Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000474221
• Subject: NM_001346459.1
• Aligned Length: 2011
• Identities: 1467
• Gaps: 527

Alignment

Query    1  ATGTTAATTGATGAAAGGTTACGATGTGAGCATCATAAAGCTAATTATCAGACACTGAAGGCTGAACACACAAG  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  GTTGCAGAATGAACATGTAAAGTTACAAAATGAACTCAAGCACCTGTTTAATGAAAAGCAAACTCAGCAGGAAA  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  AACTTCAGCTCCTGCTTGAAGAACTAAGAGGAGAATTAGTAGAGAAAACTAAAGATTTAGAAGAAATGAAACTG  222
                                                                             |||||||||
Sbjct    1  -----------------------------------------------------------------ATGAAACTG  9

Query  223  CAGATATTAACTCCACAAAAATTGGAATTGCTAAGAGCCCAAATACAACAAGAATTAGAAACTCCAATGAGAGA  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   10  CAGATATTAACTCCACAAAAATTGGAATTGCTAAGAGCCCAAATACAACAAGAATTAGAAACTCCAATGAGAGA  83

Query  297  ACGTTTTAGGAATCTAGATGAAGAGGTAGAAAAGTATAGAGCTGTATATAATAAGCTTCGCTATGAACATACAT  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   84  ACGTTTTAGGAATCTAGATGAAGAGGTAGAAAAGTATAGAGCTGTATATAATAAGCTTCGCTATGAACATACAT  157

Query  371  TTCTCAAGTCAGAATTTGAACACCAGAAGGAAGAGTATGCACGTATTTTAGATGAAGGAAAAATAAAATATGAA  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  158  TTCTCAAGTCAGAATTTGAACACCAGAAGGAAGAGTATGCACGTATTTTAGATGAAGGAAAAATAAAATATGAA  231

Query  445  TCAGAGATTGCAAGACTGGAGGAAGATAAAGAAGAACTACGTAACCAGCTGCTTAATGTTGATCTCACAAAAGA  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  232  TCAGAGATTGCAAGACTGGAGGAAGATAAAGAAGAACTACGTAACCAGCTGCTTAATGTTGATCTCACAAAAGA  305

Query  519  CAGCAAACGAGTGGAACAACTTGCTCGAGAAAAAGTCTATTTGTGTCAAAAATTAAAAGGTTTAGAGGCTGAAG  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  306  CAGCAAACGAGTGGAACAACTTGCTCGAGAAAAAGTCTATTTGTGTCAAAAATTAAAAGGTTTAGAGGCTGAAG  379

Query  593  TAGCGGAATTAAAGGCTGAAAAGGAGAATTCTGAGGCTCAGGTGGAAAATGCCCAAAGAATACAGGTGCGGCAG  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  380  TAGCGGAATTAAAGGCTGAAAAGGAGAATTCTGAGGCTCAGGTGGAAAATGCCCAAAGAATACAGGTGCGGCAG  453

Query  667  TTGGCTGAGATGCAGGCTACAGTCAGATCCCTGGAGGCTGAAAAACAATCAGCTAATTTACGGGCAGAACGCTT  740
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct  454  TTGGCTGAGATGCAGGCTACAGTCAGATCCCTGGAGGCTGAAAAACAATCAGCTAATTTACGGGCAGAACGTTT  527

Query  741  GGAAAAAGAGCTACAATCAAGCAGTGAACAAAATACCTTTTTAATTAATAAATTGCATAAAGCTGAACGAGAAA  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  528  GGAAAAAGAGCTACAATCAAGCAGTGAACAAAATACCTTTTTAATTAATAAATTGCATAAAGCTGAACGAGAAA  601

Query  815  TAAATACATTGTCCAGTAAAGTAAAAGAACTTAAACATTCAAACAAACTGGAAATAACAGACATCAAACTGGAG  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  602  TAAATACATTGTCCAGTAAAGTAAAAGAACTTAAACATTCAAACAAACTGGAAATAACAGACATCAAACTGGAG  675

Query  889  ACAGCAAGAGCTAAGAGTGAGCTAGAAAGAGAAAGGAATAAGATTCAAAGTGAACTGGATGGATTACAGTCAGA  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  676  ACAGCAAGAGCTAAGAGTGAGCTAGAAAGAGAAAGGAATAAGATTCAAAGTGAACTGGATGGATTACAGTCAGA  749

Query  963  CAATGAAATTCTCAAAGCAGCTGTTGAACATCACAAAGTGCTCTTAGTAGAAAAGGATCGTGAATTAATACGTA  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  750  CAATGAAATTCTCAAAGCAGCTGTTGAACATCACAAAGTGCTCTTAGTAGAAAAGGATCGTGAATTAATACGTA  823

Query 1037  AAGTACAAGCTGCCAAAGAAGAAGGTTATCAAAAACTTGTGGTATTACAAGATGAAAAGTTAGAACTCGAGAAC  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  824  AAGTACAAGCTGCCAAAGAAGAAGGTTATCAAAAACTTGTGGTATTACAAGATGAAAAGTTAGAACTCGAGAAC  897

Query 1111  AGATTAGCAGATTTGGAGAAAATGAAAGTGGAACATGATGTCTGGAGGCAATCTGAAAAGGATCAGTATGAAGA  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  898  AGATTAGCAGATTTGGAGAAAATGAAAGTGGAACATGATGTCTGGAGGCAATCTGAAAAGGATCAGTATGAAGA  971

Query 1185  GAAATTGCGGGCTTCACAGATGGCAGAAGAGATCACCAGGAAGGAGCTTCAGAGTGTTAGGTTAAAACTTCAGC  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  972  GAAATTGCGGGCTTCACAGATGGCAGAAGAGATCACCAGGAAGGAGCTTCAGAGTGTTAGGTTAAAACTTCAGC  1045

Query 1259  AACAAATTGTGACTATTGAAAATGCAGAGAAGGAAAAAAATGAAAATTCTGACCTAAAACAGCAAATCAGTAGT  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1046  AACAAATTGTGACTATTGAAAATGCAGAGAAGGAAAAAAATGAAAATTCTGACCTAAAACAGCAAATCAGTAGT  1119

Query 1333  TTGCAGATCCAAGTGACTTCACTTGCACAGTCAGAGAATGACTTGCTGAATTCAAACCAAATGCTGAAGGAAAT  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1120  TTGCAGATCCAAGTGACTTCACTTGCACAGTCAGAGAATGACTTGCTGAATTCAAACCAAATGCTGAAGGAAAT  1193

Query 1407  GGTGGAGAGATTAAAACAAGAATGCCGAAATTTTAGAAGCCAAGCTGAAAAAGCGCAACTAGAAGCTGAAAAGA  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1194  GGTGGAGAGATTAAAACAAGAATGCCGAAATTTTAGAAGCCAAGCTGAAAAAGCGCAACTAGAAGCTGAAAAGA  1267

Query 1481  CATTGGAAGAGAAACAGATACAGTGGTTGGAAGAAAAGCATAAGCTTCATGAGCGTATCACAGACAGAGAAGAA  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1268  CATTGGAAGAGAAACAGATACAGTGGTTGGAAGAAAAGCATAAGCTTCATGAGCGTATCACAGACAGAGAAGAA  1341

Query 1555  AAGTACAATCAAGCTAAGGAGAAACTGCAGCGAGCTGCAATTGCCCAGAAAAAG---------CTTGA------  1613
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||.|      
Sbjct 1342  AAGTACAATCAAGCTAAGGAGAAACTGCAGCGAGCTGCAATTGCCCAGAAAAAGAGAAAATCTCTTCATGAAAA  1415

Query 1614  ---------------ACAGGA-----------TCTT----------------GAGTTGG---------------  1630
                           |||.||           ||||                ||.||||               
Sbjct 1416  CAAATTGAAAAGACTACAAGAGAAAGTAGAAGTCTTGGAGGCAAAGAAAGAAGAATTGGAAACAGAAAATCAGG  1489

Query 1631  --------------GATG-CCCTTCTG-TGACTGATAC-------------------------ATACAGAGA--  1661
                          .||| .||||.|| .|||| ||||                         |||||||||  
Sbjct 1490  TCTTAAATAGACAAAATGTTCCTTTTGAAGACT-ATACAAGGCTTCAAAAAAGACTAAAAGATATACAGAGAAG  1562

Query 1662  ---------------GAGTGTA-------TTCCCCCCA--CCCCCATTGAAGAGAG-ATCT-------------  1697
                           .|||.||       ||||...||  ||.|||      |.|| ||||             
Sbjct 1563  ACATAATGAATTTCGAAGTCTAATTTTGGTTCCTAACATGCCTCCA------ACAGCATCTATCAATCCTGTTA  1630

Query 1698  -CTTGAAG------------------------------------------------------------------  1704
             |||..||                                                                  
Sbjct 1631  GCTTTCAGTCATCAGCCATGGTTCCAAGCATGGAACTACCATTTCCTCCTCATATGCAGGAGGAACAACATCAA  1704

Query 1705  --------------------------------------------------------------------------  1704
                                                                                      
Sbjct 1705  AGGGAACTCTCTCTACTTCGCAAAAGACTAGAAGAACTGGAAACAACACAAAGAAAACAACTAGAGGAACTTGG  1778

Query 1705  -------------  1704
                         
Sbjct 1779  ATCTTCCGGAGAA  1791