Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000471790
• Subject: XM_017025427.2
• Aligned Length: 3114
• Identities: 2319
• Gaps: 785

Alignment

Query    1  ATGGAGGTGGTGGGTGACTTCGAGTACAGCAAGAGGGATCTCGTGGGACACGGGGCCTTCGCCGTGGTCTTCCG  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  GGGGCGGCACCGCCAGAAAACTGATTGGGAGGTAGCTATTAAAAGTATTAATAAAAAGAACTTGTCAAAATCAC  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  AAATACTGCTTGGAAAGGAAATTAAAATCTTAAAGGAACTTCAGCATGAAAATATTGTAGCACTCTATGATGTT  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  CAGGAATTACCCAACTCTGTCTTTTTGGTGATGGAGTATTGCAATGGTGGAGACCTCGCAGATTATTTGCAAGC  296
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  297  GAAAGGGACTCTCAGTGAAGACACGATCAGAGTGTTTCTGCATCAGATTGCTGCTGCCATGCGAATCCTGCACA  370
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  371  GCAAAGGAATCATCCACAGAGATCTCAAACCACAGAACATCTTGCTGTCCTATGCCAATCGCAGAAAATCAAGT  444
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  445  GTCAGTGGTATTCGCATCAAAATAGCGGATTTTGGTTTTGCTCGTTACCTACATAGTAACATGATGGCTGCAAC  518
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  519  ACTGTGTGGATCCCCGATGTACATGGCTCCTGAGGTTATTATGTCTCAACATTATGATGCTAAGGCTGACTTGT  592
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  593  GGAGCATAGGAACAGTGATATACCAATGCCTAGTTGGAAAACCACCTTTTCAGGCCAATAGTCCTCAAGACTTA  666
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  667  AAGATGTTTTATGAAAAAAACAGGAGCTTAATGCCTAGTATTCCCAGAGAAACATCACCTTATTTGGCTAATCT  740
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  741  CTTTTGGGTTTGCTTCAGAGAAACCAAAAAGATAAGAATGGACTTTGAAGC-GTTTTTAGCCATCCTTTTTCTT  813
                                                 |||||||||||||| .||||||||||||| |||||||
Sbjct    1  -------------------------------------ATGGACTTTGAAGCATTTTTTAGCCATCC-TTTTCTT  36

Query  814  GAGCAAGGTCCAGTAAAAAAATCTTGCCCAGTTCCAGTGCCCATGTATTCTGGTTCTGTCTCTGGAAGCTCCTG  887
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   37  GAGCAAGGTCCAGTAAAAAAATCTTGCCCAGTTCCAGTGCCCATGTATTCTGGTTCTGTCTCTGGAAGCTCCTG  110

Query  888  TGGCAGCTCTCCATCTTGTCGTTTTGCTTCTCCACCATCCCTTCCAGATATGCAGCATATTCAGGAAGAAAACT  961
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  111  TGGCAGCTCTCCATCTTGTCGTTTTGCTTCTCCACCATCCCTTCCAGATATGCAGCATATTCAGGAAGAAAACT  184

Query  962  TATCTTCCCCACCATTGGGTCCTCCCAACTATCTACAAGTTTCCAAAGATTCTGCCAGTACTAGTAGCAAGAAC  1035
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  185  TATCTTCCCCACCATTGGGTCCTCCCAACTATCTACAAGTTTCCAAAGATTCTGCCAGTACTAGTAGCAAGAAC  258

Query 1036  TCTTCTTGTGACACGGATGACTTTGTTTTGGTGCCACACAACATCTCGTCAGACCACTCATGTGATATGCCAAT  1109
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct  259  TCTTCTTGTGACACGGATGACTTTGTTTTGGTGCCACACAACATCTCGTCAGACCACTCATGTGATATGCCAGT  332

Query 1110  GGGGACTGCTGGCAGACGTGCTTCAAATGAATTCTTGGTGTGTGGAGGGCAGTGTCAGCCTACTGTGTCACCTC  1183
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  333  GGGGACTGCTGGCAGACGTGCTTCAAATGAATTCTTGGTGTGTGGAGGGCAGTGTCAGCCTACTGTGTCACCTC  406

Query 1184  ACAGCGAAACAGCACCAATTCCAGTTCCTACTCAAATAAGGAATTATCAGCGCATAGAGCAGAATCTTACATCT  1257
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  407  ACAGCGAAACAGCACCAATTCCAGTTCCTACTCAAATAAGGAATTATCAGCGCATAGAGCAGAATCTTACATCT  480

Query 1258  ACTGCCAGCTCAGGCACAAATGTACATGGTTCTCCAAGATCTGCAGTGGTACGAAGGTCCAACACCAGCCCCAT  1331
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  481  ACTGCCAGCTCAGGCACAAATGTACATGGTTCTCCAAGATCTGCAGTGGTACGAAGGTCCAACACCAGCCCCAT  554

Query 1332  GGGCTTCCTCCGGCCGGGATCATGCTCCCCAGTACCAGCAGACACAGCACAGACAGTTGGACGAAGGCTCTCCA  1405
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  555  GGGCTTCCTCCGGCCGGGATCATGCTCCCCAGTACCAGCAGACACAGCACAGACAGTTGGACGAAGGCTCTCCA  628

Query 1406  CTGGGTCTTCTAGGCCTTACTCACCTTCCCCTTTGGTTGGTACCATTCCTGAGCAATTCAGTCAGTGCTGCTGT  1479
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  629  CTGGGTCTTCTAGGCCTTACTCACCTTCCCCTTTGGTTGGTACCATTCCTGAGCAATTCAGTCAGTGCTGCTGT  702

Query 1480  GGGCATCCTCAGGGCCATGACTCCAGGAGTAGAAACTCCTCAGGTTCTCCAGTGCCACAAGCTCAGTCCCCACA  1553
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  703  GGGCATCCTCAGGGCCATGACTCCAGGAGTAGAAACTCCTCAGGTTCTCCAGTGCCACAAGCTCAGTCCCCACA  776

Query 1554  GTCTCTCTTATCGGGTGCTAGACTGCAGAGCGCCCCCACCCTCACTGACATCTATCAGAACAAGCAGAAGCTCA  1627
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  777  GTCTCTCTTATCGGGTGCTAGACTGCAGAGCGCCCCCACCCTCACTGACATCTATCAGAACAAGCAGAAGCTCA  850

Query 1628  GAAAACAGCACTCTGACCCCGTGTGCCCATCCCATACTGGGGCTGGGTACAGCTACTCGCCTCAGCCCAGTCGG  1701
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  851  GAAAACAGCACTCTGACCCCGTGTGCCCATCCCATACTGGGGCTGGGTACAGCTACTCGCCTCAGCCCAGTCGG  924

Query 1702  CCTGGCAGCCTTGGAACTTCTCCCACCAAGCACTTGGGGTCCTCTCCACGGAGTTCTGACTGGTTCTTTAAAAC  1775
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  925  CCTGGCAGCCTTGGAACTTCTCCCACCAAGCACTTGGGGTCCTCTCCACGGAGTTCTGACTGGTTCTTTAAAAC  998

Query 1776  TCCTTTGCCAACAATCATTGGCTCTCCTACTAAGACCACAGCTCCTTTCAAAATCCCTAAAACTCAAGCATCTT  1849
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  999  TCCTTTGCCAACAATCATTGGCTCTCCTACTAAGACCACAGCTCCTTTCAAAATCCCTAAAACTCAAGCATCTT  1072

Query 1850  CCAACCTGTTAGCCTTGGTTACTCGTCATGGGCCTGCTGAAGAACAGTCGAAAGATGGGAATGAGCCACGGGAA  1923
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1073  CCAACCTGTTAGCCTTGGTTACTCGTCATGGGCCTGCTGAAGAACAGTCGAAAGATGGGAATGAGCCACGGGAA  1146

Query 1924  TGTGCCCATTGCCTCTTAGTGCAAGGAAGTGAGAGGCAGCGGGCCGAGCAGCAGAGCAAGGCAGTGTTTGGCAG  1997
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1147  TGTGCCCATTGCCTCTTAGTGCAAGGAAGTGAGAGGCAGCGGGCCGAGCAGCAGAGCAAGGCAGTGTTTGGCAG  1220

Query 1998  ATCTGTCAGTACCGGGAAGTTATCAGATCAACAAGGAAAGACTCCTATATGTCGACATCAGGGCAGCACAGACA  2071
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1221  ATCTGTCAGTACCGGGAAGTTATCAGATCAACAAGGAAAGACTCCTATATGTCGACATCAGGGCAGCACAGACA  1294

Query 2072  GTTTAAATACAGAACGACCAATGGATATAGCTCCGGCAGGAGCCTGTGGTGGTGTTCTGGCACCTCCTGCAGGT  2145
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1295  GTTTAAATACAGAACGACCAATGGATATAGCTCCGGCAGGAGCCTGTGGTGGTGTTCTGGCACCTCCTGCAGGT  1368

Query 2146  ACAGCAGCAAGTTCCAAGGCTGTCCTCTTCACTGTAGGGTCTCCTCCACACAGTGCGGCAGCCCCCACTTGTAC  2219
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1369  ACAGCAGCAAGTTCCAAGGCTGTCCTCTTCACTGTAGGGTCTCCTCCACACAGTGCGGCAGCCCCCACTTGTAC  1442

Query 2220  CCACATGTTCCTTCGAACAAGAACAACCTCAGTGGGGCCCAGCAACTCCGGGGGCTCTCTTTGTGCCATGAGTG  2293
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1443  CCACATGTTCCTTCGAACAAGAACAACCTCAGTGGGGCCCAGCAACTCCGGGGGCTCTCTTTGTGCCATGAGTG  1516

Query 2294  GCCGCGTTTGCGTGGGGTCCCCCGCTTGCCCCAAGCCTTCGGGTCTTTCCCTTTCCAGGAGCAGAGGCAGCTCC  2367
            |||||||.||||||||||||||..||.||||  ||.||||||.||||.|||  |||||||||||||||||||||
Sbjct 1517  GCCGCGTGTGCGTGGGGTCCCCGCCTGGCCC--AGGCTTCGGCTCTTCCCC--TCCAGGAGCAGAGGCAGCTCC  1586

Query 2368  CAGCCTGAGATACGTGCCTTACGGTGCTTCACCCCCCCAGCCTAGA-GGGCTCATCACCTTTGAAGCCCCTGAA  2440
            ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1587  CAGCCTGAGATACGTGCCTTACGGTGCTTCA-CCCCCCAGCCTAGAGGGGCTCATCACCTTTGAAGCCCCTGAA  1659

Query 2441  CTGCCGGAGGAGACGCTGATGGAGCGGGAACACACAGACACCTTACGCCATCTGAATGTGATGCTGATGTTCAC  2514
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1660  CTGCCGGAGGAGACGCTGATGGAGCGGGAACACACAGACACCTTACGCCATCTGAATGTGATGCTGATGTTCAC  1733

Query 2515  TGAGTGTGTGCTGGACCTGACAGCCATGAGGGGAGGAAACCNTGAGCTGTGCACATCTGCTGTGTCCTTGTACC  2588
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1734  TGAGTGTGTGCTGGACCTGACAGCCATGAGGGGAGGAAACCCTGAGCTGTGCACATCTGCTGTGTCCTTGTACC  1807

Query 2589  AGATCCAGGAGAGTGTGGTGGTGGACCAGATCAGTCAGCTGAGCAAAGACTGGGGGCGGGTGGAGCAGCTGGTG  2662
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1808  AGATCCAGGAGAGTGTGGTGGTGGACCAGATCAGTCAGCTGAGCAAAGACTGGGGGCGGGTGGAGCAGCTGGTG  1881

Query 2663  TTGTACATGAAAGCAGCACAGCTGCTTGCGGCTTCTCTGCATCTTGCCAAAGCCCAGATCAAGTCCGGGAAACT  2736
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1882  TTGTACATGAAAGCAGCACAGCTGCTTGCGGCTTCTCTGCATCTTGCCAAAGCCCAGATCAAGTCCGGGAAACT  1955

Query 2737  GAGCCCATCCACAGCTGTGAAACAAGTTGTCAAGAATCTGAACGAACGATATAAATTCTGCATCACCATGTGCA  2810
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1956  GAGCCCATCCACAGCTGTGAAACAAGTTGTCAAGAATCTGAACGAACGATATAAATTCTGCATCACCATGTGCA  2029

Query 2811  AGAAACTTACAGAAAAGCTGAATCGATTCTTCTCTGACAAACAGAGGTTTATTGATGAAATCAACAGTGTGACT  2884
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2030  AGAAACTTACAGAAAAGCTGAATCGATTCTTCTCTGACAAACAGAGGTTTATTGATGAAATCAACAGTGTGACT  2103

Query 2885  GCAGAGAAACTCATCTATAATTGTGCTGTAGAAATGGTTCAGTCTGCAGCCCTGGATGAGATGTTTCAGCAGAC  2958
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2104  GCAGAGAAACTCATCTATAATTGTGCTGTAGAAATGGTTCAGTCTGCAGCCCTGGATGAGATGTTTCAGCAGAC  2177

Query 2959  CGAAGATATTGTTTATCGCTATCATAAGGCAGCCCTTCTTTTGGAAGGCCTAAGTAGGATTCTACAGGACCCTG  3032
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2178  CGAAGATATTGTTTATCGCTATCATAAGGCAGCCCTTCTTTTGGAAGGCCTAAGTAGGATTCTACAGGACCCTG  2251

Query 3033  CAGATATTGAAAATGTGCATAAATATAAATGTAGTATTGAGAGAAGACTGTCGGCGCTCTGCCATAGCACCGCA  3106
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2252  CAGATATTGAAAATGTGCATAAATATAAATGTAGTATTGAGAGAAGACTGTCGGCGCTCTGCCATAGCACCGCA  2325

Query 3107  ACCGTG  3112
            ||||||
Sbjct 2326  ACCGTG  2331