Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000474290
• Subject: XM_006530537.4
• Aligned Length: 3265
• Identities: 2286
• Gaps: 689

Alignment

Query    1  ATGGCCTGCTCACCTGATGCAGTCGTCTCTCCGTCTTCCGCTTTCTTAAGGTCTGGCTCAGTTTATGAACCTCT  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  TAAAAGCATTAATCTTCCAAGACCTGATAATGAAACTCTCTGGGATAAGTTGGACCATTATTACAGAATTGTCA  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  AGTCAACATTGCTGCTGTATCAAAGTCCAACTACCGGTCTCTTTCCCACTAAAACATGCGGTGGTGACCAGAAG  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  GCCAAGATCCAGGACAGCCTATACTGCGCTGCTGGGGCCTGGGCTTTGGCTCTTGCATACAGGCGAATTGATGA  296
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  297  CGACAAGGGAAGGACCCATGAGCTGGAGCACTCAGCTATAAAATGCATGAGAGGAATTCTCTACTGCTATATGC  370
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  371  GTCAGGCCGATAAGGTCCAGCAGTTTAAGCAGGATCCACGCCCAACAACATGTCTTCACTCTGTTTTCAATGTG  444
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  445  CATACAGGAGATGAGTTGCTTTCCTATGAGGAATATGGTCATCTTCAGATAAATGCAGTGTCACTTTATCTCCT  518
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  519  TTACCTTGTGGAAATGATTTCCTCAGGACTCCAGATTATCTACAACACTGATGAGGTCTCTTTTATTCAAAACC  592
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  593  TTGTATTTTGTGTGGAAAGAGTTTACCGTGTGCCTGACTTTGGTGTCTGGGAAAGAGGAAGCAAATATAATAAT  666
                                                                                    ||
Sbjct    1  ------------------------------------------------------------------------AT  2

Query  667  GGCAGCACAGAGCTACATTCGAGCTCGGTTGGTTTAGCAAAAGCAGCTCTAGAAGCAATTAATGGATTCAACCT  740
            |        ||.||.|.|   |||||.||||||||||||||||||||..|||||||||||||||||||.|||||
Sbjct    3  G--------GATCTGCTT---AGCTCTGTTGGTTTAGCAAAAGCAGCCTTAGAAGCAATTAATGGATTTAACCT  65

Query  741  TTTTGGCAACCAGGGCTGTTCGTGGTCAGTTATATTTGTGGATCTCGATGCTCACAATCGCAACAGGCAAACTT  814
            .|||||.||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||.|
Sbjct   66  CTTTGGAAACCAGGGGTGTTCCTGGTCAGTTATATTTGTGGATCTCGATGCTCACAACCGCAACAGGCAGACAT  139

Query  815  TGTGCTCGCTGTTACCCAGAGAATCAAGATCACATAATACAGATGCTGCCCTGCTCCCCTGCATCAGTTATCCT  888
            |||||||.||||||||||||||||||.|.||.|||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||
Sbjct  140  TGTGCTCACTGTTACCCAGAGAATCACGCTCTCATAACACAGATGCTGCCCTGCTCCCGTGCATCAGTTACCCT  213

Query  889  GCATTTGCCCTGGATGATGAAGTTCTTTTTAGCCAGACACTTGATAAAGTGGTTAGAAAATTAAAAGGAAAATA  962
            ||.||||||.||||||||||||..||.||.|||||||||||||||||||||.|.||||||||.|||||||||||
Sbjct  214  GCGTTTGCCTTGGATGATGAAGCACTGTTCAGCCAGACACTTGATAAAGTGATAAGAAAATTGAAAGGAAAATA  287

Query  963  TGGATTTAAACGTTTCTTGAGAGATGGGTATAGAACATCATTGGAAGATCCCAACAGATGCTACTACAAGCCAG  1036
            |||||||||.|||||||||.||||||||||.|||||..||||||||||||||||||||.||||.|||||.||||
Sbjct  288  TGGATTTAAGCGTTTCTTGCGAGATGGGTACAGAACGCCATTGGAAGATCCCAACAGACGCTATTACAAACCAG  361

Query 1037  CTGAAATTAAGCTATTTGATGGCATTGAATGTGAATTTCCCATATTTTTCCTTTATATGATGATTGATGGAGTT  1110
            |.||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||.|||||.|||
Sbjct  362  CAGAGATTAAGCTGTTTGATGGCATTGAATGTGAATTTCCCATATTCTTCCTTTACATGATGATCGATGGTGTT  435

Query 1111  TTTAGAGGCAATCCTAAGCAAGTACAGGAATATCAGGATCTTTTGACTCCAGTACTTCATCATACCACAGAAGG  1184
            |||||||||||||.|.|.|||||..|||||||||||||.||||||||.||..|.||||||||.|||||||||||
Sbjct  436  TTTAGAGGCAATCTTGAACAAGTCAAGGAATATCAGGACCTTTTGACACCTTTGCTTCATCAGACCACAGAAGG  509

Query 1185  ATATCCTGTTGTACCAAAGTACTATTATGTGCCAGCTGACTTTGTAGAATATGAAAAAAATAACCCTGGTAGTC  1258
            ||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||..|||||||||||||
Sbjct  510  ATATCCTGTTGTGCCAAAGTACTATTATGTGCCAGCTGACTTTGTAGAATGTGAAAAAAGAAACCCTGGTAGTC  583

Query 1259  AAAAACGATTTCCTAGCAACTGTGGCCGTGATGGAAAACTGTTTCTTTGGGGACAAGCACTTTATATCATCGCA  1332
            |.||.||.|||||.||.|||||||||||||||||.||..|||||||||||||||||||.|||||||||||.|||
Sbjct  584  AGAAGCGGTTTCCAAGTAACTGTGGCCGTGATGGGAAGTTGTTTCTTTGGGGACAAGCTCTTTATATCATTGCA  657

Query 1333  AAACTCCTGGCTGATGAACTTATTAGTCCTAAAGACATTGATCCTGTCCAGCGCTATGTCCCACTAAAGGATCA  1406
            ||||||||.||||||||..|.||.||.||||||||||||||.|||||||||||||.|||||||||..||.||||
Sbjct  658  AAACTCCTAGCTGATGAGTTAATCAGCCCTAAAGACATTGACCCTGTCCAGCGCTTTGTCCCACTTCAGAATCA  731

Query 1407  ACGTAACGTGAGCATGAGGTTTTCCAATCAGGGCCCACTGGAAAATGACTTGGTAGTTCATGTGGCACTTATAG  1480
            ||||||||||||||||||.|..||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||.|||
Sbjct  732  ACGTAACGTGAGCATGAGATACTCCAATCAGGGCCCACTGGAAAATGACTTGGTGGTTCATGTAGCACTTGTAG  805

Query 1481  CAGAAAGCCAAAGACTTCAAGTTTTTCTGAACACATATGGTATTCAAACTCAAACTCCTCAACAAGTAGAACCC  1554
            |||||||||||.|.||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.|||||||||||.||.||.||||||
Sbjct  806  CAGAAAGCCAACGCCTTCAAGTTTTTCTCAATACATATGGTATTCAAACCCAAACTCCTCAGCAGGTGGAACCC  879

Query 1555  ATTCAGATATGGCCTCAGCAGGAGCTTGTGAAAGCTTATTTGCAGCTGGGTATCAATGAAAAGTTAGGACTCTC  1628
            ||||||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||.||.|||||.||||||||||||||.||.||.||
Sbjct  880  ATTCAGATCTGGCCTCAGCAGGAGCTTGTAAAAGCTTATTTCCACCTGGGAATCAATGAAAAGTTGGGTCTGTC  953

Query 1629  TGGAAGGCCAGACAGGCCCATTGGCTGCCTCGGGACATCAAAGATTTATCGCATTCTAGGAAAGACTGTGGTTT  1702
            ||||||||||||.|||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  954  TGGAAGGCCAGATAGGCCCATTGGCTGCCTTGGTACATCAAAGATTTATCGCATTCTAGGAAAGACTGTGGTTT  1027

Query 1703  GTTACCCGATTATTTTCGACCTAAGTGATTTCTACATGTCTCAGGATGTTTTCCTGCTGATAGATGACATAAAG  1776
            |||||||.||.||.||.|||||.|||||||||||||||||||||||.|||.|.|||||.|||||||||||||||
Sbjct 1028  GTTACCCTATCATCTTTGACCTGAGTGATTTCTACATGTCTCAGGACGTTCTGCTGCTCATAGATGACATAAAG  1101

Query 1777  AATGCGCTGCAGTTCATTAAACAATATTGGAAAATGCATGGACGTCCACTTTTCCTTGTTCTCATCCGGGAAGA  1850
            ||.||.||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||.|||||
Sbjct 1102  AACGCACTACAGTTCATTAAGCAATATTGGAAAATGCATGGACGCCCACTTTTTCTTGTTCTCATCCGAGAAGA  1175

Query 1851  CAATATAAGAGGTAGCCGGTTCAACCCCATATTAGATATGCTGGCAGCCCTTAAAAAAGGAATAATTGGAGGAG  1924
            |||.||||||||||||.|.||||||||.||||||||.||||||||||||.|||||||.||||||||||||||||
Sbjct 1176  CAACATAAGAGGTAGCAGATTCAACCCAATATTAGACATGCTGGCAGCCTTTAAAAAGGGAATAATTGGAGGAG  1249

Query 1925  TCAAAGTTCATGTGGATCGTCTACAGACACTAATATCTGGAGCTGTGGTAGAACAACTTGATTTCCTACGAATC  1998
            |||||||||||||.||||||.||||||||.|.|||||.||||||||.|||||.||.|||||.||.||||||||.
Sbjct 1250  TCAAAGTTCATGTTGATCGTTTACAGACATTGATATCCGGAGCTGTAGTAGAGCAGCTTGACTTTCTACGAATT  1323

Query 1999  AGTGACACAGAAGAGCTTCCAGAATTTAAGAGTTTTGAGGAACTAGAACCTCCCAAACATTCAAAAGTCAAACG  2072
            ||||||||||||.|||||||||||||||||||.|||||.|||||||||..|||.||.|||||||||||||||||
Sbjct 1324  AGTGACACAGAAAAGCTTCCAGAATTTAAGAGCTTTGAAGAACTAGAATTTCCTAAGCATTCAAAAGTCAAACG  1397

Query 2073  GCAAAGCAGCACCCCTAG-TGCTCCTGAACTGGG----ACAGCAGCCGGATGTCAACATTAGTGAATGGAAGGA  2141
            |||.|||||.|||.| || |||||||||    ||    |||..||||.|...|||.|||||..||.|||||..|
Sbjct 1398  GCAGAGCAGTACCGC-AGATGCTCCTGA----GGCGCAACACGAGCCAGGCATCACCATTACCGAGTGGAAAAA  1466

Query 2142  CAAACCCACCCATGAAATTCTTCAAAAACTGAATGATTGCAGTTGTCTGGCTAGCCAAGCCATCCTGCTGGGTA  2215
            ||||.|||||||.|||||.|||||.||.||||||||.|||.|||||||||||.|.|||.|||||||||||||||
Sbjct 1467  CAAATCCACCCACGAAATCCTTCAGAAGCTGAATGACTGCGGTTGTCTGGCTGGTCAAACCATCCTGCTGGGTA  1540

Query 2216  TACTGCTCAAAAGAGAAGGCCCCAACTTCATCACAAAGGAAGGTACCGTTTCTGATCACATTGAGAGAGTCTAT  2289
            ||||||||||||||||.|||||.|||||.|||||||.||||||.||.||.||||||||||||||||||||.|||
Sbjct 1541  TACTGCTCAAAAGAGAGGGCCCTAACTTTATCACAATGGAAGGAACTGTGTCTGATCACATTGAGAGAGTGTAT  1614

Query 2290  AGAAGAGCTGGCAGCCAAAAACTTTGGTCGGTTGTACGCCGTGCAGCAAGTCTTTTAAGTAAAGTAGTGGACAG  2363
            |||||||||||||||.||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
Sbjct 1615  AGAAGAGCTGGCAGCAAAAAGCTTTGGTCGGTTGTACGCCGTGCAGCAAGTCTTTTAAATAAAGTAGTGGACAG  1688

Query 2364  CCTGGCCCCATCCATTACTAATGTTTTAGTGCAGGGCAAACAGGTAACTCTGGGTGCCTTTGGGCATGAAGAAG  2437
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||.|
Sbjct 1689  CCTGGCCCCATCCATTACTAATGTTTTAGTGCAGGGCAAACAGGTAACTCTAGGTGCCTTTGGACATGAAGAGG  1762

Query 2438  AAGTTATCTCTAATCCTTTGTCTCCAAGAGTGATTCAAAACATCATCTATTATAAGTGTAACACCCATGATGAG  2511
            |.||.||||||||.||..|||||||||||||||||.|.|||||.||||||||||||||.||.|||||.||||||
Sbjct 1763  AGGTCATCTCTAACCCACTGTCTCCAAGAGTGATTAAGAACATAATCTATTATAAGTGCAATACCCACGATGAG  1836

Query 2512  AGGGAAGCGGTCATTCAGCAAGAACTGGTCATCCATATTGGCTGGATCATCTCCAATAACCCTGAGTTATTCAG  2585
            |||||.||.||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.|.|||||||||.|||||
Sbjct 1837  AGGGAGGCAGTCATTCAGCAAGAACTGGTCATCCACATCGGCTGGATCATCTCCAACAGCCCTGAGTTGTTCAG  1910

Query 2586  TGGCATGCTGAAAATACGAATCGGGTGGATCATCCATGCCATGGAGTATGAACTTCAGATCCGTGGCGGAGACA  2659
            .|||||||||||||||||.||.||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||.||||.|||||.||.|
Sbjct 1911  CGGCATGCTGAAAATACGCATTGGGTGGATCATCCACGCCATGGAGTATGAACTGCAGGTCCGGGGCGGGGATA  1984

Query 2660  AGCCAGCCTTGGACTTGTATCAGCTGTCACCTAGTGAAGTTAAACAGCTTCTGCTGGATATTCTGCAGCCTCAA  2733
            |||||||..||||||||||.|||||.||.||.||||||||.||.|||||.|||||.||.|||||.|||||||||
Sbjct 1985  AGCCAGCTGTGGACTTGTACCAGCTCTCGCCCAGTGAAGTGAAGCAGCTGCTGCTAGACATTCTCCAGCCTCAA  2058

Query 2734  CAGAATGGAAGATGTTGGCTGAACAGGCGTCAGATCGATGGGTCTTTGAATAGAACTCCCACCGG-GTTCTATG  2806
            ||||.|||||||||||||.||||.||.||||||||.||||||||.|||||||||||.||| |||| .|||||||
Sbjct 2059  CAGAGTGGAAGATGTTGGTTGAATAGACGTCAGATTGATGGGTCATTGAATAGAACACCC-CCGGAATTCTATG  2131

Query 2807  ACCGAGTGTGGCAGATTCTGGAGCGCACGCCCAATGGGATCATTGTTGCTGGGAAGCATTTGCCTCAGCAACCA  2880
            ||||||||||||||||.|||||.|||||.||.|||||.|||.||||.|||||.|||||||||||.|||||||||
Sbjct 2132  ACCGAGTGTGGCAGATCCTGGAACGCACACCTAATGGTATCGTTGTAGCTGGAAAGCATTTGCCACAGCAACCA  2205

Query 2881  ACCCTGTCAGATATGACCATGTATGAGATGAATTTCTCTCTCCTTGTTGAAGACACGTTGGGAAATATTGACCA  2954
            ||..||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|.|.|||||||.||||||||
Sbjct 2206  ACTTTGTCGGATATGACCATGTATGAGATGAATTTTTCTCTCCTTGTTGAAGATATGCTGGGAAACATTGACCA  2279

Query 2955  GCCACAGTACAGACAGATCGTTGTAGAGTTACTTATGGTTGTATCCATTGTACTGGAAAGAAACCCCGAGCTAG  3028
            ||||.||||.|||||||||.|.||.||||||||.|||||.|||||||||||.||||||||||||||.||.||.|
Sbjct 2280  GCCAAAGTATAGACAGATCATAGTTGAGTTACTAATGGTCGTATCCATTGTGCTGGAAAGAAACCCTGAACTGG  2353

Query 3029  AATTTCAAGACAAAGTAGATCTAGACAGACTGGTCAAAGAAGCATTTAATGAATTTCAAAAAGATCAGAGTCGG  3102
            |.||||||||||||||.|||||.|||||||||||.||||||||.|||.||||.||||||||||||.||||||||
Sbjct 2354  AGTTTCAAGACAAAGTGGATCTGGACAGACTGGTTAAAGAAGCGTTTCATGAGTTTCAAAAAGATGAGAGTCGG  2427

Query 3103  CTAAAGGAAATTGAAAAACAAGATGACATGACTTCCTTTTACAACACTCCTCCCCTGGGAAAAAGAGGAACATG  3176
            |||||.|||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||.||.|||||||||||||||||.||
Sbjct 2428  CTAAAAGAAATCGAAAAACAAGATGATATGACTTCCTTTTACAACACGCCCCCACTGGGAAAAAGAGGAACCTG  2501

Query 3177  CAGCTATTTGACAAAGGCGGTGATGAATCT-GCTGCTGGAAGGAGAAGTCAAGCCAAACAATGATGACCCGTGT  3249
            ||||||.|||||.||||..|||||||| || .|||||.||.||||||||||||||.|.||||||.|||.|.||.
Sbjct 2502  CAGCTACTTGACGAAGGTTGTGATGAA-CTCACTGCTCGAGGGAGAAGTCAAGCCCAGCAATGAGGACTCCTGC  2574

Query 3250  CTGATTAGC  3258
            |||.|||||
Sbjct 2575  CTGGTTAGC  2583