Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000477049
• Subject: XM_011514970.3
• Aligned Length: 3024
• Identities: 2472
• Gaps: 540

Alignment

Query    1  ATGGCCGCCGCGGAGACCCAGTCGCTACGGGAGCAGCCAGAGATGGAAGATGCTAATTCTGAAAAGAGTATAAA  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGCCGCCGCGGAGACCCAGTCGCTACGGGAGCAGCCAGAGATGGAAGATGCTAATTCTGAAAAGAGTATAAA  74

Query   75  TGAAGAAAATGGAGAAGTATCAGAAGACCAGTCTCAAAATAAGCACAGTCGTCACAAAAAAAAGAAGCATAAAC  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  TGAAGAAAATGGAGAAGTATCAGAAGACCAGTCTCAAAATAAGCACAGTCGTCACAAAAAAAAGAAGCATAAAC  148

Query  149  ACAGAAGTAAACATAAGAAACATAAACATTCCTCAGAAGAAGACAAGGATAAAAAACATAAACATAAGCATAAA  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  ACAGAAGTAAACATAAGAAACATAAACATTCCTCAGAAGAAGACAAGGATAAAAAACATAAACATAAGCATAAA  222

Query  223  CATAAGAAACACAAAAGAAAAGAGGTTATTGATGCTTCTGATAAAGAGGGTATGTCTCCAGCAAAAAGAACTAA  296
            ||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  CATAAGAAACACAAAAGAAAAGAGATTATTGATGCTTCTGATAAAGAGGGTATGTCTCCAGCAAAAAGAACTAA  296

Query  297  ACTTGATGATTTAGCTTTGCTAGAAGACTTGGAAAAACAGAGAGCCTTGATTAAGGCCGAACTTGATAATGAGT  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  ACTTGATGATTTAGCTTTGCTAGAAGACTTGGAAAAACAGAGAGCCTTGATTAAGGCCGAACTTGATAATGAGT  370

Query  371  TAATGGAAGGAAAGGTCCAGTCTGGTATGGGGCTCATTTTGCAAGGTTATGAGTCTGGCTCTGAAGAAGAGGGG  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  TAATGGAAGGAAAGGTCCAGTCTGGTATGGGGCTCATTTTGCAAGGTTATGAGTCTGGCTCTGAAGAAGAGGGG  444

Query  445  GAAATTCATGAAAAGGCAAGAAATGGAAATAGGTCTAGTACTAGATCTTCAAGTACAAAGGGGAAACTTGAACT  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  GAAATTCATGAAAAGGCAAGAAATGGAAATAGGTCTAGTACTAGATCTTCAAGTACAAAGGGGAAACTTGAACT  518

Query  519  TGTGGACAATAAAATTACTACAAAGAAACGAAGTAAAAGCAGATCCAAAGAACGGACTAGACATAGGTCTGATA  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  TGTGGACAATAAAATTACTACAAAGAAACGAAGTAAAAGCAGATCCAAAGAACGGACTAGACATAGGTCTGATA  592

Query  593  AAAAGAAAAGTAAGGGGGGTATTGAAATCGTTAAAGAGAAAACAACTAGGAGCAAGTCAAAGGAGAGGAAAAAA  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  AAAAGAAAAGTAAGGGGGGTATTGAAATCGTTAAAGAGAAAACAACTAGGAGCAAGTCAAAGGAGAGGAAAAAA  666

Query  667  TCTAAAAGCCCATCCAAAAGAAGTAAGTCTCAAGATCAAGCAAGGAAATCAAAATCCCCTACCCTTAGAAGGCG  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  TCTAAAAGCCCATCCAAAAGAAGTAAGTCTCAAGATCAAGCAAGGAAATCAAAATCCCCTACCCTTAGAAGGCG  740

Query  741  ATCTCAAGAGAAAATTGGTAAGGCCAGATCTCCTACTGATGATAAGGTTAAAATTGAAGATAAAAGTAAATCAA  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  ATCTCAAGAGAAAATTGGTAAGGCCAGATCTCCTACTGATGATAAGGTTAAAATTGAAGATAAAAGTAAATCAA  814

Query  815  AAGATAGGAAAAAATCCCCAATTATAAATGAAAGTAGAAGTCGCGATCGAGGTAAAAAATCCAGATCCCCAGTT  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  AAGATAGGAAAAAATCCCCAATTATAAATGAAAGTAGAAGTCGCGATCGAGGTAAAAAATCCAGATCCCCAGTT  888

Query  889  GATTTAAGAGGTAAATCCAAAGACAGAAGGTCACGGTCCAAAGAGAGAAAATCAAAACGGTCTGAAACTGATAA  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  GATTTAAGAGGTAAATCCAAAGACAGAAGGTCACGGTCCAAAGAGAGAAAATCAAAACGGTCTGAAACTGATAA  962

Query  963  AGAAAAGAAGCCAATTAAATCTCCCTCTAAAGATGCTTCATCTGGGAAAGAAAATAGGTCACCCAGCAGAAGAC  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  AGAAAAGAAGCCAATTAAATCTCCCTCTAAAGATGCTTCATCTGGGAAAGAAAATAGGTCACCCAGCAGAAGAC  1036

Query 1037  CTGGTCGTAGTCCTAAAAGAAGAAGTTTGTCTCCAAAACCACGTGATAAATCAAGAAGAAGCAGGTCTCCACTT  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  CTGGTCGTAGTCCTAAAAGAAGAAGTTTGTCTCCAAAACCACGTGATAAATCAAGAAGAAGCAGGTCTCCACTT  1110

Query 1111  TTGAATGATAGAAGATCTAAGCAGAGCAAATACCCCTCGCGGACACTGTCTCCTGGGAGAAGAGCCAAGAGCCG  1184
            |||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  TTGAATGATAGAAGATCTAAGCAGAGCAAATCCCCCTCGCGGACACTGTCTCCTGGGAGAAGAGCCAAGAGCCG  1184

Query 1185  ATCCTTAGAAAGAAAACGACGAGAACCAGAGAGGAGACGACTTTCTTCTCCAAGAACACGACCTCGAGATGATA  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  ATCCTTAGAAAGAAAACGACGAGAACCAGAGAGGAGACGACTTTCTTCTCCAAGAACACGACCTCGAGATGATA  1258

Query 1259  TCCTCAGTAGACGTGAAAGATCAAAAGATGCCAGCCCCATCAATAGATGGTCTCCAACCCGAAGAAGAAGTAGA  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  TCCTCAGTAGACGTGAAAGATCAAAAGATGCCAGCCCCATCAATAGATGGTCTCCAACCCGAAGAAGAAGTAGA  1332

Query 1333  TCTCCCATTAGAAGGAGGTCTCGTTCCCCACTCAGACGTAGCAGGTCTCCAAGAAGAAGAAGCAGATCTACTCG  1406
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
Sbjct 1333  TCTCCCATTAGAAGGAGGTCTCGTTCCCCACTCAGACGTAGCAGGTCTCCAAGAAGAAGAAGCAGATCTCCTCG  1406

Query 1407  GAGAAGGGACAGAGGTCGGAGGAGCAGATCACGCTTGCGAAGGCGGTCTCGATCACGCGGTGGTCGTAGACGAA  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  GAGAAGGGACAGAGGTCGGAGGAGCAGATCACGCTTGCGAAGGCGGTCTCGATCACGCGGTGGTCGTAGACGAA  1480

Query 1481  GGAGCAGAAGCAAAGTAAAGGAAGATAAATTTAAAGGAAGTCTTTCTGAAGGAATGAAAGTTGAGCAGGAATCT  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  GGAGCAGAAGCAAAGTAAAGGAAGATAAATTTAAAGGAAGTCTTTCTGAAGGAATGAAAGTTGAGCAGGAATCT  1554

Query 1555  TCGTCTGATGATAACCTTGAAGACTTTGATGTAGAGGAAGAAGATGAAGAAGCCCTAATAGAACAGAGAAGAAT  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  TCGTCTGATGATAACCTTGAAGACTTTGATGTAGAGGAAGAAGATGAAGAAGCCCTAATAGAACAGAGAAGAAT  1628

Query 1629  CCAAAGGCAGGCAATTGTTCAGAAATATAAATACCTTGCTGAAGATAGCAACATGTCTGTGCCATCTGAACCAA  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  CCAAAGGCAGGCAATTGTTCAGAAATATAAATACCTTGCTGAAGATAGCAACATGTCTGTGCCATCTGAACCAA  1702

Query 1703  GCAGCCCCCAGAGCAGTACGAGAACACGATCACCATCTCCAGATGACATTCTGGAGCGAGTAGCTGCTGATGTT  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  GCAGCCCCCAGAGCAGTACGAGAACACGATCACCATCTCCAGATGACATTCTGGAGCGAGTAGCTGCTGATGTT  1776

Query 1777  AAAGAGTATGAACGGGAAAATGTTGATACATTTGAGGCCTCAGTGAAAGCCAAGCATAATCTAATGACAGTTGA  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  AAAGAGTATGAACGGGAAAATGTTGATACATTTGAGGCCTCAGTGAAAGCCAAGCATAATCTAATGACAGTTGA  1850

Query 1851  ACAGAATAATGGTTCATCTCAGAAGAAGTTGTTGGCACCTGATATGTTTACAGAATCTGATGATATGTTTGCTG  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  ACAGAATAATGGTTCATCTCAGAAGAAGTTGTTGGCACCTGATATGTTTACAGAATCTGATGATATGTTTGCTG  1924

Query 1925  CGTATTTTGATAGTGCTCGTCTTCGGGCCGCTGGCATTGGAAAAGATTTCAAAGAGAATCCCAACCTCAGAGAT  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  CGTATTTTGATAGTGCTCGTCTTCGGGCCGCTGGCATTGGAAAAGATTTCAAAGAGAATCCCAACCTCAGAGAT  1998

Query 1999  AACTGGACCGATGCAGAAGGCTATTATCGTGTGAACATAGGTGAAGTCCTAGATAAACGTTACAATGTGTATGG  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  AACTGGACCGATGCAGAAGGCTATTATCGTGTGAACATAGGTGAAGTCCTAGATAAACGTTACAATGTGTATGG  2072

Query 2073  CTACACTGGGCAAGGTGTATTCAGTAATGTTGTACGAGCCAGAGATAATGCAAGAGCCAACCAAGAAGTGGCTG  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  CTACACTGGGCAAGGTGTATTCAGTAATGTTGTACGAGCCAGAGATAATGCAAGAGCCAACCAAGAAGTGGCTG  2146

Query 2147  TAAAGATCATCAGAAACAATGAGCTCATGCAAAAGACTGGTTTAAAAGAATTAGAGTTCTTGAAAAAACTTAAT  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  TAAAGATCATCAGAAACAATGAGCTCATGCAAAAGACTGGTTTAAAAGAATTAGAGTTCTTGAAAAAACTTAAT  2220

Query 2221  GATGCTGATCCTGATGACAAATTTCATTGTCTGAGACTCTTAAGGCACTTCTATCACAAGCAGCATCTTTGTCT  2294
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  GATGCTGATCCTGATGACAAATTTCATTGTCTGAGACTCTTCAGGCACTTCTATCACAAGCAGCATCTTTGTCT  2294

Query 2295  GGTATTCGAGCCTCTCAGCATGAACTTACGAGAGGTGTTAAAAAAATATGGTAAAGATGTTGGTCTTCATATTA  2368
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  GGTATTCGAGCCTCTCAGCATGAACTTACGAGAGGTGTTAAAAAAATATGGTAAAGATGTTGGTCTTCATATTA  2368

Query 2369  AAGCTGTAAGATCCTATAGTCAGCAGTTGTTCCTGGCATTGAAACTCCTTAAAAGATGCAATATCCTACATGCA  2442
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369  AAGCTGTAAGATCCTATAGTCAGCAGTTGTTCCTGGCATTGAAACTCCTTAAAAGATGCAATATCCTACATGCA  2442

Query 2443  GATATCAAGCCAGACAATATCCT---GGTTAATGAATCCAAAACTATTTTAAAGCTTTGCGATTTTGGGTCGGC  2513
            |||||||||||||||||||||||   ||..|..||.||...|| ||                            
Sbjct 2443  GATATCAAGCCAGACAATATCCTGGGGGGAAGGGACTCTGGAA-TA----------------------------  2487

Query 2514  TTCACATGTTGCGGATAATGACATAACACCTTATCTTTTCAGTAGATTTTATCGTGCTCCTGAAATCATTATAG  2587
                                                                                      
Sbjct 2488  --------------------------------------------------------------------------  2487

Query 2588  GTAAAAGCTATGACTATGGTATAGATATGTGGTCTGTAGGTTGCACCTTATACGAACTCTATACTGGAAAAATT  2661
                                                                                      
Sbjct 2488  --------------------------------------------------------------------------  2487

Query 2662  TTATTCCCTGGCAAAACCAATAACCATATGCTGAAGCTTGCAATGGATCTCAAAGGAAAGATGCCAAATAAGAT  2735
                                                                                      
Sbjct 2488  --------------------------------------------------------------------------  2487

Query 2736  GATTCGAAAAGGTGTGTTCAAAGATCAGCATTTTGATCAAAATCTCAACTTCATGTACATAGAAGTTGATAAAG  2809
                                                                                      
Sbjct 2488  --------------------------------------------------------------------------  2487

Query 2810  TAACAGAGAGGGAGAAAGTTACTGTTATGAGCACCATTAATCCAACTAAGGACCTGTTGGCTGACTTGATTGGG  2883
                                                                                      
Sbjct 2488  --------------------------------------------------------------------------  2487

Query 2884  TGCCAGAGACTTCCTGAAGACCAACGTAAGAAAGTACACCAGCTAAAGGACTTGTTGGACCAGATTCTGATGTT  2957
                                                                                      
Sbjct 2488  --------------------------------------------------------------------------  2487

Query 2958  GGACCCAGCTAAACGAATTAGCATCAACCAGGCCCTACAGCACGCCTTCATCCAGGAAAAAATT  3021
                                                                            
Sbjct 2488  ----------------------------------------------------------------  2487