Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000477850
• Subject: XM_017002185.1
• Aligned Length: 2932
• Identities: 2369
• Gaps: 554

Alignment

Query    1  ATGGAAAAGCAAAAGCCCTTTGCATTGTTCGTACCACCGAGATCAAGCAGCAGTCAGGTGTCTGCGGTGAAACC  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  TCAGACCCTGGGAGGCGATTCCACTTTCTTCAAGAGTTTCAACAAATGTACTGAAGATGATTTTGAGTTTCCAT  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  TTGCAAAGACTAATCTCTCCAAAAATGGGGAAAACATTGATTCAGATCCTGCTTTACAAAAAGTTAATTTCTTG  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  CCCGTGCTTGAGCAGGTTGGTAATTCTGACTGTCACTATCAGGAAGGACTAAAAGACTCTGATTTGGAGAATTC  296
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  297  AGAGGGATTGAGCAGAGTGTATTCAAAACTGTATAAGGAGGCTGAAAAGATAAAAAAATGGAAAGTAAGTACAG  370
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  371  AAGCTGAACTGAGACAGAAAGAAAGTAAGTTGCAAGAAAACAGAAAGATAATTGAAGCACAGCGAAAAGCCATT  444
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  445  CAGGAACTGCAATTTGGAAATGAAAAAGTAAGTTTGAAATTAGAAGAAGGAATACAAGAAAATAAAGATTTAAT  518
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  519  AAAAGAGAATAATGCCACAAGGCATTTATGTAATCTAC--TCAAAGAAACCTGTGCTAGATCTGCAGAAAAG--  588
              |.|||  |||| |||              |.||.||  |||||.||.|||   |||   ||||...||.|  
Sbjct    1  --ATGAG--TAAT-CCA--------------AGTCGACTTTCAAATAACCCT---CTA---CTGCTTCAAGGTT  49

Query  589  ACAAAGAAATATGAATATGAACGGGAAGAAACCAGGCAAGTTTATATGGATCTAAATAATAACATTGAGAAAAT  662
            |||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   50  ACA-------ATGAATATGAACGGGAAGAAACCAGGCAAGTTTATATGGATCTAAATAATAACATTGAGAAAAT  116

Query  663  GATAACAGCTTTTGAGGAACTTCGTGTGCAAGCTGAGAATTCCAGACTGGAAATGCATTTTAAGTTAAAGGAAG  736
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  117  GATAACAGCTTTTGAGGAACTTCGTGTGCAAGCTGAGAATTCCAGACTGGAAATGCATTTTAAGTTAAAGGAAG  190

Query  737  ATTATGAAAAAATCCAACACCTTGAACAAGAATACAAGAAGGAAATAAATGACAAGGAAAAGCAGGTATCACTA  810
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  191  ATTATGAAAAAATCCAACACCTTGAACAAGAATACAAGAAGGAAATAAATGACAAGGAAAAGCAGGTATCACTA  264

Query  811  CTATTGATCCAAATCACTGAGAAAGAAAATAAAATGAAAGATTTAACATTTCTGCTAGAGGAATCCAGAGATAA  884
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  265  CTATTGATCCAAATCACTGAGAAAGAAAATAAAATGAAAGATTTAACATTTCTGCTAGAGGAATCCAGAGATAA  338

Query  885  AGTTAATCAATTAGAGGAAAAGACAAAATTACAGAGTGAAAACTTAAAACAATCAATTGAGAAACAGCATCATT  958
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  339  AGTTAATCAATTAGAGGAAAAGACAAAATTACAGAGTGAAAACTTAAAACAATCAATTGAGAAACAGCATCATT  412

Query  959  TGACTAAAGAACTAGAAGATATTAAAGTGTCATTACAAAGAAGTGTGAGTACTCAAAAGGCTTTAGAGGAAGAT  1032
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  413  TGACTAAAGAACTAGAAGATATTAAAGTGTCATTACAAAGAAGTGTGAGTACTCAAAAGGCTTTAGAGGAAGAT  486

Query 1033  TTACAGATAGCAACAAAAACAATTTGTCAGCTAACTGAAGAAAAAGAAACTCAAATGGAAGAATCTAATAAAGC  1106
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  487  TTACAGATAGCAACAAAAACAATTTGTCAGCTAACTGAAGAAAAAGAAACTCAAATGGAAGAATCTAATAAAGC  560

Query 1107  TAGAGCTGCTCATTCGTTTGTGGTTACTGAATTTGAAACTACTGTCTGCAGCTTGGAAGAATTATTGAGAACAG  1180
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  561  TAGAGCTGCTCATTCGTTTGTGGTTACTGAATTTGAAACTACTGTCTGCAGCTTGGAAGAATTATTGAGAACAG  634

Query 1181  AACAGCAAAGATTGGAAAAAAATGAAGATCAATTGAAAATACTTACCATGGAGCTTCAAAAGAAATCAAGTGAG  1254
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  635  AACAGCAAAGATTGGAAAAAAATGAAGATCAATTGAAAATACTTACCATGGAGCTTCAAAAGAAATCAAGTGAG  708

Query 1255  CTGGAAGAGATGACTAAGCTTACAAATAACAAAGAAGTAGAACTTGAAGAATTGAAAAAAGTCTTGGGAGAAAA  1328
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  709  CTGGAAGAGATGACTAAGCTTACAAATAACAAAGAAGTAGAACTTGAAGAATTGAAAAAAGTCTTGGGAGAAAA  782

Query 1329  GGAAACACTTTTATATGAAAATAAACAATTTGAGAAGATTGCTGAAGAATTAAAAGGAACAGAACAAGAACTAA  1402
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  783  GGAAACACTTTTATATGAAAATAAACAATTTGAGAAGATTGCTGAAGAATTAAAAGGAACAGAACAAGAACTAA  856

Query 1403  TTGGTCTTCTCCAAGCCAGAGAGAAAGAAGTACATGATTTGGAAATACAGTTAACTGCCATTACCACAAGTGAA  1476
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  857  TTGGTCTTCTCCAAGCCAGAGAGAAAGAAGTACATGATTTGGAAATACAGTTAACTGCCATTACCACAAGTGAA  930

Query 1477  CAGTATTATTCAAAAGAGGTTAAAGATCTAAAAACTGAGCTTGAAAACGAGAAGCTTAAGAATACTGAATTAAC  1550
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  931  CAGTATTATTCAAAAGAGGTTAAAGATCTAAAAACTGAGCTTGAAAACGAGAAGCTTAAGAATACTGAATTAAC  1004

Query 1551  TTCACACTGCAACAAGCTTTCACTAGAAAACAAAGAGCTCACACAGGAAACAAGTGATATGACCCTAGAACTCA  1624
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1005  TTCACACTGCAACAAGCTTTCACTAGAAAACAAAGAGCTCACACAGGAAACAAGTGATATGACCCTAGAACTCA  1078

Query 1625  AGAATCAGCAAGAAGATATTAATAATAACAAAAAGCAAGAAGAAAGGATGTTGAAACAAATAGAAAATCTTCAA  1698
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079  AGAATCAGCAAGAAGATATTAATAATAACAAAAAGCAAGAAGAAAGGATGTTGAAACAAATAGAAAATCTTCAA  1152

Query 1699  GAAACAGAAACCCAATTAAGAAATGAACTAGAATATGTGAGAGAAGAGCTAAAACAGAAAAGAGATGAAGTTAA  1772
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1153  GAAACAGAAACCCAATTAAGAAATGAACTAGAATATGTGAGAGAAGAGCTAAAACAGAAAAGAGATGAAGTTAA  1226

Query 1773  ATGTAAATTGGACAAGAGTGAAGAAAATTGTAACAATTTAAGGAAACAAGTTGAAAATAAAAACAAGTATATTG  1846
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1227  ATGTAAATTGGACAAGAGTGAAGAAAATTGTAACAATTTAAGGAAACAAGTTGAAAATAAAAACAAGTATATTG  1300

Query 1847  AAGAACTTCAGCAGGAGAATAAGGCCTTGAAAAAAAAAGGTACAGCAGAAAGCAAGCAACTGAATGTTTATGAG  1920
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1301  AAGAACTTCAGCAGGAGAATAAGGCCTTGAAAAAAAAAGGTACAGCAGAAAGCAAGCAACTGAATGTTTATGAG  1374

Query 1921  ATAAAGGTCAATAAATTAGAGTTAGAACTAGAAAGTGCCAAACAGAAATTTGGAGAAATCACAGACACCTATCA  1994
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1375  ATAAAGGTCAATAAATTAGAGTTAGAACTAGAAAGTGCCAAACAGAAATTTGGAGAAATCACAGACACCTATCA  1448

Query 1995  GAAAGAAATTGAGGACAAAAAGATATCAGAAGAAAATCTTTTGGAAGAGGTTGAGAAAGCAAAAGTAATAGCTG  2068
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1449  GAAAGAAATTGAGGACAAAAAGATATCAGAAGAAAATCTTTTGGAAGAGGTTGAGAAAGCAAAAGTAATAGCTG  1522

Query 2069  ATGAAGCAGTAAAATTACAGAAAGAAATTGATAAGCGATGTCAACATAAAATAGCTGAAATGGTAGCACTTATG  2142
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1523  ATGAAGCAGTAAAATTACAGAAAGAAATTGATAAGCGATGTCAACATAAAATAGCTGAAATGGTAGCACTTATG  1596

Query 2143  GAAAAACATAAGCACCAATATGATAAGATCATTGAAGAAAGAGACTCAGAATTAGGACTTTATAAGAGCAAAGA  2216
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1597  GAAAAACATAAGCACCAATATGATAAGATCATTGAAGAAAGAGACTCAGAATTAGGACTTTATAAGAGCAAAGA  1670

Query 2217  ACAAGAACAGTCATCACTGAGAGCATCTTTGGAGATTGAACTATCCAATCTCAAAGCTGAACTTTTGTCTGTTA  2290
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1671  ACAAGAACAGTCATCACTGAGAGCATCTTTGGAGATTGAACTATCCAATCTCAAAGCTGAACTTTTGTCTGTTA  1744

Query 2291  AGAAGCAACTTGAAATAGAAAGAGAAGAGAAGGAAAAACTCAAAAGAGAGGCAAAAGAAAACACAGCTACTCTT  2364
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1745  AGAAGCAACTTGAAATAGAAAGAGAAGAGAAGGAAAAACTCAAAAGAGAGGCAAAAGAAAACACAGCTACTCTT  1818

Query 2365  AAAGAAAAAAAAGACAAGAAAACACAAACATTTTTATTGGAAACACCTGAAATTTATTGGAAATTGGATTCTAA  2438
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1819  AAAGAAAAAAAAGACAAGAAAACACAAACATTTTTATTGGAAACACCTGAAATTTATTGGAAATTGGATTCTAA  1892

Query 2439  AGCAGTTCCTTCACAAACTGTATCTCGAAATTTCACATCAGTTGATCATGGCATATCCAAAGATAAAAGAGACT  2512
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1893  AGCAGTTCCTTCACAAACTGTATCTCGAAATTTCACATCAGTTGATCATGGCATATCCAAAGATAAAAGAGACT  1966

Query 2513  ATCTGTGGACATCTGCCAAAAATACTTTATCTACACCATTGCCAAAGGCATATACAGTGAAGACACCAACAAAA  2586
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1967  ATCTGTGGACATCTGCCAAAAATACTTTATCTACACCATTGCCAAAGGCATATACAGTGAAGACACCAACAAAA  2040

Query 2587  CCAAAACTACAGCAAAGAGAAAACTTGAATATACCCATTGAAGAAAGTAAAAAAAAGAGAAAAATGGCCTTTGA  2660
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2041  CCAAAACTACAGCAAAGAGAAAACTTGAATATACCCATTGAAGAAAGTAAAAAAAAGAGAAAAATGGCCTTTGA  2114

Query 2661  ATTTGATATTAATTCAGATAGTTCAGAAACTACTGATCTTTTGAGCATGGTTTCAGAAGAAGAGACATTGAAAA  2734
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2115  ATTTGATATTAATTCAGATAGTTCAGAAACTACTGATCTTTTGAGCATGGTTTCAGAAGAAGAGACATTGAAAA  2188

Query 2735  CACTGTATAGGAACAATAATCCACCAGCTTCTCATCTTTGTGTCAAAACACCAAAAAAGGCCCCTTCATCTCTA  2808
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2189  CACTGTATAGGAACAATAATCCACCAGCTTCTCATCTTTGTGTCAAAACACCAAAAAAGGCCCCTTCATCTCTA  2262

Query 2809  ACAACCCCTGGATCTACACTGAAGTTTGGAGCTATAAGAAAAATGCGGGAGGACCGTTGGGCTGTAATTGCTAA  2882
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2263  ACAACCCCTGGATCTACACTGAAGTTTGGAGCTATAAGAAAAATGCGGGAGGACCGTTGGGCTGTAATTGCTAA  2336

Query 2883  AATGGATAGAAAAAAAAAACTAAAAGAAGCTGAAAAGTTATTTGTT  2928
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2337  AATGGATAGAAAAAAAAAACTAAAAGAAGCTGAAAAGTTATTTGTT  2382