Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- TRCN0000471554
- Subject:
- XM_006506934.3
- Aligned Length:
- 2376
- Identities:
- 1645
- Gaps:
- 555
Alignment
Query 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Sbjct 1 ATGCAGATACCTGCTCTCCTCCACGCCTGGTTTCTGGAGTTTGAAGCTACAGAAACTTTGCCTGGGTTGCCAGG 74
Query 1 -------------------------------------------------ATGTCTTCCAAGCGACCAGCCTCTC 25
|||||||||||||||||||||||||
Sbjct 75 ACATTCAGAGCACTTTGTGGAAAGCAAGCTAGCACTGAGCCGGACAGAGATGTCTTCCAAGCGACCAGCCTCTC 148
Query 26 CGTATGGGGAAGCAGATGGAGAGGTAGCCATGGTGACAAGCAGACAGAAAGTGGAAGAAGAGGAGAGTGACGGG 99
||||||||||..||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||..||
Sbjct 149 CGTATGGGGAGACAGATGGAGAGGTAGCCATGGTGACAAGCAGACAGAAAGTGGAAGAGGAGGAGAGTGAGAGG 222
Query 100 CTCCCAGCCTTTCACCTTCCCTTGCATGTGAGTTTTCCCAACAAGCCTCACTCTGAGGAATTTCAGCCAGTTTC 173
|||||||||||||||||||||||.|||
Sbjct 223 CTCCCAGCCTTTCACCTTCCCTTACAT----------------------------------------------- 249
Query 174 TCTGCTGACGCAAGAGACTTGTGGCCATAGGACTCCCACTTCTCAGCACAATACAATGGAAGTTGATGGCAATA 247
|||||.||||||||||
Sbjct 250 ----------------------------------------------------------GAAGTCGATGGCAATA 265
Query 248 AAGTTATGTCTTCATTTGCCCCACACAACTCATCTACCTCACCTCAGAAGGCAGAAGAAGGTGGGCGACAGAGT 321
||||||||||||||||.||.|||.||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
Sbjct 266 AAGTTATGTCTTCATTAGCTCCATACAACTCATCTACCTCACCTCAGAAGGCGGAAGAAGGTGGGCGACAGAGT 339
Query 322 GGCGAGTCCTTGTCTAGTACAGCCCTGGGAACTCCTGAACGGCGCAAGGGCAGTTTAGCTGATGTTGTTGACAC 395
|||||||||.||||.||..||||||||||.|||||.||.||||||||||||||.|||||.|||||.||.|||||
Sbjct 340 GGCGAGTCCGTGTCGAGCGCAGCCCTGGGGACTCCCGAGCGGCGCAAGGGCAGCTTAGCGGATGTGGTGGACAC 413
Query 396 CTTGAAGCAGAGGAAAATGGAAGAGCTCATCAAAAACGAGCCGGAAGAAACCCCCAGTATTGAAAAACTACTCT 469
|.|||||||||||||.|||||||||||.|||||.||.|||||.|||||.||.||||||||||||||.|||||||
Sbjct 414 CCTGAAGCAGAGGAAGATGGAAGAGCTGATCAAGAATGAGCCAGAAGACACTCCCAGTATTGAAAAGCTACTCT 487
Query 470 CAAAGGACTGGAAAGACAAGCTTCTTGCAATGGGATCGGGGAACTTTGGCGAAATAAAAGGGACTCCCGAGAGC 543
|.||||||||||||||||||||.||.|||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||.||||||
Sbjct 488 CCAAGGACTGGAAAGACAAGCTCCTGGCAATGGGATCAGGGAACTTTGGAGAAATAAAAGGGACTCCTGAGAGC 561
Query 544 TTAGCTGAGAAAGAAAGGCAACTCATGGGTATGATCAACCAGCTGACCAGCCTCCGAGAGCAGCTGTTGGCTGC 617
.|.||||||||.||..||||.|||||||||||||||||.|||||||||||.||.||.|||||.||..|||||||
Sbjct 562 CTCGCTGAGAAGGAGCGGCAGCTCATGGGTATGATCAATCAGCTGACCAGTCTACGGGAGCAACTCCTGGCTGC 635
Query 618 CCACGATGAGCAGAAGAAACTAGCTGCCTCTCAGATTGAGAAACAGCGTCAGCAAATGGAGCTGGCCAAGCAGC 691
||||||||||||||||||..|.|||||.||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
Sbjct 636 CCACGATGAGCAGAAGAAGTTGGCTGCATCTCAGATAGAGAAACAGCGTCAGCAGATGGAGCTGGCCAAGCAGC 709
Query 692 AACAAGAACAAATTGCAAGACAGCAGCAGCAGCTTCTACAGCAACAACACAAAATCAATTTGCTCCAGCAACAG 765
||||.||.||.||.||.||.||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||
Sbjct 710 AACAGGAGCAGATCGCGAGGCAACAGCAGCAGCTTCTGCAGCAACAACACAAAATCAACTTGCTTCAGCAACAG 783
Query 766 ATC---CAGGTTCAAGGTCAGCTGCCGCCATTAATGATTCCCGTATTCCCTCCTGATCAACGGACACTGGCTGC 836
||| ||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||.||.|||||.||.||.||
Sbjct 784 ATCCAGCAGGTTCAAGGTCAGCTGCCGCCATTGATGATTCCCGTGTTCCCTCCTGACCAGCGGACCCTCGCAGC 857
Query 837 AGCTGCCCAGCAAGGATTCCTCCTCCCTCCAGGCTTCAGCTATAAGGCTGGATGTAGTGACCCTTACCCTGTTC 910
||||||||||||||||||||||||.|||||.||.||||||||.||||||||.||.|||||||||||||||||||
Sbjct 858 AGCTGCCCAGCAAGGATTCCTCCTTCCTCCTGGTTTCAGCTACAAGGCTGGGTGCAGTGACCCTTACCCTGTTC 931
Query 911 AGCTGATCCCAACTACCATGGCAGCTGCTGCCGCAGCAACACCAGGCTTAGGCCCACTCCAACTGCAGCAGTTA 984
|||||||||||||.||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.
Sbjct 932 AGCTGATCCCAACCACTATGGCAGCTGCTGCTGCAGCAACACCAGGCTTAGGCCCACTCCAGCTGCAGCAGTTC 1005
Query 985 TATGCTGCCCAGCTAGCTGCAATGCAGGTATCTCCAGGAGGGAAGCTGCCAGGCATACCCCAAGGCAACCTTGG 1058
|||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||.|.||||.|||||||||||||||||||
Sbjct 1006 TATGCTGCCCAGCTAGCCGCAATGCAGGTTTCTCCAGGAGGGAAGCTCCTAGGCCTACCCCAAGGCAACCTTGG 1079
Query 1059 TGCTGCTGTATCTCCTACCAGCATTCACACAGACAAGAGCACAAACAGCCCACCACCCAAAAGC---------- 1122
||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
Sbjct 1080 TGCTGCCGTGTCTCCTACCAGCATTCACACAGACAAGAGCACAAACAGTCCACCACCCAAAAGCAAGGATGAAG 1153
Query 1123 -------------------------------------------------------------------------- 1122
Sbjct 1154 TGGCCCAGCCACTGAACCTATCAGCTAAGCCCAAGACCTCTGATGGCAAATCACCTGCATCACCCACCTCTCCT 1227
Query 1123 -------------------------------------------------------------------------- 1122
Sbjct 1228 CACATGCCAGCTCTGAGAATAAACAGTGGGGCTGGCCCCCTCAAAGCCTCTGTCCCGGCAGCATTAGCTAGTCC 1301
Query 1123 -------------------------------------------------------------------------- 1122
Sbjct 1302 TTCTGCAAGAGTTAGCACAATAGGCTATTTAAATGACCACGATGCTGTCACCAAGGCAATCCAAGAAGCTCGCC 1375
Query 1123 -------------------------------------------------------------------------- 1122
Sbjct 1376 AGATGAAAGAGCAACTCAGGCGAGAGCAGCAAGCGTTGGACGGGAAGGTGGCCGTGGTGAACAGCATAGGTCTC 1449
Query 1123 ------------------AAGGAAAAAACAACACTGGAGAGTCTGACTCAGCAACTGGCAGTTAAACAGAATGA 1178
|||||||||||||||||||||||.|||||||||||..|||||||||||||||||||
Sbjct 1450 AGCAACTGCCGGACAGAAAAGGAAAAAACAACACTGGAGAGCCTGACTCAGCAGTTGGCAGTTAAACAGAATGA 1523
Query 1179 AGAAGGAAAATTTAGCCATGCAATGATGGATTTCAATCTGAGTGGAGATTCTGATGGAAGTGCTGGAGTCTCAG 1252
||||||.|||||||||||||.||||||||||||||||.||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||
Sbjct 1524 AGAAGGGAAATTTAGCCATGGAATGATGGATTTCAATATGAGTGGAGATTCTGACGGAAGCGCTGGAGTCTCAG 1597
Query 1253 AGTCAAGAATTTATAGGGAATCCCGAGGGCGTGGTAGCAATGAACCCCACATAAAGCGTCCAATGAATGCCTTC 1326
|||||||||||||.|||||||||.|.||.|||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1598 AGTCAAGAATTTACAGGGAATCCAGGGGACGTGGTAGCAACGAGCCCCACATAAAGCGTCCAATGAATGCCTTC 1671
Query 1327 ATGGTGTGGGCTAAAGATGAACGGAGAAAGATCCTTCAAGCCTTTCCTGACATGCACAACTCCAACATCAGCAA 1400
|||||||||||.||||||||||||||.||.||||||||.||||||||.|||||||||||.||||||||||||||
Sbjct 1672 ATGGTGTGGGCGAAAGATGAACGGAGGAAAATCCTTCAGGCCTTTCCCGACATGCACAATTCCAACATCAGCAA 1745
Query 1401 GATATTGGGATCTCGCTGGAAAGCTATGACAAACCTAGAGAAACAGCCATATTATGAGGAGCAAGCCCGTCTCA 1474
||||.|||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||.||||
Sbjct 1746 GATACTGGGATCTCGCTGGAAAGCTATGACCAACCTAGAGAAACAGCCATACTATGAGGAGCAGGCCCGCCTCA 1819
Query 1475 GCAAGCAGCACCTGGAGAAGTACCCTGACTATAAGTACAAGCCCAGGCCAAAGCGCACCTGCCTGGTGGATGGC 1548
||||.||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||.|||
Sbjct 1820 GCAAACAGCACCTGGAGAAGTACCCGGACTACAAGTACAAGCCTAGGCCAAAGCGCACCTGTCTGGTGGACGGC 1893
Query 1549 AAAAAGCTGCGCATTGGTGAATACAAGGCAATCATGCGCAACAGGCGGCAGGAAATGCGGCAGTACTTCAATGT 1622
||.||.|||||.||.||.||.||||||||.||||||||.|||.||.|||||||||||||.|||||||||||.||
Sbjct 1894 AAGAAACTGCGTATCGGGGAGTACAAGGCCATCATGCGGAACCGGAGGCAGGAAATGCGACAGTACTTCAACGT 1967
Query 1623 TGGGCAACAAGCACAGATCCCCATTGCCACTGCTGGTGTTGTGTACCCTGGAGCCATCGCCATGGCTGGGATGC 1696
||||||||||||||||||||||||.||.||.||.||.|||||.|||||..|.||||||||||||||.||.||||
Sbjct 1968 TGGGCAACAAGCACAGATCCCCATCGCGACGGCCGGAGTTGTATACCCCAGCGCCATCGCCATGGCAGGAATGC 2041
Query 1697 CCTCCCCTCACCTGCCCTCGGAGCACTCAAGCGTGTCTAGCAGCCCAGAGCCTGGGATGCCTGTTATCCAGAGC 1770
|.|||||||||||||||||.||||||||.||||||||.||||||||.|||||.||||||||.||.|||||||||
Sbjct 2042 CGTCCCCTCACCTGCCCTCCGAGCACTCGAGCGTGTCCAGCAGCCCGGAGCCCGGGATGCCCGTGATCCAGAGC 2115
Query 1771 ACTTACGGTGTGAAAGGAGAGGAGCCACATATCAAAGAAGAGATACAGGCCGAGGACATCAATGGAGAAATTTA 1844
||||||||.|..||.|||||||||||.||.|||||.||||||||.|||||.|||||||||||.|||||.|||||
Sbjct 2116 ACTTACGGCGCCAAGGGAGAGGAGCCCCACATCAAGGAAGAGATCCAGGCTGAGGACATCAACGGAGAGATTTA 2189
Query 1845 TGATGAGTACGACGAGGAAGAGGATGATCCAGATGTAGATTATGGGAGTGACAGTGAAAACCATATTGCAGGAC 1918
.||.||||||||.|||||.|||||.||.||.|||||.|||||||||||||||||.||||||||.|||||.||||
Sbjct 2190 CGAGGAGTACGATGAGGAGGAGGAGGACCCGGATGTGGATTATGGGAGTGACAGCGAAAACCACATTGCGGGAC 2263
Query 1919 AAGCCAAC 1926
||||||||
Sbjct 2264 AAGCCAAC 2271