Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000479295
• Subject: XM_011535066.2
• Aligned Length: 2343
• Identities: 1867
• Gaps: 471

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  ATGGAGTTTCGGCCTGGGGCGGCGGGGGCGGCCCAGAAAAGGCCTAGCGTCCTGGGCTGTGTGGGTGTAGCGTC  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  CAGGGCGCGTCGGTCTCTATGGCAACGCTCCACACGCGGAGGTCGGGTACGGTTATCTGTGGCCACAAAGAAAG  148

Query    1  --------------------------------------------------------------------ATGGAT  6
                                                                                ||||||
Sbjct  149  TTATTTGTCTCTGTCTTGGCAAGGCTGGGAGGAAAGTTTTAGCTAAGAAACTCAGCCCATTGGAGACCATGGAT  222

Query    7  AAGTACGATGCGATTAAGGCCATCGGGCAAGGTGCCTTCGGGAAAGCATACTTAGCTAAAGGGAAATCAGATAG  80
            ||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  AAGTACGATGTGATTAAGGCCATCGGGCAAGGTGCCTTCGGGAAAGCATACTTAGCTAAAGGGAAATCAGATAG  296

Query   81  CAAGCACTGTGTCATAAAAGAGATCAATTTTGAAAAGATGCCCATACAAGAAAAAGAAGCTTCAAAGAAAGAAG  154
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  CAAGCACTGTGTCATAAAAGAGATCAATTTTGAAAAGATGCCCATACAAGAAAAAGAAGCTTCAAAGAAAGAAG  370

Query  155  TGATTCTTCTGGAAAAGATGAAACATCCCAACATTGTAGCCTTCTTCAATTCATTTCAAGAGAATGGCAGGCTG  228
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  TGATTCTTCTGGAAAAGATGAAACATCCCAACATTGTAGCCTTCTTCAATTCATTTCAAGAGAATGGCAGGCTG  444

Query  229  TTTATTGTAATGGAATATTGTGATGGAGGGGATCTCATGAAAAGGATCAATAGACAACGGGGTGTGTTATTTAG  302
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  TTTATTGTAATGGAATATTGTGATGGAGGGGATCTCATGAAAAGGATCAATAGACAACGGGGTGTGTTATTTAG  518

Query  303  TGAAGATCAGATCCTCGGTTGGTTTGTACAGATTTCTCTAGGACTAAAACATATTCATGACAGGAAGATATTAC  376
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  TGAAGATCAGATCCTCGGTTGGTTTGTACAGATTTCTCTAGGACTAAAACATATTCATGACAGGAAGATATTAC  592

Query  377  ACAGGGACATAAAAGCTCAGAACATTTTTCTTAGCAAGAACGGAATGGTGGCAAAGCTTGGGGACTTTGGTATA  450
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  ACAGGGACATAAAAGCTCAGAACATTTTTCTTAGCAAGAACGGAATGGTGGCAAAGCTTGGGGACTTTGGTATA  666

Query  451  GCAAGAGTCCTGAATAATTCCATGGAACTTGCTCGAACTTGTATTGGAACACCTTACTACCTGTCCCCAGAGAT  524
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  GCAAGAGTCCTGAATAATTCCATGGAACTTGCTCGAACTTGTATTGGAACACCTTACTACCTGTCCCCAGAGAT  740

Query  525  CTGTCAGAATAAACCCTACAACAATAAAACGGATATTTGGTCTCTTGGCTGTGTCTTATATGAGCTCTGCACAC  598
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  CTGTCAGAATAAACCCTACAACAATAAAACGGATATTTGGTCTCTTGGCTGTGTCTTATATGAGCTCTGCACAC  814

Query  599  TTAAACATCCTTTTGAGGGTAACAACTTACAGCAGCTGGTTCTGAAGATTTGTCAAGCACATTTTGCCCCAATA  672
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  TTAAACATCCTTTTGAGGGTAACAACTTACAGCAGCTGGTTCTGAAGATTTGTCAAGCACATTTTGCCCCAATA  888

Query  673  TCTCCGGGGTTTTCTCGTGAGCTCCATTCCTTGATATCTCAGCTCTTTCAAGTATCTCCTCGAGACCGACCATC  746
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  TCTCCGGGGTTTTCTCGTGAGCTCCATTCCTTGATATCTCAGCTCTTTCAAGTATCTCCTCGAGACCGACCATC  962

Query  747  CATAAATTCCATTTTGAAAAGGCCCTTTTTAGAGAATCTTATTCCCAAATATTTGACTCCTGAGGTCATTCAGG  820
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  CATAAATTCCATTTTGAAAAGGCCCTTTTTAGAGAATCTTATTCCCAAATATTTGACTCCTGAGGTCATTCAGG  1036

Query  821  AAGAATTCAGTCACATGCTTATATGCAGAGCAGGAGCGCCAGCTTCTCGACATGCTGGGAAGGTGGTCCAGAAG  894
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  AAGAATTCAGTCACATGCTTATATGCAGAGCAGGAGCGCCAGCTTCTCGACATGCTGGGAAGGTGGTCCAGAAG  1110

Query  895  TGTAAAATACAAAAAGTGAGATTCCAGGGAAAGTGCCCACCAAGATCAAGGATATCTGTGCCAATTAAAAGGAA  968
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1111  TGTAAAATACAAAAAGTGAGATTCCAGGGAAAGTGCCCACCAAGATCAAGGATATCTGTGCCAATTAAAAGGAA  1184

Query  969  TGCTATATTGCATAGAAATGAATGGAGACCACCAGCTGGAGCCCAGAAGGCCAGATCTATAAAAATGATAGAAA  1042
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1185  TGCTATATTGCATAGAAATGAATGGAGACCACCAGCTGGAGCCCAGAAGGCCAGATCTATAAAAATGATAGAAA  1258

Query 1043  GACCCAAAATTGCTGCTGTCTGTGGACATTATGATTATTATTATGCTCAACTTGATATGCTGAGGAGGAGAGCC  1116
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259  GACCCAAAATTGCTGCTGTCTGTGGACATTATGATTATTATTATGCTCAACTTGATATGCTGAGGAGGAGAGCC  1332

Query 1117  CACAAACCAAGTTATCACCCTATTCCTCAAGAAAATACTGGAGTTGAGGATTACGGTCAGGAAACGAGGCATGG  1190
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333  CACAAACCAAGTTATCACCCTATTCCTCAAGAAAATACTGGAGTTGAGGATTACGGTCAGGAAACGAGGCATGG  1406

Query 1191  TCCATCCCCAAGTCAATGGCCTGCTGAGTACCTTCAGAGAAAATTTGAAGCTCAACAATATAAGTTGAAAGTGG  1264
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1407  TCCATCCCCAAGTCAATGGCCTGCTGAGTACCTTCAGAGAAAATTTGAAGCTCAACAATATAAGTTGAAAGTGG  1480

Query 1265  AGAAGCAATTGGGTCTTCGTCCATCTTCTGCCGAGCCAAATTACAACCAGAGACAAGAGCTAAGAAGTAATGGA  1338
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1481  AGAAGCAATTGGGTCTTCGTCCATCTTCTGCCGAGCCAAATTACAACCAGAGACAAGAGCTAAGAAGTAATGGA  1554

Query 1339  GAAGAGCCTAGATTCCAGGAGCTGCCATTTAGGAAAAACGAAATGAAGGAACAGGAATATTGGAAGCAGTTAGA  1412
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555  GAAGAGCCTAGATTCCAGGAGCTGCCATTTAGGAAAAACGAAATGAAGGAACAGGAATATTGGAAGCAGTTAGA  1628

Query 1413  GGAAATACGCCAACAGTACCACAATGACATGAAAGAAATTAGAAAGAAGATGGGGAGAGAACCAGAGGAGAACT  1486
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1629  GGAAATACGCCAACAGTACCACAATGACATGAAAGAAATTAGAAAGAAGATGGGGAGAGAACCAGAGGAGAACT  1702

Query 1487  CAAAAATAAGTCATAAAACCTATTTGGTGAAGAAGAGTAACCTGCCTGTCCATCAAGATGCATCTGAGGGAGAA  1560
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1703  CAAAAATAAGTCATAAAACCTATTTGGTGAAGAAGAGTAACCTGCCTGTCCATCAAGATGCATCTGAGGGAGAA  1776

Query 1561  GCACCTGTGCAGATGGAATTTCGCTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCACGATCTTGGCTCACCGCAAC  1634
            |||||||||                                                                 
Sbjct 1777  GCACCTGTG-----------------------------------------------------------------  1785

Query 1635  CTCCGCCTCCCAGGACATTGAAAAAGACTTGAAACAAATGAGGCTTCAGAACACAAAGGAAAGTAAAAATCCAG  1708
                      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1786  ----------CAGGACATTGAAAAAGACTTGAAACAAATGAGGCTTCAGAACACAAAGGAAAGTAAAAATCCAG  1849

Query 1709  AACAGAAATATAAAGCTAAGAAGGGGGTAAAATTTGAAATTAATTTAGACAAATGTATTTCTGATGAAAACATC  1782
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1850  AACAGAAATATAAAGCTAAGAAGGGGGTAAAATTTGAAATTAATTTAGACAAATGTATTTCTGATGAAAACATC  1923

Query 1783  CTCCAAGAGGAAGAGGCAATGGATATACCAAATGAAACTTTGACCTTTGAGGATGGCATGAAGTTTAAGGAATA  1856
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1924  CTCCAAGAGGAAGAGGCAATGGATATACCAAATGAAACTTTGACCTTTGAGGATGGCATGAAGTTTAAGGAATA  1997

Query 1857  TGAATGTGTAAAGGAGCATGGAGATTATACAGACAAAGCATTTGAAAAACTTCACTGCCCAGAAGCAGGGTTTT  1930
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    .|
Sbjct 1998  TGAATGTGTAAAGGAGCATGGAGATTATACAGACAAAGCATTTGAAAAACTTCACTGCCCAGAAGCAG----CT  2067

Query 1931  CCACGCAGAC---TGTAGCTGCTGTGGGAAACAGGAGGCAGTGGGATGGAGGAGCGCCTCAGACTCTGCTGCAG  2001
            |||.|  |||   |||.||                   ||||   ||.                          
Sbjct 2068  CCATG--GACAAGTGTTGC-------------------CAGT---ATC--------------------------  2091

Query 2002  ATGATGGCAGTGGCCGACATCACCTCCACCTGCCCCACGGGGCCTGACAGTGAGTCTGTGCTTAGCGTCAGTCG  2075
                                                                                      
Sbjct 2092  --------------------------------------------------------------------------  2091

Query 2076  TCAGGAAGGGAAGACCAAGGACCCGTACAGCCCAGTGCTCATCCTGATG  2124
                                                             
Sbjct 2092  -------------------------------------------------  2091