Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000478244
• Subject: XM_006521578.3
• Aligned Length: 1361
• Identities: 939
• Gaps: 322

Alignment

Query    1  -------------------------------------------------------------------ATGGAGA  7
                                                                               |||||..
Sbjct    1  ATGTCATCAGATTCCATGGACCAGCCCAGGAACCCCTGCGAGAACGAGCCACTGACCCCGGGTTATCATGGATT  74

Query    8  AAAAGAAA---ATGGTAACTCAGGGTAACCAGGAGCCGACAACAACTCCTGACGCAATGGTTCAGCCTTTTACT  78
            ...||.||   ||||    .|||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  CCCAGCAAGGGATGG----CCAGGGTAACCAGGAGCCAACAACAACTCCTGACGCAATGGTTCAGCCTTTTACT  144

Query   79  ACCATCCCATTTCCACCACCTCCGCAGAATGGAATTCCCACAGAGTATGGGGTGCCACACACTCAAGACTATGC  152
            ||||||||.||.|||||||||||.||.|||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.||||||||
Sbjct  145  ACCATCCCGTTCCCACCACCTCCACAAAATGGAATTCCCACAGAATATGGAGTGCCACACACTCAGGACTATGC  218

Query  153  CGGCCAGACCGGTGAGCATAACCTGACACTCTACGGAAGTACGCAAGCC-CACGGGGAGCAGAGCAGCAACTCA  225
            ||||||||||.||||.|||||||||||.||||||||.||||||| |||| ||.||.||.|||||.|||||.|||
Sbjct  219  CGGCCAGACCAGTGAACATAACCTGACCCTCTACGGGAGTACGC-AGCCTCATGGAGAACAGAGTAGCAATTCA  291

Query  226  CCCAGCACACAAAATGGATCTCTTAC---GACAGAAGGTGGAGCACAGACAGACGGCCAGCAGTCACAGACACA  296
            |||||||..||.|||||||||||.||   |||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||
Sbjct  292  CCCAGCAACCAGAATGGATCTCTCACGCAGACAGAAGGTGGAGCACAGACAGACGGACAACAGTCACAGACACA  365

Query  297  AAGTAGTGAAAATTCAGAGAGTAAATCTACCCCGAAACGGCTGCATGTCTCTAATATTCCTTTCCGCTTCCGGG  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||.||.||.||.||.|||||||||||||||||.|||||||||||.|
Sbjct  366  AAGTAGTGAAAATTCAGAGAGTAAATCTACGCCCAAGCGACTACATGTCTCTAATATTCCCTTCCGCTTCCGAG  439

Query  371  ACCCTGACCTCCGGCAGATGTTTGG-------------------------------------------------  395
            |||||||||||||||||||||||||                                                 
Sbjct  440  ACCCTGACCTCCGGCAGATGTTTGGGCAGTTTGGCAAAATCCTAGATGTGGAAATAATCTTTAATGAGCGCGGC  513

Query  396  -----GGGATTCGGGTTCGTAACTTTCGAGAATAGTGCTGATGCAGACAGGGCCAGGGAGAAATTACACGGCAC  464
                 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||
Sbjct  514  TCCAAGGGATTCGGGTTCGTAACTTTCGAGAATAGTGCTGATGCAGACAGGGCCAGGGAGAAATTGCACGGCAC  587

Query  465  CGTGGTAGAGGGCCGTAAAATCGAGGTGAATAATGCTACAGCACGTGTAATGACCAATAAGAAGATGGTCACAC  538
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||.||||||||.||||||||||||||.|
Sbjct  588  CGTGGTAGAGGGCCGTAAAATCGAGGTGAATAATGCAACAGCACGGGTCATGACCAACAAGAAGATGGTCACGC  661

Query  539  CATATGCAAATGGTTGGAAATTAAGCCCAGTAGTTGGAGCTGTATATGGTCCGGAGTTATATGCAGCATCCAGC  612
            |||||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||
Sbjct  662  CATATGCAAATGGCTGGAAGTTAAGCCCAGTAGTTGGAGCTGTGTATGGTCCTGAGTTATATGCAGCATCCAGC  735

Query  613  TTTCAAGCAGATGTGTCCCTAGGCAATGATGCAGCAGTGCCCCTATCAGGAAGAGGGGGTATCAACACTTACAT  686
            ||||||||.||||||||||||||||||||.||.||.||||||.|.|||||||||||.||.||||||||||||||
Sbjct  736  TTTCAAGCTGATGTGTCCCTAGGCAATGAGGCGGCTGTGCCCTTGTCAGGAAGAGGAGGCATCAACACTTACAT  809

Query  687  TCCTTTAATCA------------TTCCTGGCTTCCCTTACCCTACTGCAGCCACCACGGCAGCCGCTTTCAGAG  748
            .|||.||||||            |||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||.|||
Sbjct  810  CCCTCTAATCAGTCTCCCTTTAGTTCCTGGCTTCCCTTACCCAACTGCAGCCACCACGGCAGCTGCTTTCCGAG  883

Query  749  GAGCCCATTTGAGGGGCAGAGGGCGGACAGTATATGGTGCAGTCCGAGCGGTACCTCCAACAGCCATCCCCGCC  822
            ||||||||.||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  884  GAGCCCATCTGAGGGGCAGAGGGCGGACAGTGTATGGTGCAGTCCGAGCGGTACCTCCAACAGCCATCCCCGCC  957

Query  823  TATCCAGGTGTGGTTTACCAGGACGGATTTTACGGTGCTGACCTCTAT---GGTG--GATATG---------CA  882
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |.||  ||.|||         ||
Sbjct  958  TATCCAGGTGTGGTTTACCAGGACGGATTTTACGGTGCTGACCTCTATTCAGCTGAAGAAATGTTAACATCTCA  1031

Query  883  GCCTA------------------------------CAGATATGCACAGCCT--GCTACTGC-------------  911
            ..|||                              |.||||| .|||| .|  |.||||||             
Sbjct 1032  CTCTAAATCTCTCAGTGGAGTCTCTGTTCCCTTCTCTGATAT-AACAG-ATGGGTTACTGCTTGTTATAATTAT  1103

Query  912  -AACCGCA-----------GCCACCGCTGCTGCAGCCGCTGTAGCCGC-----TTAC-----------------  951
             ||   ||           ||||..|||       |.|.||    .||     ||||                 
Sbjct 1104  TAA---CATTGTGGTATGGGCCAGGGCT-------CGGGTG----GGCAAGATTTACTCCTCCTTTGGGCTGGG  1163

Query  952  -AGTGAC----GGTTATGGCAGGG--TGT--ACACA---GCCGAC---------CC---CTACCATGCCCTTGC  1001
             ||.|||    .||||.||.|.||  |||  ||.||   |..|||         ||   .|||||.|.|.|||.
Sbjct 1164  GAGGGACCAGTTGTTAGGGTATGGAATGTTAACTCAAGTGGTGACTGACTGTTTCCGTAATACCAGGTCGTTGT  1237

Query 1002  CCCTGC-CGCTAGCTATGGAGTTGGCGCTGTGGCGAGTTTA---TACCGAG---GTGGCTACAG----------  1058
            ..|||| ||||  ||| |.|.|||..||||||       ||   .||||||   |||| ||.||          
Sbjct 1238  GGCTGCACGCT--CTA-GTAATTGAGGCTGTG-------TACTTCACCGAGCTTGTGG-TAGAGCCTAGGGCAA  1300

Query 1059  -CCGATTTGCCCCCTAC------------  1074
             |||.|.|   |||.|.            
Sbjct 1301  ACCGCTGT---CCCAAGAGAATGCTGGGA  1326