Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000477687
• Subject: XM_006497229.1
• Aligned Length: 2977
• Identities: 2394
• Gaps: 281

Alignment

Query    1  ATGACCATGGCTGGGGGCGATAGGGGACTAGTGGCCCCTCAAAACACGTTTCTGGAGAATATTGTTCGGCGGTC  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  CAATGATACTAATTTTGTGTTGGGGAATGCTCAGATAGTGGACTGGCCTATTGTGTACAGCAATGATGGATTTT  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  GCAAGCTGTCTGGCTATCACAGGGCAGAAGTGATGCAAAAAAGCAGCACCTGCAGTTTTATGTATGGGGAGCTG  222
                                            |||||.|||||||||.|||||||||||||||||||.||||||
Sbjct    1  --------------------------------ATGCAGAAAAGCAGCGCCTGCAGTTTTATGTATGGAGAGCTG  42

Query  223  ACTGATAAAGACACGATTGAAAAAGTGCGGCAAACATTTGAGAACTATGAGATGAATTCCTTTGAAATTCTGAT  296
            |||||.||.|||||..|||||||.||.||.||.||.|||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||
Sbjct   43  ACTGACAAGGACACAGTTGAAAAGGTTCGCCAGACCTTTGAGAACTACGAGATGAATTCCTTCGAAATTCTGAT  116

Query  297  GTACAAGAAGAACAGGACACCTGTGTGGTTCTTTGTGAAAATTGCTCCAATTCGAAACGAACAGGATAAAGTGG  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||.|||||.||..|.|||||||||||||||||||
Sbjct  117  GTACAAGAAGAACAGGACACCTGTGTGGTTTTTTGTGAAGATCGCTCCGATCAGGAACGAACAGGATAAAGTGG  190

Query  371  TTTTATTTCTTTGCACTTTCAGTGACATAACAGCTTTCAAACAGCCAATTGAGGATGATTCATGTAAAGGCTGG  444
            |..|.||.||||||||||||||.||||||||.||.|||||.|||||.||.|||||.||.||.||.|||||.|||
Sbjct  191  TCCTGTTCCTTTGCACTTTCAGCGACATAACTGCATTCAAGCAGCCCATCGAGGACGACTCCTGCAAAGGTTGG  264

Query  445  GGGAAGTTTGCTCGGCTGACAAGAGCACTGACAAGCAGCAGGGGTGTCCTGCAGCAGCTGGCTCCAAGCGTGCA  518
            |||||||||||.||.|||||.|||||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||.||.||.||
Sbjct  265  GGGAAGTTTGCCCGACTGACCAGAGCTCTGACAAGCAGCAGGGGAGTCCTGCAGCAGCTGGCCCCCAGTGTACA  338

Query  519  AAAAGGCGAGAATGTCCACAAGCACTCCCGCCTGGCAGAGGTCCTACAGCTGGGCTCAGACATCCTTCCCCAGT  592
            .||.||.||||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||
Sbjct  339  GAAGGGTGAGAATGTTCACAAGCACTCGCGCCTGGCAGAGGTCCTGCAGCTGGGTTCAGACATCCTTCCCCAGT  412

Query  593  ACAAGCAAGAGGCACCAAAGACTCCCCCTCACATCATCTTACATTATTGTGTTTTTAAGACCACGTGGGATTGG  666
            |||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||.||||.||.|||||.|||||||||||||||||||||
Sbjct  413  ACAAGCAAGAGGCGCCAAAGACACCCCCTCACATCATCCTACACTACTGTGTCTTTAAGACCACGTGGGATTGG  486

Query  667  ATCATCTTGATCTTGACCTTCTATACAGCCATCTTGGTCCCTTATAATGTCTCCTTCAAAACCAGGCAGAATAA  740
            ||||||||||||.||||||||||.||||||||||||||||||||.||.||||||||.|||||||||||||||||
Sbjct  487  ATCATCTTGATCCTGACCTTCTACACAGCCATCTTGGTCCCTTACAACGTCTCCTTTAAAACCAGGCAGAATAA  560

Query  741  TGTGGCCTGGCTGGTTGTTGATAGCATCGTGGATGTTATCTTTTTGGTGGACATTGTGCTCAATTTTCATACCA  814
            |||||||||||||||.||.||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||..|.||||||||.||||
Sbjct  561  TGTGGCCTGGCTGGTGGTGGACAGCATCGTGGATGTCATCTTTTTGGTGGACATTGTTTTGAATTTTCACACCA  634

Query  815  CCTTTGTTGGACCAGCAGGGGAGGTGATTTCTGACCCCAAACTTATCCGCATGAACTACCTGAAGACGTGGTTT  888
            |||||||.||.|||||.|||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  635  CCTTTGTCGGGCCAGCGGGGGAAGTGATATCTGACCCCAAACTTATCCGCATGAACTACCTGAAGACGTGGTTT  708

Query  889  GTGATTGACCTTCTGTCCTGTTTGCCATATGATGTCATCAACGCTTTTGAGAACGTGGATG-------------  949
            |||||.||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||             
Sbjct  709  GTGATCGACCTTCTGTCCTGTTTGCCGTATGACGTCATCAACGCTTTTGAGAACGTGGATGAGGTTAGTGCCTT  782

Query  950  --------------------------------------------------------------------AGGGCA  955
                                                                                ||||||
Sbjct  783  TATGGGTGATCCAGGGAAGATTGGTTTTGCTGATCAGATCCCACCACCACTGGAGGGGAGAGAGAGTCAGGGCA  856

Query  956  TCAGCAGCCTGTTCAGCTCTCTAAAAGTTGTCCGGCTGCTCCGTCTTGGGCGAGTGGCCCGTAAGCTGGACCAC  1029
            ||||||||||||||||.|||||.||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||.||.|||||.||.
Sbjct  857  TCAGCAGCCTGTTCAGTTCTCTGAAAGTTGTGCGGCTGCTCCGTCTCGGGCGAGTGGCCCGCAAACTGGATCAT  930

Query 1030  TACATTGAATATGGAGCTGCTGTGCTGGTCCTGCTGGTGTGTGTGTTTGGGCTGGCTGCACACTGGATGGCCTG  1103
            |||||.||.||||||||.||.||.|||||||||.|||||||.|||||||||||.|||||.||||||||||||||
Sbjct  931  TACATCGAGTATGGAGCCGCGGTACTGGTCCTGTTGGTGTGCGTGTTTGGGCTTGCTGCCCACTGGATGGCCTG  1004

Query 1104  CATCTGGTACAGCATTGGGGACTATGAGATCTTTGACGAGGACACCAAGACAATCCGCAACAACAGCTGGCTGT  1177
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||.||||||||||||||||||||.|
Sbjct 1005  CATCTGGTACAGCATTGGGGACTATGAGATCTTTGATGAAGACACCAAGACCATCCGCAACAACAGCTGGCTCT  1078

Query 1178  ACCAACTAGCGATGGACATTGGCACCCCTTACCAGTTTAATGGGTCTGGCTCAGGGAAGTGGGAAGGTGGTCCC  1251
            |||||||.||..|||||||.|||||.||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||.
Sbjct 1079  ACCAACTGGCATTGGACATCGGCACTCCATACCAGTTTAATGGGTCTGGTTCAGGGAAGTGGGAAGGTGGGCCA  1152

Query 1252  AGCAAGAATTCTGTCTACATCTCCTCGTTGTATTTCACAATGACCAGCCTCACCAGTGTGGGCTTTGGGAACAT  1325
            ||||||||.||||||||||||||||||.||||.|||||.|||||.||.||||||||||||||||||||.|||||
Sbjct 1153  AGCAAGAACTCTGTCTACATCTCCTCGCTGTACTTCACCATGACAAGTCTCACCAGTGTGGGCTTTGGTAACAT  1226

Query 1326  CGCCCCATCCACAGACATTGAGAAGATCTTTGCAGTGGCCATCATGATGATTGGCTCACTTCTCTATGCCACCA  1399
            .|||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||
Sbjct 1227  TGCCCCATCCACAGACATCGAGAAGATCTTCGCAGTGGCCATCATGATGATTGGCTCTCTTCTGTATGCCACCA  1300

Query 1400  TCTTCGGGAATGTGACGACTATTTTCCAACAGATGTATGCCAACACCAACAGATACCATGAGATGCTCAACAGT  1473
            ||||.|||||.|||||.||.||||||||.||||||||.||||||||||||||.|||||.|||||||||||||||
Sbjct 1301  TCTTTGGGAACGTGACAACCATTTTCCAGCAGATGTACGCCAACACCAACAGGTACCACGAGATGCTCAACAGT  1374

Query 1474  GTTCGGGACTTCCTGAAGCTCTACCAGGTGCCAAAAGGATTGAGTGAGCGAGTAATGGATTATATTGTGTCCAC  1547
            ||.|||||.|||||||||||||||||||||||.|||||..||||||||||.||.|||||.||.|||||||||||
Sbjct 1375  GTCCGGGATTTCCTGAAGCTCTACCAGGTGCCCAAAGGGCTGAGTGAGCGGGTCATGGACTACATTGTGTCCAC  1448

Query 1548  TTGGTCCATGTCCAGAGGCATTGACACAGAGAAGGTCCTGCAGATCTGCCCCAAGGACATGAGAGCCGACATCT  1621
            .||||||||||||.|||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||.|
Sbjct 1449  CTGGTCCATGTCCCGAGGCATCGACACAGAGAAGGTCCTGCAGATCTGCCCCAAGGACATGCGAGCCGACATTT  1522

Query 1622  GCGTGCACCTGAACCGCAAGGTGTTCAAGGAGCACCCGGCCTTCCGGCTGGCCAGTGATGGCTGCCTCCGGGCA  1695
            |||||||||||||||||||.||||||||.||.|||||.|||||.||..|||||||.|||||||||||.|||||.
Sbjct 1523  GCGTGCACCTGAACCGCAAAGTGTTCAAAGAACACCCTGCCTTTCGATTGGCCAGCGATGGCTGCCTGCGGGCC  1596

Query 1696  CTGGCCATGGAGTTCCAGACGGTGCACTGTGCCCCAGGGGACCTCATCTACCATGCAGGAGAGAGCGTTGACAG  1769
            .|||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||.||.|||||
Sbjct 1597  TTGGCCATGGAGTTCCAGACAGTGCACTGTGCCCCAGGGGACCTCATCTATCATGCTGGAGAGAGTGTGGACAG  1670

Query 1770  CCTCTGCTTTGTGGTTTCTGGCTCCCTGGAGGTGATCCAAGATGATGAGGTGGTGGCCATTCTAGGAAAAGGAG  1843
            |||||||||.|||||.||.||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.|||||.|||||||
Sbjct 1671  CCTCTGCTTCGTGGTCTCAGGCTCCCTGGAGGTGATCCAGGATGACGAGGTGGTGGCCATCCTAGGGAAAGGAG  1744

Query 1844  ACGTGTTTGGAGATGTGTTCTGGAAGGAAGCCACCCTTGCCCAGTCCTGTGCCAATGTTAGGGCCTTGACCTAC  1917
            ||||||||||.|||||.||||||||||||||.||||||||.|||||||||||.|||||..||||||||||||||
Sbjct 1745  ACGTGTTTGGGGATGTTTTCTGGAAGGAAGCTACCCTTGCACAGTCCTGTGCTAATGTCCGGGCCTTGACCTAC  1818

Query 1918  TGTGATCTGCATGTGATCAAGCGGGATGCCCTGCAGAAAGTGCTGGAATTCTACACGGCCTTCTCCCATTCCTT  1991
            |||||.|||||.|||||||||.||||.|||||.|||||||||||.|||||||||||.|||||||||||.|||||
Sbjct 1819  TGTGACCTGCACGTGATCAAGAGGGACGCCCTTCAGAAAGTGCTAGAATTCTACACAGCCTTCTCCCACTCCTT  1892

Query 1992  CTCCCGGAACCTGATTCTGACGTACAACTTGAGGAAGAGGATTGTGTTCCGGAAGATCAGCGACGTGAAACGTG  2065
            ||||||||||||||||||.||.||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct 1893  CTCCCGGAACCTGATTCTCACCTACAACCTGAGGAAGAGGATTGTGTTCCGGAAGATCAGCGACGTGAAACGAG  1966

Query 2066  AAGAGGAAGAACGCATGAAACGAAAGAATGAGGCCCCCCTGATCTTGCCCCCGGACCACCCTGTCCGGCGCCTC  2139
            |||||||.||..|.||||||||.|||||.|||||||||||.|||.||||.||.||||||||.|||.|..|.|||
Sbjct 1967  AAGAGGAGGAGAGGATGAAACGGAAGAACGAGGCCCCCCTTATCCTGCCTCCTGACCACCCCGTCAGAAGACTC  2040

Query 2140  TTCCAGAGATTCCGACAGCAGAAAGAGGCCAGGCTGGCAGCTGAGAGAGGGGGCCGGGACCTGGATGACCTAGA  2213
            |||||.||.|||||.|||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct 2041  TTCCAAAGGTTCCGCCAGCAGAAAGAAGCCAGGCTGGCAGCCGAGAGAGGGGGCCGGGACCTGGATGACCTGGA  2114

Query 2214  TGTGGAGAAGGGCAATGTCCTTACAGAGCATGCCTCCGCCAACCACAGCCTCGTGAAGGCCAGCGTGGTCACCG  2287
            |||.||.||||||||||.|||.||.||.|||.||||.||||||||||||||.|||||||||||.||||||||.|
Sbjct 2115  TGTAGAAAAGGGCAATGCCCTCACGGACCATACCTCAGCCAACCACAGCCTGGTGAAGGCCAGTGTGGTCACGG  2188

Query 2288  TGCGTGAGAGTCCTGCCACGCCCGTATCCTTCCAGGCAGCCTCCACCTCCGGGGTGCCAGACCACGCAAAGCTA  2361
            ||||||||||.||.||||||||.||.|||||||||||.|||.||||||||....||.||||||||||.|||||.
Sbjct 2189  TGCGTGAGAGCCCCGCCACGCCTGTGTCCTTCCAGGCGGCCACCACCTCCACCATGTCAGACCACGCCAAGCTG  2262

Query 2362  CAGGCGCCAGGGTCCGAGTGCCTGGGCCCCAANTNGNTTGGGGGC----------GATTGTGCCAAGCGCAAAA  2425
            ||.||.||.||.||.||||||||.||.|||||          |||          ||...|||||||||||||.
Sbjct 2263  CATGCCCCCGGATCTGAGTGCCTAGGTCCCAA----------GGCAGTCAGCTGTGACCCTGCCAAGCGCAAAG  2326

Query 2426  GCTGGGCCCGCTTCAAAGATGCTTGCGGGAAGAGTGAGGACTGGAACAAGGTGTCCAAGGCTGAGTCGATGGAG  2499
            ||||||||||.|||||||||||.||.||.|||.|||||||.||||||||||||||||||||.|||||.||||||
Sbjct 2327  GCTGGGCCCGTTTCAAAGATGCCTGTGGAAAGGGTGAGGATTGGAACAAGGTGTCCAAGGCAGAGTCCATGGAG  2400

Query 2500  ACACTTCCCGAGAGGACAAAAGCGTCAGGCGAGGCCACACTGAAGAAGACAGACTCGTGTGACAGTGGCATCAC  2573
            ||.||.||||||||||||||.||..|.||.||||||||.|||||||||||||||||.||||||||.||.|||||
Sbjct 2401  ACGCTGCCCGAGAGGACAAAGGCACCGGGTGAGGCCACGCTGAAGAAGACAGACTCCTGTGACAGCGGAATCAC  2474

Query 2574  CAAGAGCGACTTGCGCCTGGACAACGTGGGTGAGGCCAGGAGTCCCCAGGATCGGAGTCCCATCCTGGCAGAGG  2647
            ||||||||||.|||||.|||||||.|||||||||.||||||||||.|||||.|||||.||||||.||||.||||
Sbjct 2475  CAAGAGCGACCTGCGCTTGGACAATGTGGGTGAGACCAGGAGTCCTCAGGACCGGAGCCCCATCTTGGCTGAGG  2548

Query 2648  TCAAGCATTCGTTCTACCCCATCCCTGAGCAGACGCTGCAGGCCACAGTCCTGGAGGTGAGGCACGAGCTGAAG  2721
            ||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||...|.|||||||||
Sbjct 2549  TCAAGCATTCTTTCTACCCCATCCCTGAGCAGACGCTGCAGGCCACAGTGCTGGAGGTGAAATATGAGCTGAAG  2622

Query 2722  GAGGACATCAAGGCCTTAAACGCCAAAATGACCAATATTGAGAAACAGCTCTCTGAGATACTCAGGATATTAAC  2795
            |||||.|||||||||||.||.||||||||||||...||||||||.|||||.||||||||||||||||||.|||.
Sbjct 2623  GAGGATATCAAGGCCTTGAATGCCAAAATGACCTCCATTGAGAAGCAGCTGTCTGAGATACTCAGGATACTAAT  2696

Query 2796  TTCCAGAAGATCCTCTCAGTCTCCTCAGGAGTTGTTTGAAATATCGAGGCCACAGTCCCCAGAATCAGAGAGAG  2869
            .||||||.|.|||.|.||.||||||||||||..|..|||.||.||.|||||.|||||||||||.|||||.||||
Sbjct 2697  GTCCAGAGGGTCCGCCCAATCTCCTCAGGAGACGGGTGAGATCTCCAGGCCCCAGTCCCCAGAGTCAGACAGAG  2770

Query 2870  ACATTTTTGGAGCCAGC  2886
            |||||||||||||.|||
Sbjct 2771  ACATTTTTGGAGCAAGC  2787