Nucleotide Global Alignment
Description
- Query:
- TRCN0000471918
- Subject:
- XM_011240817.2
- Aligned Length:
- 4081
- Identities:
- 2991
- Gaps:
- 635
Alignment
Query 1 ATGCAGAGCAAGGTGCTGCTGGCCGTCGCCCTGTGGCTCTGCGTGGAGACCCGGGCCGCCTCTGTGGGTTTGCC 74
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 75 TAGTGTTTCTCTTGATCTGCCCAGGCTCAGCATACAAAAAGACATACTTACAATTAAGGCTAATACAACTCTTC 148
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 149 AAATTACTTGCAGGGGACAGAGGGACTTGGACTGGCTTTGGCCCAATAATCAGAGTGGCAGTGAGCAAAGGGTG 222
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 223 GAGGTGACTGAGTGCAGCGATGGCCTCTTCTGTAAGACACTCACAATTCCAAAAGTGATCGGAAATGACACTGG 296
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 297 AGCCTACAAGTGCTTCTACCGGGAAACTGACTTGGCCTCGGTCATTTATGTCTATGTTCAAGATTACAGATCTC 370
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 371 CATTTATTGCTTCTGTTAGTGACCAACATGGAGTCGTGTACATTACTGAGAACAAAAACAAAACTGTGGTGATT 444
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 445 CCATGTCTCGGGTCCATTTCAAATCTCAACGTGTCACTTTGTGCAAGATACCCAGAAAAGAGATTTGTTCCTGA 518
Sbjct 1 -------------------------------------------------------------------------- 0
Query 519 TGGTAACAGAATTTCCTGGGACAGCAAGAAGGGCTTTACTATTCCCAGCTACATGATCAGCTATGCTGGCATGG 592
||||||||||||||.|||||||
Sbjct 1 ----------------------------------------------------ATGATCAGCTATGCCGGCATGG 22
Query 593 TCTTCTGTGAAGCAAAAATTAATGATGAAAGTTACCAGTCTATTATGTACATAGTTGTCGTTGTAGGGTATAGG 666
||||||||||.|||||.||.||||||||||..||.||||||||.||||||||||||||.||||||||.||||||
Sbjct 23 TCTTCTGTGAGGCAAAGATCAATGATGAAACCTATCAGTCTATCATGTACATAGTTGTGGTTGTAGGATATAGG 96
Query 667 ATTTATGATGTGGTTCTGAGTCCGTCTCATGGAATTGAACTATCTGTTGGAGAAAAGCTTGTCTTAAATTGTAC 740
||||||||||||.|||||||.||..|.||||.||||||.|||||||..||||||||.|||||||||||||||||
Sbjct 97 ATTTATGATGTGATTCTGAGCCCCCCGCATGAAATTGAGCTATCTGCCGGAGAAAAACTTGTCTTAAATTGTAC 170
Query 741 AGCAAGAACTGAACTAAATGTGGGGATTGACTTCAACTGGGAATACCCTTCTTCGAAGCATCAGCATAAGAAAC 814
|||.|||||.||.||.|||||||||.||||.||||.||||.|.|..||..||||.|||..|||.||||||||..
Sbjct 171 AGCGAGAACAGAGCTCAATGTGGGGCTTGATTTCACCTGGCACTCTCCACCTTCAAAGTCTCATCATAAGAAGA 244
Query 815 TTGTAAACCGAGACCTAAAAACCCAGT-CTGGGAGTGAGATGAAGAAATTTTTGAGCACCTTAACTATAGATGG 887
||||||||||.||..| .||||||..| ||||||.||.|..|||||..||||||||||||||.||.|||||..|
Sbjct 245 TTGTAAACCGGGATGT-GAAACCCTTTCCTGGGACTGTGGCGAAGATGTTTTTGAGCACCTTGACAATAGAAAG 317
Query 888 TGTAACCCGGAGTGACCAAGGATTGTACACCTGTGCAGCATCCAGTGGGCTGATGACCAAGAAGAACAGCACAT 961
|||.|||..||||||||||||....||||||||||.|||.||||||||.|.|||||.|||||..||.||.||||
Sbjct 318 TGTGACCAAGAGTGACCAAGGGGAATACACCTGTGTAGCGTCCAGTGGACGGATGATCAAGAGAAATAGAACAT 391
Query 962 TTGTCAGGGTCCATGAAAAACCTTTTGTTGCTTTTGGAAGTGGCATGGAATCTCTGGTGGAAGCCACGGTGGGG 1035
|||||.|.||.||...|||.||||||.|||||||.||.|||||.|||.|||||.|||||||||||||.|| |||
Sbjct 392 TTGTCCGAGTTCACACAAAGCCTTTTATTGCTTTCGGTAGTGGGATGAAATCTTTGGTGGAAGCCACAGT-GGG 464
Query 1036 GAG-CGTGTCAGAATCCCTGCGAAGTACCTTGGTTACCCACCCCCAGAAATAAAATGGTATAAAAATGGAATAC 1108
.|| |..|||.|||||||||.||||||.||..||||||||.|.||.||.||.||||||||.|.||||||||..|
Sbjct 465 CAGTCAAGTCCGAATCCCTGTGAAGTATCTCAGTTACCCAGCTCCTGATATCAAATGGTACAGAAATGGAAGGC 538
Query 1109 CCCTTGAGTCCAATCACACAATTAAAGCGGGGCATGTACTGACGATTATGGAAGTGAGTGAAAGAGACACAGGA 1182
||.||||||||||..|||||||.|..|..||..|||.|||.||.||.||||||||||.|||||||||..|||||
Sbjct 539 CCATTGAGTCCAACTACACAATGATTGTTGGCGATGAACTCACCATCATGGAAGTGACTGAAAGAGATGCAGGA 612
Query 1183 AATTACACTGTCATCCTTACCAATCCCATTTCAAAGGAGAAGCAGAGCCATGTGGTCTCTCTGGTTGTGTATGT 1256
||.|||||.||||||||.|||||.||||||||||.||||||.||||||||..|||||||||||||||||.||||
Sbjct 613 AACTACACGGTCATCCTCACCAACCCCATTTCAATGGAGAAACAGAGCCACATGGTCTCTCTGGTTGTGAATGT 686
Query 1257 CCCACCCCAGATTGGTGAGAAATCTCTAATCTCTCCTGTGGATTCCTACCAGTACGGCACCACTCAAACGCTGA 1330
||||||||||||.|||||||||.|..|.|||||.|||.||||||||||||||||.||.||||..||.||..|||
Sbjct 687 CCCACCCCAGATCGGTGAGAAAGCCTTGATCTCGCCTATGGATTCCTACCAGTATGGGACCATGCAGACATTGA 760
Query 1331 CATGTACGGTCTATGCCATTCCTCCCCCGCATCACATCCACTGGTATTGGCAGTTGGAGGAAGAGTGCGCCAAC 1404
||||.||.|||||.||||..|||||||.|||.||||||||.|||||.||||||.|.||.||||..|||.||.||
Sbjct 761 CATGCACAGTCTACGCCAACCCTCCCCTGCACCACATCCAGTGGTACTGGCAGCTAGAAGAAGCCTGCTCCTAC 834
Query 1405 GAG-CCCAGCCAAGCTGTCTCAGTGACAAACCCATACCCTTGTGAAGAATGGAGAAGTGTGGAGGACTTCCAGG 1477
|| |||.||||| ||||.|||.||..|||||.|||||||||||...||||||||.|||||||
Sbjct 835 -AGACCCGGCCAA------------ACAAGCCCGTATGCTTGTAAAGAATGGAGACACGTGGAGGATTTCCAGG 895
Query 1478 GAGGAAATAAAATTGAAGTTAATAAAAATCAATTTGCTCTAATTGAAGGAAAAAACAAAACTGTAAGTACCCTT 1551
|.|||||.||.||.|||||.|..|||||.||||.|||.||.|||||||||||||||||||||||||||||.||.
Sbjct 896 GGGGAAACAAGATCGAAGTCACCAAAAACCAATATGCCCTGATTGAAGGAAAAAACAAAACTGTAAGTACGCTG 969
Query 1552 GTTATCCAAGCGGCAAATGTGTCAGCTTTGTACAAATGTGAAGCGGTCAACAAAGTCGGGA-GAGGAGAGAGGG 1624
||.||||||||.||.||.||||||||.|||||||||||||||||..||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 970 GTCATCCAAGCTGCCAACGTGTCAGCGTTGTACAAATGTGAAGCCATCAACAAAG-CGGGACGAGGAGAGAGGG 1042
Query 1625 TGATCTCCTTCCACGTGACCAGGGGTCCTGAAATTACTTTGCAACCTGACATG--CAGCCCACTGAGCAGGAGA 1696
|.|||||||||||.||||.|||||||||||||||||||.||||||||| .|| |||||.|||||||||||||
Sbjct 1043 TCATCTCCTTCCATGTGATCAGGGGTCCTGAAATTACTGTGCAACCTG--CTGCCCAGCCAACTGAGCAGGAGA 1114
Query 1697 GCGTGTCTTTGTGGTGCACTGCAGACAGATCTACGTTTGAGAACCTCACATGGTACAAGCTTGGCCCACAG--- 1767
|.|||||..|||.||||||||||||||||..||||||||||||||||||.|||||||||||||||.|||||
Sbjct 1115 GTGTGTCCCTGTTGTGCACTGCAGACAGAAATACGTTTGAGAACCTCACGTGGTACAAGCTTGGCTCACAGGCA 1188
Query 1768 -CCTCTGCCAATCCATGTGGGAGAGTTGCCCACACCTGTTTGCAAGAACTTGGATACTCTTTGGAAATTGAATG 1840
|.||.| ||||..||||.||.|..|.||||||.||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||
Sbjct 1189 ACATCGG----TCCACATGGGCGAATCACTCACACCAGTTTGCAAGAACTTGGATGCTCTTTGGAAACTGAATG 1258
Query 1841 CCACCATGTTCTCTAATAGCACAAATGACATTTTGATCATGGAGCTTAAGAATGCATCCTTGCAGGACCAAGGA 1914
.|||||||||.|||||.||||||||||||||.|||||..|||...||.|||||||.||..|||||||||||||.
Sbjct 1259 GCACCATGTTTTCTAACAGCACAAATGACATCTTGATTGTGGCATTTCAGAATGCCTCTCTGCAGGACCAAGGC 1332
Query 1915 GACTATGTCTGCCTTGCTCAAGACAGGAAGACCAAGAAAAGACATTGCGTGGTCAGGCAGCTCA-CAGTCCTAG 1987
||||||||.|||..|||||||||.|.||||||||||||||||||||||.||||||..||||||| || ||||||
Sbjct 1333 GACTATGTTTGCTCTGCTCAAGATAAGAAGACCAAGAAAAGACATTGCCTGGTCAAACAGCTCATCA-TCCTAG 1405
Query 1988 AGCGTGTGGCACCCACGATCACAGGAAACCTGGAGAATCAGACGACAAGTATTGGGGAAAGCATCGAAGTCTCA 2061
||||..|||||||||.||||||.|||||.||||||||||||||.||||..|||||.||.|.|||.|||||..|.
Sbjct 1406 AGCGCATGGCACCCATGATCACCGGAAATCTGGAGAATCAGACAACAACCATTGGCGAGACCATTGAAGTGACT 1479
Query 2062 TGCACGGCATCTGGGAATCCCCCTCCACAGATCATGTGGTTTAAAGATAATGAGACCCTTGTAGAAGACTCAGG 2135
|||.|.||||||||.|||||..|.|||||.||.|..|||||.|||||.||.||||||||.||||||||.|||||
Sbjct 1480 TGCCCAGCATCTGGAAATCCTACCCCACACATTACATGGTTCAAAGACAACGAGACCCTGGTAGAAGATTCAGG 1553
Query 2136 CATTGTATTGAAGGATGGGAACCGGAACCTCACTATCCGCAGAGTGAGGAAGGAGGACGAAGGCCTCTACACCT 2209
|||||||.|||..|||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||.|.||||||||||||||
Sbjct 1554 CATTGTACTGAGAGATGGGAACCGGAACCTGACTATCCGCAGGGTGAGGAAGGAGGATGGAGGCCTCTACACCT 1627
Query 2210 GCCAGGCATGCAGTGTTCTTGGCTGTGCAAAAGTGGAGGCATTTTTCATAATAGAAGGTGCCCAGGAAAAGACG 2283
|||||||.||||.|||.|||||||||||||.||.||||.|..|.|||||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct 1628 GCCAGGCCTGCAATGTCCTTGGCTGTGCAAGAGCGGAGACGCTCTTCATAATAGAAGGTGCCCAGGAAAAGACC 1701
Query 2284 AACTTGGAAATCATTATTCTAGTAGGCACGGCGGTGATTGCCATGTTCTTCTGGCTACTTCTTGTCATCATCCT 2357
|||||||||.|||||||.||.||.|||||.||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||..||||
Sbjct 1702 AACTTGGAAGTCATTATCCTCGTCGGCACTGCAGTGATTGCCATGTTCTTCTGGCTCCTTCTTGTCATTGTCCT 1775
Query 2358 ACGGACCGTTAAGCGGGCCAATGGAGGGGAACTGAAGACAGGCTACTTGTCCATCGTCATGGATCCAGATGAAC 2431
|||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||.
Sbjct 1776 ACGGACCGTTAAGCGGGCCAATGAAGGGGAACTGAAGACAGGCTACTTGTCTATTGTCATGGATCCAGATGAAT 1849
Query 2432 TCCCATTGGATGAACATTGTGAACGACTGCCTTATGATGCCAGCAAATGGGAATTCCCCAGAGACCGGCTGAAG 2505
|.||.||||||||.|..||||||||..|||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||.
Sbjct 1850 TGCCCTTGGATGAGCGCTGTGAACGCTTGCCTTATGATGCCAGCAAGTGGGAATTCCCCAGGGACCGGCTGAAA 1923
Query 2506 CTAGGTAAGCCTCTTGGCCGTGGTGCCTTTGGCCAAGTGATTGAAGCAGATGCCTTTGGAATTGACAAGACAGC 2579
|||||.||.|||||||||||.||||||||.||||||||||||||.|||||.||.||||||||||||||||||||
Sbjct 1924 CTAGGAAAACCTCTTGGCCGCGGTGCCTTCGGCCAAGTGATTGAGGCAGACGCTTTTGGAATTGACAAGACAGC 1997
Query 2580 AACTTGCAGGACAGTAGCAGTCAAAATGTTGAAAGAAGGAGCAACACACAGTGAGCATCGAGCTCTCATGTCTG 2653
.|||||||..||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||||
Sbjct 1998 GACTTGCAAAACAGTAGCCGTCAAGATGTTGAAAGAAGGAGCAACACACAGCGAGCATCGAGCCCTCATGTCTG 2071
Query 2654 AACTCAAGATCCTCATTCATATTGGTCACCATCTCAATGTGGTCAACCTTCTAGGTGCCTGTACCAAGCCAGGA 2727
||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||||.|||||.|||||.|||||.||||||||.|||
Sbjct 2072 AACTCAAGATCCTCATCCACATTGGTCACCATCTCAATGTGGTGAACCTCCTAGGCGCCTGCACCAAGCCGGGA 2145
Query 2728 GGGCCACTCATGGTGATTGTGGAATTCTGCAAATTTGGAAACCTGTCCACTTACCTGAGGAGCAAGAGAAATGA 2801
|||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||.||||||.|..||.|||||||||||||
Sbjct 2146 GGGCCTCTCATGGTGATTGTGGAATTCTGCAAGTTTGGAAACCTATCAACTTACTTACGGGGCAAGAGAAATGA 2219
Query 2802 ATTTGTCCCCTACAAGACCAAAGGGGCACGATTCCGTCAAGGGAAAGACTACGTT--GGAGCAATCCCTGTGGA 2873
||||||.|||||.||||.||||||||||||.|||||.||.||.||.||||||||| ||||| ||.|.|||||
Sbjct 2220 ATTTGTTCCCTATAAGAGCAAAGGGGCACGCTTCCGCCAGGGCAAGGACTACGTTGGGGAGC--TCTCCGTGGA 2291
Query 2874 TCTGAAACGGCGCTTGGACAGCATCACCAGTAGCCAGAGCTCAGCCAGCTCTGGATTTGTGGAGGAGAAGTCCC 2947
|||||||.|.||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||.||.|||||.||||||||.||.|
Sbjct 2292 TCTGAAAAGACGCTTGGACAGCATCACCAGCAGCCAGAGCTCTGCCAGCTCAGGCTTTGTTGAGGAGAAATCGC 2365
Query 2948 TCAGTGATGTAGAAGAAGAGGAAGCTCCTGAAGATCTGTATAAGGACTTCCTGACCTTGGAGCATCTCATCTGT 3021
|||||||||||||.|||||.||||||.|||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2366 TCAGTGATGTAGAGGAAGAAGAAGCTTCTGAAGAACTGTACAAGGACTTCCTGACCTTGGAGCATCTCATCTGT 2439
Query 3022 TACAGCTTCCAAGTGGCTAAGGGCATGGAGTTCTTGGCATCGCGAAAGTGTATCCACAGGGACCTGGCGGCACG 3095
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||..|.|||||||||||||||||||||||.|||||
Sbjct 2440 TACAGCTTCCAAGTGGCTAAGGGCATGGAGTTCTTGGCATCAAGGAAGTGTATCCACAGGGACCTGGCAGCACG 2513
Query 3096 AAATATCCTCTTATCGGAGAAGAACGTGGTTAAAATCTGTGACTTTGGCTTGGCCCGGGATATTTATAAAGATC 3169
|||.||.|||.|||||||||||||.||||||||.|||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||.|
Sbjct 2514 AAACATTCTCCTATCGGAGAAGAATGTGGTTAAGATCTGTGACTTCGGCTTGGCCCGGGACATTTATAAAGACC 2587
Query 3170 CAGATTATGTCAGAAAAGGAGATGCTCGCCTCCCTTTGAAATGGATGGCCCCAGAAACAATTTTTGACAGAGTG 3243
|.|||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||.|||||||||||.|||||.||||||||||||||.
Sbjct 2588 CGGATTATGTCAGAAAAGGAGATGCCCGACTCCCTTTGAAGTGGATGGCCCCGGAAACCATTTTTGACAGAGTA 2661
Query 3244 TACACAATCCAGAGTGACGTCTGGTCTTTTGGTGTTTTGCTGTGGGAAATATTTTCCTTAGGTGCTTCTCCATA 3317
||||||||.|||||.||.||.||||||||.|||||.|||||.|||||||||||||||||||||||.||.|||||
Sbjct 2662 TACACAATTCAGAGCGATGTGTGGTCTTTCGGTGTGTTGCTCTGGGAAATATTTTCCTTAGGTGCCTCCCCATA 2735
Query 3318 TCCTGGGGTAAAGATTGATGAAGAATTTTGTAGGCGATTGAAAGAAGGAACTAGAATGAGGGCCCCTGATTATA 3391
.||||||||.||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||||.|||||.||.|
Sbjct 2736 CCCTGGGGTCAAGATTGATGAAGAATTTTGTAGGAGATTGAAAGAAGGAACTAGAATGCGGGCTCCTGACTACA 2809
Query 3392 CTACACCAGAAATGTACCAGACCATGCTGGACTGCTGGCACGGGGAGCCCAGTCAGAGACCCACGTTTTCAGAG 3465
||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|.|||.||||..|||||||||.|||||||||||
Sbjct 2810 CTACCCCAGAAATGTACCAGACCATGCTGGACTGCTGGCATGAGGACCCCAACCAGAGACCCTCGTTTTCAGAG 2883
Query 3466 TTGGTGGAACATTTGGGAAATCTCTTGCAAGCTAATGCTCAGCAGGATGGCAAAGACTACATTGTTCTTCCGAT 3539
||||||||.|||||||||||.|||.|||||||.|||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||.||
Sbjct 2884 TTGGTGGAGCATTTGGGAAACCTCCTGCAAGCAAATGCGCAGCAGGATGGCAAAGACTATATTGTTCTTCCAAT 2957
Query 3540 ATCAGAGACTTTGAGCATGGAAGAGGATTCTGGACTCTCTCTGCCTACCTCACCTGTTTCCTGTATGGAGGAGG 3613
.||||||||..||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct 2958 GTCAGAGACACTGAGCATGGAAGAGGATTCTGGACTCTCCCTGCCTACCTCACCTGTTTCCTGTATGGAGGAAG 3031
Query 3614 AGGAAGTATGTGACCCCAAATTCCATTATGACAACACAGCAGGAATCAGTCAGTATCTGCAGAACAGTAAGCGA 3687
|||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||
Sbjct 3032 AGGAAGTGTGCGACCCCAAATTCCATTATGACAACACAGCAGGAATCAGTCATTATCTCCAGAACAGTAAGCGA 3105
Query 3688 AAGAGCCGGCCTGTGAGTGTAAAAACATTTGAAGATATCCCGTTAGAAGAACCAGAAGTAAAAGTAATCCCAGA 3761
|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||.||.|||||||||||||||||.||||||||
Sbjct 3106 AAGAGCCGGCCAGTGAGTGTAAAAACATTTGAAGATATCCCATTGGAGGAACCAGAAGTAAAAGTGATCCCAGA 3179
Query 3762 TGACAACCAGACGGACAGTGGTATGGTTCTTGCCTCAGAAGAGCTGAAAACTTTGGAAGACAGAACCAAATTAT 3835
|||||.||||||.||||||||.|||||.|||||.||||||||||||||||||.||||||||||.|.||||||||
Sbjct 3180 TGACAGCCAGACAGACAGTGGGATGGTCCTTGCATCAGAAGAGCTGAAAACTCTGGAAGACAGGAACAAATTAT 3253
Query 3836 CTCCATCTTTTGGTGGAATGGTGCCCAGCAAAAGCAGGGAGTCTGTGGCATCTGAAGGCTCAAACCAGACAAGC 3909
||||||||||||||||||||.|||||||.||||||||||||||||||||.||.||||||||.||||||||.||.
Sbjct 3254 CTCCATCTTTTGGTGGAATGATGCCCAGTAAAAGCAGGGAGTCTGTGGCCTCGGAAGGCTCCAACCAGACCAGT 3327
Query 3910 GGCTACCAGTCCGGATATCACTCCGATGACACAGACACCACCGTGTACTCCAGTGAGGAAGCAGAACTTTTAAA 3983
|||||||||||.||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||.||.||||.|||||||||
Sbjct 3328 GGCTACCAGTCTGGGTATCACTCAGATGACACAGACACCACCGTGTACTCCAGCGACGAGGCAGGACTTTTAAA 3401
Query 3984 GCTGATAGAGATTGGAGTGCAAACCGGTAGCACAGCCCAGATTCTCCAGCCTGACTCGGGGACCACACTGAGCT 4057
|.||.|.||...||.|||.|| || |||||||.||||||||||||.|||
Sbjct 3402 GATGGTGGATGCTGCAGTTCA---CG------------------------CTGACTCAGGGACCACACTGCGCT 3448
Query 4058 CTCCTCCTGTT 4068
|.|||||||||
Sbjct 3449 CACCTCCTGTT 3459
