Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000487955
• Subject: XM_006526354.3
• Aligned Length: 2886
• Identities: 2579
• Gaps: 57

Alignment

Query    1  ATGGCGACGGGAACGGGCAAACACAAGCTGCTAAGCACTGGCCCCACAGAGCCATGGTCCATCCGAGAGAAGCT  74
            ||||||||.||.||.|||||.|||||||||||.||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct    1  ATGGCGACCGGGACAGGCAAGCACAAGCTGCTGAGTACTGGCCCAACAGAGCCATGGTCCATCCGAGAGAAGTT  74

Query   75  ATGTTTAGCATCTTCTGTCATGAGAAGTGGCGATCAAAATTGGGTATCAGTTAGCAGAGCAATCAAGCCCTTTG  148
            .|||||||||||||||||||||||.|||||.|||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  GTGTTTAGCATCTTCTGTCATGAGGAGTGGGGATCAGAACTGGGTATCAGTTAGCAGAGCAATCAAGCCCTTTG  148

Query  149  CAGAACCTGGCCGCCCTCCAGACTGGTTCTCTCAAAAACATTGTGCTTCCCAGTACTCGGAGCTTTTAGAGACC  222
            |||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.|||||.||||||||.
Sbjct  149  CAGAACCTGGCCGGCCTCCAGACTGGTTCTCTCAAAAACATTGTGCTTCTCAGTATTCTGAGCTCTTAGAGACT  222

Query  223  ACTGAGACACCAAAACGGAAACGAGGTGAAAAGGGAGAAGTGGTGGAAACTGTTGAAGATGTTATTGTTCGGAA  296
            ||||||||.||||||||||||||.||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct  223  ACTGAGACTCCAAAACGGAAACGGGGTGAAAAAGGAGAAGTGGTAGAAACTGTTGAAGATGTTATTGTTCGCAA  296

Query  297  ATTGACTGCTGAGCGAGTTGAAGAACTAAAGAAAGTGATAAAGGAAACCCAGGAGAGATATAGACGGCTAAAGA  370
            |.|||||||||||.|||||||||||||.||||||||.||||||||.||.|||||||||||.||.||.||.||.|
Sbjct  297  ACTGACTGCTGAGAGAGTTGAAGAACTGAAGAAAGTCATAAAGGAGACACAGGAGAGATACAGGCGTCTGAAAA  370

Query  371  GAGATGCAGAACTAATTCAAGCTGGACACATGGACAGCAGACTGGATGAGCTTTGCAATGACATTGCAACGAAA  444
            ||||||||||||||||.|||||.||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||.||||
Sbjct  371  GAGATGCAGAACTAATCCAAGCCGGGCACATGGACAGCAGACTGGATGAGCTCTGCAATGACATTGCAATGAAA  444

Query  445  AAGAAATTGGAAGAAGAGGAGGCTGAAGTAAAGAGGAAGGCTACAGATGCTGCATACCAGGCTCGTCAAGCAGT  518
            ||||||||||||||.||.||||||||||||||.||||||||.||.||||||||.||||||||.||.||||||||
Sbjct  445  AAGAAATTGGAAGAGGAAGAGGCTGAAGTAAAAAGGAAGGCCACCGATGCTGCGTACCAGGCGCGACAAGCAGT  518

Query  519  AAAAACACCCCCCCGGAGGTTACCCACTGTGATGGTTCGCTCTCCTATAGATTCTGCCTCCCCAGGAGGTGATT  592
            .|||||.||.||.||.||||||||.|||||||||||.|||||||||.||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  GAAAACGCCTCCTCGAAGGTTACCGACTGTGATGGTCCGCTCTCCTGTAGACTCTGCCTCCCCAGGAGGTGATT  592

Query  593  ATCCACTTGGGGACTTGACTCCAACCACTATGGAAGAGGCTACCTCTGGGGTAACCCCCGGGACTTTGCCGAGT  666
            |.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||
Sbjct  593  ACCCACTTGGAGACTTGACTCCAACCACTATGGAAGAGGCTACCTCTGGGGTAACCCCTGGGACTTTGCCGAGT  666

Query  667  ACCCCAGTCACCTCGTTTCCTGGGATTCCTGACACCCTTCCTCCAGGCTCTGCACCCTTAGAAGCCCCCATGAC  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  ACCCCAGTCACCTCGTTTCCTGGGATTCCTGACACCCTTCCTCCAGGCTCTGCACCCTTAGAAGCCCCCATGAC  740

Query  741  CCCAGTAACAGATGATTCACCCCAGAAAAAGATGCTTGGACAGAAAGCAACTCCACCCCCCTCCCCTCTGCTGT  814
            ||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  CCCAATAACAGATGATTCACCCCAGAAAAAGATGCTTGGACAGAAAGCAACTCCACCCCCCTCCCCTCTGCTGT  814

Query  815  CAGAGCTCTTGAAGAAGGGCAGCCTCCTGCCTACTAGCCCCAGACTGGTCAATGAGAGTGAAATGGCTGTGGCT  888
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||.||||..|.
Sbjct  815  CAGAGCTCTTGAAGAAGGGCAGCCTCCTGCCTACTAGCCCCAGACTGGTGAATGAGAGTGAAATGCCTGTACCC  888

Query  889  TCTGGCCACCTGAACAGTACAGGTGTCCTCCTGGAGGTAGGCGGGGTCCTTCCCATGATACATGGTGGGGAGAT  962
            .|||||||.||||||||.|||||.||.|||.||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  CCTGGCCATCTGAACAGCACAGGGGTTCTCTTGGAGGTAGGAGGGGTTCTTCCCATGATACATGGTGGGGAGAT  962

Query  963  ACAGCAAACACCCAATACTGTTGCAGCCTCCCCTGCTGCATCAGGTGCTCCCACTCTTTCCCGGCTTTTAGAAG  1036
            |||||.||||.|||.|.||||.||.||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  ACAGCCAACAACCAGTGCTGTGGCGGCCTCCCCGGCTGCCTCAGGTGCTCCCACTCTTTCCCGGCTTTTAGAAG  1036

Query 1037  CTGGTCCTACACAGTTCACCACACCTCTTGCTTCCTTCACTACTGTTGCCAGTGAGCCTCCAGTTAAACTTGTG  1110
            ||||.||.||||||||||||||.||||||.||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||
Sbjct 1037  CTGGGCCCACACAGTTCACCACTCCTCTTCCTTCCTTCACTACTGTTGCCAGTGAGCCGCCAGTTAAGCTTGTG  1110

Query 1111  CCACCCCCTGTAGAGTCTGTGTCCCAAGCTACCATTGTCATGATGCCTGCGCTGCCAGCACCATCCTCTGCTCC  1184
            ||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct 1111  CCACCCCCTGTAGAGTCTGTGTCCCAGGCTACCATTGTCATGATGCCCGCGCTGCCAGCACCATCCTCTGCTGC  1184

Query 1185  GGCTGTCTCCACTACTGAAAGTGTAGCTCCAGTGAGTCAACCCGACAACTGTGTTCCCATGGAGGCTGTGGGGG  1258
            |||||||||||||.|||||||||.||||||||||||.||.||.||...||||||.|||.||||.||||||||||
Sbjct 1185  GGCTGTCTCCACTTCTGAAAGTGGAGCTCCAGTGAGCCAGCCTGAGCCCTGTGTACCCCTGGAAGCTGTGGGGG  1258

Query 1259  ATCCACATACTGTGACTGTTTCCATGGACAGCAGTGAAATATCCATGATCATCAATTCTATCAAAGAAGAGTGT  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||.||||.||||||.|||||||||||.|||||.|||||||||||||||
Sbjct 1259  ATCCACATACTGTGACTGTTTCCATGGATAGCAATGAAATCTCCATGATCATTAATTCCATCAAAGAAGAGTGT  1332

Query 1333  TTTCGATCAGGGGTAGCAGAGGCTCCTGTTGGATCAAAGGCTCCCAGCATAGATGGGAAGGAAGAATTAGATCT  1406
            ||.||.||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||.|||||
Sbjct 1333  TTCCGCTCAGGGGTAGCAGAGGCTCCTGGTGGATCAAAGGCTCCAAGCATAGATGGGAAGGAAGACTTGGATCT  1406

Query 1407  GGCTGAGAAGATGGATATTGCTGTGTCTTACACAGGTGAAGAGCTGGATTTTGAGACTGTTGGAGACATCATTG  1480
            .||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||.|||||.||.||||||||||||||||
Sbjct 1407  AGCGGAGAAGATGGATATTGCTGTGTCTTACACAGGTGAAGAGTTGGACTTTGAAACAGTTGGAGACATCATTG  1480

Query 1481  CCATCATTGAGGACAAGGTAGATGATCATCCTGAAGTGCTGGATGTGGCAGCAGTGGAAGCAGCACTGTCATTT  1554
            |||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||.||.|||||.||..|.||.||.
Sbjct 1481  CCATCATTGAGGACAAGGTGGATGATCACCCTGAAGTGCTGGATGTGGCAGCGGTAGAAGCGGCGTTATCGTTC  1554

Query 1555  TGTGAAGAAAATGATGATCCTCAGTCCCTGCCTGGCCCCTGGGAGCATCCTATCCAGCAGGAGCGGGACAAGCC  1628
            ||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||
Sbjct 1555  TGTGAAGAGAATGATGACCCTCAGTCCCTGCCTGGCCCCTGGGAGCACCCTATCCAGCAGGAGCGCGACAAGCC  1628

Query 1629  AGTACCTCTCCCTGCACCAGAAATGACGGTCAAGCAAGAGAGACTGGACTTTGAGGAAACGGAAAACAAGGGAA  1702
            |||||||||.||.||||||||.|||||.|||||.||||||||.||.|||||.||||||.|.||||||||.||..
Sbjct 1629  AGTACCTCTGCCAGCACCAGAGATGACAGTCAAACAAGAGAGGCTAGACTTCGAGGAATCAGAAAACAAAGGGC  1702

Query 1703  TACATGAACTGGTGGACATCAGGGAGCCCAGTGCAGAGATCAAGGTGGAACCTGCAGAACCAGAGCCAGTCATT  1776
            |.|||||.|||||||||||||||||..||.|||..|||||.|||||||||||..||||.||||||||||.|||.
Sbjct 1703  TCCATGACCTGGTGGACATCAGGGATTCCGGTGTTGAGATTAAGGTGGAACCCACAGAGCCAGAGCCAGGCATG  1776

Query 1777  TCAGGAGCCGAAATAGTAGCTGGAGTTGTTCCAGCCACAAGTATGGAGCCACCAGAACTCAGGAGTCAGGACTT  1850
            ||.||.||.||.||||||||||||||||.|||||...|||||||||||||||||||||||||||||||.||||.
Sbjct 1777  TCTGGGGCTGAGATAGTAGCTGGAGTTGGTCCAGTTCCAAGTATGGAGCCACCAGAACTCAGGAGTCAAGACTC  1850

Query 1851  AGATGAGGAACTGGGAAGTACTGCAGCTGGAGAGATTGTTGAAGCAGATGTTGCCATTGGGAAAGGCGATGAGA  1924
            ||||||.||||...|||||.|||||||||||||.||||.|||.|||||||.|.|||.|||||||||||||||||
Sbjct 1851  AGATGAAGAACCTAGAAGTTCTGCAGCTGGAGACATTGGTGAGGCAGATGGTTCCAGTGGGAAAGGCGATGAGA  1924

Query 1925  CTCCACTTACAAATGTGAAGACAGAGGCATCCCCTGAAAGCATGTTGTCTCCATCACATGGCTCAAATCCCATT  1998
            ..||||||.||..||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||..|||
Sbjct 1925  GGCCACTTTCAGCTGTGAAGACAGAGGCATCCCCTGAGAGCATGTTGTCTCCATCACATGGCTCAAATCTTATT  1998

Query 1999  GAAGATCCTTTAGAGGCAGAGACTCAGCACAAGTTTGAAATGTCAGACTCATTGAAAGAAGAATCAGGGACTAT  2072
            ||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1999  GAAGATCCTTTAGAGGCAGAGACTCAACACAAGTTTGAAATGTCAGACTCATTGAAAGAAGAATCAGGGACTAT  2072

Query 2073  TTTTGGAAGCCAGATAAAGGATGCCCCAGGTGAGGATGAGGAGGAAGATGGTGTCAGTGAAGCGGCCAGCCTAG  2146
            |||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||.|||||||||||.||.|||||||
Sbjct 2073  TTTTGGAAGCCAGATAAAGGATGCCCCAGGTGACGATGAGGAAGAAGATGGAGTCAGTGAAGCAGCTAGCCTAG  2146

Query 2147  AGGAGCCTAAGGAAGAGGATCAAGGAGAAGGCTACTTGTCAGAAATGGATAATGAACCTCCTGTGAGCGAGAGT  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.|||||||||||.||.||||||||.||||||
Sbjct 2147  AGGAGCCTAAGGAAGAGGATCAAGGAGAAGGCTATTTGTCTGAGATGGATAATGAGCCCCCTGTGAGTGAGAGT  2220

Query 2221  GATGATGGCTTCAGCATACACAATGCTACACTGCAGTCACACACACTGGCAGACTCCATCCCCAGCAGCCCTGC  2294
            |||||||||||.||.|||||.||.||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||
Sbjct 2221  GATGATGGCTTTAGTATACATAACGCCACACTGCAGTCACACACTCTGGCAGACTCCATCCCAAGCAGCCCTGC  2294

Query 2295  TTCTTCACAGTTCTCTGTCTGTAGTGAGGATCAGGAAGCTATTCAGGCACAGAAAATTTGGAAGAAAGCCATCA  2368
            .||.||.|||||.||.||.||.|||||.|||||.|||||.||||||||.||||||||.||||||||||||||||
Sbjct 2295  CTCCTCCCAGTTTTCCGTGTGCAGTGAAGATCAAGAAGCAATTCAGGCTCAGAAAATATGGAAGAAAGCCATCA  2368

Query 2369  TGCTTGTATGGAGAGCTGCAGCTAATCATAGGTATGCCAATGTCTTCCTGCAGCCTGTTACAGATGACATAGCA  2442
            |||||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||.
Sbjct 2369  TGCTTGTATGGAGGGCTGCAGCAAATCATAGGTATGCCAATGTGTTCCTGCAACCTGTTACAGATGACATAGCT  2442

Query 2443  CCTGGCTACCACAGCATTGTGCAGAGGCCTATGGATTTGTCAACTATTAAGAAAAACATAGAAAATGGACTGAT  2516
            |||||.|||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||
Sbjct 2443  CCTGGTTACCATAGCATTGTACAGAGGCCTATGGATTTGTCAACTATAAAGAAAAACATTGAAAATGGACTGAT  2516

Query 2517  CCGAAGCACAGCTGAATTTCAGCGTGACATTATGCTGATGTTTCAGAATGCTGTAATGTACAATAGCTCAGACC  2590
            |||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
Sbjct 2517  CCGAAGCACAGCTGAGTTTCAGCGTGACATCATGCTGATGTTTCAGAATGCTGTTATGTACAATAGCTCAGACC  2590

Query 2591  ATGATGTCTATCACATGGCAGTGGAGATGCAGCGAGATGTCTTGGAACAGATCCAGCAATTCTTGGCCACGCAG  2664
            ||||||||||||||||||||||.|||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
Sbjct 2591  ATGATGTCTATCACATGGCAGTAGAGATGCAGAGAGATGTCTTGGAACAGATCCAGCAATTCTTGGCCACACAG  2664

Query 2665  TTGATTATGCAAACATCCGAGTCTGGGATCAGTGCTAAAAGTCTTCGAGGGAGAGATTCTACCCGCAAACAGGA  2738
            |||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||.||.||||||||.||||||||.|||||.||
Sbjct 2665  TTGATTATGCAAACATCTGAGTCTGGAATCAGTGCTAAAAGTCTCCGGGGGAGAGACTCTACCCGAAAACAAGA  2738

Query 2739  TGCTTCAGAGAAGGACAGTGTCCCAATGGGCTCTCCTGCCTTCCTTCTCTCTCTCTTTGATGGAGGAACCAGGG  2812
            ||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||      |.||      
Sbjct 2739  TGCTTCAGAGAAGGACAGTGTCCCCATGGGCTCTCCTGCCTTCCTTCTCTCTCTCTTT------GTAA------  2800

Query 2813  GACGCCGCTGTGCCATTGAA--GCAG-ATATGAAGATG-----AAAAAG-------------------------  2853
                     ||   ||||||  ||.| |..||..||||     |.||||                         
Sbjct 2801  ---------GT---ATTGAATGGCTGCAAGTGGTGATGTTGCCAGAAAGATTCTCAGCTCCTGCTGGGCCTGGG  2862