Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000474127
• Subject: XR_002959342.1
• Aligned Length: 2613
• Identities: 1997
• Gaps: 616

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  AGTCGGCGCCAGCGGCCGCACGCCGCGGAGCAGGGGCTCGGAGGTCCCGGGATTACGGTGCTCGAGCACGCTGG  74

Query    1  ----------------------------------------ATGCAGGTCTCCAGCCTCAATGAGGTGAAGATTT  34
                                                    ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  TGGGAAAGGACCCGGGACTTGAACAGTGTTGTGCGGCGCCATGCAGGTCTCCAGCCTCAATGAGGTGAAGATTT  148

Query   35  ACAGCCTCAGCTGCGGCAAGTCCCTTCCTGAGTGGCTTTCTGATAGGAAGAAGAGAGCGCTACAGAAGAAAGAT  108
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  ACAGCCTCAGCTGCGGCAAGTCCCTTCCTGAGTGGCTTTCTGATAGGAAGAAGAGAGCGCTACAGAAGAAAGAT  222

Query  109  GTAGATGTCCGTAGGAGAATTGAACTTATTCAGGACTTTGAAATGCCTACTGTGTGTACCACTATTAAGGTGTC  182
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  GTAGATGTCCGTAGGAGAATTGAACTTATTCAGGACTTTGAAATGCCTACTGTGTGTACCACTATTAAGGTGTC  296

Query  183  AAAAGATGGACAGTACATTTTAGCAACTGGAACATATAAACCTCGGGTTCGATGTTATGACACCTATCAATTAT  256
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  AAAAGATGGACAGTACATTTTAGCAACTGGAACATATAAACCTCGGGTTCGATGTTATGACACCTATCAATTAT  370

Query  257  CCTTGAAGTTTGAAAGGTGTTTAGATTCAGAAGTTGTCACCTTTGAAATTTTGTCTGATGACTACTCAAAGATT  330
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  CCTTGAAGTTTGAAAGGTGTTTAGATTCAGAAGTTGTCACCTTTGAAATTTTGTCTGATGACTACTCAAAGATT  444

Query  331  GTCTTCTTACATAATGATAGATACATTGAATTTCATTCGCAATCAGGTTTTTACTACAAAACCAGAATACCAAA  404
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  GTCTTCTTACATAATGATAGATACATTGAATTTCATTCGCAATCAGGTTTTTACTACAAAACCAGAATACCAAA  518

Query  405  GTTTGGGAGAGATTTCTCTTACCACTATCCATCCTGTGACTTGTACTTTGTTGGTGCAAGTTCTGAAGTTTATA  478
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  GTTTGGGAGAGATTTCTCTTACCACTATCCATCCTGTGACTTGTACTTTGTTGGTGCAAGTTCTGAAGTTTATA  592

Query  479  GGTTAAACTTAGAACAAGGACGATACCTGAATCCTCTACAAACTGATGCTGCGGAGAATAATGTTTGTGACATA  552
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  GGTTAAACTTAGAACAAGGACGATACCTGAATCCTCTACAAACTGATGCTGCGGAGAATAATGTTTGTGACATA  666

Query  553  AATTCAGTGCATGGCTTGTTTGCCACAGGAACCATAGAGGGTAGAGTGGAGTGCTGGGACCCAAGAACTCGAAA  626
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  AATTCAGTGCATGGCTTGTTTGCCACAGGAACCATAGAGGGTAGAGTGGAGTGCTGGGACCCAAGAACTCGAAA  740

Query  627  CAGAGTTGGCCTGTTAGACTGCGCCTTAAACAGTGTCACAGCAGATTCAGAGATAAACAGTTTACCAACAATCT  700
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  CAGAGTTGGCCTGTTAGACTGCGCCTTAAACAGTGTCACAGCAGATTCAGAGATAAACAGTTTACCAACAATCT  814

Query  701  CTGCTTTGAAATTTAATGGTGCCTTGACCATGGCAGTTGGAACAACCACAGGGCAGGTTTTATTATATGACCTT  774
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  CTGCTTTGAAATTTAATGGTGCCTTGACCATGGCAGTTGGAACAACCACAGGGCAGGTTTTATTATATGACCTT  888

Query  775  CGATCTGATAAGCCATTGCTAGTTAAAGATCACCAGTATGGGCTGCCCATTAAGTCCGTTCATTTCCAGGATTC  848
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  CGATCTGATAAGCCATTGCTAGTTAAAGATCACCAGTATGGGCTGCCCATTAAGTCCGTTCATTTCCAGGATTC  962

Query  849  ATTAGATCTGATTTTGTCTGCTGACTCTCGAATTGTCAAGATGTGGAATAAGAACTCCGGAAAAATATTTACTT  922
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                
Sbjct  963  ATTAGATCTGATTTTGTCTGCTGACTCTCGAATTGTCAAGATGTGGAATAAGAACTCC----------------  1020

Query  923  CCTTGGAGCCAGAGCATGACCTTAATGATGTTTGTCTCTACCCCAACTCAGGCATGCTTCTGACGGCCAATGAA  996
                                                               |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021  ---------------------------------------------------GCATGCTTCTGACGGCCAATGAA  1043

Query  997  ACCCCCAAGATGGGCATCTATTACATTCCAGTTTTGGGTCCTGCTCCTCGGTGGTGTTCCTTCTTAGACAACTT  1070
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1044  ACCCCCAAGATGGGCATCTATTACATTCCAGTTTTGGGTCCTGCTCCTCGGTGGTGTTCCTTCTTAGACAACTT  1117

Query 1071  GACCGAAGAATTAGAAGAGAATCCAGAAAGCACAGTCTATGATGATTATAAATTTGTCACCAAGAAAGACCTTG  1144
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1118  GACCGAAGAATTAGAAGAGAATCCAGAAAGCACAGTCTATGATGATTATAAATTTGTCACCAAGAAAGACCTTG  1191

Query 1145  AAAATTTAGGGCTCACCCACCTCATTGGATCTCCTTTCCTCCGGGCATATATGCATGGGTTTTTCATGGATATA  1218
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1192  AAAATTTAGGGCTCACCCACCTCATTGGATCTCCTTTCCTCCGGGCATATATGCATGGGTTTTTCATGGATATA  1265

Query 1219  AGACTCTATCACAAGGTGAAACTGATGGTAAATCCATTTGCTTATGAAGAATATAGGAAAGATAAAATACGACA  1292
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1266  AGACTCTATCACAAGGTGAAACTGATGGTAAATCCATTTGCTTATGAAGAATATAGGAAAGATAAAATACGACA  1339

Query 1293  GAAAATAGAAGAAACACGTGCACAGAGAGTCCAGTTAAAGAAATTGCCAAAAGTTAACAAAGAGCTGGCACTTA  1366
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1340  GAAAATAGAAGAAACACGTGCACAGAGAGTCCAGTTAAAGAAATTGCCAAAAGTTAACAAAGAGCTGGCACTTA  1413

Query 1367  AATTAATTGAGGAAGAAGAGGAGAAGCAGAAATCTACATGGAAAAAGAAAGTTAAGAGTCTTCCTAATATTCTC  1440
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1414  AATTAATTGAGGAAGAAGAGGAGAAGCAGAAATCTACATGGAAAAAGAAAGTTAAGAGTCTTCCTAATATTCTC  1487

Query 1441  ACCGATGATCGATTTAAAGTTATGTTTGAGAACCCTGACTTCCAAGTAGATGAAGAGAGTGAAGAATTTAGGCT  1514
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1488  ACCGATGATCGATTTAAAGTTATGTTTGAGAACCCTGACTTCCAAGTAGATGAAGAGAGTGAAGAATTTAGGCT  1561

Query 1515  TCTGAATCCACTTGTTTCAAAAATTAGTGAAAAAAGGAAGAAGAAACTAAGACTCTTAGAGCAACAAGAACTTC  1588
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1562  TCTGAATCCACTTGTTTCAAAAATTAGTGAAAAAAGGAAGAAGAAACTAAGACTCTTAGAGCAACAAGAACTTC  1635

Query 1589  GTGAAAAAGAAGAGGAGGAAGAGCCGGAAGGAAAACCAAGTGATGCAGAAAGTTCGGAGAGTTCAGATGATGAA  1662
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1636  GTGAAAAAGAAGAGGAGGAAGAGCCGGAAGGAAAACCAAGTGATGCAGAAAGTTCGGAGAGTTCAGATGATGAA  1709

Query 1663  AAAGCCTGGGTTGAAGAGGTCAGGAAGCAACGCAGACTCCTCCAGCAGGAGGAAAAAGTGAAGCGGCAGGAACG  1736
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1710  AAAGCCTGGGTTGAAGAGGTCAGGAAGCAACGCAGACTCCTCCAGCAGGAGGAAAAAGTGAAGCGGCAGGAACG  1783

Query 1737  ACTCAAGGAGGACCAGCAGACAGTCCTAAAGCCCCAGTTTTATGAGATCAAAGCAGGAGAAGAATTTAGAAGCT  1810
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1784  ACTCAAGGAGGACCAGCAGACAGTCCTAAAGCCCCAGTTTTATGAGATCAAAGCAGGAGAAGAATTTAGAAGCT  1857

Query 1811  TCAAAGATTCTGCCACAAAGCAGAAACTGATGAACAAAACCCTTGAAGATCGTTTGAAAATTGAAGCAAAAAAT  1884
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1858  TCAAAGATTCTGCCACAAAGCAGAAACTGATGAACAAAACCCTTGAAGATCGTTTGAAAATTGAAGCAAAAAAT  1931

Query 1885  GGGACATTGAGTGTATCCGACACCACCGTTGGCAGCAAACAATTGACATTCACGTTAAAGAGGTCTGAACAGCA  1958
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1932  GGGACATTGAGTGTATCCGACACCACCGTTGGCAGCAAACAATTGACATTCACGTTAAAGAGGTCTGAACAGCA  2005

Query 1959  GAAGAAGCAACAGGAGGCTGAGAAACTGCATCGACAAGAAAGGAAAAGACTCCGTCGTTCGGCCGGACACCTGA  2032
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2006  GAAGAAGCAACAGGAGGCTGAGAAACTGCATCGACAAGAAAGGAAAAGACTCCGTCGTTCGGCCGGACACCTGA  2079

Query 2033  AGTCAAGACACAAAAGAGGACGGTCGTTTCAT------------------------------------------  2064
            ||||||||||||||||||||||||||||||||                                          
Sbjct 2080  AGTCAAGACACAAAAGAGGACGGTCGTTTCATTGATTTGGGAAGTGGTCCTACCTGTGATTAGGGAGGGGTACG  2153

Query 2065  --------------------------------------------------------------------------  2064
                                                                                      
Sbjct 2154  TCTCCCCCAAACTGATCATCGTTAGGGTGTTAAACACAGACGAGGAAACACACGTTTTTAAAGTTCATGTACGT  2227

Query 2065  --------------------------------------------------------------------------  2064
                                                                                      
Sbjct 2228  TCTTGTACACAGAGGTAAAGATTTGAAAACCTGTGCCTTGTGGGTTGGACTTTGAAGCTGGCCCCGCCGACGGC  2301

Query 2065  --------------------------------------------------------------------------  2064
                                                                                      
Sbjct 2302  CACCGCACAGCCCCAGGGGTGTGCTTGCGAGTCGTTGCTCCCTGGAAACATTGTCCTTTCCCCACGGCGTTAAT  2375

Query 2065  --------------------------------------------------------------------------  2064
                                                                                      
Sbjct 2376  CATGAAAACCAGGCTGGGGTTTTTTTAATATTGTGAAATGTACACCATGAAATGAAAGGTTTATCCTGTGCCAG  2449

Query 2065  --------------------------------------------------------------------------  2064
                                                                                      
Sbjct 2450  AAACCAAGGTTTATCATGCTCTAGGAACTTTTTTCTTACACTGCCTACCGCCATTCATGATTAAACCATCCAGA  2523

Query 2065  -----------------------  2064
                                   
Sbjct 2524  AATACCATCCCTGTTTTACCTGG  2546