Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000471554
• Subject: XM_011241581.1
• Aligned Length: 2253
• Identities: 1645
• Gaps: 432

Alignment

Query    1  ATGTCTTCCAAGCGACCAGCCTCTCCGTATGGGGAAGCAGATGGAGAGGTAGCCATGGTGACAAGCAGACAGAA  74
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||..|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGTCTTCCAAGCGACCAGCCTCTCCGTATGGGGAGACAGATGGAGAGGTAGCCATGGTGACAAGCAGACAGAA  74

Query   75  AGTGGAAGAAGAGGAGAGTGACGGGCTCCCAGCCTTTCACCTTCCCTTGCATGTGAGTTTTCCCAACAAGCCTC  148
            |||||||||.|||||||||||..|||||||||||||||||||||||||.|||                      
Sbjct   75  AGTGGAAGAGGAGGAGAGTGAGAGGCTCCCAGCCTTTCACCTTCCCTTACAT----------------------  126

Query  149  ACTCTGAGGAATTTCAGCCAGTTTCTCTGCTGACGCAAGAGACTTGTGGCCATAGGACTCCCACTTCTCAGCAC  222
                                                                                      
Sbjct  127  --------------------------------------------------------------------------  126

Query  223  AATACAATGGAAGTTGATGGCAATAAAGTTATGTCTTCATTTGCCCCACACAACTCATCTACCTCACCTCAGAA  296
                     |||||.||||||||||||||||||||||||||.||.|||.|||||||||||||||||||||||||
Sbjct  127  ---------GAAGTCGATGGCAATAAAGTTATGTCTTCATTAGCTCCATACAACTCATCTACCTCACCTCAGAA  191

Query  297  GGCAGAAGAAGGTGGGCGACAGAGTGGCGAGTCCTTGTCTAGTACAGCCCTGGGAACTCCTGAACGGCGCAAGG  370
            |||.||||||||||||||||||||||||||||||.||||.||..||||||||||.|||||.||.||||||||||
Sbjct  192  GGCGGAAGAAGGTGGGCGACAGAGTGGCGAGTCCGTGTCGAGCGCAGCCCTGGGGACTCCCGAGCGGCGCAAGG  265

Query  371  GCAGTTTAGCTGATGTTGTTGACACCTTGAAGCAGAGGAAAATGGAAGAGCTCATCAAAAACGAGCCGGAAGAA  444
            ||||.|||||.|||||.||.||||||.|||||||||||||.|||||||||||.|||||.||.|||||.|||||.
Sbjct  266  GCAGCTTAGCGGATGTGGTGGACACCCTGAAGCAGAGGAAGATGGAAGAGCTGATCAAGAATGAGCCAGAAGAC  339

Query  445  ACCCCCAGTATTGAAAAACTACTCTCAAAGGACTGGAAAGACAAGCTTCTTGCAATGGGATCGGGGAACTTTGG  518
            ||.||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||.||.|||||||||||.|||||||||||
Sbjct  340  ACTCCCAGTATTGAAAAGCTACTCTCCAAGGACTGGAAAGACAAGCTCCTGGCAATGGGATCAGGGAACTTTGG  413

Query  519  CGAAATAAAAGGGACTCCCGAGAGCTTAGCTGAGAAAGAAAGGCAACTCATGGGTATGATCAACCAGCTGACCA  592
            .|||||||||||||||||.||||||.|.||||||||.||..||||.|||||||||||||||||.||||||||||
Sbjct  414  AGAAATAAAAGGGACTCCTGAGAGCCTCGCTGAGAAGGAGCGGCAGCTCATGGGTATGATCAATCAGCTGACCA  487

Query  593  GCCTCCGAGAGCAGCTGTTGGCTGCCCACGATGAGCAGAAGAAACTAGCTGCCTCTCAGATTGAGAAACAGCGT  666
            |.||.||.|||||.||..|||||||||||||||||||||||||..|.|||||.||||||||.||||||||||||
Sbjct  488  GTCTACGGGAGCAACTCCTGGCTGCCCACGATGAGCAGAAGAAGTTGGCTGCATCTCAGATAGAGAAACAGCGT  561

Query  667  CAGCAAATGGAGCTGGCCAAGCAGCAACAAGAACAAATTGCAAGACAGCAGCAGCAGCTTCTACAGCAACAACA  740
            |||||.|||||||||||||||||||||||.||.||.||.||.||.||.||||||||||||||.|||||||||||
Sbjct  562  CAGCAGATGGAGCTGGCCAAGCAGCAACAGGAGCAGATCGCGAGGCAACAGCAGCAGCTTCTGCAGCAACAACA  635

Query  741  CAAAATCAATTTGCTCCAGCAACAGATC---CAGGTTCAAGGTCAGCTGCCGCCATTAATGATTCCCGTATTCC  811
            |||||||||.|||||.||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||
Sbjct  636  CAAAATCAACTTGCTTCAGCAACAGATCCAGCAGGTTCAAGGTCAGCTGCCGCCATTGATGATTCCCGTGTTCC  709

Query  812  CTCCTGATCAACGGACACTGGCTGCAGCTGCCCAGCAAGGATTCCTCCTCCCTCCAGGCTTCAGCTATAAGGCT  885
            |||||||.||.|||||.||.||.||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.||||||||.||||||
Sbjct  710  CTCCTGACCAGCGGACCCTCGCAGCAGCTGCCCAGCAAGGATTCCTCCTTCCTCCTGGTTTCAGCTACAAGGCT  783

Query  886  GGATGTAGTGACCCTTACCCTGTTCAGCTGATCCCAACTACCATGGCAGCTGCTGCCGCAGCAACACCAGGCTT  959
            ||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||.|||||||||||||||||
Sbjct  784  GGGTGCAGTGACCCTTACCCTGTTCAGCTGATCCCAACCACTATGGCAGCTGCTGCTGCAGCAACACCAGGCTT  857

Query  960  AGGCCCACTCCAACTGCAGCAGTTATATGCTGCCCAGCTAGCTGCAATGCAGGTATCTCCAGGAGGGAAGCTGC  1033
            ||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||.|
Sbjct  858  AGGCCCACTCCAGCTGCAGCAGTTCTATGCTGCCCAGCTAGCCGCAATGCAGGTTTCTCCAGGAGGGAAGCTCC  931

Query 1034  CAGGCATACCCCAAGGCAACCTTGGTGCTGCTGTATCTCCTACCAGCATTCACACAGACAAGAGCACAAACAGC  1107
            .||||.|||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct  932  TAGGCCTACCCCAAGGCAACCTTGGTGCTGCCGTGTCTCCTACCAGCATTCACACAGACAAGAGCACAAACAGT  1005

Query 1108  CCACCACCCAAAAGC-----------------------------------------------------------  1122
            |||||||||||||||                                                           
Sbjct 1006  CCACCACCCAAAAGCAAGGATGAAGTGGCCCAGCCACTGAACCTATCAGCTAAGCCCAAGACCTCTGATGGCAA  1079

Query 1123  --------------------------------------------------------------------------  1122
                                                                                      
Sbjct 1080  ATCACCTGCATCACCCACCTCTCCTCACATGCCAGCTCTGAGAATAAACAGTGGGGCTGGCCCCCTCAAAGCCT  1153

Query 1123  --------------------------------------------------------------------------  1122
                                                                                      
Sbjct 1154  CTGTCCCGGCAGCATTAGCTAGTCCTTCTGCAAGAGTTAGCACAATAGGCTATTTAAATGACCACGATGCTGTC  1227

Query 1123  --------------------------------------------------------------------------  1122
                                                                                      
Sbjct 1228  ACCAAGGCAATCCAAGAAGCTCGCCAGATGAAAGAGCAACTCAGGCGAGAGCAGCAAGCGTTGGACGGGAAGGT  1301

Query 1123  -------------------------------------------AAGGAAAAAACAACACTGGAGAGTCTGACTC  1153
                                                       |||||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct 1302  GGCCGTGGTGAACAGCATAGGTCTCAGCAACTGCCGGACAGAAAAGGAAAAAACAACACTGGAGAGCCTGACTC  1375

Query 1154  AGCAACTGGCAGTTAAACAGAATGAAGAAGGAAAATTTAGCCATGCAATGATGGATTTCAATCTGAGTGGAGAT  1227
            ||||..|||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||.||||||||||||||||.|||||||||||
Sbjct 1376  AGCAGTTGGCAGTTAAACAGAATGAAGAAGGGAAATTTAGCCATGGAATGATGGATTTCAATATGAGTGGAGAT  1449

Query 1228  TCTGATGGAAGTGCTGGAGTCTCAGAGTCAAGAATTTATAGGGAATCCCGAGGGCGTGGTAGCAATGAACCCCA  1301
            |||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||.|.||.|||||||||||.||.|||||
Sbjct 1450  TCTGACGGAAGCGCTGGAGTCTCAGAGTCAAGAATTTACAGGGAATCCAGGGGACGTGGTAGCAACGAGCCCCA  1523

Query 1302  CATAAAGCGTCCAATGAATGCCTTCATGGTGTGGGCTAAAGATGAACGGAGAAAGATCCTTCAAGCCTTTCCTG  1375
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||.||||||||.||||||||.|
Sbjct 1524  CATAAAGCGTCCAATGAATGCCTTCATGGTGTGGGCGAAAGATGAACGGAGGAAAATCCTTCAGGCCTTTCCCG  1597

Query 1376  ACATGCACAACTCCAACATCAGCAAGATATTGGGATCTCGCTGGAAAGCTATGACAAACCTAGAGAAACAGCCA  1449
            ||||||||||.||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
Sbjct 1598  ACATGCACAATTCCAACATCAGCAAGATACTGGGATCTCGCTGGAAAGCTATGACCAACCTAGAGAAACAGCCA  1671

Query 1450  TATTATGAGGAGCAAGCCCGTCTCAGCAAGCAGCACCTGGAGAAGTACCCTGACTATAAGTACAAGCCCAGGCC  1523
            ||.|||||||||||.|||||.||||||||.||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||.|||||
Sbjct 1672  TACTATGAGGAGCAGGCCCGCCTCAGCAAACAGCACCTGGAGAAGTACCCGGACTACAAGTACAAGCCTAGGCC  1745

Query 1524  AAAGCGCACCTGCCTGGTGGATGGCAAAAAGCTGCGCATTGGTGAATACAAGGCAATCATGCGCAACAGGCGGC  1597
            ||||||||||||.||||||||.|||||.||.|||||.||.||.||.||||||||.||||||||.|||.||.|||
Sbjct 1746  AAAGCGCACCTGTCTGGTGGACGGCAAGAAACTGCGTATCGGGGAGTACAAGGCCATCATGCGGAACCGGAGGC  1819

Query 1598  AGGAAATGCGGCAGTACTTCAATGTTGGGCAACAAGCACAGATCCCCATTGCCACTGCTGGTGTTGTGTACCCT  1671
            ||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||.||.||.||.|||||.|||||.
Sbjct 1820  AGGAAATGCGACAGTACTTCAACGTTGGGCAACAAGCACAGATCCCCATCGCGACGGCCGGAGTTGTATACCCC  1893

Query 1672  GGAGCCATCGCCATGGCTGGGATGCCCTCCCCTCACCTGCCCTCGGAGCACTCAAGCGTGTCTAGCAGCCCAGA  1745
            .|.||||||||||||||.||.|||||.|||||||||||||||||.||||||||.||||||||.||||||||.||
Sbjct 1894  AGCGCCATCGCCATGGCAGGAATGCCGTCCCCTCACCTGCCCTCCGAGCACTCGAGCGTGTCCAGCAGCCCGGA  1967

Query 1746  GCCTGGGATGCCTGTTATCCAGAGCACTTACGGTGTGAAAGGAGAGGAGCCACATATCAAAGAAGAGATACAGG  1819
            |||.||||||||.||.|||||||||||||||||.|..||.|||||||||||.||.|||||.||||||||.||||
Sbjct 1968  GCCCGGGATGCCCGTGATCCAGAGCACTTACGGCGCCAAGGGAGAGGAGCCCCACATCAAGGAAGAGATCCAGG  2041

Query 1820  CCGAGGACATCAATGGAGAAATTTATGATGAGTACGACGAGGAAGAGGATGATCCAGATGTAGATTATGGGAGT  1893
            |.|||||||||||.|||||.|||||.||.||||||||.|||||.|||||.||.||.|||||.||||||||||||
Sbjct 2042  CTGAGGACATCAACGGAGAGATTTACGAGGAGTACGATGAGGAGGAGGAGGACCCGGATGTGGATTATGGGAGT  2115

Query 1894  GACAGTGAAAACCATATTGCAGGACAAGCCAAC  1926
            |||||.||||||||.|||||.||||||||||||
Sbjct 2116  GACAGCGAAAACCACATTGCGGGACAAGCCAAC  2148