACAGATTATTTCAAGGCAGGAGCTCCCACCAATAGTCCAA  518

Query  259  AATTGCTGTTTGCCTGCAGTAGTAGAACGATCAGACAATTTTTGTAGAGCAGGACTTGCTGTTGTATTGAGACA  332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  AATTGCTGTTTGCCTGCAGTAGTAGAACGATCAGACAATTTTTGTAGAGCAGGACTTGCTGTTGTATTGAGACA  592

Query  333  CATAATCCAGAAATCCTATGAAGCAGACCCCTTAAAGAAGGAACTTTTGGAACTTCTGGGCTTTAAAAAGACTT  406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  CATAATCCAGAAATCCTATGAAGCAGACCCCTTAAAGAAGGAACTTTTGGAACTTCTGGGCTTTAAAAAGACTT  666

Query  407  GCTTGAAAGCCTGTGCTGAAGTTAGTCAGTGGACCAGGCTATGTGAACTCACCATCCCTTTGGCTATTGAGAAT  480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  GCTTGAAAGCCTGTGCTGAAGTTAGTCAGTGGACCAGGCTATGTGAACTCACCATCCCTTTGGCTATTGAGAAT  740

Query  481  TTTCTCAGAGAATCTTCTGACCAGCCCCCAACTATACCTGTAGAAATACTACAGCTAGAGAAAAAGCTTAGTGA  554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  TTTCTCAGAGAATCTTCTGACCAGCCCCCAACTATACCTGTAGAAATACTACAGCTAGAGAAAAAGCTTAGTGA  814

Query  555  GCCTGTTAGAGTGCATAATGATGATAAACTCCGCAGGCAGAAGCTCAAGCAACAGAAGGCTGATGGAGTTGGGC  628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  GCCTGTTAGAGTGCATAATGATGATAAACTCCGCAGGCAGAAGCTCAAGCAACAGAAGGCTGATGGAGTTGGGC  888

Query  629  CTCCCCTTACTAAGGGAAAGGCAAAGAGCAAGGTCCACACACAGGAAACATCTGAAGGGTTGGATTCTTCATCC  702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  CTCCCCTTACTAAGGGAAAGGCAAAGAGCAAGGTCCACACACAGGAAACATCTGAAGGGTTGGATTCTTCATCC  962

Query  703  AAGAGTCTGGAACTGAAAGTGGCATTCTCAAAGCTCACAGTACAGGAAGAACCAGCTACTACCAACAGAGAGCC  776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  AAGAGTCTGGAACTGAAAGTGGCATTCTCAAAGCTCACAGTACAGGAAGAACCAGCTACTACCAACAGAGAGCC  1036

Query  777  TTCTCACATCAGAAAAGCAAAAGCCTCCGACCTTCCACCTCTGGAGCATGTGTTTGCAGAAGGGCTTTACTTCA  850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  TTCTCACATCAGAAAAGCAAAAGCCTCCGACCTTCCACCTCTGGAGCATGTGTTTGCAGAAGGGCTTTACTTCA  1110

Query  851  CTCTGGCAGATATTGTGCTCTTGCCCTGTATCCATCATTTCTTGGTAATTATCAGCAGGAAATTTTCTGAGAAG  924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  CTCTGGCAGATATTGTGCTCTTGCCCTGTATCCATCATTTCTTGGTAATTATCAGCAGGAAATTTTCTGAGAAG  1184

Query  925  CTGGTAGAATTTCCATTGCTAGCCTCTTGGTACCAGAGGATTCAGGAAGTGCCAGGAGTAAAAA---CAGCTTC  995
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||
Sbjct 1185  CTGGTAGAATTTCCATTGCTAGCCTCTTGGTACCAGAGGATTCAGGAAGTGCCAGGAGTAAAAACAGCAGCTTC  1258

Query  996  TAAGTGTGGGATCCAATTTCTCCATTTACCAAAGTTGTTGACAACCTCAACTGAACAGCATCCAAACTTATGTG  1069
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  TAAGTGTGGGATCCAATTTCTCCATTTACCAAAGTTGTTGACAACCTCAACTGAACAGCATCCAAACTTATGTG  1332

Query 1070  AAGTCCCAGGTGTAGAAGAGCAAAGCGATCCTTTATTTATAGGAGGACCAAGACCAACCATGGCCAAGTTAATG  1143
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  AAGTCCCAGGTGTAGAAGAGCAAAGCGATCCTTTATTTATAGGAGGACCAAGACCAACCATGGCCAAGTTAATG  1406

Query 1144  GAAAAGGGCATTGAAGTGATGTTTTCTCCCCACCCTTGCCCTACTTGGACTCTTGATTGGAATGTTCTCCCTGC  1217
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  GAAAAGGGCATTGAAGTGATGTTTTCTCCCCACCCTTGCCCTACTTGGACTCTTGATTGGAATGTTCTCCCTGC  1480

Query 1218  AGCAGTCAGCCCAAAGGAAGGTAAAATGTCCAGTGATCGAGCTTTGAGGAAGCAGCAACAGTTGAACAACCTTG  1291
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  AGCAGTCAGCCCAAAGGAAGGTAAAATGTCCAGTGATCGAGCTTTGAGGAAGCAGCAACAGTTGAACAACCTTG  1554

Query 1292  TCTATGTGGTAACAAATCAGGCCAAACCTGGTGACAGAATTGTGGATTTCTGCAGCGGTGGGGGCCATGTTGGA  1365
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  TCTATGTGGTAACAAATCAGGCCAAACCTGGTGACAGAATTGTGGATTTCTGCAGCGGTGGGGGCCATGTTGGA  1628

Query 1366  ATTGTCCTTGCTCACATGCTGCCATCATGTCAGGTTACATTAATAGAAAACAAGGAATTATCATTAATTCGTGC  1439
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  ATTGTCCTTGCTCACATGCTGCCATCATGTCAGGTTACATTAATAGAAAACAAGGAATTATCATTAATTCGTGC  1702

Query 1440  TAAGAAGAGAAGTGATGAACTGGGTTTAAGCAACATTTGGTTCATTCAAGCAAATATGGAATATTTTACTGGGA  1513
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  TAAGAAGAGAAGTGATGAACTGGGTTTAAGCAACATTTGGTTCATTCAAGCAAATATGGAATATTTTACTGGGA  1776

Query 1514  TGTTTAATATTGGA------------------------------------------------------------  1527
            ||||||||||||||                                                            
Sbjct 1777  TGTTTAATATTGGATTGTTGCTGCCTTTACTGGATACCAGCCTTCCTAGGCTGTTTTCAGAGTGAAACAAGAAA  1850

Query 1528  -----------------------------------------------GTAGCATTGCATGCTTGTGGAGTGGCA  1554
                                                           |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  GGTGGGATGACAGCAACATGGAGATTGTTGACTTCTATGTGGCTCATGTAGCATTGCATGCTTGTGGAGTGGCA  1924

Query 1555  ACAGACATGGTGATTGAGCACTGTATCAAAACACGGGCTTCCTTCGTCACATGCCCTTGCTGTTATGGTTTCAT  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            
Sbjct 1925  ACAGACATGGTGATTGAGCACTGTATCAAAACACGGGCTTCCTTCGTCACATGCCCTTGCTG------------  1986

Query 1629  TCAGAACACCTCAAAGTTCAATTTTCCAAAAAGTGAACAATTCAAGAAAACTTTATCATACAAGGAACACATGA  1702
                                                                                      
Sbjct 1987  --------------------------------------------------------------------------  1986

Query 1703  TTCTGTGCAGATTTGCAGACCAGACAGCTGTCCAGCTCCCACCCCAACGAAGGCTCATAGGAAAACAGTGCATG  1776
                                                                                      
Sbjct 1987  --------------------------------------------------------------------------  1986

Query 1777  TGCTTGGTGGATCTGGATCGAGCAAGAGCTGCAGAAGAATGTGGATACTCCGTTCAAGTGATATCCATGGAGCC  1850
                                                                                      
Sbjct 1987  --------------------------------------------------------------------------  1986

Query 1851  AGAGAGCTGCTCTCCCAAAAATAACATGATTGTGGGAGTCCCCATT  1896
                                                          
Sbjct 1987  ----------------------------------------------  1986