Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000479398
• Subject: XM_006530126.2
• Aligned Length: 3212
• Identities: 2640
• Gaps: 160

Alignment

Query    1  ATGTTCACCCTGTCTCAGACCTCGAGAGCATGGTTCATCGATAGAGCCCGTCAGGCACGAGAAGAAAGGCTTGT  74
                                         ||||||||||||.||||||||.||||||||||||||.|||||.||
Sbjct    1  -----------------------------ATGGTTCATCGACAGAGCCCGGCAGGCACGAGAAGAGAGGCTGGT  45

Query   75  GCAGAAGGAACGGGAGCGGGCAGCTGTTGTGATCCAGGCCCATGTCCGGAGTTTTCTCTGTCGGAGTCGACTGC  148
            |||||||||.||||||||..||||.||...|||||||||||..|||||.|||||.|||||.|||||.|||||||
Sbjct   46  GCAGAAGGAGCGGGAGCGCTCAGCGGTGACGATCCAGGCCCTAGTCCGCAGTTTCCTCTGCCGGAGGCGACTGC  119

Query  149  AGAGAGATATCAGGAGAGAGATTGATGACTTTTTTAAAGCAGATGACCCTGAGTCCACTAAAAGAAGTGCACTT  222
            |.|||||.|||                                                               
Sbjct  120  ACAGAGACATC---------------------------------------------------------------  130

Query  223  TGTATTTTCAAGATTGCCAGGAAACTGCTGTTCCTATTCAGAATCAAAGAGGATAATGAGAGATTTGAGAAGTT  296
                                                                      |||||.|.||||||||
Sbjct  131  ----------------------------------------------------------AGAGACTGGAGAAGTT  146

Query  297  GTGTCGCAGCATCCTGAGCAGCATGGATGCTGAGAATGAGCCTAAGGTGTGGTATGTGTCCCTGGCTTGTTCTA  370
            ||||||.||||||||||.||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||.||||||||||||...||.|
Sbjct  147  GTGTCGAAGCATCCTGAACAGCATGGATGCCGAGAATGAGCCAAAGGTGTGGTACGTGTCCCTGGCTCTCTCCA  220

Query  371  AGGACCTCACCCTCCTTTGGATTCAACAGATCAAGAACATTTTGTGGTACTGCTGTGATTTTCTCAAGCAGCTC  444
            ||||||||||.||.||.||||||.|.||||||||||.|||..|||||.||||||||||..||||...|||||||
Sbjct  221  AGGACCTCACGCTGCTGTGGATTAAGCAGATCAAGAGCATCCTGTGGCACTGCTGTGAGCTTCTGGGGCAGCTC  294

Query  445  AAGCCTGAAATCCTGCAGGACTCCCGACTCATCACCCTGTACCTCACGATGCTTGTCACCTTCACAGACACTTC  518
            |||||.||.|||.|.|||||||||.|.||||||||.|||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||
Sbjct  295  AAGCCAGAGATCTTACAGGACTCCAGGCTCATCACGCTGTACCTCACCATGCTTGTGACCTTCACAGACACTTC  368

Query  519  AACGTGGAAAATTCTTCGGGGAAAAGGTGAAAGTCTTCGACCAGCGATGAACCACATTTGTGCAAATATAATGG  592
            |||.|||||.|||||.||||||||||||||.||.|||||.|||||..|||||||||||||.|||||||||||||
Sbjct  369  AACATGGAAGATTCTCCGGGGAAAAGGTGAGAGCCTTCGGCCAGCCCTGAACCACATTTGCGCAAATATAATGG  442

Query  593  GACATCTCAACCAGCATGGATTTTATTCTGTGCTGCAGATATTGTTAACCCGTGGCCTGGCAAGACCCCGTCCT  666
            |.|||||||||||||.||||.||||.|||||..|||||.||.||.|.|||||.||||||||.||.|||||.||.
Sbjct  443  GCCATCTCAACCAGCGTGGACTTTACTCTGTATTGCAGGTACTGCTGACCCGAGGCCTGGCCAGGCCCCGGCCC  516

Query  667  TGTCTATCCAAAGGCACTTTAACAGCAGCTTTTTCTCTAGCGTTACGCCCTGTGATTGCTGCACAGTTCTCAGA  740
            |||||.||||||||||..|||||||||||.||.|||||.||..|.|||||||||.|||||||.|||||||||||
Sbjct  517  TGTCTGTCCAAAGGCATGTTAACAGCAGCCTTCTCTCTGGCCCTGCGCCCTGTGGTTGCTGCGCAGTTCTCAGA  590

Query  741  CAATCTGATTCGGCCGTTCCTCATCCACATCATGTCTGTGCCTGCTCTGGTGACTCATCTCAGCACAGTGACCC  814
            ||||||.||.||.||.|||.||||||||.|||||||.||.||||||||.|||.|||||||||||||.|||.|||
Sbjct  591  CAATCTTATGCGACCATTCATCATCCACGTCATGTCGGTACCTGCTCTCGTGGCTCATCTCAGCACCGTGGCCC  664

Query  815  CTGAGCGCCTCACTGTTTTAGAATCCCATGACATGCTTCGTAAATTCATCATATTTTTAAGAGACCAAGATCGA  888
            |||||||||||...||||||||.|||||||||||||||||||||||||||.|.||..|.|||||...|||.|||
Sbjct  665  CTGAGCGCCTCGGCGTTTTAGAGTCCCATGACATGCTTCGTAAATTCATCGTCTTCCTGAGAGATAGAGACCGA  738

Query  889  TGCCGTGATGTATGTGAAAGTTTAGAAGGATGCCATACGCTTTGTCTAATGGGCAACCTCCTACACTTGGGCTC  962
            |||||.||||..|||||.|||||||||||.||||||||.||.|||||.||||||||.|||||.|||||||||||
Sbjct  739  TGCCGCGATGCTTGTGAGAGTTTAGAAGGCTGCCATACCCTGTGTCTCATGGGCAATCTCCTGCACTTGGGCTC  812

Query  963  CCTCAGCCCCAGAGTGTTAGAGGAGGAGACAGATGGGTTCGTGAGTTTGCTCACCCAGACGCTGTGCTACTGTC  1036
            ||||||||.|||..||||||||||.||||..||||||||.|||||...||||||.||||.||||||||||||||
Sbjct  813  CCTCAGCCTCAGGCTGTTAGAGGAAGAGATGGATGGGTTTGTGAGCGCGCTCACGCAGATGCTGTGCTACTGTC  886

Query 1037  AGAAGTATGTGTCTCAGAAGAAGTCCAACCTGACCCACTGGCATCCTGTCCTTGGCTGGTTCTCCCAATCTGTG  1110
            |||||||.|||.|||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.||||||||.||||||.|||||
Sbjct  887  AGAAGTACGTGGCTCAGAAGAAGTCCAACCTGACCCACTGGCACCCTGTGCTCGGCTGGTTTTCCCAACCTGTG  960

Query 1111  GATTATGGCCTTAACGAGTCAATGCACTTGATCACCAAACAGCTGCAGTTCTTGTGGGGGGTGCCTCTGATCCG  1184
            |||||.|||||.||.||.||.|||.||.||||||||||.||||||||||||.||||||.|||||||||.|||||
Sbjct  961  GATTACGGCCTCAATGATTCCATGTACCTGATCACCAAGCAGCTGCAGTTCCTGTGGGCGGTGCCTCTCATCCG  1034

Query 1185  GATCTTCTTCTGTGACATCCTGAGCAAGAAGCTACTGGAG-AGCCAGGAGCCAGCCCACG-------CACAGCC  1250
            .||..|||||.|||||||||||||||.||||||.|||||| |..|| |||||.|||| ||       |.|||||
Sbjct 1035  CATTCTCTTCAGTGACATCCTGAGCAGGAAGCTGCTGGAGCATGCA-GAGCCGGCCC-CGGTGCAACCGCAGCC  1106

Query 1251  AGCATCCCCTCAGAATGTGCTCCCAGTGAAGAGTCTCCTAAAGCGTGCTTTTCAAAAGTCGGCATCAGTCCGGA  1324
            ..|.||.||.||||..||||||||.||||||||.|||||.||||||||.|||||.||||||||.||.||.||||
Sbjct 1107  GTCCTCACCGCAGACGGTGCTCCCCGTGAAGAGCCTCCTCAAGCGTGCGTTTCAGAAGTCGGCTTCGGTTCGGA  1180

Query 1325  ATATTCTCAGGCCTGTCGGGGGTAAACGGGTCGACTCTGCAGAAGTCCAGAAGGTTTGCAACATCTGTGTCCTC  1398
            |.||.|||||||||||.|||||....||.||||||||.||.||.||.|.||||||.||||||||.||.||.|||
Sbjct 1181  ACATCCTCAGGCCTGTTGGGGGCCGCCGTGTCGACTCCGCTGAGGTGCGGAAGGTCTGCAACATTTGCGTGCTC  1254

Query 1399  TACCAGACCTCGCTGACAACTCTCACACAGATTCGGCTGCAGATACTCACAGGTCTCACTTACCTTGATGACCT  1472
            |||||||||||||||||.||.|||||.|||||.||.||||||||.|||||||||||.||.|||||.||||||||
Sbjct 1255  TACCAGACCTCGCTGACGACCCTCACCCAGATCCGCCTGCAGATCCTCACAGGTCTTACGTACCTGGATGACCT  1328

Query 1473  GCTTCCCAAACTGTGGGCATTTATCTGTGAGCTCGGGCCCCACGGAGGGTTAAAGCTCTTCTTGGAATGCCTGA  1546
            |||.|||||.||.|||||.||||||||||||||.|||||||||||.|||.|.|||||||||.||||.|||||||
Sbjct 1329  GCTGCCCAAGCTCTGGGCGTTTATCTGTGAGCTGGGGCCCCACGGCGGGCTCAAGCTCTTCCTGGAGTGCCTGA  1402

Query 1547  ACAATGACACTGAAGAGTCCAAGCAACTCTTGGCCATGCTGATGCTGTTCTGTGACTGTTCGCGGCACCTCATC  1620
            ||||||||||||.||||||||||||.|||.||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||
Sbjct 1403  ACAATGACACTGGAGAGTCCAAGCAGCTCCTGGCCATGCTGATGCTCTTCTGTGACTGTTCCCGGCACCTCATC  1476

Query 1621  ACAATCCTTGATGACATTGAAGTTTATGAAGAACAGATTTCATTCAAACTGGAAGAGCTGGTCACTATCTCCTC  1694
            ||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||.|||||.|||||||||||||||||.||||||||
Sbjct 1477  ACCATCCTCGATGACATTGAAGTTTATGAAGAACAGATCTCCTTCAAGCTGGAAGAGCTGGTCACCATCTCCTC  1550

Query 1695  TTTCCTGAATTCTTTTGTGTTTAAGATGATCTGGGATGGAATTGTAGAGAACGCCAAGGGTGAGACCTTGGAGC  1768
            .|||||.|||||.||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct 1551  GTTCCTCAATTCCTTCGTGTTTAAGATGATCTGGGACGGAATTGTAGAGAATGCCAAGGGTGAGACCTTGGAGC  1624

Query 1769  TGTTCCAGTCTGTCCACGGGTGGCTTATGGTGCTGTACGAGCGGGACTGCCGGCGGCGCTTCACCCCCGAGGAC  1842
            ||||||||||.|||||.||.|||||.|||||||||||.|||||.||||||||.||||||||..|.||.||||||
Sbjct 1625  TGTTCCAGTCCGTCCATGGCTGGCTGATGGTGCTGTATGAGCGAGACTGCCGCCGGCGCTTTGCTCCGGAGGAC  1698

Query 1843  CACTGGCTGCGAAAGGATCTCAAACCTAGCGTGCTCTTCCAAGAACTCGACAGGGACAGAAAACGGGCACAGTT  1916
            ||||||||.||.|.|||.|||||.|||.|.|||||||||||.||.|||||||.||||.|||...||||.|||.|
Sbjct 1699  CACTGGCTACGGAGGGACCTCAAGCCTGGTGTGCTCTTCCAGGAGCTCGACAAGGACCGAAGGAGGGCTCAGCT  1772

Query 1917  GATCCTGCAGTACATCCCACATGTCATCCCTCACAAAAACAGAGTTCTACTGTTTCGAACCATGGTTACCAAGG  1990
            |.||||||||.|||||||.||.|||.|.||||||||.|||||||||||.|||||.||.|.||||||||.|||||
Sbjct 1773  GGTCCTGCAGCACATCCCCCACGTCGTGCCTCACAAGAACAGAGTTCTTCTGTTCCGGAACATGGTTATCAAGG  1846

Query 1991  AGAAGGAGAAACTGGGGCTGGTGGAAACCAGCTCTGCCTCCCCGCATGTCACTCACATCACCATCCGCCGGTCC  2064
            ||||.|||||.||||||||.|||||.||||||||||||||.||.||.|||||.||||||||||||||..|||||
Sbjct 1847  AGAAAGAGAAGCTGGGGCTTGTGGAGACCAGCTCTGCCTCTCCTCACGTCACCCACATCACCATCCGAAGGTCC  1920

Query 2065  AGGATGCTGGAGGACGGCTACGAGCAGCTTAGGCAGCTCTCCCAGCACGCCATGAAGGGGGTCATCCGTGTGAA  2138
            .|||||.||||||||||||||||.|||||..|||||||.||||||||.|||||||||||.||.|||||.|||||
Sbjct 1921  CGGATGTTGGAGGACGGCTACGAACAGCTCCGGCAGCTTTCCCAGCATGCCATGAAGGGTGTGATCCGAGTGAA  1994

Query 2139  GTTTGTCAATGACCTCGGGGTGGACGAAGCAGGGATTGATCAAGACGGTGTTTTTAAGGAGTTCTTGGAAGAGA  2212
            |||||||||.|||||||||||||||||.||.||||||||.||.||.|||||.||.||||||||..|||||||||
Sbjct 1995  GTTTGTCAACGACCTCGGGGTGGACGAGGCTGGGATTGACCAGGATGGTGTCTTCAAGGAGTTTCTGGAAGAGA  2068

Query 2213  TCATCAAGAGAGTTTTTGACCCAGCACTCAATCTGTTCAAGACAACCAGTGGGGATGAGAGGCTGTACCCCTCA  2286
            ||||||||||.||.||||||||.||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||.||||||||||.|||
Sbjct 2069  TCATCAAGAGGGTGTTTGACCCCGCACTCAACCTGTTCAAGACAACCAGCGGGGATGAGCGGCTGTACCCATCA  2142

Query 2287  CCCACATCCTACATCCATGAGAATTACCTGCAGCTCTTCGAGTTTGTGGGGAAGATGCTGGGGAAGGCTGTGTA  2360
            |||||.||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.|||||
Sbjct 2143  CCCACGTCCTACATTCACGAGAATTACCTGCAGCTCTTCGAGTTTGTGGGGAAGATGCTGGGAAAGGCAGTGTA  2216

Query 2361  TGAGGGAATTGTGGTGGACGTGCCATTTGCATCCTTCTTCCTGAGCCAACTGCTTGGGCACCACCACAGCGTCT  2434
            ||||||.||.|||||.||.|||||.|||||.|||||||||||||||||..||||.|||||||||||||||||||
Sbjct 2217  TGAGGGGATCGTGGTAGATGTGCCCTTTGCCTCCTTCTTCCTGAGCCAGATGCTCGGGCACCACCACAGCGTCT  2290

Query 2435  TCTATAGCTCGGTGGATGAACTGCCTTCTCTGGACTCCGAGTTCTATAAAAACCTCACCTCCATCAAGCGCTAT  2508
            ||||.|||||.||||||||.||.||.||.||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct 2291  TCTACAGCTCCGTGGATGAGCTTCCCTCCCTGGACTCGGAGTTTTATAAAAACCTCACCTCCATCAAGCGCTAC  2364

Query 2509  GATGGGGACATCACTGACCTGGGCCTGACGCTGTCTTACGACGAGGACGTCATGGGTCAGCTTGTTTGCCATGA  2582
            |||||.||||||.|.|||||.||.|||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.||.|||||.||
Sbjct 2365  GATGGAGACATCGCAGACCTCGGGCTGACGCTGTCTTACGATGAAGACGTCATGGGTCAGCTCGTCTGCCACGA  2438

Query 2583  ACTGATTCCTGGAGGGAAGACCATTCCTGTTACAAATGAAAATAAAATTAGCTACATCCATCTGATGGCACATT  2656
            ||||.||||.||||||||||||||.||.||||||.||||.||.||||||||||||||||||||||||||.||||
Sbjct 2439  ACTGGTTCCCGGAGGGAAGACCATCCCGGTTACAGATGAGAACAAAATTAGCTACATCCATCTGATGGCGCATT  2512

Query 2657  TTCGAATGCACACTCAAATAAAAAACCAAACAGCTGCCCTCATTAGCGGATTCCGTTCCATTATCAAACCCGAG  2730
            |.|||||||||||||||||.||||||||.||||||||.||.||.||.||.|||||||||||.|||||.||||||
Sbjct 2513  TCCGAATGCACACTCAAATTAAAAACCAGACAGCTGCTCTTATCAGTGGCTTCCGTTCCATCATCAAGCCCGAG  2586

Query 2731  TGGATCCGAATGTTCTCAACTCCTGAACTGCAGCGTCTCATCTCTGGCGACAATGCTGAGATTGATCTGGAAGA  2804
            |||||||||||||||||.||.|||||.||.|||||.||||||||.||.|||||.||||||||.|||||||||||
Sbjct 2587  TGGATCCGAATGTTCTCTACCCCTGAGCTTCAGCGCCTCATCTCCGGGGACAACGCTGAGATAGATCTGGAAGA  2660

Query 2805  TTTAAAGAAGCACACAGTCTACTACGGTGGTTTCCATGGAAGTCACAGAGTCATCATCTGGCTCTGGGATATTC  2878
            .|||||||||||||||||.|||||||||||.||.|||||.||.|||||.|||||||||||||||||||||||.|
Sbjct 2661  CTTAAAGAAGCACACAGTGTACTACGGTGGCTTTCATGGGAGCCACAGGGTCATCATCTGGCTCTGGGATATCC  2734

Query 2879  TGGCCTCCGACTTCACACCGGATGAGAGAGCTATGTTTCTGAAGTTCGTGACCAGCTGCTCCAGACCCCCGCTC  2952
            ||||.|||||||||||.||.||.||.|||||.|||||.||||||||.|||||||||||||||.|.|||||||||
Sbjct 2735  TGGCTTCCGACTTCACGCCTGAAGAAAGAGCCATGTTCCTGAAGTTTGTGACCAGCTGCTCCCGGCCCCCGCTC  2808

Query 2953  CTGGGATTCGCCTACCTCAAGCCTCCATTCTCCATCCGCTGCGTGGAGGTGTCGGACGATCAGGACACCGGGGA  3026
            ||.|||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||.||.||.||.||.||||||||.|||||
Sbjct 2809  CTAGGATTCGCCTACCTCAAGCCTCCGTTCTCCATCCGCTGTGTGGAAGTATCAGATGACCAGGACACTGGGGA  2882

Query 3027  CACTCTGGGCAGCGTCCTCCGGGGCTTCTTCACCATCCGCAAGCGGGAGCCAGGCGGCCGCCTGCCCACCTCCT  3100
            .||.|||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||||.||.||.||||||||.||.|
Sbjct 2883  TACCCTGGGCAGCGTCCTCAGGGGCTTCTTCACCATCCGCAAGAGGGAGCCAGGGGGGCGTCTGCCCACATCTT  2956

Query 3101  CCACCTGCTTCAACCTGCTCAAGCTGCCCAACTACAGCAAGAAGAGCGTCCTCCGCGAGAAGCTGCGCTACGCC  3174
            ||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||.||.|||||.||.|||||.|||
Sbjct 2957  CCACTTGCTTCAACCTGCTTAAGCTGCCCAACTACAGCAAGAAGAGCGTACTGCGAGAGAAACTACGCTATGCC  3030

Query 3175  ATCAGCATGAACACGGGCTTTGAACTCTCC  3204
            |||||||||||||||||||||||.||||||
Sbjct 3031  ATCAGCATGAACACGGGCTTTGAGCTCTCC  3060