Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000487955
• Subject: NM_001300966.2
• Aligned Length: 2853
• Identities: 2271
• Gaps: 582

Alignment

Query    1  ATGGCGACGGGAACGGGCAAACACAAGCTGCTAAGCACTGGCCCCACAGAGCCATGGTCCATCCGAGAGAAGCT  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  ATGTTTAGCATCTTCTGTCATGAGAAGTGGCGATCAAAATTGGGTATCAGTTAGCAGAGCAATCAAGCCCTTTG  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  CAGAACCTGGCCGCCCTCCAGACTGGTTCTCTCAAAAACATTGTGCTTCCCAGTACTCGGAGCTTTTAGAGACC  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  ACTGAGACACCAAAACGGAAACGAGGTGAAAAGGGAGAAGTGGTGGAAACTGTTGAAGATGTTATTGTTCGGAA  296
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  297  ATTGACTGCTGAGCGAGTTGAAGAACTAAAGAAAGTGATAAAGGAAACCCAGGAGAGATATAGACGGCTAAAGA  370
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  371  GAGATGCAGAACTAATTCAAGCTGGACACATGGACAGCAGACTGGATGAGCTTTGCAATGACATTGCAACGAAA  444
                                                         ||||||||||||||||||||     ||||
Sbjct    1  ---------------------------------------------ATGAGCTTTGCAATGACATT-----GAAA  24

Query  445  AAGAAATTGGAAGAAGAGGAGGCTGAAGTAAAGAGGAAGGCTACAGATGCTGCATACCAGGCTCGTCAAGCAGT  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   25  AAGAAATTGGAAGAAGAGGAGGCTGAAGTAAAGAGGAAGGCTACAGATGCTGCATACCAGGCTCGTCAAGCAGT  98

Query  519  AAAAACACCCCCCCGGAGGTTACCCACTGTGATGGTTCGCTCTCCTATAGATTCTGCCTCCCCAGGAGGTGATT  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   99  AAAAACACCCCCCCGGAGGTTACCCACTGTGATGGTTCGCTCTCCTATAGATTCTGCCTCCCCAGGAGGTGATT  172

Query  593  ATCCACTTGGGGACTTGACTCCAACCACTATGGAAGAGGCTACCTCTGGGGTAACCCCCGGGACTTTGCCGAGT  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  173  ATCCACTTGGGGACTTGACTCCAACCACTATGGAAGAGGCTACCTCTGGGGTAACCCCCGGGACTTTGCCGAGT  246

Query  667  ACCCCAGTCACCTCGTTTCCTGGGATTCCTGACACCCTTCCTCCAGGCTCTGCACCCTTAGAAGCCCCCATGAC  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  247  ACCCCAGTCACCTCGTTTCCTGGGATTCCTGACACCCTTCCTCCAGGCTCTGCACCCTTAGAAGCCCCCATGAC  320

Query  741  CCCAGTAACAGATGATTCACCCCAGAAAAAGATGCTTGGACAGAAAGCAACTCCACCCCCCTCCCCTCTGCTGT  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  321  CCCAGTAACAGATGATTCACCCCAGAAAAAGATGCTTGGACAGAAAGCAACTCCACCCCCCTCCCCTCTGCTGT  394

Query  815  CAGAGCTCTTGAAGAAGGGCAGCCTCCTGCCTACTAGCCCCAGACTGGTCAATGAGAGTGAAATGGCTGTGGCT  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  395  CAGAGCTCTTGAAGAAGGGCAGCCTCCTGCCTACTAGCCCCAGACTGGTCAATGAGAGTGAAATGGCTGTGGCT  468

Query  889  TCTGGCCACCTGAACAGTACAGGTGTCCTCCTGGAGGTAGGCGGGGTCCTTCCCATGATACATGGTGGGGAGAT  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  469  TCTGGCCACCTGAACAGTACAGGTGTCCTCCTGGAGGTAGGCGGGGTCCTTCCCATGATACATGGTGGGGAGAT  542

Query  963  ACAGCAAACACCCAATACTGTTGCAGCCTCCCCTGCTGCATCAGGTGCTCCCACTCTTTCCCGGCTTTTAGAAG  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                                
Sbjct  543  ACAGCAAACACCCAATACTGTTGCAGCCTCCCCTGCTGCATC--------------------------------  584

Query 1037  CTGGTCCTACACAGTTCACCACACCTCTTGCTTCCTTCACTACTGTTGCCAGTGAGCCTCCAGTTAAACTTGTG  1110
                                                                                      
Sbjct  585  --------------------------------------------------------------------------  584

Query 1111  CCACCCCCTGTAGAGTCTGTGTCCCAAGCTACCATTGTCATGATGCCTGCGCTGCCAGCACCATCCTCTGCTCC  1184
                       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  585  -----------AGAGTCTGTGTCCCAAGCTACCATTGTCATGATGCCTGCGCTGCCAGCACCATCCTCTGCTCC  647

Query 1185  GGCTGTCTCCACTACTGAAAGTGTAGCTCCAGTGAGTCAACCCGACAACTGTGTTCCCATGGAGGCTGTGGGGG  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  648  GGCTGTCTCCACTACTGAAAGTGTAGCTCCAGTGAGTCAACCCGACAACTGTGTTCCCATGGAGGCTGTGGGGG  721

Query 1259  ATCCACATACTGTGACTGTTTCCATGGACAGCAGTGAAATATCCATGATCATCAATTCTATCAAAGAAGAGTGT  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  722  ATCCACATACTGTGACTGTTTCCATGGACAGCAGTGAAATATCCATGATCATCAATTCTATCAAAGAAGAGTGT  795

Query 1333  TTTCGATCAGGGGTAGCAGAGGCTCCTGTTGGATCAAAGGCTCCCAGCATAGATGGGAAGGAAGAATTAGATCT  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  796  TTTCGATCAGGGGTAGCAGAGGCTCCTGTTGGATCAAAGGCTCCCAGCATAGATGGGAAGGAAGAATTAGATCT  869

Query 1407  GGCTGAGAAGATGGATATTGCTGTGTCTTACACAGGTGAAGAGCTGGATTTTGAGACTGTTGGAGACATCATTG  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  870  GGCTGAGAAGATGGATATTGCTGTGTCTTACACAGGTGAAGAGCTGGATTTTGAGACTGTTGGAGACATCATTG  943

Query 1481  CCATCATTGAGGACAAGGTAGATGATCATCCTGAAGTGCTGGATGTGGCAGCAGTGGAAGCAGCACTGTCATTT  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  944  CCATCATTGAGGACAAGGTAGATGATCATCCTGAAGTGCTGGATGTGGCAGCAGTGGAAGCAGCACTGTCATTT  1017

Query 1555  TGTGAAGAAAATGATGATCCTCAGTCCCTGCCTGGCCCCTGGGAGCATCCTATCCAGCAGGAGCGGGACAAGCC  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1018  TGTGAAGAAAATGATGATCCTCAGTCCCTGCCTGGCCCCTGGGAGCATCCTATCCAGCAGGAGCGGGACAAGCC  1091

Query 1629  AGTACCTCTCCCTGCACCAGAAATGACGGTCAAGCAAGAGAGACTGGACTTTGAGGAAACGGAAAACAAGGGAA  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1092  AGTACCTCTCCCTGCACCAGAAATGACGGTCAAGCAAGAGAGACTGGACTTTGAGGAAACGGAAAACAAGGGAA  1165

Query 1703  TACATGAACTGGTGGACATCAGGGAGCCCAGTGCAGAGATCAAGGTGGAACCTGCAGAACCAGAGCCAGTCATT  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1166  TACATGAACTGGTGGACATCAGGGAGCCCAGTGCAGAGATCAAGGTGGAACCTGCAGAACCAGAGCCAGTCATT  1239

Query 1777  TCAGGAGCCGAAATAGTAGCTGGAGTTGTTCCAGCCACAAGTATGGAGCCACCAGAACTCAGGAGTCAGGACTT  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1240  TCAGGAGCCGAAATAGTAGCTGGAGTTGTTCCAGCCACAAGTATGGAGCCACCAGAACTCAGGAGTCAGGACTT  1313

Query 1851  AGATGAGGAACTGGGAAGTACTGCAGCTGGAGAGATTGTTGAAGCAGATGTTGCCATTGGGAAAGGCGATGAGA  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1314  AGATGAGGAACTGGGAAGTACTGCAGCTGGAGAGATTGTTGAAGCAGATGTTGCCATTGGGAAAGGCGATGAGA  1387

Query 1925  CTCCACTTACAAATGTGAAGACAGAGGCATCCCCTGAAAGCATGTTGTCTCCATCACATGGCTCAAATCCCATT  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1388  CTCCACTTACAAATGTGAAGACAGAGGCATCCCCTGAAAGCATGTTGTCTCCATCACATGGCTCAAATCCCATT  1461

Query 1999  GAAGATCCTTTAGAGGCAGAGACTCAGCACAAGTTTGAAATGTCAGACTCATTGAAAGAAGAATCAGGGACTAT  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1462  GAAGATCCTTTAGAGGCAGAGACTCAGCACAAGTTTGAAATGTCAGACTCATTGAAAGAAGAATCAGGGACTAT  1535

Query 2073  TTTTGGAAGCCAGATAAAGGATGCCCCAGGTGAGGATGAGGAGGAAGATGGTGTCAGTGAAGCGGCCAGCCTAG  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1536  TTTTGGAAGCCAGATAAAGGATGCCCCAGGTGAGGATGAGGAGGAAGATGGTGTCAGTGAAGCGGCCAGCCTAG  1609

Query 2147  AGGAGCCTAAGGAAGAGGATCAAGGAGAAGGCTACTTGTCAGAAATGGATAATGAACCTCCTGTGAGCGAGAGT  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1610  AGGAGCCTAAGGAAGAGGATCAAGGAGAAGGCTACTTGTCAGAAATGGATAATGAACCTCCTGTGAGCGAGAGT  1683

Query 2221  GATGATGGCTTCAGCATACACAATGCTACACTGCAGTCACACACACTGGCAGACTCCATCCCCAGCAGCCCTGC  2294
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1684  GATGATGGCTTCAGCATACACAATGCTACACTGCAGTCACACACACTGGCAGACTCCATCCCCAGCAGCCCTGC  1757

Query 2295  TTCTTCACAGTTCTCTGTCTGTAGTGAGGATCAGGAAGCTATTCAGGCACAGAAAATTTGGAAGAAAGCCATCA  2368
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1758  TTCTTCACAGTTCTCTGTCTGTAGTGAGGATCAGGAAGCTATTCAGGCACAGAAAATTTGGAAGAAAGCCATCA  1831

Query 2369  TGCTTGTATGGAGAGCTGCAGCTAATCATAGGTATGCCAATGTCTTCCTGCAGCCTGTTACAGATGACATAGCA  2442
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1832  TGCTTGTATGGAGAGCTGCAGCTAATCATAGGTATGCCAATGTCTTCCTGCAGCCTGTTACAGATGACATAGCA  1905

Query 2443  CCTGGCTACCACAGCATTGTGCAGAGGCCTATGGATTTGTCAACTATTAAGAAAAACATAGAAAATGGACTGAT  2516
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1906  CCTGGCTACCACAGCATTGTGCAGAGGCCTATGGATTTGTCAACTATTAAGAAAAACATAGAAAATGGACTGAT  1979

Query 2517  CCGAAGCACAGCTGAATTTCAGCGTGACATTATGCTGATGTTTCAGAATGCTGTAATGTACAATAGCTCAGACC  2590
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1980  CCGAAGCACAGCTGAATTTCAGCGTGACATTATGCTGATGTTTCAGAATGCTGTAATGTACAATAGCTCAGACC  2053

Query 2591  ATGATGTCTATCACATGGCAGTGGAGATGCAGCGAGATGTCTTGGAACAGATCCAGCAATTCTTGGCCACGCAG  2664
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2054  ATGATGTCTATCACATGGCAGTGGAGATGCAGCGAGATGTCTTGGAACAGATCCAGCAATTCTTGGCCACGCAG  2127

Query 2665  TTGATTATGCAAACATCCGAGTCTGGGATCAGTGCTAAAAGTCTTCGAGGGAGAGATTCTACCCGCAAACAGGA  2738
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2128  TTGATTATGCAAACATCCGAGTCTGGGATCAGTGCTAAAAGTCTTCGAGGGAGAGATTCTACCCGCAAACAGGA  2201

Query 2739  TGCTTCAGAGAAGGACAGTGTCCCAATGGGCTCTCCTGCCTTCCTTCTCTCTCTCTTTGATGGAGGAACCAGGG  2812
            |||||||||||||                                             ||||||||||||||||
Sbjct 2202  TGCTTCAGAGAAG---------------------------------------------GATGGAGGAACCAGGG  2230

Query 2813  GACGCCGCTGTGCCATTGAAGCAGATATGAAGATGAAAAAG  2853
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2231  GACGCCGCTGTGCCATTGAAGCAGATATGAAGATGAAAAAG  2271