Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000477516
• Subject: XM_017019639.1
• Aligned Length: 3808
• Identities: 3304
• Gaps: 494

Alignment

Query    1  ATGGACAGTTTAGAAGAACCTCAGAAAAAAGTCTTTAAGGCTCGAAAAACGATGAGAGTGAGTGATCGTCAGCA  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGACAGTTTAGAAGAACCTCAGAAAAAAGTCTTTAAGGCTCGAAAAACGATGAGAGTGAGTGATCGTCAGCA  74

Query   75  ACTTGAAGCAGTGTACAAGGTCAAAGAAGAACTGTTGAAAACTGATGTCAAGCTGTTAAATGGCAACCATGAAA  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  ACTTGAAGCAGTGTACAAGGTCAAAGAAGAACTGTTGAAAACTGATGTCAAGCTGTTAAATGGCAACCATGAAA  148

Query  149  ATGGAGATTTGGACCCAACCTCACCTTTGGAAAACATGGATTACATTAAAGACAAGGAAGAGGTGAATGGCATT  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  ATGGAGATTTGGACCCAACCTCACCTTTGGAAAACATGGATTACATTAAAGACAAGGAAGAGGTGAATGGCATT  222

Query  223  GAAGAGATTTGTTTTGATCCTGAAGGAAGTAAAGCAGAATGGAAGGAAACACCCTGTATCCTAAGTGTTAATGT  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  GAAGAGATTTGTTTTGATCCTGAAGGAAGTAAAGCAGAATGGAAGGAAACACCCTGTATCCTAAGTGTTAATGT  296

Query  297  AAAAAACAAGCAGGATGATGATTTAAATTGTGAACCTTTGTCTCCCCATAATATAACTCCAGAACCAGTCTCTA  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  AAAAAACAAGCAGGATGATGATTTAAATTGTGAACCTTTGTCTCCCCATAATATAACTCCAGAACCAGTCTCTA  370

Query  371  AACTGCCTGCTGAACCAGTTTCTGGTGATCCAGCCCCTGGTGATCTGGATGCCGGAGATCCAGCCTCCGGAGTA  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  AACTGCCTGCTGAACCAGTTTCTGGTGATCCAGCCCCTGGTGATCTGGATGCCGGAGATCCAGCCTCCGGAGTA  444

Query  445  CTGGCCTCTGGTGATTCCACCTCTGGTGATCCCACCTCTAGCGAGCCCTCCTCTAGTGATGCTGCCTCTGGTGA  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  CTGGCCTCTGGTGATTCCACCTCTGGTGATCCCACCTCTAGCGAGCCCTCCTCTAGTGATGCTGCCTCTGGTGA  518

Query  519  TGCAACCTCTGGTGATGCCCCTTCTGGTGATGTGTCCCCTGGTGATGCCACCTCTGGTGATGCCACTGCTGATG  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  TGCAACCTCTGGTGATGCCCCTTCTGGTGATGTGTCCCCTGGTGATGCCACCTCTGGTGATGCCACTGCTGATG  592

Query  593  ATCTCTCCTCTGGTGATCCCACCTCTAGTGATCCCATCCCAGGTGAACCGGTCCCTGTTGAACCCATTTCTGGT  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  ATCTCTCCTCTGGTGATCCCACCTCTAGTGATCCCATCCCAGGTGAACCGGTCCCTGTTGAACCCATTTCTGGT  666

Query  667  GATTGTGCCGCTGATGATATAGCCTCTAGTGAAATAACTTCTGTTGATCTGGCTTCTGGAGCACCAGCTTCCAC  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  GATTGTGCCGCTGATGATATAGCCTCTAGTGAAATAACTTCTGTTGATCTGGCTTCTGGAGCACCAGCTTCCAC  740

Query  741  TGATCCAGCCTCTGATGATCTGGCCTCTGGTGATCTATCCTCTAGTGAACTGGCCTCTGATGATCTGGCCACTG  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  TGATCCAGCCTCTGATGATCTGGCCTCTGGTGATCTATCCTCTAGTGAACTGGCCTCTGATGATCTGGCCACTG  814

Query  815  GTGAACTGGCCTCTGATGAGCTGACTTCTGAATCAACCTTTGATCGTACCTTTGAACCAAAGTCTGTACCAGTT  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  GTGAACTGGCCTCTGATGAGCTGACTTCTGAATCAACCTTTGATCGTACCTTTGAACCAAAGTCTGTACCAGTT  888

Query  889  TGTGAACCAGTTCCTGAAATTGACAATATAGAACCAAGTAGCAATAAAGATGATGATTTTCTTGAAAAAAATGG  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  TGTGAACCAGTTCCTGAAATTGACAATATAGAACCAAGTAGCAATAAAGATGATGATTTTCTTGAAAAAAATGG  962

Query  963  AGCTGATGAAAAATTAGAGCAAATTCAGAGTAAAGACTCATTGGATGAGAAAAATAAAGCTGATAATAATATTG  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  AGCTGATGAAAAATTAGAGCAAATTCAGAGTAAAGACTCATTGGATGAGAAAAATAAAGCTGATAATAATATTG  1036

Query 1037  ATGCTAATGAAGAAACTCTAGAAACAGATGATACAACTATTTGTTCAGATCGACCTCCTGAAAATGAAAAGAAG  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  ATGCTAATGAAGAAACTCTAGAAACAGATGATACAACTATTTGTTCAGATCGACCTCCTGAAAATGAAAAGAAG  1110

Query 1111  GTAGAGGAAGATATTATCACAGAGCTTGCTCTTGGAGAAGATGCTATATCTAGCAGTATGGAAATTGACCAAGG  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  GTAGAGGAAGATATTATCACAGAGCTTGCTCTTGGAGAAGATGCTATATCTAGCAGTATGGAAATTGACCAAGG  1184

Query 1185  TGAAAAGAATGAAGATGAAACTTCTGCAGATCTTGTAGAAACGATTAATGAAAATGTTATTGAAGATAACAAAA  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  TGAAAAGAATGAAGATGAAACTTCTGCAGATCTTGTAGAAACGATTAATGAAAATGTTATTGAAGATAACAAAA  1258

Query 1259  GTGAGAATATCTTAGAAAATACAGACTCTATGGAGACAGATGAAATCATTCCTATTTTGGAAAAGCTTGCACCT  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  GTGAGAATATCTTAGAAAATACAGACTCTATGGAGACAGATGAAATCATTCCTATTTTGGAAAAGCTTGCACCT  1332

Query 1333  TCTGAGGATGAACTTACTTGCTTTTCTAAAACATCTCTCCTTCCAATCGATGAGACAAATCCAGATTTGGAAGA  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  TCTGAGGATGAACTTACTTGCTTTTCTAAAACATCTCTCCTTCCAATCGATGAGACAAATCCAGATTTGGAAGA  1406

Query 1407  GAAAATGGAAAGTTCTTTTGGTTCACCATCTAAACAAGAAAGTAGTGAGAGTTTGCCAAAAGAAGCCTTTCTGG  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  GAAAATGGAAAGTTCTTTTGGTTCACCATCTAAACAAGAAAGTAGTGAGAGTTTGCCAAAAGAAGCCTTTCTGG  1480

Query 1481  TCCTCTCTGATGAAGAGGATATTTCGGGTGAAAAAGATGAGTCTGAAGTTATATCGCAAAATGAAACGTGCTCT  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  TCCTCTCTGATGAAGAGGATATTTCGGGTGAAAAAGATGAGTCTGAAGTTATATCGCAAAATGAAACGTGCTCT  1554

Query 1555  CCAGAAGTAGAAAGTAATGAAAAGGACAACAGACCTGAGGAAGAAGAGCAAGTAATACATGAAGATGATGAAAG  1628
            |||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  CCAGAAGTAGAAAGTAATGAAAAGGACAACAAACCTGAGGAAGAAGAGCAAGTAATACATGAAGATGATGAAAG  1628

Query 1629  ACCTTCTGAGAAAAATGAATTTTCTAGACGAAAACGTTCTAAATCAGAAGACATGGACAATGTACAGTCTAAAC  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  ACCTTCTGAGAAAAATGAATTTTCTAGACGAAAACGTTCTAAATCAGAAGACATGGACAATGTACAGTCTAAAC  1702

Query 1703  GTCGTCGATATATGGAAGAAGAATATGAGGCAGAATTTCAAGTAAAGATTACAGCCAAAGGAGACATTAACCAG  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  GTCGTCGATATATGGAAGAAGAATATGAGGCAGAATTTCAAGTAAAGATTACAGCCAAAGGAGACATTAACCAG  1776

Query 1777  AAACTTCAAAAGGTTATACAGTGGTTGCTGGAAGAAAAATTGTGTGCGCTGCAGTGTGCTGTATTTGATAAGAC  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1777  AAACTTCAAAAGGTTATACAGTGGTTGCTGGAAGAAAAATTGTGTGCGCTGCAGTGTGCTGTATTTGATAAGAC  1850

Query 1851  TTTGGCAGAATTGAAAACACGAGTGGAAAAGATTGAATGTAACAAGAGGCATAAAACAGTTCTCACTGAACTAC  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851  TTTGGCAGAATTGAAAACACGAGTGGAAAAGATTGAATGTAACAAGAGGCATAAAACAGTTCTCACTGAACTAC  1924

Query 1925  AGGCCAAGATAGCCAGGTTAACCAAACGCTTTGAAGCAGCCAAAGAAGATCTTAAGAAAAGACATGAACATCCA  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1925  AGGCCAAGATAGCCAGGTTAACCAAACGCTTTGAAGCAGCCAAAGAAGATCTTAAGAAAAGACATGAACATCCA  1998

Query 1999  CCCAACCCACCAGTATCACCAGGAAAAACTGTAAATGATGTCAACAGCAATAATAACATGTCTTACAGAAATGC  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  CCCAACCCACCAGTATCACCAGGAAAAACTGTAAATGATGTCAACAGCAATAATAACATGTCTTACAGAAATGC  2072

Query 2073  AGGCACAGTGAGACAGATGCTGGAGTCCAAAAGAAATGTAAGCGAGAGTGCACCACCATCCTTTCAAACTCCTG  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2073  AGGCACAGTGAGACAGATGCTGGAGTCCAAAAGAAATGTAAGCGAGAGTGCACCACCATCCTTTCAAACTCCTG  2146

Query 2147  TGAATACAGTATCTTCAACCAATCTTGTCACTCCTCCAGCAGTTGTCAGTAGTCAACCTAAATTGCAGACTCCA  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2147  TGAATACAGTATCTTCAACCAATCTTGTCACTCCTCCAGCAGTTGTCAGTAGTCAACCTAAATTGCAGACTCCA  2220

Query 2221  GTGACTTCGGGTTCCCTCACAGCAACGTCAGTTCTTCCTGCACCCAATACAGCTACTGTAGTTGCTACTACTCA  2294
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2221  GTGACTTCGGGTTCCCTCACAGCAACGTCAGTTCTTCCTGCACCCAATACAGCTACTGTAGTTGCTACTACTCA  2294

Query 2295  GGTGCCTAGTGGAAATCCCCAGCCTACAATCTCTTTACAGCCTTTGCCAGTGATTTTGCATGTACCTGTTGCAG  2368
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2295  GGTGCCTAGTGGAAATCCCCAGCCTACAATCTCTTTACAGCCTTTGCCAGTGATTTTGCATGTACCTGTTGCAG  2368

Query 2369  TATCCTCCCAGCCTCAGCTTCTACAGAGCCATCCAGGGACTTTGGTGACTAATCAACCATCTGGCAATGTTGAA  2442
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2369  TATCCTCCCAGCCTCAGCTTCTACAGAGCCATCCAGGGACTTTGGTGACTAATCAACCATCTGGCAATGTTGAA  2442

Query 2443  TTCATTTCTGTGCAAAGCCCACCTACAGTGAGTGGTCTTACCAAAAATCCAGTATCCTTGCCATCCTTGCCAAA  2516
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2443  TTCATTTCTGTGCAAAGCCCACCTACAGTGAGTGGTCTTACCAAAAATCCAGTATCCTTGCCATCCTTGCCAAA  2516

Query 2517  TCCCACTAAACCAAACAACGTTCCTTCTGTGCCCAGTCCTAGTATTCAAAGGAACCCTACTGCCAGTGCTGCAC  2590
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2517  TCCCACTAAACCAAACAACGTTCCTTCTGTGCCCAGTCCTAGTATTCAAAGGAACCCTACTGCCAGTGCTGCAC  2590

Query 2591  CATTGGGAACAACACTTGCTGTGCAGGCTGTTCCAACAGCACACTCTATTGTACAAGCCACAAGGACTTCTTTA  2664
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2591  CATTGGGAACAACACTTGCTGTGCAGGCTGTTCCAACAGCACACTCTATTGTACAAGCCACAAGGACTTCTTTA  2664

Query 2665  CCCACAGTGGGCCCATCAGGACTCTATAGTCCATCAACTAATCGAGGTCCTATACAGATGAAAATTCCAATTTC  2738
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2665  CCCACAGTGGGCCCATCAGGACTCTATAGTCCATCAACTAATCGAGGTCCTATACAGATGAAAATTCCAATTTC  2738

Query 2739  TGCATTTAGTACTTCGTCTGCTGCAGAACAGAACAGCAATACCACCCCAAGAATTGAAAACCAGACAAACAAAA  2812
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2739  TGCATTTAGTACTTCGTCTGCTGCAGAACAGAACAGCAATACCACCCCAAGAATTGAAAACCAGACAAACAAAA  2812

Query 2813  CAATAGATGCTTCTGTCAGTAAGAAAGCAGCTGATAGCACATCACAGTGTGGAAAAGCCACTGGCAGTGATTCA  2886
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2813  CAATAGATGCTTCTGTCAGTAAGAAAGCAGCTGATAGCACATCACAGTGTGGAAAAGCCACTGGCAGTGATTCA  2886

Query 2887  AGTGGTGTCATTGATCTCACAATGGATGATGAAGAGAGTGGAGCTTCACAAGACCCCAAAAAACTAAATCACAC  2960
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2887  AGTGGTGTCATTGATCTCACAATGGATGATGAAGAGAGTGGAGCTTCACAAGACCCCAAAAAACTAAATCACAC  2960

Query 2961  TCCTGTATCAACCATGAGTTCTTCTCAGCCTGTGTCACGACCATTGCAACCCATACAACCAGCACCGCCTCTTC  3034
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2961  TCCTGTATCAACCATGAGTTCTTCTCAGCCTGTGTCACGACCATTGCAACCCATACAACCAGCACCGCCTCTTC  3034

Query 3035  AACCATCTGGGGTGCCAACAAGTGGACCATCTCAGACCACCATACACTTACTACCTACAGCTCCAACTACCGTG  3108
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3035  AACCATCTGGGGTGCCAACAAGTGGACCATCTCAGACCACCATACACTTACTACCTACAGCTCCAACTACCGTG  3108

Query 3109  AATGTAACACATCGTCCAGTAACTCAGGTGACCACAAGACTCCCTGTACCAAGAGCTCCTGCAAACCACCAGGT  3182
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3109  AATGTAACACATCGTCCAGTAACTCAGGTGACCACAAGACTCCCTGTACCAAGAGCTCCTGCAAACCACCAGGT  3182

Query 3183  GGTTTATACAACTCTTCCTGCACCACCAGCTCAGGCTCCCTTGCGAGGAACTGTTATGCAGGCTCCTGCTGTTC  3256
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3183  GGTTTATACAACTCTTCCTGCACCACCAGCTCAGGCTCCCTTGCGAGGAACTGTTATGCAGGCTCCTGCTGTTC  3256

Query 3257  GGCAGGTCAATCCCCAAAATA--GTAAGAGATT---------------------TTTCTTGTA---TATGG---  3301
            |||||||||||||||||||||  ||.|.|| ||                     |.|.|||||   .||||   
Sbjct 3257  GGCAGGTCAATCCCCAAAATAGTGTTACAG-TTCGAGTGCCTCAAACAACCACATATGTTGTAAACAATGGACT  3329

Query 3302  --CCCCAAGAT--ACATG--------------------------------------------------------  3315
              |||...|||  |||.|                                                        
Sbjct 3330  AACCCTGGGATCAACAGGACCTCAGCTCACAGTGCATCACCGACCACCACAAGTGCATACTGAGCCCCCACGCC  3403

Query 3316  --------------------------------------------------------------------------  3315
                                                                                      
Sbjct 3404  CCGTGCACCCAGCACCCTTACCAGAAGCTCCACAACCACAGCGTCTGCCCCCAGAAGCTGCCAGCACATCTCTG  3477

Query 3316  --------------------------------------------------------------------------  3315
                                                                                      
Sbjct 3478  CCTCAGAAGCCACACTTGAAGTTAGCACGCGTTCAGAGTCAAAATGGCATAGTACTGTCATGGAGTGTCCTGGA  3551

Query 3316  --------------------------------------------------------------------------  3315
                                                                                      
Sbjct 3552  GGTGGATCGAAGCTGTGCCACTGTTGATAGCTACCATCTCTATGCTTACCATGAGGAACCCAGTGCCACTGTGC  3625

Query 3316  --------------------------------------------------------------------------  3315
                                                                                      
Sbjct 3626  CCTCACAATGGAAAAAGATTGGGGAAGTCAAGGCACTTCCCTTGCCCATGGCATGTACTCTCACCCAGTTTGTA  3699

Query 3316  --------------------------------------------------------------------------  3315
                                                                                      
Sbjct 3700  TCTGGTAGCAAATACTACTTTGCAGTACGAGCCAAGGATATTTATGGACGTTTTGGGCCTTTCTGTGATCCTCA  3773

Query 3316  ----------------------------------  3315
                                              
Sbjct 3774  GTCAACAGATGTGATCTCTTCTACCCAGAGCAGT  3807