Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000481654
• Subject: XR_875823.2
• Aligned Length: 2566
• Identities: 1736
• Gaps: 573

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  CGCTGGTGTCGCGCTGCCGCTGGGAGGAAGCTCGGCCGCCTTGCCGGCCGAAAGCAGGCCGGAGCCCCGGTGGC  74

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct   75  TGGCCTGGCTTTCCCCGGGCGTGGGCGTGGGCGTGGGCGAAGGCGAAACAGCGGTCCCGCAGCGTCCGTCCAGG  148

Query    1  ----------------------------------------------------------------ATGAAAAAAC  10
                                                                            ||||||||||
Sbjct  149  CAGAAGCTTAGGTGCCGGGAGCAAAGAACGTAGGTACATCCAGTTCTCATTATGCATCAGAAAAATGAAAAAAC  222

Query   11  AGAGGAAAATTCTATGGAGGAAAGGAATCCACTTAGCCTTTTCTGAGAAATGGAATACTGGGTTTGGAGGCTTT  84
            |||.||||||||||||||.|||||||||.|||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||
Sbjct  223  AGAAGAAAATTCTATGGAAGAAAGGAATTCACTTAGCCTTTTCTGAGAAATGGAATGCTGGGTTTGGAAGCTTT  296

Query   85  AAGAAGTTTTATTTTCACCAACACTTGTGCATTCTGAAAGCTAAGCTGGGAAGGCCAGTTACTTGGAATAGACA  158
            ||||||||.||.||||.||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.|.||
Sbjct  297  AAGAAGTTCTACTTTCCCCAAAACTTGTGCTTTCTGAAAGCTAAGCTGGGAAGGCCAGTTGCTTGGCATCGGCA  370

Query  159  GTTGAGACATTTCCAGGGTAGAAAGAAAGCTCTTCAAATCCAGAAAACGTGGA-TCAAGGATGAACACCTTTGT  231
            |.|||..|||||||||.||   ||.||.|.||||||.|||||||||||.|||| |||| ||||.||...|||||
Sbjct  371  GGTGAAGCATTTCCAGTGT---AATAAGGGTCTTCACATCCAGAAAACATGGATTCAA-GATGTACCGTTTTGT  440

Query  232  GCTAAGACCAAGTTCAATG---TGGCTACTCAAAATGTTAGTACTTTGTCCTCTAAAGTGAAAAGAAAGGACGC  302
            .|.|||||.||||   .||   |||||||||||||||||||||||||||.|.|.||||||||||||||||||..
Sbjct  441  TCAAAGACAAAGT---CTGGACTGGCTACTCAAAATGTTAGTACTTTGTACCCCAAAGTGAAAAGAAAGGACAG  511

Query  303  TAAACACTTCATTTCCTCCTCAAAGACTCTCCTGAGACTCCAAGCAGAGAAGCTGTTGTCATCAGCAAAGAATT  376
            |||.|||||||||||||||||||.||.||||||||.||||||||||||.||..|..||||.||||||||||..|
Sbjct  512  TAAGCACTTCATTTCCTCCTCAAGGAGTCTCCTGAAACTCCAAGCAGATAAATTACTGTCTTCAGCAAAGAGCT  585

Query  377  CTGACCATGAATACTGCAGAGAGAAAAATCTCTTGAAGGCAGTTACTGACTTTCCATCAAATAGTGCTTTAGGT  450
            ..||||||.||||||||||||||||||..||..|||||||||.|.|||.|||..||.||||.|.||.|||||||
Sbjct  586  TGGACCATAAATACTGCAGAGAGAAAAGCCTTCTGAAGGCAGCTCCTGGCTTGTCAGCAAACACTGTTTTAGGT  659

Query  451  CAG-GCCAATGGTCACAGACCTAGGACAGACCCACAACCTTCTGACTTTCCCATGAAGTTCAATGGGGAGAGCC  523
             || ||||||||||||..|||||..||||||||||||.||||.|||||||||||||||||||.|||||||||||
Sbjct  660  -AGAGCCAATGGTCACGAACCTACCACAGACCCACAAGCTTCAGACTTTCCCATGAAGTTCAGTGGGGAGAGCC  732

Query  524  AAAGTCCAGGTGAGAGTGGCACGATTGTGGTCACCTTGAACAACCATAAGAGAAAGGGCTTTTGTTACGGCTGC  597
            |||||||||||||.|||||||.||.||||||   |||||||||.|||   ||||||.|..|||||.|.||||||
Sbjct  733  AAAGTCCAGGTGACAGTGGCAAGACTGTGGT---CTTGAACAAACAT---AGAAAGCGAGTTTGTCATGGCTGC  800

Query  598  TGCCAAGGGCCGGAGCACCACAGGAATGGGGGACCCTTGATTCCAAAAAAGTTCCAACTTAACCAACATAGAAG  671
            |.||||||||..||||||||||||||..||.|||||.||||||||||..|||||||.|||||||||||..||||
Sbjct  801  TACCAAGGGCTAGAGCACCACAGGAACAGGAGACCCCTGATTCCAAAGCAGTTCCAGCTTAACCAACACCGAAG  874

Query  672  GATAAAATTATCTCCTCTTATGATGTATGAGAAATTATCCATGATTAGATTTCGGTACAGGATTCTCAGATCCC  745
            ..|.|   .|.|..||||.|||||||||||||||.||||||||||||||||||||||.||||||.|||||||||
Sbjct  875  AGTCA---GAGCGTCTCTGATGATGTATGAGAAACTATCCATGATTAGATTTCGGTATAGGATTTTCAGATCCC  945

Query  746  AGCACTTCAGAACCAAAAGCAAGGTTTGCAAGCTAAGAAAAGCCCAGCGAAGCTGGGTACAGAAAGTCACTGGG  819
            |||||||||||||.|||||||..|||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||||.|||||||||
Sbjct  946  AGCACTTCAGAACGAAAAGCAGAGTTTGCAAGCTAAGAAAGGCCCAGCGAAGTTGGGTACAGAAGGTCACTGGG  1019

Query  820  GACCATCAAGAGACCCGTAGGG---AGAACGGTGAGGGTGGCAGTTGCAGCCCATTTCCTTCCCCAGAACCTAA  890
            |||||||||||||.||.|||||   |.|||..||||||||.||.|||||..|||.|.|||||||.|||||||||
Sbjct 1020  GACCATCAAGAGAACCTTAGGGATAATAACACTGAGGGTGACAATTGCAATCCAGTCCCTTCCCTAGAACCTAA  1093

Query  891  AGACCCTTCTTGTCGGCATCAGCCGTACTTTCCAGATATGGACAGCAGTGCTGTGGTGAAGGGGACGAACTCTC  964
            |||   |.||||||||..||||||.|||||||||||.|||||||||||||||||||.||||||.|..||||.||
Sbjct 1094  AGA---TCCTTGTCGGTGTCAGCCATACTTTCCAGACATGGACAGCAGTGCTGTGGGGAAGGGAAAAAACTGTC  1164

Query  965  ATGTGCCTGATTGCCACACTAAAGGAAGCTCTTTCTTGGGCAAGGAGCTTAGTTTAGACGAAGCATTCCCTGAC  1038
            |.|||||||||.|.||||||||||.||.|.||.|.||||.||||||||.|.|||||||.||..|||||||||||
Sbjct 1165  ACGTGCCTGATGGTCACACTAAAGAAAACCCTGTATTGGACAAGGAGCATGGTTTAGATGACACATTCCCTGAC  1238

Query 1039  CAACAGAATGGCAGTGCCACAAACGCCTGGGACCAGTCATCCTGTTCTTCTCCTAAGTGGGAGTGTACAGAGCT  1112
            ||.|||||||||.|||...||.||...|||||||||||||||   ||||.||||||||||||.||||||||||.
Sbjct 1239  CAGCAGAATGGCTGTGTTGCATACAATTGGGACCAGTCATCC---TCTTGTCCTAAGTGGGAATGTACAGAGCA  1309

Query 1113  GATTCATGACATCCCCTTACCAGAACATCGTTCTAATACCATGTTCATTTCAGAAACTGAAAGAGAAATTATGA  1186
            .||||||||.|||||.|||...|||||||.|||||.|..||.||||..|.|||||||||||||||.|.|||||.
Sbjct 1310  AATTCATGAAATCCCTTTAATGGAACATCCTTCTAGTGACAAGTTCTCTCCAGAAACTGAAAGAGCACTTATGG  1383

Query 1187  CTCTGGGTCAGGAAAATCAGACAAGTTCTGTCAGTGATGACAGAGTAAAACTGTCAGTGTCTGGAGCAGATACA  1260
            |.|||||||||||||....|||||||.|||||||.||||||||||..||||||.||||||||||||||||.|.|
Sbjct 1384  CGCTGGGTCAGGAAAGCGGGACAAGTGCTGTCAGCGATGACAGAGAGAAACTGCCAGTGTCTGGAGCAGACAAA  1457

Query 1261  TCTGTGAGTAGCGTAGATGGGCCTGTGTCCCAAAAGGCTGTTCAAAATGAGAACTCATACCAGATGGAGGAGGA  1334
            |||||||||||.|||||.|||||||||||..|..||.|||..||.|||||||||   |.|||||||||||||||
Sbjct 1458  TCTGTGAGTAGTGTAGACGGGCCTGTGTCTGAGGAGCCTGCCCAGAATGAGAAC---TTCCAGATGGAGGAGGA  1528

Query 1335  TGGATCTCTCAAGCAGAGCATTCTTAGTTCTGAGTTGCTGGACCACCCTTACTGTAAAAGTCCACTGGAGGCTC  1408
            |||.|||||.|||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||
Sbjct 1529  TGGGTCTCTGAAGCAGAGCATTCTTAGTTCTAAGCTGCTGGACCACCCTTACTGTAAAAGTCCACTGGATGCTC  1602

Query 1409  CCTTGGTGTGCAGTGGACTCAAACTAGAAAATCAAGTAGGAGGTGGAAAGAACAGTCAGAAAGCCTCTCCAGTG  1482
            |||||.|||||||||.||.||||.|||||||.|||.|...||||||.||||.|||.||||.|||.|||||||||
Sbjct 1603  CCTTGCTGTGCAGTGAACCCAAAGTAGAAAACCAAATGTCAGGTGGCAAGAGCAGCCAGACAGCGTCTCCAGTG  1676

Query 1483  GATGATGAACAGCTGTCAGTCTGTCTTTCTGGATTCCTAGATGAGGTTATGAAGAAGTATGGCAGTTTGGTTCC  1556
            ||||||||.|||||.|||..|||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||.||||.||
Sbjct 1677  GATGATGAGCAGCTCTCAACCTGCCTTTCTGGATTCCTAGATGAGGTTATGAAAAAGTATGGAAGTCTGGTCCC  1750

Query 1557  ACTCAGTGAAAAAGAAGTCCTTGGAAGATTAAAAGATGTCTTTAATGAAGACTTTTCTAATAGAAAACCATTTA  1630
            |||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct 1751  ACTCAGTGAAAAAGATGTCCTTGGGAGATTAAAAGATGTCTTTAATGAAGACTTTTCTAATAGAAAACCATTCA  1824

Query 1631  TCAATAGGGAAATAACAAACTATCGGGCCAGACATCAAAAATGTAACTTCCGTATCTTCTATAATAAACACATG  1704
            ||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||.|||||.||||||
Sbjct 1825  TCAATAGGGAAATAACAAACTACCGGGCCAGACATCAAAAGTGTAACTTCCGCATCTTCTACAATAAGCACATG  1898

Query 1705  CTGGATATGGACGACCTGGCGACTCTGGATGGTCAGAACTGGCTGAATGACCAGGTCATTAATATGTATGGTGA  1778
            ||||||||||||||.|||||.|||.|||||||.|||||||||.|||||||||||||.||||||||||||||.||
Sbjct 1899  CTGGATATGGACGATCTGGCAACTTTGGATGGGCAGAACTGGTTGAATGACCAGGTTATTAATATGTATGGCGA  1972

Query 1779  GCTGATAATGGATGCAGTCCCAGACAAAGTTCACTTCTTCAACAGCTTTTTTCATAGACAGCTGGTAACCAAAG  1852
            |||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct 1973  GCTGATAATGGATGCAGTCCCAGACAAGGTCCACTTCTTCAACAGCTTTTTCCATAGACAGCTGGTAACCAAAG  2046

Query 1853  GATATAATGGAGTAAAAAGATGGACTAAAAAG------------------------------------------  1884
            |.|||||||||||.|||||||||||.||.|||                                          
Sbjct 2047  GCTATAATGGAGTTAAAAGATGGACGAAGAAGGTATTCTGTCTCCCTTTGTACTGAATTTGAAGTAGATAACCT  2120

Query 1885  ---------------------------------------GTGGATTTGTTTAAAAAGAGTCTTCTGTTGATTCC  1919
                                                   |||||.|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2121  ACTCTTGGTGGGAAGATTGGAAATTCCTGATATTGTGGTGTGGACTTGTTTAAAAAGAGTCTTCTGTTGATTCC  2194

Query 1920  TATTCACCTGGAAGTCCACTGGTCTCTCATTACTGTGACACTCTCTAATCGAATTATTTCATTTTATGATTCCC  1993
            .||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.|..||.||||||||||||||||||||||
Sbjct 2195  CATCCACCTGGAGGTCCACTGGTCTCTCATTACTGTGACACTCTCCAGCCGGATTATTTCATTTTATGATTCCC  2268

Query 1994  AAGGCATTCATTTTAAGTTTTGTGTAGAGAATATAAGAAAGTATTTGCTGACTGAAGCCAGAGAAAAAAATAGA  2067
            ||||||||||||||||.||.||||||                                                
Sbjct 2269  AAGGCATTCATTTTAAATTCTGTGTA------------------------------------------------  2294

Query 2068  CCTGAATTTCTTCAGGGTTGGCAGACTGCTGTTACGAAGTGTATTCCACAACAGAAAAACGACAGTGACTGTGG  2141
                                                                                      
Sbjct 2295  --------------------------------------------------------------------------  2294

Query 2142  AGTCTTTGTGCTCCAGTACTGCAAGTGCCTCGCCTTAGAGCAGCCTTTCCAGTTTTCACAAGAAGACATGCCCC  2215
                                                                                      
Sbjct 2295  --------------------------------------------------------------------------  2294

Query 2216  GAGTGCGGAAGAGGATTTACAAGGAGCTATGTGAGTGCCGGCTCATGGAC  2265
                                                              
Sbjct 2295  --------------------------------------------------  2294