Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000472541
• Subject: XM_006513329.3
• Aligned Length: 3098
• Identities: 2599
• Gaps: 190

Alignment

Query    1  ATGCAGATGGCGGACGCGAAGCAGAAGCGGAACGAGCAGCTGAAACGCTGGATCGGCTCCGAGACGGACCTCGA  74
            |||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGAAGATGGCGGACGCGAAGCAGAAGCGGAACGAGCAGCTGAAGCGCTGGATCGGCTCCGAGACGGACCTCGA  74

Query   75  GCCTCCGGTGGTGAAGCGCCAGAAGACCAAGGTGAAGTTCGACGATGGCGCCGTCTTCCTGGCTGCTTGCTCCA  148
            |||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||.|||||||
Sbjct   75  GCCGCCCGTGGTGAAGCGCCAGAAGACCAAGGTGAAGTTCGACGATGGCGCCGTCTTCCTCGCCGCCTGCTCCA  148

Query  149  GCGGCGACACGGACGAGGTCCTCAAGCTGCTGCACCGCGGCGCCGACATCAATTACGCCAATGTGGACGGACTC  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  GCGGCGACACGGACGAGGTCCTCAAGCTGCTGCACCGCGGCGCCGACATCAATTACGCCAATGTGGACGGACTC  222

Query  223  ACTGCCCTGCACCAGGCTTGCATTGATGACAATGTTGATATGGTGAAGTTTCTGGTAGAAAATGGAGCAAATAT  296
            ||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  ACCGCCCTGCACCAGGCTTGCATTGATGACAATGTTGATATGGTGAAGTTTCTGGTAGAAAATGGAGCAAATAT  296

Query  297  TAATCAACCTGATAATGAAGGCTGGATACCACTACATGCAGCAGCTTCCTGTGGATATCTTGATATTGCAGAGT  370
            .|||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||||
Sbjct  297  CAATCAACCTGACAATGAAGGCTGGATACCACTCCATGCAGCTGCTTCCTGTGGATATCTCGATATTGCAGAGT  370

Query  371  TTTTGATTGGTCAAGGAGCACATGTAGGGGCTGTCAACAGTGAAGGAGATACACCTTTAGATATTGCGGAGGAG  444
            ||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||
Sbjct  371  TTTTGATTGGTCAAGGAGCACATGTAGGAGCTGTCAACAGTGAAGGAGACACACCTTTAGATATTGCAGAGGAG  444

Query  445  GAGGCAATGGAAGAGCTACTTCAAAATGAAGTTAATCGGCAAGGGGTTGATATAGAAGCAGCTCGAAAGGAAGA  518
            |||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||.|||||.||.||.||
Sbjct  445  GAGGCGATGGAAGAGCTACTTCAAAATGAGGTTAATCGGCAAGGTGTTGATATAGAAGCGGCTCGGAAAGAGGA  518

Query  519  AGAACGGATCATGCTTAGAGATGCCAGGCAGTGGCTAAATAGTGGTCATATAAATGATGTCCGGCATGCAAAAT  592
            .||.|||.|.|||||.|||||.||.|||||||||.||||.||.||.||.||.|.|||.||||||||||||||.|
Sbjct  519  GGAGCGGGTAATGCTAAGAGACGCGAGGCAGTGGTTAAACAGCGGCCACATCAGTGACGTCCGGCATGCAAAGT  592

Query  593  CTGGAGGTACAGCACTTCACGTTGCAGCTGCTAAAGGCTATACGGAAGTTTTAAAACTTTTAATACAGGCAGGC  666
            |.||.||.||||||||.|||||.||.||.||.|||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  CCGGGGGCACAGCACTCCACGTGGCGGCCGCCAAAGGCTATACAGAAGTGTTAAAACTTTTAATACAGGCAGGC  666

Query  667  TATGATGTTAATATTAAAGACTATGATGGCTGGACACCTCTTCATGCTGCAGCTCATTGGGGTAAAGAAGAAGC  740
            ||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  TATGATGTTAATATTAAAGATTATGATGGCTGGACACCTCTTCATGCTGCAGCTCATTGGGGTAAAGAAGAAGC  740

Query  741  ATGTCGAATTTTAGTGGACAATCTGTGTGATATGGAGATGGTCAACAAAGTGGGCCAAACAGCCTTTGATGTAG  814
            ||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  ATGTCGGATTTTAGTGGACAATCTGTGTGATATGGAGACGGTCAACAAAGTGGGCCAAACAGCCTTTGATGTAG  814

Query  815  CAGATGAAGACATTTTAGGATATTTAGAAGAGTTGCAAAAGAAACAAAATCTGCTCCATAGTGAAAAACGGGAC  888
            ||||||||||||||||.||||||.||||||||||||||||.|||||||.|||||||||||||||.||.|||||.
Sbjct  815  CAGATGAAGACATTTTGGGATATCTAGAAGAGTTGCAAAAAAAACAAACTCTGCTCCATAGTGAGAAGCGGGAT  888

Query  889  AAGAAATCTCCACTAATTGAATCAACAGCAAATATGGACAATAATCAGTCACAGAAGACCTTTAAAAACAAAGA  962
            ||||||||||||||.||.||.||.||||||||||||||.||.|||||..||||||||.|.|||||||||||.||
Sbjct  889  AAGAAATCTCCACTGATCGAGTCCACAGCAAATATGGAAAACAATCAACCACAGAAGGCTTTTAAAAACAAGGA  962

Query  963  GACGTTGATTATTGAACCAGAGAAAAATGCATCCCGTATTGAATCTCTGGAACAAGAAAAGGTTGATGAAGAAG  1036
            .||||||||||||||.|||||||||||||||||.||.||.||.||||||||.||.||.||||.||||||.||.|
Sbjct  963  AACGTTGATTATTGAGCCAGAGAAAAATGCATCTCGCATCGAGTCTCTGGAGCATGAGAAGGCTGATGAGGAGG  1036

Query 1037  AAGAAGGAAAGAAGGATGAGTCTAGCTGCTCTAGTGAAGAAGATGAGGAAGATGACTCGGAATCAGAAGCTGAA  1110
            |||||||.||||||||.|||||.|||||.||.|||||.||.||.|||||.||.||.||.||.|||||.||.||.
Sbjct 1037  AAGAAGGCAAGAAGGACGAGTCGAGCTGTTCCAGTGAGGAGGACGAGGAGGACGATTCAGAGTCAGAGGCAGAG  1110

Query 1111  ACAGATAAGACAAAACCCCTGGCTTCTGTAACTAATGCCAACACTTCTAGTACACAAGCAGCTCCTGTAGCTGT  1184
            ||||||||||||||.|||.||||||||||||..|||||..|.|||||.||.||.||.|||||.||||.||||||
Sbjct 1111  ACAGATAAGACAAAGCCCATGGCTTCTGTAAGCAATGCTCATACTTCCAGCACGCAGGCAGCCCCTGCAGCTGT  1184

Query 1185  TACAACACCTACTGTGTCATCAGGTCAAGCA----ACACCTACATCACCTATTAAAAAGTTTCCAACCACAGCT  1254
            ||||.||||||||.||||.||    |||.||    ||.||||||||||||.|||||||||||||||...|..||
Sbjct 1185  TACAGCACCTACTCTGTCTTC----CAACCAGGGGACCCCTACATCACCTGTTAAAAAGTTTCCAATATCGACT  1254

Query 1255  ACAAAAATTTCTCCCAAAGAAGAAGAGAGAAAAGATGAGTCTCCTGCAACTTGGAGGTTAGGACTTAGAAAGAC  1328
            |||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||||.|.|||||||||||.|||.|||||||
Sbjct 1255  ACAAAAATTTCTCCCAAAGAAGAGGAAAGAAAAGATGAGTCTCCTGCATCCTGGAGGTTAGGGCTTCGAAAGAC  1328

Query 1329  GGGCAGCTATGGTGCACTTGCTGAAATCACAGCATCTAAAGAGGGTCAGAAAGAAAAAGATACTGCAGGTGTTA  1402
            .|||||.||.|||||.||.||||||||||..||.||||||||.|..|||||.||.|||||.||||||||.||.|
Sbjct 1329  TGGCAGTTACGGTGCCCTGGCTGAAATCAGTGCGTCTAAAGAAGCCCAGAAGGAGAAAGACACTGCAGGGGTGA  1402

Query 1403  CACGTTCAGCTTCAAGTCCCAGACTTTCCTCCTCTTTGGATAATAAAGAAAAGGAGAAAGATAGTAAAGGAACT  1476
            ..||.||.|||||.|||||.|||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||..||||||||.
Sbjct 1403  TGCGGTCGGCTTCCAGTCCGAGACTCTCGTCCTCTTTGGATAATAAAGAAAAGGAGAAAGATAACAAAGGAACG  1476

Query 1477  AGGCTTGCATATGTTGCACCTACAATACCAAGACGACTAGCCAGTACATCTGACATTGAAGAGAAAGAAAACAG  1550
            ||.|||||.|||||..|.||||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||
Sbjct 1477  AGACTTGCGTATGTCACCCCTACAATCCCGAGACGACTAGCCAGTACATCTGACATTGAAGAGAAGGAGAACAG  1550

Query 1551  AGATTCTTCAAGTTTGCGAACAAGTAGTTCATATACAAGGAGAAAATGGGAAGATGATCTTAAAAAAAATAGCT  1624
            |||.||||||||||||||||||||||||||.||.|||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||.|
Sbjct 1551  AGAGTCTTCAAGTTTGCGAACAAGTAGTTCTTACACAAGAAGAAAATGGGAAGATGATCTTAAAAAGAATAGTT  1624

Query 1625  CAGTTAATGAAGGATCAACGTATCATAAAAGTTGCTCCTTTGGTAGAAGACAAGATGATTTGATTAGTTCTAGT  1698
            |..|.|||||||||||.||.||.||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
Sbjct 1625  CGATCAATGAAGGATCCACTTACCATAGAAGTTGCTCCTTTGGTAGAAGACAAGATGATTTGATTAGTTGTAGT  1698

Query 1699  GTTCCAAGCACCACATCAACACCAACAGTTACCTCTGCAGCTGGGCTTCAGAAAAGCCTGCTTTCCAGCACAAG  1772
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||.||||||.|.||||||||||||
Sbjct 1699  GTTCCAAGCACCACATCAACACCAACAGTTACCTCTGCAGCGGGGCTTCAGAGAAGCCTCCCTTCCAGCACAAG  1772

Query 1773  CACTACTACAAAGATTACAACGGGTTCTTCCTCAGCAGGCACACAAAGCAGTACCTCAAATCGTTTGTGGGCTG  1846
            ||||.||.||||||.|.|..|||||||.|||||.|||||||||||.|                           
Sbjct 1773  CACTGCTGCAAAGACTCCCCCGGGTTCCTCCTCCGCAGGCACACAGA---------------------------  1819

Query 1847  AGGATAGTACTGAGAAAGAAAAGGACAGTGTTCCTACGGCAGTGACCATTCCTGTTGCTCCAACTGTTGTAAAT  1920
                                                                                      
Sbjct 1820  --------------------------------------------------------------------------  1819

Query 1921  GCTGCAGCTTCTACCACAACCCTGACTACAACTACTGCTGGCACTGTCTCCTCCACAACAGAGGTCAGGGAGAG  1994
                                                                                      
Sbjct 1820  --------------------------------------------------------------------------  1819

Query 1995  ACGCAGATCATACCTCACTCCTGTTAGGGATGAAGAGTCTGAATCCCAAAGAAAAGCAAGATCTAGACAAGCAA  2068
              ||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1820  --GCAGGTCATACCTCACTCCTGTTAGGGACGAAGAGTCTGAATCCCAAAGAAAAGCAAGATCTAGACAAGCAA  1891

Query 2069  GACAATCTAGAAGATCAACACAGGGAGTGACATTAACTGATCTTCAAGAAGCTGAGAAAACAATAGGAAGAAGT  2142
            ||||.||||||.|.|||||||||||.||.|||.|.|||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||
Sbjct 1892  GACAGTCTAGACGGTCAACACAGGGGGTAACACTGACTGATCTTCAGGAAGCTGAAAAAACAATAGGAAGAAGT  1965

Query 2143  CGTTCTACCCGAACCAGAGAACAAGAAAATGAAGAAAAAGAAAAAGAGGAAAAAGAGAAACAAGATAAAGAGAA  2216
            ||||||||..|||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||.||.||.||.|||||||||||
Sbjct 1966  CGTTCTACGAGAACCAGAGAACAAGAAAATGAAGAGAAAGAAAAAGAAGAAAAGGAAAAGCAGGATAAAGAGAA  2039

Query 2217  ACAAGAAGAAAAGAAGGAGTCAGAAACATCTAGAGAAGATGAATATAAACAAAAGTACTCCAGAACGTATGATG  2290
            |||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||.||.||||
Sbjct 2040  ACAAGAAGAAAAGAAGGAGTCAGAAGCATCTAGAGAAGATGAATATAAACAAAAGTATTCAAGAACATACGATG  2113

Query 2291  AGACTTAC-CAGCGTTATAGGCCAGTATCAACTTCAAGTTCAACCACTC---CATCCTCTTCACTTTCTACTAT  2360
            |||||||| || ||||||||.||.||.||||||||||||||||.|.|||   |.||.||.|||||.||||||.|
Sbjct 2114  AGACTTACACA-CGTTATAGACCTGTGTCAACTTCAAGTTCAAGCGCTCCGTCGTCGTCCTCACTCTCTACTCT  2186

Query 2361  GAGCAGTTCACTGTATGCTTCAAGTCAACTAAACAGGCCAAATAGTCTTGTAGGCATAACTTCTGCTTACTCCA  2434
            ..||||..||||.|||||.||||||||.||.|||||||||||.|||||||||||.|||||.|||||.||||||.
Sbjct 2187  AGGCAGCACACTCTATGCCTCAAGTCAGCTCAACAGGCCAAACAGTCTTGTAGGTATAACCTCTGCCTACTCCC  2260

Query 2435  GAGGAATAACAAAAGAAAATGAAAGAGAGGGAGAAAAAAGAGAAGAGGAGAAAGAAGGAGAAGATAAATCACAA  2508
            |.|||.||.|.||||||||.||.|||||||||||.||||.||||||||||||||||||.||||||||.|||||.
Sbjct 2261  GGGGATTAGCCAAAGAAAACGAGAGAGAGGGAGAGAAAAAAGAAGAGGAGAAAGAAGGGGAAGATAAGTCACAG  2334

Query 2509  CCTAAATCAATCAGAGAACGACGACGACCAAGAGAGAAAAGAAGATCTACAGGAGTTTCATTTTGGACACAAGA  2582
            |||||.|||||||||||||||||.|||||.|||||.||..||.|.|||||.|||||.||.||.|||||||||||
Sbjct 2335  CCTAAGTCAATCAGAGAACGACGGCGACCCAGAGAAAAGCGACGGTCTACTGGAGTCTCCTTCTGGACACAAGA  2408

Query 2583  TAGTGATGAAAATGAACAAGAACAACAATCAGACACAGAAGAGGGATCCAATAAGAAAGAAACTCAGACGGATT  2656
            |||||||||||||||.|||||.|..|||||.|||||.||.||.||.||||..||||.|||.||.||||||||||
Sbjct 2409  TAGTGATGAAAATGAGCAAGAGCGGCAATCGGACACTGAGGACGGCTCCAGCAAGAGAGAGACGCAGACGGATT  2482

Query 2657  CCATTTCTAGATATGAAACCAGTTCTACATCAGCTGGTGATCGATATGATTCCTTGCTGGGTCGCTCTGGATCA  2730
            |..||||.||.|||||.|.||||||.||||||.|..|||||||.|||||||||||||||||||||||||..|||
Sbjct 2483  CTGTTTCCAGGTATGACAGCAGTTCCACATCATCAAGTGATCGGTATGATTCCTTGCTGGGTCGCTCTGCTTCA  2556

Query 2731  TACAGTTACTTAGAAGAAAGAAAACCTTACAGCAGCAGGCTAGAAAAGGATGACTCAACTGACTTTAAAAAGCT  2804
            |||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||
Sbjct 2557  TACAGTTACTTAGAAGACAGAAAACCTTACAGTAGCAGGCTAGAAAAGGATGACTCAACTGACTTCAAAAAGCT  2630

Query 2805  TTATGAACAAATTCTAGCTGAAAATGAAAAGCTGAAGGCACAGCTACATGATACAAATATGGAACTAACAGATC  2878
            |||||||||||||.|||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
Sbjct 2631  TTATGAACAAATTTTAGCTGAAAATGAAAAGCTAAAAGCACAGCTACATGATACAAATATGGAACTAACGGATC  2704

Query 2879  TTAAATTACAGTTGGAAAAGGCCACCCAGAGACAAGAAAGATTTGCTGATAGATCACTGTTGGAAATGGAAAAA  2952
            |.||.||.||||||||||||||.|||||||||||||||.||||||||||.||.||||..|||||.|||||||||
Sbjct 2705  TAAAGTTGCAGTTGGAAAAGGCTACCCAGAGACAAGAACGATTTGCTGACAGGTCACAATTGGAGATGGAAAAA  2778

Query 2953  AGGGAACGAAGAGCTCTAGAAAGAAGAATATCTGAAATGGAAGAAGAGCTCAAAATGTTACCAGACCTAAAAGC  3026
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||.||
Sbjct 2779  AGGGAACGAAGAGCTCTAGAAAGAAGAATATCTGAAATGGAAGAAGAGCTCAAAATGTTACCAGACTTAAAGGC  2852

Query 3027  AGACAACCAGAGGCTAAAGGATGAAAATGGGGCCTTGATCAGAGTTATAAGCAAACTTTCCAAA  3090
            ||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct 2853  AGACAACCAGAGGCTAAAGGATGAAAATGGAGCCTTGATCAGAGTTATAAGCAAACTTTCCAAG  2916