Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000477615
• Subject: XM_011526385.1
• Aligned Length: 1971
• Identities: 1277
• Gaps: 543

Alignment

Query    1  ATGACCCCCATCCTCACGGTCCTGATCTGTCTCGGGCTGAGTCTGGGCCCCCGGACCCACGTGCAGGCAGGGCA  74
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGACCCCCATCCTCACGGTCCTGATCTGTCTCGGGCTGAGTCTGGGCCCCAGGACCCACGTGCAGGCAGGGCA  74

Query   75  CCTCCCCAAGCCCACCCTCTGGGCTGAACCAGGCTCTGTGATCACCCAGGGGAGTCCTGTGACCCTCAGGTGTC  148
            |||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||.||||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  CCTCCCCAAGCCCACCCTCTGGGCTGAGCCAGGCTCTGTGATCATCCAGGGAAGTCCTGTGACCCTCAGGTGTC  148

Query  149  AGGGGGGCCAGGAGACCCAGGAGTACCGTCTATATAGAGAAAAGAAAACAGCACCCTGGATTACACGGATCCCA  222
            |||||.|||...||.|..|||||||||.|||||||||.|||||.|||.|||||.|||||.|||.||||||   |
Sbjct  149  AGGGGAGCCTTCAGGCTGAGGAGTACCATCTATATAGGGAAAACAAATCAGCATCCTGGGTTAGACGGAT---A  219

Query  223  CAGGAGCTTGTGAAGAAGGGCCAGTTCCCCATCCCATCCATCACCTGGGAACATGCAGGGCGGTATCGCTGT--  294
            ||.||||.||.||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||.||||  
Sbjct  220  CAAGAGCCTGGGAAGAATGGCCAGTTCCCCATCCCATCCATCACCTGGGAACACGCAGGGCGGTATCACTGTCA  293

Query  295  -TACTATGGTAGCGACACTGCAGGCCGC-TCAGAGAGCAGTGACCCCCTGGAGCTGGTGGTGACAGGAGCCTAC  366
             |||||   .|||.|||.| ||   |.| ||||||..|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  294  GTACTA---CAGCCACAAT-CA---CTCATCAGAGTACAGTGACCCCCTGGAGCTGGTGGTGACAGGAGCCTAC  360

Query  367  ATCAAACCCACCCTCTCAGCCCAGCCCAGCCCCGTGGTGAACTCAGGAGGGAATGTAACCCTCCAGTGTGACTC  440
            |.||||||||||||||||||.|.|||||||||.|||||||.||||||||||||.||.|||||||||||||.|||
Sbjct  361  AGCAAACCCACCCTCTCAGCTCTGCCCAGCCCTGTGGTGACCTCAGGAGGGAACGTGACCCTCCAGTGTGTCTC  434

Query  441  ACAGGTGGCATTTGATGGCTTCATTCTGTGTAAGGAAGGAGAAGATGAACACCCACAATGCCTGAACTCCCAGC  514
            |||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||..
Sbjct  435  ACAGGTGGCATTTGACGGCTTCATTCTGTGTAAGGAAGGAGAAGATGAACACCCACAACGCCTGAACTCCCATT  508

Query  515  CCCATGCCCGTGGGTCGTCCCGCGCCATCTTCTCCGTGGGCCCCGTGAGCCCGAGTCGCAGGTGGTGGTACAGG  588
            |||||||||||||||.||||.|.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||
Sbjct  509  CCCATGCCCGTGGGTGGTCCTGGGCCATCTTCTCCGTGGGCCCCGTGAGCCCGAGTCGCAGGTGGTCGTACAGG  582

Query  589  TGCTATGCTTATGACTCGAACTCTCCCTATGAGTGGTCTCTACCCAGTGATCTCCTGGAGCTCCTGGTCCTAGG  662
            |||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
Sbjct  583  TGCTATGCTTATGACTCGAACTCTCCCTATGTGTGGTCTCTACCCAGTGATCTCCTGGAGCTCCTGGTCCCAGG  656

Query  663  TGTTTCTAAGAAGCCATCACTCTCAGTGCAGCCAGGTCCTATCGTGGCCCCTGAGGAGACCCTGACTCTGCAGT  736
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||.|||||.||||||.||.||||
Sbjct  657  TGTTTCTAAGAAGCCATCACTCTCAGTGCAGCCAGGTCCTATGGTGGCCCCTGGGGAGAGCCTGACCCTCCAGT  730

Query  737  GTGGCTCTGATGCTGGCTACAACAGATTTGTTCTGTATAAGGACGGGGAACGTGACTTCCTTCAGCTCGCTGGC  810
            |||.||||||||..||||||.||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||.||||.|.||||.
Sbjct  731  GTGTCTCTGATGTCGGCTACGACAGATTTGTTCTGTATAAGGAGGGAGAACGTGACTTCCTCCAGCGCCCTGGT  804

Query  811  GCACAGCCCCAGGCTGGGCTCTCCCAGGCCAACTTCACCCTGGGCCCTGTGAGCCGCTCCTACGGGGGCCAGTA  884
            ...||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||.|||||||||||||
Sbjct  805  TGGCAGCCCCAGGCTGGGCTCTCCCAGGCCAACTTCACCCTGGGCCCTGTGAGCCCCTCCCACGGGGGCCAGTA  878

Query  885  CAGATGCTACGGTGCACACAACCTCTCCTCCGAGTGGTCGGCCCCCAGCGACCCCCTGGACATCCTGATCGCAG  958
            ||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||.|||
Sbjct  879  CAGATGCTACAGTGCACACAACCTCTCCTCCGAGTGGTCGGCCCCCAGTGACCCCCTGGACATCCTGATCACAG  952

Query  959  GACAGTTCTATGACAGAGTCTCCCTCTCGGTGCAGCCGGGCCCCACGGTGGCCTCAGGAGAGAACGTGACCCTG  1032
            |||||||||||||||||..|||.||||||||||||||||.||||||.||.|||.|||||.||||||||||||||
Sbjct  953  GACAGTTCTATGACAGACCCTCTCTCTCGGTGCAGCCGGTCCCCACAGTAGCCCCAGGAAAGAACGTGACCCTG  1026

Query 1033  CTGTGTCAGTCACAGGGATGGATGCAAACTTTCCTTCTGACCAAGGAGGGGGCAGCTGATGACCCATGGCGTCT  1106
            |||||||||||||.|||...|.|.||.||||||||||||||||||||||||||||...||..||||..||.|||
Sbjct 1027  CTGTGTCAGTCACGGGGGCAGTTCCACACTTTCCTTCTGACCAAGGAGGGGGCAGGCCATCCCCCACTGCATCT  1100

Query 1107  AAGATCAACGTACCAATCTCAAAAATACCAGGCTGAATTCCCCATGGGTCCTGTGACCTCAGCCCATGCGGGGA  1180
            .||||||..|.|||||.||||..|..|||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||.|.|||||
Sbjct 1101  GAGATCAGAGCACCAAGCTCAGCAGAACCAGGCTGAATTCCGCATGGGTCCTGTGACCTCAGCCCACGTGGGGA  1174

Query 1181  CCTACAGGTGCTACGGCTCACAGAGCTCCAAACCCTACCTGCTGACTCACCCCAGTGACCCCCTGGAGCTCGTG  1254
            |||||||.||||||.||||||..||||||||.||||||||||||.|||.|||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1175  CCTACAGATGCTACAGCTCACTCAGCTCCAACCCCTACCTGCTGTCTCTCCCCAGTGACCCCCTGGAGCTCGTG  1248

Query 1255  GTCTCAGGACCGTCTGGGGGCCCCAGCTCCCCGACA-------ACAGGCCCCACCTCCACATCTGGCCCTGAGG  1321
            |||||||.|.|..|||.|..||.|||| ||...|||       ||||.|.||||..|.||||    ||||    
Sbjct 1249  GTCTCAGAAGCAGCTGAGACCCTCAGC-CCATCACAAAACAAGACAGACTCCACGACTACAT----CCCT----  1313

Query 1322  ACCAGCCCCTCACCCCCACCGGGTCGGATCCCCAGAGTGG----TCTGGGAAGGCA----CCTGGGGGTTGTGA  1387
               ||.||..||||||||       |||| ..||.|||||    |||       ||    |.||||   ||||.
Sbjct 1314  ---AGGCCAACACCCCCA-------GGAT-TACACAGTGGAGAATCT-------CATCCGCATGGG---TGTGG  1366

Query 1388  TCGGCATCTTGGTGGCCGTCATCCTACTGCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCTTCCTCATCCTCCGACATCGACGT  1461
            ..||   |||||         ||||..||.|||||                                       
Sbjct 1367  CTGG---CTTGG---------TCCTGGTGGTCCTC---------------------------------------  1389

Query 1462  CAGGGCAAACACTGGACATCGACCCAGAGAAAGGCTGATTTCCAACATCCTGCAGGGGCTGTGGGGCCAGAGCC  1535
              |||   |..||                    ||| ||||             |.||||       |||    
Sbjct 1390  --GGG---ATTCT--------------------GCT-ATTT-------------GAGGCT-------CAG----  1413

Query 1536  CACAGACAGAG--GCCTGCAGTGGAGGTCCAGCCCAGCTGCCGATGCCCAGGAAGAAAACCTCTATGCTGCCGT  1607
            |||||.|||||  ||||.||    ||.|.|||||..|            |||                      
Sbjct 1414  CACAGCCAGAGAAGCCTACA----AGATGCAGCCGGG------------AGG----------------------  1449

Query 1608  GAAGCACACACAGCCTGAGGATGGGGTGGAGATGGACACTCGGAGCCCACACGATGAAGACCCCCAGGCAGTGA  1681
                                                                                      
Sbjct 1450  --------------------------------------------------------------------------  1449

Query 1682  CGTATGCCGAGGTGAAACACTCCAGACCTAGGAGAGAAATGGCCTCTCCTCCTTCCCCACTGTCTGGGGAATTC  1755
                                                                                      
Sbjct 1450  --------------------------------------------------------------------------  1449

Query 1756  CTGGACACAAAGGACAGACAGGCGGAAGAGGACAGGCAGATGGACACTGAGGCTGCTGCATCTGAAGCCCCCCA  1829
                                                                                      
Sbjct 1450  --------------------------------------------------------------------------  1449

Query 1830  GGATGTGACCTACGCCCAGCTGCACAGCTTGACCCTTAGACGGAAGGCAACTGAGCCTCCTCCATCCCAGGAAG  1903
                                                                                      
Sbjct 1450  --------------------------------------------------------------------------  1449

Query 1904  GGCCCTCTCCAGCTGTGCCCAGCATCTACGCCACTCTGGCCATCCAC  1950
                                                           
Sbjct 1450  -----------------------------------------------  1449