Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000471554
• Subject: XM_006506941.3
• Aligned Length: 2250
• Identities: 1645
• Gaps: 429

Alignment

Query    1  ATGTCTTCCAAGCGACCAGCCTCTCCGTATGGGGAAGCAGATGGAGAGGTAGCCATGGTGACAAGCAGACAGAA  74
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||..|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGTCTTCCAAGCGACCAGCCTCTCCGTATGGGGAGACAGATGGAGAGGTAGCCATGGTGACAAGCAGACAGAA  74

Query   75  AGTGGAAGAAGAGGAGAGTGACGGGCTCCCAGCCTTTCACCTTCCCTTGCATGTGAGTTTTCCCAACAAGCCTC  148
            |||||||||.|||||||||||..|||||||||||||||||||||||||.|||                      
Sbjct   75  AGTGGAAGAGGAGGAGAGTGAGAGGCTCCCAGCCTTTCACCTTCCCTTACAT----------------------  126

Query  149  ACTCTGAGGAATTTCAGCCAGTTTCTCTGCTGACGCAAGAGACTTGTGGCCATAGGACTCCCACTTCTCAGCAC  222
                                                                                      
Sbjct  127  --------------------------------------------------------------------------  126

Query  223  AATACAATGGAAGTTGATGGCAATAAAGTTATGTCTTCATTTGCCCCACACAACTCATCTACCTCACCTCAGAA  296
                     |||||.||||||||||||||||||||||||||.||.|||.|||||||||||||||||||||||||
Sbjct  127  ---------GAAGTCGATGGCAATAAAGTTATGTCTTCATTAGCTCCATACAACTCATCTACCTCACCTCAGAA  191

Query  297  GGCAGAAGAAGGTGGGCGACAGAGTGGCGAGTCCTTGTCTAGTACAGCCCTGGGAACTCCTGAACGGCGCAAGG  370
            |||.||||||||||||||||||||||||||||||.||||.||..||||||||||.|||||.||.||||||||||
Sbjct  192  GGCGGAAGAAGGTGGGCGACAGAGTGGCGAGTCCGTGTCGAGCGCAGCCCTGGGGACTCCCGAGCGGCGCAAGG  265

Query  371  GCAGTTTAGCTGATGTTGTTGACACCTTGAAGCAGAGGAAAATGGAAGAGCTCATCAAAAACGAGCCGGAAGAA  444
            ||||.|||||.|||||.||.||||||.|||||||||||||.|||||||||||.|||||.||.|||||.|||||.
Sbjct  266  GCAGCTTAGCGGATGTGGTGGACACCCTGAAGCAGAGGAAGATGGAAGAGCTGATCAAGAATGAGCCAGAAGAC  339

Query  445  ACCCCCAGTATTGAAAAACTACTCTCAAAGGACTGGAAAGACAAGCTTCTTGCAATGGGATCGGGGAACTTTGG  518
            ||.||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||.||.|||||||||||.|||||||||||
Sbjct  340  ACTCCCAGTATTGAAAAGCTACTCTCCAAGGACTGGAAAGACAAGCTCCTGGCAATGGGATCAGGGAACTTTGG  413

Query  519  CGAAATAAAAGGGACTCCCGAGAGCTTAGCTGAGAAAGAAAGGCAACTCATGGGTATGATCAACCAGCTGACCA  592
            .|||||||||||||||||.||||||.|.||||||||.||..||||.|||||||||||||||||.||||||||||
Sbjct  414  AGAAATAAAAGGGACTCCTGAGAGCCTCGCTGAGAAGGAGCGGCAGCTCATGGGTATGATCAATCAGCTGACCA  487

Query  593  GCCTCCGAGAGCAGCTGTTGGCTGCCCACGATGAGCAGAAGAAACTAGCTGCCTCTCAGATTGAGAAACAGCGT  666
            |.||.||.|||||.||..|||||||||||||||||||||||||..|.|||||.||||||||.||||||||||||
Sbjct  488  GTCTACGGGAGCAACTCCTGGCTGCCCACGATGAGCAGAAGAAGTTGGCTGCATCTCAGATAGAGAAACAGCGT  561

Query  667  CAGCAAATGGAGCTGGCCAAGCAGCAACAAGAACAAATTGCAAGACAGCAGCAGCAGCTTCTACAGCAACAACA  740
            |||||.|||||||||||||||||||||||.||.||.||.||.||.||.||||||||||||||.|||||||||||
Sbjct  562  CAGCAGATGGAGCTGGCCAAGCAGCAACAGGAGCAGATCGCGAGGCAACAGCAGCAGCTTCTGCAGCAACAACA  635

Query  741  CAAAATCAATTTGCTCCAGCAACAGATCCAGGTTCAAGGTCAGCTGCCGCCATTAATGATTCCCGTATTCCCTC  814
            |||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||
Sbjct  636  CAAAATCAACTTGCTTCAGCAACAGATCCAGGTTCAAGGTCAGCTGCCGCCATTGATGATTCCCGTGTTCCCTC  709

Query  815  CTGATCAACGGACACTGGCTGCAGCTGCCCAGCAAGGATTCCTCCTCCCTCCAGGCTTCAGCTATAAGGCTGGA  888
            ||||.||.|||||.||.||.||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.||||||||.||||||||.
Sbjct  710  CTGACCAGCGGACCCTCGCAGCAGCTGCCCAGCAAGGATTCCTCCTTCCTCCTGGTTTCAGCTACAAGGCTGGG  783

Query  889  TGTAGTGACCCTTACCCTGTTCAGCTGATCCCAACTACCATGGCAGCTGCTGCCGCAGCAACACCAGGCTTAGG  962
            ||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||
Sbjct  784  TGCAGTGACCCTTACCCTGTTCAGCTGATCCCAACCACTATGGCAGCTGCTGCTGCAGCAACACCAGGCTTAGG  857

Query  963  CCCACTCCAACTGCAGCAGTTATATGCTGCCCAGCTAGCTGCAATGCAGGTATCTCCAGGAGGGAAGCTGCCAG  1036
            |||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||.|.||
Sbjct  858  CCCACTCCAGCTGCAGCAGTTCTATGCTGCCCAGCTAGCCGCAATGCAGGTTTCTCCAGGAGGGAAGCTCCTAG  931

Query 1037  GCATACCCCAAGGCAACCTTGGTGCTGCTGTATCTCCTACCAGCATTCACACAGACAAGAGCACAAACAGCCCA  1110
            ||.|||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
Sbjct  932  GCCTACCCCAAGGCAACCTTGGTGCTGCCGTGTCTCCTACCAGCATTCACACAGACAAGAGCACAAACAGTCCA  1005

Query 1111  CCACCCAAAAGC--------------------------------------------------------------  1122
            ||||||||||||                                                              
Sbjct 1006  CCACCCAAAAGCAAGGATGAAGTGGCCCAGCCACTGAACCTATCAGCTAAGCCCAAGACCTCTGATGGCAAATC  1079

Query 1123  --------------------------------------------------------------------------  1122
                                                                                      
Sbjct 1080  ACCTGCATCACCCACCTCTCCTCACATGCCAGCTCTGAGAATAAACAGTGGGGCTGGCCCCCTCAAAGCCTCTG  1153

Query 1123  --------------------------------------------------------------------------  1122
                                                                                      
Sbjct 1154  TCCCGGCAGCATTAGCTAGTCCTTCTGCAAGAGTTAGCACAATAGGCTATTTAAATGACCACGATGCTGTCACC  1227

Query 1123  --------------------------------------------------------------------------  1122
                                                                                      
Sbjct 1228  AAGGCAATCCAAGAAGCTCGCCAGATGAAAGAGCAACTCAGGCGAGAGCAGCAAGCGTTGGACGGGAAGGTGGC  1301

Query 1123  ----------------------------------------AAGGAAAAAACAACACTGGAGAGTCTGACTCAGC  1156
                                                    |||||||||||||||||||||||.||||||||||
Sbjct 1302  CGTGGTGAACAGCATAGGTCTCAGCAACTGCCGGACAGAAAAGGAAAAAACAACACTGGAGAGCCTGACTCAGC  1375

Query 1157  AACTGGCAGTTAAACAGAATGAAGAAGGAAAATTTAGCCATGCAATGATGGATTTCAATCTGAGTGGAGATTCT  1230
            |..|||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||.||||||||||||||||.||||||||||||||
Sbjct 1376  AGTTGGCAGTTAAACAGAATGAAGAAGGGAAATTTAGCCATGGAATGATGGATTTCAATATGAGTGGAGATTCT  1449

Query 1231  GATGGAAGTGCTGGAGTCTCAGAGTCAAGAATTTATAGGGAATCCCGAGGGCGTGGTAGCAATGAACCCCACAT  1304
            ||.|||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||.|.||.|||||||||||.||.||||||||
Sbjct 1450  GACGGAAGCGCTGGAGTCTCAGAGTCAAGAATTTACAGGGAATCCAGGGGACGTGGTAGCAACGAGCCCCACAT  1523

Query 1305  AAAGCGTCCAATGAATGCCTTCATGGTGTGGGCTAAAGATGAACGGAGAAAGATCCTTCAAGCCTTTCCTGACA  1378
            |||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||.||||||||.||||||||.||||
Sbjct 1524  AAAGCGTCCAATGAATGCCTTCATGGTGTGGGCGAAAGATGAACGGAGGAAAATCCTTCAGGCCTTTCCCGACA  1597

Query 1379  TGCACAACTCCAACATCAGCAAGATATTGGGATCTCGCTGGAAAGCTATGACAAACCTAGAGAAACAGCCATAT  1452
            |||||||.||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.
Sbjct 1598  TGCACAATTCCAACATCAGCAAGATACTGGGATCTCGCTGGAAAGCTATGACCAACCTAGAGAAACAGCCATAC  1671

Query 1453  TATGAGGAGCAAGCCCGTCTCAGCAAGCAGCACCTGGAGAAGTACCCTGACTATAAGTACAAGCCCAGGCCAAA  1526
            |||||||||||.|||||.||||||||.||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||.||||||||
Sbjct 1672  TATGAGGAGCAGGCCCGCCTCAGCAAACAGCACCTGGAGAAGTACCCGGACTACAAGTACAAGCCTAGGCCAAA  1745

Query 1527  GCGCACCTGCCTGGTGGATGGCAAAAAGCTGCGCATTGGTGAATACAAGGCAATCATGCGCAACAGGCGGCAGG  1600
            |||||||||.||||||||.|||||.||.|||||.||.||.||.||||||||.||||||||.|||.||.||||||
Sbjct 1746  GCGCACCTGTCTGGTGGACGGCAAGAAACTGCGTATCGGGGAGTACAAGGCCATCATGCGGAACCGGAGGCAGG  1819

Query 1601  AAATGCGGCAGTACTTCAATGTTGGGCAACAAGCACAGATCCCCATTGCCACTGCTGGTGTTGTGTACCCTGGA  1674
            |||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||.||.||.||.|||||.|||||..|.
Sbjct 1820  AAATGCGACAGTACTTCAACGTTGGGCAACAAGCACAGATCCCCATCGCGACGGCCGGAGTTGTATACCCCAGC  1893

Query 1675  GCCATCGCCATGGCTGGGATGCCCTCCCCTCACCTGCCCTCGGAGCACTCAAGCGTGTCTAGCAGCCCAGAGCC  1748
            ||||||||||||||.||.|||||.|||||||||||||||||.||||||||.||||||||.||||||||.|||||
Sbjct 1894  GCCATCGCCATGGCAGGAATGCCGTCCCCTCACCTGCCCTCCGAGCACTCGAGCGTGTCCAGCAGCCCGGAGCC  1967

Query 1749  TGGGATGCCTGTTATCCAGAGCACTTACGGTGTGAAAGGAGAGGAGCCACATATCAAAGAAGAGATACAGGCCG  1822
            .||||||||.||.|||||||||||||||||.|..||.|||||||||||.||.|||||.||||||||.|||||.|
Sbjct 1968  CGGGATGCCCGTGATCCAGAGCACTTACGGCGCCAAGGGAGAGGAGCCCCACATCAAGGAAGAGATCCAGGCTG  2041

Query 1823  AGGACATCAATGGAGAAATTTATGATGAGTACGACGAGGAAGAGGATGATCCAGATGTAGATTATGGGAGTGAC  1896
            ||||||||||.|||||.|||||.||.||||||||.|||||.|||||.||.||.|||||.|||||||||||||||
Sbjct 2042  AGGACATCAACGGAGAGATTTACGAGGAGTACGATGAGGAGGAGGAGGACCCGGATGTGGATTATGGGAGTGAC  2115

Query 1897  AGTGAAAACCATATTGCAGGACAAGCCAAC  1926
            ||.||||||||.|||||.||||||||||||
Sbjct 2116  AGCGAAAACCACATTGCGGGACAAGCCAAC  2145