Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000487955
• Subject: XM_011247040.2
• Aligned Length: 2886
• Identities: 2166
• Gaps: 486

Alignment

Query    1  ATGGCGACGGGAACGGGCAAACACAAGCTGCTAAGCACTGGCCCCACAGAGCCATGGTCCATCCGAGAGAAGCT  74
            ||||||||.||.||.|||||.|||||||||||.||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||.|
Sbjct    1  ATGGCGACCGGGACAGGCAAGCACAAGCTGCTGAGTACTGGCCCAACAGAGCCATGGTCCATCCGAGAGAAGTT  74

Query   75  ATGTTTAGCATCTTCTGTCATGAGAAGTGGCGATCAAAATTGGGTATCAGTTAGCAGAGCAATCAAGCCCTTTG  148
            .|||||||||||||||||||||||.|||||.|||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  GTGTTTAGCATCTTCTGTCATGAGGAGTGGGGATCAGAACTGGGTATCAGTTAGCAGAGCAATCAAGCCCTTTG  148

Query  149  CAGAACCTGGCCGCCCTCCAGACTGGTTCTCTCAAAAACATTGTGCTTCCCAGTACTCGGAGCTTTTAGAGACC  222
            |||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.|||||.||||||||.
Sbjct  149  CAGAACCTGGCCGGCCTCCAGACTGGTTCTCTCAAAAACATTGTGCTTCTCAGTATTCTGAGCTCTTAGAGACT  222

Query  223  ACTGAGACACCAAAACGGAAACGAGGTGAAAAGGGAGAAGTGGTGGAAACTGTTGAAGATGTTATTGTTCGGAA  296
            ||||||||.||||||||||||||.||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct  223  ACTGAGACTCCAAAACGGAAACGGGGTGAAAAAGGAGAAGTGGTAGAAACTGTTGAAGATGTTATTGTTCGCAA  296

Query  297  ATTGACTGCTGAGCGAGTTGAAGAACTAAAGAAAGTGATAAAGGAAACCCAGGAGAGATATAGACGGCTAAAGA  370
            |.|||||||||||.|||||||||||||.||||||||.||||||||.||.|||||||||||.||.||.||.||.|
Sbjct  297  ACTGACTGCTGAGAGAGTTGAAGAACTGAAGAAAGTCATAAAGGAGACACAGGAGAGATACAGGCGTCTGAAAA  370

Query  371  GAGATGCAGAACTAATTCAAGCTGGACACATGGACAGCAGACTGGATGAGCTTTGCAATGACATTGCAACGAAA  444
            ||||||||||||||||.|||||.||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||.||||
Sbjct  371  GAGATGCAGAACTAATCCAAGCCGGGCACATGGACAGCAGACTGGATGAGCTCTGCAATGACATTGCAATGAAA  444

Query  445  AAGAAATTGGAAGAAGAGGAGGCTGAAGTAAAGAGGAAGGCTACAGATGCTGCATACCAGGCTCGTCAAGCAGT  518
            ||||||||||||||.||.||||||||||||||.||||||||.||.||||||||.||||||||.||.||||||||
Sbjct  445  AAGAAATTGGAAGAGGAAGAGGCTGAAGTAAAAAGGAAGGCCACCGATGCTGCGTACCAGGCGCGACAAGCAGT  518

Query  519  AAAAACACCCCCCCGGAGGTTACCCACTGTGATGGTTCGCTCTCCTATAGATTCTGCCTCCCCAGGAGGTGATT  592
            .|||||.||.||.||.||||||||.|||||||||||.|||||||||.||||.||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  GAAAACGCCTCCTCGAAGGTTACCGACTGTGATGGTCCGCTCTCCTGTAGACTCTGCCTCCCCAGGAGGTGATT  592

Query  593  ATCCACTTGGGGACTTGACTCCAACCACTATGGAAGAGGCTACCTCTGGGGTAACCCCCGGGACTTTGCCGAGT  666
            |.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                         
Sbjct  593  ACCCACTTGGAGACTTGACTCCAACCACTATGGAAGAGGCTACCTCTGG-------------------------  641

Query  667  ACCCCAGTCACCTCGTTTCCTGGGATTCCTGACACCCTTCCTCCAGGCTCTGCACCCTTAGAAGCCCCCATGAC  740
                                                                                      
Sbjct  642  --------------------------------------------------------------------------  641

Query  741  CCCAGTAACAGATGATTCACCCCAGAAAAAGATGCTTGGACAGAAAGCAACTCCACCCCCCTCCCCTCTGCTGT  814
                                                                                      
Sbjct  642  --------------------------------------------------------------------------  641

Query  815  CAGAGCTCTTGAAGAAGGGCAGCCTCCTGCCTACTAGCCCCAGACTGGTCAATGAGAGTGAAATGGCTGTGGCT  888
                                                          |||.|||||||||||||||.||||..|.
Sbjct  642  ----------------------------------------------GGTGAATGAGAGTGAAATGCCTGTACCC  669

Query  889  TCTGGCCACCTGAACAGTACAGGTGTCCTCCTGGAGGTAGGCGGGGTCCTTCCCATGATACATGGTGGGGAGAT  962
            .|||||||.||||||||.|||||.||.|||.||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  670  CCTGGCCATCTGAACAGCACAGGGGTTCTCTTGGAGGTAGGAGGGGTTCTTCCCATGATACATGGTGGGGAGAT  743

Query  963  ACAGCAAACACCCAATACTGTTGCAGCCTCCCCTGCTGCATCAGGTGCTCCCACTCTTTCCCGGCTTTTAGAAG  1036
            |||||.||||.|||.|.||||.||.||||||||.|||||.|                                 
Sbjct  744  ACAGCCAACAACCAGTGCTGTGGCGGCCTCCCCGGCTGCCT---------------------------------  784

Query 1037  CTGGTCCTACACAGTTCACCACACCTCTTGCTTCCTTCACTACTGTTGCCAGTGAGCCTCCAGTTAAACTTGTG  1110
                                                             |||||||||                
Sbjct  785  -------------------------------------------------CAGTGAGCC----------------  793

Query 1111  CCACCCCCTGTAGAGTCTGTGTCCCAAGCTACCATTGTCATGATGCCTGCGCTGCCAGCACCATCCTCTGCTCC  1184
                                                       .|||||.||                      
Sbjct  794  -------------------------------------------AGCCTGAGC----------------------  802

Query 1185  GGCTGTCTCCACTACTGAAAGTGTAGCTCCAGTGAGTCAACCCGACAACTGTGTTCCCATGGAGGCTGTGGGGG  1258
                                                           .||||||.|||.||||.||||||||||
Sbjct  803  -----------------------------------------------CCTGTGTACCCCTGGAAGCTGTGGGGG  829

Query 1259  ATCCACATACTGTGACTGTTTCCATGGACAGCAGTGAAATATCCATGATCATCAATTCTATCAAAGAAGAGTGT  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||.||||.||||||.|||||||||||.|||||.|||||||||||||||
Sbjct  830  ATCCACATACTGTGACTGTTTCCATGGATAGCAATGAAATCTCCATGATCATTAATTCCATCAAAGAAGAGTGT  903

Query 1333  TTTCGATCAGGGGTAGCAGAGGCTCCTGTTGGATCAAAGGCTCCCAGCATAGATGGGAAGGAAGAATTAGATCT  1406
            ||.||.||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||.|||||
Sbjct  904  TTCCGCTCAGGGGTAGCAGAGGCTCCTGGTGGATCAAAGGCTCCAAGCATAGATGGGAAGGAAGACTTGGATCT  977

Query 1407  GGCTGAGAAGATGGATATTGCTGTGTCTTACACAGGTGAAGAGCTGGATTTTGAGACTGTTGGAGACATCATTG  1480
            .||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||.|||||.||.||||||||||||||||
Sbjct  978  AGCGGAGAAGATGGATATTGCTGTGTCTTACACAGGTGAAGAGTTGGACTTTGAAACAGTTGGAGACATCATTG  1051

Query 1481  CCATCATTGAGGACAAGGTAGATGATCATCCTGAAGTGCTGGATGTGGCAGCAGTGGAAGCAGCACTGTCATTT  1554
            |||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||.||.|||||.||..|.||.||.
Sbjct 1052  CCATCATTGAGGACAAGGTGGATGATCACCCTGAAGTGCTGGATGTGGCAGCGGTAGAAGCGGCGTTATCGTTC  1125

Query 1555  TGTGAAGAAAATGATGATCCTCAGTCCCTGCCTGGCCCCTGGGAGCATCCTATCCAGCAGGAGCGGGACAAGCC  1628
            ||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||||
Sbjct 1126  TGTGAAGAGAATGATGACCCTCAGTCCCTGCCTGGCCCCTGGGAGCACCCTATCCAGCAGGAGCGCGACAAGCC  1199

Query 1629  AGTACCTCTCCCTGCACCAGAAATGACGGTCAAGCAAGAGAGACTGGACTTTGAGGAAACGGAAAACAAGGGAA  1702
            |||||||||.||.||||||||.|||||.|||||.||||||||.||.|||||.||||||.|.||||||||.||..
Sbjct 1200  AGTACCTCTGCCAGCACCAGAGATGACAGTCAAACAAGAGAGGCTAGACTTCGAGGAATCAGAAAACAAAGGGC  1273

Query 1703  TACATGAACTGGTGGACATCAGGGAGCCCAGTGCAGAGATCAAGGTGGAACCTGCAGAACCAGAGCCAGTCATT  1776
            |.|||||.|||||||||||||||||..||.|||..|||||.|||||||||||..||||.||||||||||.|||.
Sbjct 1274  TCCATGACCTGGTGGACATCAGGGATTCCGGTGTTGAGATTAAGGTGGAACCCACAGAGCCAGAGCCAGGCATG  1347

Query 1777  TCAGGAGCCGAAATAGTAGCTGGAGTTGTTCCAGCCACAAGTATGGAGCCACCAGAACTCAGGAGTCAGGACTT  1850
            ||.||.||.||.||||||||||||||||.|||||...|||||||||||||||||||||||||||||||.||||.
Sbjct 1348  TCTGGGGCTGAGATAGTAGCTGGAGTTGGTCCAGTTCCAAGTATGGAGCCACCAGAACTCAGGAGTCAAGACTC  1421

Query 1851  AGATGAGGAACTGGGAAGTACTGCAGCTGGAGAGATTGTTGAAGCAGATGTTGCCATTGGGAAAGGCGATGAGA  1924
            ||||||.||||...|||||.|||||||||||||.||||.|||.|||||||.|.|||.|||||||||||||||||
Sbjct 1422  AGATGAAGAACCTAGAAGTTCTGCAGCTGGAGACATTGGTGAGGCAGATGGTTCCAGTGGGAAAGGCGATGAGA  1495

Query 1925  CTCCACTTACAAATGTGAAGACAGAGGCATCCCCTGAAAGCATGTTGTCTCCATCACATGGCTCAAATCCCATT  1998
            ..||||||.||..||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||..|||
Sbjct 1496  GGCCACTTTCAGCTGTGAAGACAGAGGCATCCCCTGAGAGCATGTTGTCTCCATCACATGGCTCAAATCTTATT  1569

Query 1999  GAAGATCCTTTAGAGGCAGAGACTCAGCACAAGTTTGAAATGTCAGACTCATTGAAAGAAGAATCAGGGACTAT  2072
            ||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1570  GAAGATCCTTTAGAGGCAGAGACTCAACACAAGTTTGAAATGTCAGACTCATTGAAAGAAGAATCAGGGACTAT  1643

Query 2073  TTTTGGAAGCCAGATAAAGGATGCCCCAGGTGAGGATGAGGAGGAAGATGGTGTCAGTGAAGCGGCCAGCCTAG  2146
            |||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||.|||||||||||.||.|||||||
Sbjct 1644  TTTTGGAAGCCAGATAAAGGATGCCCCAGGTGACGATGAGGAAGAAGATGGAGTCAGTGAAGCAGCTAGCCTAG  1717

Query 2147  AGGAGCCTAAGGAAGAGGATCAAGGAGAAGGCTACTTGTCAGAAATGGATAATGAACCTCCTGTGAGCGAGAGT  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.|||||||||||.||.||||||||.||||||
Sbjct 1718  AGGAGCCTAAGGAAGAGGATCAAGGAGAAGGCTATTTGTCTGAGATGGATAATGAGCCCCCTGTGAGTGAGAGT  1791

Query 2221  GATGATGGCTTCAGCATACACAATGCTACACTGCAGTCACACACACTGGCAGACTCCATCCCCAGCAGCCCTGC  2294
            |||||||||||.||.|||||.||.||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||
Sbjct 1792  GATGATGGCTTTAGTATACATAACGCCACACTGCAGTCACACACTCTGGCAGACTCCATCCCAAGCAGCCCTGC  1865

Query 2295  TTCTTCACAGTTCTCTGTCTGTAGTGAGGATCAGGAAGCTATTCAGGCACAGAAAATTTGGAAGAAAGCCATCA  2368
            .||.||.|||||.||.||.||.|||||.|||||.|||||.||||||||.||||||||.||||||||||||||||
Sbjct 1866  CTCCTCCCAGTTTTCCGTGTGCAGTGAAGATCAAGAAGCAATTCAGGCTCAGAAAATATGGAAGAAAGCCATCA  1939

Query 2369  TGCTTGTATGGAGAGCTGCAGCTAATCATAGGTATGCCAATGTCTTCCTGCAGCCTGTTACAGATGACATAGCA  2442
            |||||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||.
Sbjct 1940  TGCTTGTATGGAGGGCTGCAGCAAATCATAGGTATGCCAATGTGTTCCTGCAACCTGTTACAGATGACATAGCT  2013

Query 2443  CCTGGCTACCACAGCATTGTGCAGAGGCCTATGGATTTGTCAACTATTAAGAAAAACATAGAAAATGGACTGAT  2516
            |||||.|||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.||||||||||||||
Sbjct 2014  CCTGGTTACCATAGCATTGTACAGAGGCCTATGGATTTGTCAACTATAAAGAAAAACATTGAAAATGGACTGAT  2087

Query 2517  CCGAAGCACAGCTGAATTTCAGCGTGACATTATGCTGATGTTTCAGAATGCTGTAATGTACAATAGCTCAGACC  2590
            |||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||
Sbjct 2088  CCGAAGCACAGCTGAGTTTCAGCGTGACATCATGCTGATGTTTCAGAATGCTGTTATGTACAATAGCTCAGACC  2161

Query 2591  ATGATGTCTATCACATGGCAGTGGAGATGCAGCGAGATGTCTTGGAACAGATCCAGCAATTCTTGGCCACGCAG  2664
            ||||||||||||||||||||||.|||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
Sbjct 2162  ATGATGTCTATCACATGGCAGTAGAGATGCAGAGAGATGTCTTGGAACAGATCCAGCAATTCTTGGCCACACAG  2235

Query 2665  TTGATTATGCAAACATCCGAGTCTGGGATCAGTGCTAAAAGTCTTCGAGGGAGAGATTCTACCCGCAAACAGGA  2738
            |||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||.||.||||||||.||||||||.|||||.||
Sbjct 2236  TTGATTATGCAAACATCTGAGTCTGGAATCAGTGCTAAAAGTCTCCGGGGGAGAGACTCTACCCGAAAACAAGA  2309

Query 2739  TGCTTCAGAGAAGGACAGTGTCCCAATGGGCTCTCCTGCCTTCCTTCTCTCTCTCTTTGATGGAGGAACCAGGG  2812
            ||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||      |.||      
Sbjct 2310  TGCTTCAGAGAAGGACAGTGTCCCCATGGGCTCTCCTGCCTTCCTTCTCTCTCTCTTT------GTAA------  2371

Query 2813  GACGCCGCTGTGCCATTGAA--GCAG-ATATGAAGATG-----AAAAAG-------------------------  2853
                     ||   ||||||  ||.| |..||..||||     |.||||                         
Sbjct 2372  ---------GT---ATTGAATGGCTGCAAGTGGTGATGTTGCCAGAAAGATTCTCAGCTCCTGCTGGGCCTGGG  2433