Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000474713
• Subject: NM_001349663.1
• Aligned Length: 3190
• Identities: 1794
• Gaps: 1391

Alignment

Query    1  ATGACCTCTTACCGGGAGCGGAGTGCCGACCTGGCCCGTTTCTACACTGTCACCGAGCCCCAGCGACACCCGAG  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  GGGCTACACAGTATATAAGGTCACCGCCCGGGTTGTTTCACGAAGAAATCCAGAGGATGTCCAGGAGATAATTG  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  TATGGAAGAGATACAGTGATTTTAAGAAACTACACAAAGAACTATGGCAAATTCACAAAAACTTATTCCGACAT  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  TCAGAGTTGTTTCCTCCATTTGCTAAAGGAATAGTGTTTGGGCGATTTGATGAAACTGTTATCGAAGAGAGAAG  296
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  297  ACAATGTGCTGAAGACCTGCTACAGTTCTCTGCCAATATTCCTGCTCTTTACAATAGTAAACAGCTTGAAGACT  370
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  371  TTTTCAAGGGTGGAATAATTAATGATAGTTCTGAATTAATTGGTCCTGCTGAAGCTCACTCAGATTCCCTCATT  444
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  445  GATACCTTTCCTGAGTGTAGTACGGAAGGCTTCTCCAGTGACAGTGATCTGGTATCTCTTACTGTTGATGTGGA  518
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  519  TTCTCTTGCTGAGTTAGATGATGGAATGGCTTCCAATCAAAATTCTCCCATTAGAACTTTTGGTCTCAATCTTT  592
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  593  CTTCGGATTCTTCAGCACTAGGGGCTGTTGCTTCTGACAGTGAACAGAGCAAAACAGAAGAGAACGGGAAAGTC  666
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  667  GTAGCCTCTTTCCTGGCAGTTTAAAGCCGAAGCTTGCAGAGAGATTATTTGGAGAAAGCAGAGAATTAATAAGC  740
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  741  TGGCTTTAAAAAGAGAGAGACGACTATGAGCTGCTTCTGATTTTTATAGGAAGGAGTTGATTTACTCCTAGAAG  814
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  815  GTGTTCAAGGAGAGTCAAGCCCTACCCGTCGAGAAGCTGTGAAGAGAAGAACAGCCGAGTACCTCATGCGGGCA  888
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  889  GAAAGTATCTCTAGTCTTTATGGGAAACCTCAGCTTGATGATGTATCTCAGCCTCCAGGATCACTAAGTTCAAG  962
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  963  GCCCCTTTGGAACCTAAGGAGCCCTGCCGAGGAGCTGAAGGCCTTCAGAGTCCTTGGGGTGATTGACAAGGTTT  1036
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query 1037  TACTTGTAATGGACACAAGGACAGAACAGACTTTCATTTTAAAAGGTCTAAGGAAAAGCAGTGAATACAGCAGG  1110
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query 1111  AACAGAAAGACCATCATCCCCCGCTGTGTGCCCAACATGGTGTGTCTGCATAAGTACATCATCTCTGAGGAGTC  1184
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query 1185  AGTATTTCTTGTGCTGCAGCATGCGGAAGGTGGCAAACTGTGGTCATATATCAGTAAATTTCTAAACAGAAGTC  1258
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query 1259  CTGAAGAAAGCTTTGACATCAAGGAAGTGAAAAAACCTACACTTGCAAAAGTTCACCTGCAGCAGCCAACTTCT  1332
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query 1333  AGTCCTCAGGACAGCAGTAGCTTTGAATCCAGAGGAAGTGATGGTGGAAGCATGCTTAAAGCTCTGCCTTTGAA  1406
                                                               |||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ---------------------------------------------------ATGCTTAAAGCTCTGCCTTTGAA  23

Query 1407  GAGTAGTCTTACTCCAAGTTCTCAAGATGACAGCAACCAGGAAGATGATGGCCAAGATAGCTCTCCAAAGTGGC  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   24  GAGTAGTCTTACTCCAAGTTCTCAAGATGACAGCAACCAGGAAGATGATGGCCAAGATAGCTCTCCAAAGTGGC  97

Query 1481  CAGATTCTGGTTCAAGTTCAGAAGAAGAATGTACTACTAGTTATTTAACATTATGCAATGAATATGGGCAAGAA  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   98  CAGATTCTGGTTCAAGTTCAGAAGAAGAATGTACTACTAGTTATTTAACATTATGCAATGAATATGGGCAAGAA  171

Query 1555  AAGATTGAACCAGGGTCTTTGAATGAGGAGCCCTTCATGAAGACTGAAGGGAATGGTGTTGATACAAAAGCTAT  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  172  AAGATTGAACCAGGGTCTTTGAATGAGGAGCCCTTCATGAAGACTGAAGGGAATGGTGTTGATACAAAAGCTAT  245

Query 1629  TAAAAGCTTCCCAGCACACCTTGCTGCTGACAGTGACAGCCCCAGCACACAGCTGAGAGCTCACGAGCTGAAGT  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  246  TAAAAGCTTCCCAGCACACCTTGCTGCTGACAGTGACAGCCCCAGCACACAGCTGAGAGCTCACGAGCTGAAGT  319

Query 1703  TCTTCCCCAACGATGACCCAGAAGCAGTTAGTTCTCCAAGAACATCAGATTCCCTCAGTAGATCAAAAAATAGC  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  320  TCTTCCCCAACGATGACCCAGAAGCAGTTAGTTCTCCAAGAACATCAGATTCCCTCAGTAGATCAAAAAATAGC  393

Query 1777  CCCATGGAATTCTTTAGGATAGACAGTAAGGATAGCGCAAGTGAACTCCTGGGACTTGACTTTGGAGAAAAATT  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  394  CCCATGGAATTCTTTAGGATAGACAGTAAGGATAGCGCAAGTGAACTCCTGGGACTTGACTTTGGAGAAAAATT  467

Query 1851  GTATAGTCTAAAATCAGAACCTTTGAAACCATTCTTTACTCTTCCAGATGGAGACAGTGCTTCTAGGAGTTTTA  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  468  GTATAGTCTAAAATCAGAACCTTTGAAACCATTCTTTACTCTTCCAGATGGAGACAGTGCTTCTAGGAGTTTTA  541

Query 1925  ATACTAGTGAAAGCAAGGTAGAGTTTAAAGCTCAGGACACCATTAGCAGGGGCTCAGATGACTCAGTGCCAGTT  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  542  ATACTAGTGAAAGCAAGGTAGAGTTTAAAGCTCAGGACACCATTAGCAGGGGCTCAGATGACTCAGTGCCAGTT  615

Query 1999  ATTTCATTTAAAGATGCTGCTTTTGATGATGTCAGTGGTACTGATGAAGGAAGACCTGATCTTCTTGTAAATTT  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  616  ATTTCATTTAAAGATGCTGCTTTTGATGATGTCAGTGGTACTGATGAAGGAAGACCTGATCTTCTTGTAAATTT  689

Query 2073  ACCTGGTGAATTGGAGTCAACAAGAGAAGCTGCAGCAATGGGACCTACTAAGTTTACACAAACTAATATAGGGA  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  690  ACCTGGTGAATTGGAGTCAACAAGAGAAGCTGCAGCAATGGGACCTACTAAGTTTACACAAACTAATATAGGGA  763

Query 2147  TAATAGAAAATAAACTCTTGGAAGCCCCTGATGTTTTATGCCTCAGGCTTAGTACTGAACAATGCCAAGCACAT  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  764  TAATAGAAAATAAACTCTTGGAAGCCCCTGATGTTTTATGCCTCAGGCTTAGTACTGAACAATGCCAAGCACAT  837

Query 2221  GAGGAGAAAGGCATAGAGGAACTGAGTGATCCCTCTGGGCCCAAATCCTATAGTATAACAGAGAAACACTATGC  2294
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  838  GAGGAGAAAGGCATAGAGGAACTGAGTGATCCCTCTGGGCCCAAATCCTATAGTATAACAGAGAAACACTATGC  911

Query 2295  ACAGGAGGATCCCAGGATGTTATTTGTAGCAGCTGTTGATCATAGTAGTTCAGGAGATATGTCTTTGTTACCCA  2368
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  912  ACAGGAGGATCCCAGGATGTTATTTGTAGCAGCTGTTGATCATAGTAGTTCAGGAGATATGTCTTTGTTACCCA  985

Query 2369  GCTCAAGATCTTAGTTTTCAAGGACTNGGAGTGGTTGAGTCAGCAGTAACTGCAAACAACACAGAAGAAAAGC-  2441
            |||| |||||.||..|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| 
Sbjct  986  GCTC-AGATCCTAAGTTTCAAGGACTTGGAGTGGTTGAGTCAGCAGTAACTGCAAACAACACAGAAG-AAAGCT  1057

Query 2442  TATTCCGTA-TTGTAGTCCACTCTCAGGTGCTAATGAATATA-TGCAAAGCACAGACACTTTAAAAACAGAAGA  2513
            ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1058  TATTCCGTATTTGTAGTCCACTCTCAGGTGCTAATGAATATATTGC-AAGCACAGACACTTTAAAAACAGAAGA  1130

Query 2514  AGTA-TGCTGTTNNACAGATCAGACTGATGATTTGGCTAAAGAGGAACCAACTTCTTTATTCCAGAGAGACTCT  2586
            |||| ||||||| .||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1131  AGTATTGCTGTT-TACAGATCAGACTGATGATTTGGCTAAAGAGGAACCAACTTCTTTATTCCAGAGAGACTCT  1203

Query 2587  GAGACTAAGGGTGAAAGTGGTTTAGTGCTAGAAGGAGACAAGGAAATACATCAGATTTTTGAGGACCTTGATAA  2660
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1204  GAGACTAAGGGTGAAAGTGGTTTAGTGCTAGAAGGAGACAAGGAAATACATCAGATTTTTGAGGACCTTGATAA  1277

Query 2661  AAAATTAGCACTAGCCTCCAGGTTTTACATCCCAGAGGGCTGCATTCAAAGATGGGCAGCTGAAATGGTGGTAG  2734
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1278  AAAATTAGCACTAGCCTCCAGGTTTTACATCCCAGAGGGCTGCATTCAAAGATGGGCAGCTGAAATGGTGGTAG  1351

Query 2735  CCCTTGATGCTTTACATAGAGAGGGAATTGTGTGCCGCGATTTGAACCCAAACAACATCTTATTGAATGATAGA  2808
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1352  CCCTTGATGCTTTACATAGAGAGGGAATTGTGTGCCGCGATTTGAACCCAAACAACATCTTATTGAATGATAGA  1425

Query 2809  GGACACATTCAGCTAACGTATTTTAGCAGGTGGAGTGAGGTTGAAGATTCCTGTGACAGCGATGCCATAGAGAG  2882
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1426  GGACACATTCAGCTAACGTATTTTAGCAGGTGGAGTGAGGTTGAAGATTCCTGTGACAGCGATGCCATAGAGAG  1499

Query 2883  AATGTACTGTGCCCCAGAGGTTGGAGCAATCACTGAAGAAACTGAAGCCTGTGATTGGTGGAGTTTGGGTGCTG  2956
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500  AATGTACTGTGCCCCAGAGGTTGGAGCAATCACTGAAGAAACTGAAGCCTGTGATTGGTGGAGTTTGGGTGCTG  1573

Query 2957  TCCTCTTTGAACTTCTCACTGGCAAGACTCTGGTTGAATGCCATCCAGCAGGAATAAATACTCACACTACTTTG  3030
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1574  TCCTCTTTGAACTTCTCACTGGCAAGACTCTGGTTGAATGCCATCCAGCAGGAATAAATACTCACACTACTTTG  1647

Query 3031  AACATGCCAGAATGTGTCTCTGAAGAGGCTCGCTCACTCATTCAACAGCTCTTGCAGTTCAATCCTCTGGAACG  3104
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1648  AACATGCCAGAATGTGTCTCTGAAGAGGCTCGCTCACTCATTCAACAGCTCTTGCAGTTCAATCCTCTGGAACG  1721

Query 3105  ACTTGGTGCTGGAGTTGCTGGTGTTGAAGATATCAAATCTCATCCATTTTTTACCCCTGTGGATTGGGCAGAAC  3178
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1722  ACTTGGTGCTGGAGTTGCTGGTGTTGAAGATATCAAATCTCATCCATTTTTTACCCCTGTGGATTGGGCAGAAC  1795

Query 3179  TGATGAGA  3186
            ||||||||
Sbjct 1796  TGATGAGA  1803