Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000477195
• Subject: XM_006496987.1
• Aligned Length: 1674
• Identities: 1316
• Gaps: 204

Alignment

Query    1  ATGCACCGCGGCGGGCAGCCTTTGAAAAAGCGGCGCGGCTCGTTCAAGATGGCGGAGCTCGACCAGTTGCCTGA  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  CGAGAGCTCTTCAGCAAAAGCCCTTGTCAGTTTAAAAGAAGGAAGCTTATCTAACACGTGGAATGAAAAGTACA  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  GTTCTTTACAGAAAACACCTGTTTGGAAAGGCAGGAATACAAGCTCTGCTGTGGAAATGCCTTTCAGAAATTCA  222
                                                                    ||||||||||||||||||
Sbjct    1  --------------------------------------------------------ATGCCTTTCAGAAATTCA  18

Query  223  AAACGAAGTCGACTTTTTTCTGATGAAGATGATAGGCAAATAAATACAAGGTCACCTAAAAGAAACCAGAGGGT  296
            |||.||||||||||.|||||||||||||||||.||.|||||||||||||.|||||||||||||||||||||.||
Sbjct   19  AAAAGAAGTCGACTCTTTTCTGATGAAGATGACAGACAAATAAATACAAAGTCACCTAAAAGAAACCAGAGAGT  92

Query  297  TGCAATGGTTCCACAGAAATTTACAGCAACAATGTCAACACCAGATAAGAAAGCTTCACAGAAGATTGGTTTTC  370
            .||||||.|.||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
Sbjct   93  GGCAATGATCCCACAGAAATTTACAGCAACGATGTCAACACCAGATAAGAAAGCATCACAGAAGATTGGTTTTC  166

Query  371  GATTACGTAATCTGCTCAAGCTTCCTAAAGCACATAAATGGTGTATATACGAGTGGTTCTATTCAAATATAGAT  444
            |||||||.||.||.|||||||||||.|||||||||||.|||||.|||||.|||||||||||.|||||.|||||.
Sbjct  167  GATTACGGAACCTACTCAAGCTTCCCAAAGCACATAAGTGGTGCATATATGAGTGGTTCTACTCAAACATAGAC  240

Query  445  AAACCACTTTTTGAAGGTGATAATGACTTCTGTGTATGTCTAAAGGAATCTTTTCCTAATTTGAAAACAAGAAA  518
            ||.||||||||||||||.|||||||||||.||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct  241  AAGCCACTTTTTGAAGGAGATAATGACTTTTGTGTATGCCTAAAGGAATCCTTTCCTAATTTGAAAACAAGAAA  314

Query  519  GTTAACAAGAGTAGAATGGGGAAAAATTCGGCGGCTTATGGGAAAACCACGGAGATGTTCTTCTGCATTTTTTG  592
            .||||||||||||||||||||||||||..||.|.||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||||
Sbjct  315  ATTAACAAGAGTAGAATGGGGAAAAATCAGGAGACTGATGGGAAAACCTCGGAGATGTTCTTCTGCATTTTTTG  388

Query  593  AGGAAGAGAGATCAGCATTAAAACAGAAACGGCAGAAAATAAGGCTCTTACAACAAAGGAAAGTTGCAGATGTT  666
            ||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  389  AGGAAGAGAGATCAGCCTTAAAACAGAAGCGGCAGAAAATCAGGCTGTTACAACAAAGGAAAGTTGCAGATGTT  462

Query  667  TCACAATTCAAAGATCTCCCAGATGAAATTCCTTTGCCTCTGGTTATTGGAACGAAAGTTACAGCACGATTACG  740
            |||||.||||||||||||||.||||||||.|||.|.||.||||||||||||||.|||||||||||.||.|||||
Sbjct  463  TCACAGTTCAAAGATCTCCCCGATGAAATCCCTCTACCCCTGGTTATTGGAACCAAAGTTACAGCGCGGTTACG  536

Query  741  TGGTGTTCATGATGGTTTGTTCACTGGACAAATAGATGCTGTGGATACTCTTAATGCTACTTATAGAGTAACTT  814
            |||..||||.|||||..||||.|||||.||.||||||||.|||||.|||||||||||||||||.||||||||||
Sbjct  537  TGGCATTCACGATGGCCTGTTTACTGGTCAGATAGATGCAGTGGACACTCTTAATGCTACTTACAGAGTAACTT  610

Query  815  TTGATAGGACAGGGCTTGGAACCCATACCATCCCTGACTATGAAGTTCTCAGTAATGAACCTCATGAGACAATG  888
            |.|||||||||||.|||||.||.||.|||||.|||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||
Sbjct  611  TCGATAGGACAGGCCTTGGGACTCACACCATTCCTGACTATGAAGTTCTTAGTAATGAGCCTCATGAGACAATG  684

Query  889  CCAATTGCTGCCTTTGGACAAAAACAGCGGCCTTCTCGATTTTTTATGACCCCACCACGGTTACATTATACTCC  962
            |||||..|||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||.||
Sbjct  685  CCAATCTCTGCCTTTGGACAAAAACAGCGGCCTTCTCGGTTTTTTATGACCCCCCCACGGTTACATTATACCCC  758

Query  963  TCCTCTCCAGTCACCAATTATAGATAATGATCCTTTATTAGGACAGTCGCCGTGGAGAAGTAAAATTTCTGGCT  1036
            ||||||||||||||||||||.||||...|||||||||.|.||.|||||.||.||||||||||||.|||||||||
Sbjct  759  TCCTCTCCAGTCACCAATTACAGATGGCGATCCTTTACTGGGGCAGTCACCTTGGAGAAGTAAAGTTTCTGGCT  832

Query 1037  CTGACACTGAAACATTAGGTGGTTTTCCAGTAGAATTTCTTATCCAAGTGACCAGATTATCAAAAATTCTCATG  1110
            |||||||.||.||.|||||.||.||||||||.|||||.||||||||.|||||.|..||||||||||||||||||
Sbjct  833  CTGACACGGAGACGTTAGGAGGCTTTCCAGTGGAATTCCTTATCCAGGTGACTAAGTTATCAAAAATTCTCATG  906

Query 1111  ATTAAAAAGGAACATATCAAGAAATTAAGGGAAATGAACACAGAAGCAGAAAAATTGAAATCATATTCCATGCC  1184
            ||||||||.||.|||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||..|||||||.|||||||||||
Sbjct  907  ATTAAAAAAGAGCATATAAAGAAATTAAGGGAGATGAACACAGAAGCAGAAAAGCTGAAATCCTATTCCATGCC  980

Query 1185  CATCAGCATTGAATTTCAGCGGAGATATGCAACAATTGTTCTGGAGCTTGAACAGCTGAACAAGGACCTAAACA  1258
            |||..|||||||.||||||||||||||.|||||.||.||.|||||||||||.|||||||||||||||||.||||
Sbjct  981  CATTGGCATTGAGTTTCAGCGGAGATACGCAACGATCGTCCTGGAGCTTGAGCAGCTGAACAAGGACCTGAACA  1054

Query 1259  AAGTTTTGCATAAAGTTCAACAGTATTGCTATGAGCTTGCTCCAGACCAGGGGCTCCAGCCTGCAGATCAGCCA  1332
            |||||.|||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||.|||||||||
Sbjct 1055  AAGTTCTGCATAAAGTTCAGCAGTATTGCTATGAGCTTGCACCAGACCAGGGACTCCAGCCTGCCGATCAGCCA  1128

Query 1333  ACAGATATGAGACGCAGGTGTGAGGAAGAAGCACAGGAAATTGTTCGGCATGCAAATTCCTCAACAGGACAGCC  1406
            |||||.||||||||.|||||||||||||||||.||||||||.||.|||||.||.||.||..|..|.||||||||
Sbjct 1129  ACAGACATGAGACGGAGGTGTGAGGAAGAAGCCCAGGAAATCGTCCGGCAAGCCAACTCTGCTTCCGGACAGCC  1202

Query 1407  CTGCGTTGAAAATGAAAATCTGACAGACTTAATTTCCAGGCTTACAGCTATTTTGTTACAAATTAAGTGTCTAG  1480
            |||.||.|||||.|||||||||||.|||||.||.||||||||.||.||.|||||.|||||||||||||||||.|
Sbjct 1203  CTGTGTAGAAAACGAAAATCTGACGGACTTGATCTCCAGGCTCACTGCGATTTTATTACAAATTAAGTGTCTGG  1276

Query 1481  CAGAAGGAGGAGACCTGAATTCCTTTGAATTCAAATCACTTACAGACTCATTAAATGATATCAAGAGTACAATA  1554
            ||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||.|||||||||||.||.||.|..||||||
Sbjct 1277  CAGAGGGAGGAGACCTGAATTCCTTTGAATTCAAATCTCTCACAGATTCATTAAATGACATAAAAAACACAATA  1350

Query 1555  GACGCTTCTAATATCAGTTGCTTTCAGAATAATGTAGAAATCCATGTTGCACATATTCAGAGTGGCCTGAGCCA  1628
            ||.|||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||
Sbjct 1351  GATGCTTCTAATATCAGTTGTTTTCAGAATAACGTAGAAATCCATGTTGCACATATCCAGAGTGGCCTGAGTCA  1424

Query 1629  GATGGGAAACTTACATGCCTTTGCAGCAAATAACACCAACAGAGAC  1674
            |||||||||||||||.|||||||||||.||.|||||.|||||||||
Sbjct 1425  GATGGGAAACTTACACGCCTTTGCAGCCAACAACACGAACAGAGAC  1470