Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000471554
• Subject: XM_011520838.2
• Aligned Length: 2292
• Identities: 1821
• Gaps: 471

Alignment

Query    1  ---------------------------------------ATGTCTTCCAAGCGACCAGCCTCTCCGTATGGGGA  35
                                                   |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGCTTACTGACCCTGATTTACCTCAGGAGTTTGAAAGGATGTCTTCCAAGCGACCAGCCTCTCCGTATGGGGA  74

Query   36  AGCAGATGGAGAGGTAGCCATGGTGACAAGCAGACAGAAAGTGGAAGAAGAGGAGAGTGACGGGCTCCCAGCCT  109
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  AGCAGATGGAGAGGTAGCCATGGTGACAAGCAGACAGAAAGTGGAAGAAGAGGAGAGTGACGGGCTCCCAGCCT  148

Query  110  TTCACCTTCCCTTGCATGTGAGTTTTCCCAACAAGCCTCACTCTGAGGAATTTCAGCCAGTTTCTCTGCTGACG  183
            |||||||||||||||||                                                         
Sbjct  149  TTCACCTTCCCTTGCAT---------------------------------------------------------  165

Query  184  CAAGAGACTTGTGGCCATAGGACTCCCACTTCTCAGCACAATACAATGGAAGTTGATGGCAATAAAGTTATGTC  257
                                                            ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  166  ------------------------------------------------GAAGTTGATGGCAATAAAGTTATGTC  191

Query  258  TTCATTTGCCCCACACAACTCATCTACCTCACCTCAGAAGGCAGAAGAAGGTGGGCGACAGAGTGGCGAGTCCT  331
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  192  TTCATTTGCCCCACACAACTCATCTACCTCACCTCAGAAGGCAGAAGAAGGTGGGCGACAGAGTGGCGAGTCCT  265

Query  332  TGTCTAGTACAGCCCTGGGAACTCCTGAACGGCGCAAGGGCAGTTTAGCTGATGTTGTTGACACCTTGAAGCAG  405
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  266  TGTCTAGTACAGCCCTGGGAACTCCTGAACGGCGCAAGGGCAGTTTAGCTGATGTTGTTGACACCTTGAAGCAG  339

Query  406  AGGAAAATGGAAGAGCTCATCAAAAACGAGCCGGAAGAAACCCCCAGTATTGAAAAACTACTCTCAAAGGACTG  479
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  340  AGGAAAATGGAAGAGCTCATCAAAAACGAGCCGGAAGAAACCCCCAGTATTGAAAAACTACTCTCAAAGGACTG  413

Query  480  GAAAGACAAGCTTCTTGCAATGGGATCGGGGAACTTTGGCGAAATAAAAGGGACTCCCGAGAGCTTAGCTGAGA  553
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  414  GAAAGACAAGCTTCTTGCAATGGGATCGGGGAACTTTGGCGAAATAAAAGGGACTCCCGAGAGCTTAGCTGAGA  487

Query  554  AAGAAAGGCAACTCATGGGTATGATCAACCAGCTGACCAGCCTCCGAGAGCAGCTGTTGGCTGCCCACGATGAG  627
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  488  AAGAAAGGCAACTCATGGGTATGATCAACCAGCTGACCAGCCTCCGAGAGCAGCTGTTGGCTGCCCACGATGAG  561

Query  628  CAGAAGAAACTAGCTGCCTCTCAGATTGAGAAACAGCGTCAGCAAATGGAGCTGGCCAAGCAGCAACAAGAACA  701
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  562  CAGAAGAAACTAGCTGCCTCTCAGATTGAGAAACAGCGTCAGCAAATGGAGCTGGCCAAGCAGCAACAAGAACA  635

Query  702  AATTGCAAGACAGCAGCAGCAGCTTCTACAGCAACAACACAAAATCAATTTGCTCCAGCAACAGATC---CAGG  772
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||
Sbjct  636  AATTGCAAGACAGCAGCAGCAGCTTCTACAGCAACAACACAAAATCAATTTGCTCCAGCAACAGATCCAGCAGG  709

Query  773  TTCAAGGTCAGCTGCCGCCATTAATGATTCCCGTATTCCCTCCTGATCAACGGACACTGGCTGCAGCTGCCCAG  846
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  710  TTCAAGGTCAGCTGCCGCCATTAATGATTCCCGTATTCCCTCCTGATCAACGGACACTGGCTGCAGCTGCCCAG  783

Query  847  CAAGGATTCCTCCTCCCTCCAGGCTTCAGCTATAAGGCTGGATGTAGTGACCCTTACCCTGTTCAGCTGATCCC  920
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  784  CAAGGATTCCTCCTCCCTCCAGGCTTCAGCTATAAGGCTGGATGTAGTGACCCTTACCCTGTTCAGCTGATCCC  857

Query  921  AACTACCATGGCAGCTGCTGCCGCAGCAACACCAGGCTTAGGCCCACTCCAACTGCAGCAGTTATATGCTGCCC  994
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  858  AACTACCATGGCAGCTGCTGCCGCAGCAACACCAGGCTTAGGCCCACTCCAACTGCAGCAGTTATATGCTGCCC  931

Query  995  AGCTAGCTGCAATGCAGGTATCTCCAGGAGGGAAGCTGCCAGGCATACCCCAAGGCAACCTTGGTGCTGCTGTA  1068
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  932  AGCTAGCTGCAATGCAGGTATCTCCAGGAGGGAAGCTGCCAGGCATACCCCAAGGCAACCTTGGTGCTGCTGTA  1005

Query 1069  TCTCCTACCAGCATTCACACAGACAAGAGCACAAACAGCCCACCACCCAAAAGC--------------------  1122
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                    
Sbjct 1006  TCTCCTACCAGCATTCACACAGACAAGAGCACAAACAGCCCACCACCCAAAAGCAAGGATGAAGTGGCACAGCC  1079

Query 1123  --------------------------------------------------------------------------  1122
                                                                                      
Sbjct 1080  ACTGAACCTATCAGCTAAACCCAAGACCTCTGATGGCAAATCACCCACATCACCCACCTCTCCCCATATGCCAG  1153

Query 1123  --------------------------------------------------------------------------  1122
                                                                                      
Sbjct 1154  CTCTGAGAATAAACAGTGGGGCAGGCCCCCTCAAAGCCTCTGTCCCAGCAGCGTTAGCTAGTCCTTCAGCCAGA  1227

Query 1123  --------------------------------------------------------------------------  1122
                                                                                      
Sbjct 1228  GTTAGCACAATAGGTTACTTAAATGACCATGATGCTGTCACCAAGGCAATCCAAGAAGCTCGGCAAATGAAGGA  1301

Query 1123  --------------------------------------------------------------------------  1122
                                                                                      
Sbjct 1302  GCAACTCCGACGGGAACAACAGGTGCTTGATGGGAAGGTGGCTGTTGTGAATAGTCTGGGTCTCAATAACTGCC  1375

Query 1123  --------AAGGAAAAAACAACACTGGAGAGTCTGACTCAGCAACTGGCAGTTAAACAGAATGAAGAAGGAAAA  1188
                    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1376  GAACAGAAAAGGAAAAAACAACACTGGAGAGTCTGACTCAGCAACTGGCAGTTAAACAGAATGAAGAAGGAAAA  1449

Query 1189  TTTAGCCATGCAATGATGGATTTCAATCTGAGTGGAGATTCTGATGGAAGTGCTGGAGTCTCAGAGTCAAGAAT  1262
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1450  TTTAGCCATGCAATGATGGATTTCAATCTGAGTGGAGATTCTGATGGAAGTGCTGGAGTCTCAGAGTCAAGAAT  1523

Query 1263  TTATAGGGAATCCCGAGGGCGTGGTAGCAATGAACCCCACATAAAGCGTCCAATGAATGCCTTCATGGTGTGGG  1336
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1524  TTATAGGGAATCCCGAGGGCGTGGTAGCAATGAACCCCACATAAAGCGTCCAATGAATGCCTTCATGGTGTGGG  1597

Query 1337  CTAAAGATGAACGGAGAAAGATCCTTCAAGCCTTTCCTGACATGCACAACTCCAACATCAGCAAGATATTGGGA  1410
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1598  CTAAAGATGAACGGAGAAAGATCCTTCAAGCCTTTCCTGACATGCACAACTCCAACATCAGCAAGATATTGGGA  1671

Query 1411  TCTCGCTGGAAAGCTATGACAAACCTAGAGAAACAGCCATATTATGAGGAGCAAGCCCGTCTCAGCAAGCAGCA  1484
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1672  TCTCGCTGGAAAGCTATGACAAACCTAGAGAAACAGCCATATTATGAGGAGCAAGCCCGTCTCAGCAAGCAGCA  1745

Query 1485  CCTGGAGAAGTACCCTGACTATAAGTACAAGCCCAGGCCAAAGCGCACCTGCCTGGTGGATGGCAAAAAGCTGC  1558
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1746  CCTGGAGAAGTACCCTGACTATAAGTACAAGCCCAGGCCAAAGCGCACCTGCCTGGTGGATGGCAAAAAGCTGC  1819

Query 1559  GCATTGGTGAATACAAGGCAATCATGCGCAACAGGCGGCAGGAAATGCGGCAGTACTTCAATGTTGGGCAACAA  1632
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1820  GCATTGGTGAATACAAGGCAATCATGCGCAACAGGCGGCAGGAAATGCGGCAGTACTTCAATGTTGGGCAACAA  1893

Query 1633  GCACAGATCCCCATTGCCACTGCTGGTGTTGTGTACCCTGGAGCCATCGCCATGGCTGGGATGCCCTCCCCTCA  1706
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1894  GCACAGATCCCCATTGCCACTGCTGGTGTTGTGTACCCTGGAGCCATCGCCATGGCTGGGATGCCCTCCCCTCA  1967

Query 1707  CCTGCCCTCGGAGCACTCAAGCGTGTCTAGCAGCCCAGAGCCTGGGATGCCTGTTATCCAGAGCACTTACGGTG  1780
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1968  CCTGCCCTCGGAGCACTCAAGCGTGTCTAGCAGCCCAGAGCCTGGGATGCCTGTTATCCAGAGCACTTACGGTG  2041

Query 1781  TGAAAGGAGAGGAGCCACATATCAAAGAAGAGATACAGGCCGAGGACATCAATGGAGAAATTTATGATGAGTAC  1854
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2042  TGAAAGGAGAGGAGCCACATATCAAAGAAGAGATACAGGCCGAGGACATCAATGGAGAAATTTATGATGAGTAC  2115

Query 1855  GACGAGGAAGAGGATGATCCAGATGTAGATTATGGGAGTGACAGTGAAAACCATATTGCAGGACAAGCCAAC  1926
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2116  GACGAGGAAGAGGATGATCCAGATGTAGATTATGGGAGTGACAGTGAAAACCATATTGCAGGACAAGCCAAC  2187