Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000471554
• Subject: XM_006506931.3
• Aligned Length: 2376
• Identities: 1743
• Gaps: 450

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGCAGATACCTGCTCTCCTCCACGCCTGGTTTCTGGAGTTTGAAGCTACAGAAACTTTGCCTGGGTTGCCAGG  74

Query    1  -------------------------------------------------ATGTCTTCCAAGCGACCAGCCTCTC  25
                                                             |||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  ACATTCAGAGCACTTTGTGGAAAGCAAGCTAGCACTGAGCCGGACAGAGATGTCTTCCAAGCGACCAGCCTCTC  148

Query   26  CGTATGGGGAAGCAGATGGAGAGGTAGCCATGGTGACAAGCAGACAGAAAGTGGAAGAAGAGGAGAGTGACGGG  99
            ||||||||||..||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||..||
Sbjct  149  CGTATGGGGAGACAGATGGAGAGGTAGCCATGGTGACAAGCAGACAGAAAGTGGAAGAGGAGGAGAGTGAGAGG  222

Query  100  CTCCCAGCCTTTCACCTTCCCTTGCATGTGAGTTTTCCCAACAAGCCTCACTCTGAGGAATTTCAGCCAGTTTC  173
            |||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  CTCCCAGCCTTTCACCTTCCCTTACATGTGAGTTTTCCCAACAAGCCTCACTCTGAGGAATTTCAGCCAGTTTC  296

Query  174  TCTGCTGACGCAAGAGACTTGTGGCCATAGGACTCCCACTTCTCAGCACAATACAATGGAAGTTGATGGCAATA  247
            ||||||||||||||||||||||||.|.||||||.||||||...||||||||.|||||||||||.||||||||||
Sbjct  297  TCTGCTGACGCAAGAGACTTGTGGTCCTAGGACCCCCACTGTGCAGCACAACACAATGGAAGTCGATGGCAATA  370

Query  248  AAGTTATGTCTTCATTTGCCCCACACAACTCATCTACCTCACCTCAGAAGGCAGAAGAAGGTGGGCGACAGAGT  321
            ||||||||||||||||.||.|||.||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
Sbjct  371  AAGTTATGTCTTCATTAGCTCCATACAACTCATCTACCTCACCTCAGAAGGCGGAAGAAGGTGGGCGACAGAGT  444

Query  322  GGCGAGTCCTTGTCTAGTACAGCCCTGGGAACTCCTGAACGGCGCAAGGGCAGTTTAGCTGATGTTGTTGACAC  395
            |||||||||.||||.||..||||||||||.|||||.||.||||||||||||||.|||||.|||||.||.|||||
Sbjct  445  GGCGAGTCCGTGTCGAGCGCAGCCCTGGGGACTCCCGAGCGGCGCAAGGGCAGCTTAGCGGATGTGGTGGACAC  518

Query  396  CTTGAAGCAGAGGAAAATGGAAGAGCTCATCAAAAACGAGCCGGAAGAAACCCCCAGTATTGAAAAACTACTCT  469
            |.|||||||||||||.|||||||||||.|||||.||.|||||.|||||.||.||||||||||||||.|||||||
Sbjct  519  CCTGAAGCAGAGGAAGATGGAAGAGCTGATCAAGAATGAGCCAGAAGACACTCCCAGTATTGAAAAGCTACTCT  592

Query  470  CAAAGGACTGGAAAGACAAGCTTCTTGCAATGGGATCGGGGAACTTTGGCGAAATAAAAGGGACTCCCGAGAGC  543
            |.||||||||||||||||||||.||.|||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||.||||||
Sbjct  593  CCAAGGACTGGAAAGACAAGCTCCTGGCAATGGGATCAGGGAACTTTGGAGAAATAAAAGGGACTCCTGAGAGC  666

Query  544  TTAGCTGAGAAAGAAAGGCAACTCATGGGTATGATCAACCAGCTGACCAGCCTCCGAGAGCAGCTGTTGGCTGC  617
            .|.||||||||.||..||||.|||||||||||||||||.|||||||||||.||.||.|||||.||..|||||||
Sbjct  667  CTCGCTGAGAAGGAGCGGCAGCTCATGGGTATGATCAATCAGCTGACCAGTCTACGGGAGCAACTCCTGGCTGC  740

Query  618  CCACGATGAGCAGAAGAAACTAGCTGCCTCTCAGATTGAGAAACAGCGTCAGCAAATGGAGCTGGCCAAGCAGC  691
            ||||||||||||||||||..|.|||||.||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
Sbjct  741  CCACGATGAGCAGAAGAAGTTGGCTGCATCTCAGATAGAGAAACAGCGTCAGCAGATGGAGCTGGCCAAGCAGC  814

Query  692  AACAAGAACAAATTGCAAGACAGCAGCAGCAGCTTCTACAGCAACAACACAAAATCAATTTGCTCCAGCAACAG  765
            ||||.||.||.||.||.||.||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||
Sbjct  815  AACAGGAGCAGATCGCGAGGCAACAGCAGCAGCTTCTGCAGCAACAACACAAAATCAACTTGCTTCAGCAACAG  888

Query  766  ATC---CAGGTTCAAGGTCAGCTGCCGCCATTAATGATTCCCGTATTCCCTCCTGATCAACGGACACTGGCTGC  836
            |||   ||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||.||.|||||.||.||.||
Sbjct  889  ATCCAGCAGGTTCAAGGTCAGCTGCCGCCATTGATGATTCCCGTGTTCCCTCCTGACCAGCGGACCCTCGCAGC  962

Query  837  AGCTGCCCAGCAAGGATTCCTCCTCCCTCCAGGCTTCAGCTATAAGGCTGGATGTAGTGACCCTTACCCTGTTC  910
            ||||||||||||||||||||||||.|||||.||.||||||||.||||||||.||.|||||||||||||||||||
Sbjct  963  AGCTGCCCAGCAAGGATTCCTCCTTCCTCCTGGTTTCAGCTACAAGGCTGGGTGCAGTGACCCTTACCCTGTTC  1036

Query  911  AGCTGATCCCAACTACCATGGCAGCTGCTGCCGCAGCAACACCAGGCTTAGGCCCACTCCAACTGCAGCAGTTA  984
            |||||||||||||.||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.
Sbjct 1037  AGCTGATCCCAACCACTATGGCAGCTGCTGCTGCAGCAACACCAGGCTTAGGCCCACTCCAGCTGCAGCAGTTC  1110

Query  985  TATGCTGCCCAGCTAGCTGCAATGCAGGTATCTCCAGGAGGGAAGCTGCCAGGCATACCCCAAGGCAACCTTGG  1058
            |||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||.|.||||.|||||||||||||||||||
Sbjct 1111  TATGCTGCCCAGCTAGCCGCAATGCAGGTTTCTCCAGGAGGGAAGCTCCTAGGCCTACCCCAAGGCAACCTTGG  1184

Query 1059  TGCTGCTGTATCTCCTACCAGCATTCACACAGACAAGAGCACAAACAGCCCACCACCCAAAAGC----------  1122
            ||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||          
Sbjct 1185  TGCTGCCGTGTCTCCTACCAGCATTCACACAGACAAGAGCACAAACAGTCCACCACCCAAAAGCAAGGATGAAG  1258

Query 1123  --------------------------------------------------------------------------  1122
                                                                                      
Sbjct 1259  TGGCCCAGCCACTGAACCTATCAGCTAAGCCCAAGACCTCTGATGGCAAATCACCTGCATCACCCACCTCTCCT  1332

Query 1123  --------------------------------------------------------------------------  1122
                                                                                      
Sbjct 1333  CACATGCCAGCTCTGAGAATAAACAGTGGGGCTGGCCCCCTCAAAGCCTCTGTCCCGGCAGCATTAGCTAGTCC  1406

Query 1123  --------------------------------------------------------------------------  1122
                                                                                      
Sbjct 1407  TTCTGCAAGAGTTAGCACAATAGGCTATTTAAATGACCACGATGCTGTCACCAAGGCAATCCAAGAAGCTCGCC  1480

Query 1123  --------------------------------------------------------------------------  1122
                                                                                      
Sbjct 1481  AGATGAAAGAGCAACTCAGGCGAGAGCAGCAAGCGTTGGACGGGAAGGTGGCCGTGGTGAACAGCATAGGTCTC  1554

Query 1123  ------------------AAGGAAAAAACAACACTGGAGAGTCTGACTCAGCAACTGGCAGTTAAACAGAATGA  1178
                              |||||||||||||||||||||||.|||||||||||..|||||||||||||||||||
Sbjct 1555  AGCAACTGCCGGACAGAAAAGGAAAAAACAACACTGGAGAGCCTGACTCAGCAGTTGGCAGTTAAACAGAATGA  1628

Query 1179  AGAAGGAAAATTTAGCCATGCAATGATGGATTTCAATCTGAGTGGAGATTCTGATGGAAGTGCTGGAGTCTCAG  1252
            ||||||.|||||||||||||.||||||||||||||||.||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||
Sbjct 1629  AGAAGGGAAATTTAGCCATGGAATGATGGATTTCAATATGAGTGGAGATTCTGACGGAAGCGCTGGAGTCTCAG  1702

Query 1253  AGTCAAGAATTTATAGGGAATCCCGAGGGCGTGGTAGCAATGAACCCCACATAAAGCGTCCAATGAATGCCTTC  1326
            |||||||||||||.|||||||||.|.||.|||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  AGTCAAGAATTTACAGGGAATCCAGGGGACGTGGTAGCAACGAGCCCCACATAAAGCGTCCAATGAATGCCTTC  1776

Query 1327  ATGGTGTGGGCTAAAGATGAACGGAGAAAGATCCTTCAAGCCTTTCCTGACATGCACAACTCCAACATCAGCAA  1400
            |||||||||||.||||||||||||||.||.||||||||.||||||||.|||||||||||.||||||||||||||
Sbjct 1777  ATGGTGTGGGCGAAAGATGAACGGAGGAAAATCCTTCAGGCCTTTCCCGACATGCACAATTCCAACATCAGCAA  1850

Query 1401  GATATTGGGATCTCGCTGGAAAGCTATGACAAACCTAGAGAAACAGCCATATTATGAGGAGCAAGCCCGTCTCA  1474
            ||||.|||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||.||||
Sbjct 1851  GATACTGGGATCTCGCTGGAAAGCTATGACCAACCTAGAGAAACAGCCATACTATGAGGAGCAGGCCCGCCTCA  1924

Query 1475  GCAAGCAGCACCTGGAGAAGTACCCTGACTATAAGTACAAGCCCAGGCCAAAGCGCACCTGCCTGGTGGATGGC  1548
            ||||.||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||.|||
Sbjct 1925  GCAAACAGCACCTGGAGAAGTACCCGGACTACAAGTACAAGCCTAGGCCAAAGCGCACCTGTCTGGTGGACGGC  1998

Query 1549  AAAAAGCTGCGCATTGGTGAATACAAGGCAATCATGCGCAACAGGCGGCAGGAAATGCGGCAGTACTTCAATGT  1622
            ||.||.|||||.||.||.||.||||||||.||||||||.|||.||.|||||||||||||.|||||||||||.||
Sbjct 1999  AAGAAACTGCGTATCGGGGAGTACAAGGCCATCATGCGGAACCGGAGGCAGGAAATGCGACAGTACTTCAACGT  2072

Query 1623  TGGGCAACAAGCACAGATCCCCATTGCCACTGCTGGTGTTGTGTACCCTGGAGCCATCGCCATGGCTGGGATGC  1696
            ||||||||||||||||||||||||.||.||.||.||.|||||.|||||..|.||||||||||||||.||.||||
Sbjct 2073  TGGGCAACAAGCACAGATCCCCATCGCGACGGCCGGAGTTGTATACCCCAGCGCCATCGCCATGGCAGGAATGC  2146

Query 1697  CCTCCCCTCACCTGCCCTCGGAGCACTCAAGCGTGTCTAGCAGCCCAGAGCCTGGGATGCCTGTTATCCAGAGC  1770
            |.|||||||||||||||||.||||||||.||||||||.||||||||.|||||.||||||||.||.|||||||||
Sbjct 2147  CGTCCCCTCACCTGCCCTCCGAGCACTCGAGCGTGTCCAGCAGCCCGGAGCCCGGGATGCCCGTGATCCAGAGC  2220

Query 1771  ACTTACGGTGTGAAAGGAGAGGAGCCACATATCAAAGAAGAGATACAGGCCGAGGACATCAATGGAGAAATTTA  1844
            ||||||||.|..||.|||||||||||.||.|||||.||||||||.|||||.|||||||||||.|||||.|||||
Sbjct 2221  ACTTACGGCGCCAAGGGAGAGGAGCCCCACATCAAGGAAGAGATCCAGGCTGAGGACATCAACGGAGAGATTTA  2294

Query 1845  TGATGAGTACGACGAGGAAGAGGATGATCCAGATGTAGATTATGGGAGTGACAGTGAAAACCATATTGCAGGAC  1918
            .||.||||||||.|||||.|||||.||.||.|||||.|||||||||||||||||.||||||||.|||||.||||
Sbjct 2295  CGAGGAGTACGATGAGGAGGAGGAGGACCCGGATGTGGATTATGGGAGTGACAGCGAAAACCACATTGCGGGAC  2368

Query 1919  AAGCCAAC  1926
            ||||||||
Sbjct 2369  AAGCCAAC  2376