Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000487955
• Subject: XM_011247042.1
• Aligned Length: 2858
• Identities: 2345
• Gaps: 277

Alignment

Query    1  ATGGCGACGGGAACGGGCAAACACAAGCTGCTAAGCACTGGCCCCACAGAGCCATGGTCCATCCGAGAGAAGCT  74
                                                                 |||||||||||||||||||.|
Sbjct    1  -----------------------------------------------------ATGGTCCATCCGAGAGAAGTT  21

Query   75  ATGTTTAGCATCTTCTGTCATGAGAAGTGGCGATCAAAA-----TTGGGTATCAGTTAGCAGAGCAATCAAGCC  143
            .|||||||||||||||||||||||.|||||.|||||.||     |.||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   22  GTGTTTAGCATCTTCTGTCATGAGGAGTGGGGATCAGAACTGGTTAGGGTATCAGTTAGCAGAGCAATCAAGCC  95

Query  144  CTTTGCAGAACCTGGCCGCCCTCCAGACTGGTTCTCTCAAAAACATTGTGCTTCCCAGTACTCGGAGCTTTTAG  217
            ||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.|||||.||||
Sbjct   96  CTTTGCAGAACCTGGCCGGCCTCCAGACTGGTTCTCTCAAAAACATTGTGCTTCTCAGTATTCTGAGCTCTTAG  169

Query  218  AGACCACTGAGACACCAAAACGGAAACGAGGTGAAAAGGGAGAAGTGGTGGAAACTGTTGAAGATGTTATTGTT  291
            ||||.||||||||.||||||||||||||.||||||||.|||||||||||.||||||||||||||||||||||||
Sbjct  170  AGACTACTGAGACTCCAAAACGGAAACGGGGTGAAAAAGGAGAAGTGGTAGAAACTGTTGAAGATGTTATTGTT  243

Query  292  CGGAAATTGACTGCTGAGCGAGTTGAAGAACTAAAGAAAGTGATAAAGGAAACCCAGGAGAGATATAGACGGCT  365
            ||.|||.|||||||||||.|||||||||||||.||||||||.||||||||.||.|||||||||||.||.||.||
Sbjct  244  CGCAAACTGACTGCTGAGAGAGTTGAAGAACTGAAGAAAGTCATAAAGGAGACACAGGAGAGATACAGGCGTCT  317

Query  366  AAAGAGAGATGCAGAACTAATTCAAGCTGGACACATGGACAGCAGACTGGATGAGCTTTGCAATGACATTGCAA  439
            .||.|||||||||||||||||.|||||.||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||
Sbjct  318  GAAAAGAGATGCAGAACTAATCCAAGCCGGGCACATGGACAGCAGACTGGATGAGCTCTGCAATGACATTGCAA  391

Query  440  CGAAAAAGAAATTGGAAGAAGAGGAGGCTGAAGTAAAGAGGAAGGCTACAGATGCTGCATACCAGGCTCGTCAA  513
            .||||||||||||||||||.||.||||||||||||||.||||||||.||.||||||||.||||||||.||.|||
Sbjct  392  TGAAAAAGAAATTGGAAGAGGAAGAGGCTGAAGTAAAAAGGAAGGCCACCGATGCTGCGTACCAGGCGCGACAA  465

Query  514  GCAGTAAAAACACCCCCCCGGAGGTTACCCACTGTGATGGTTCGCTCTCCTATAGATTCTGCCTCCCCAGGAGG  587
            |||||.|||||.||.||.||.||||||||.|||||||||||.|||||||||.||||.|||||||||||||||||
Sbjct  466  GCAGTGAAAACGCCTCCTCGAAGGTTACCGACTGTGATGGTCCGCTCTCCTGTAGACTCTGCCTCCCCAGGAGG  539

Query  588  TGATTATCCACTTGGGGACTTGACTCCAACCACTATGGAAGAGGCTACCTCTGGGGTAACCCCCGGGACTTTGC  661
            ||||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                    
Sbjct  540  TGATTACCCACTTGGAGACTTGACTCCAACCACTATGGAAGAGGCTACCTCTGG--------------------  593

Query  662  CGAGTACCCCAGTCACCTCGTTTCCTGGGATTCCTGACACCCTTCCTCCAGGCTCTGCACCCTTAGAAGCCCCC  735
                                                                                      
Sbjct  594  --------------------------------------------------------------------------  593

Query  736  ATGACCCCAGTAACAGATGATTCACCCCAGAAAAAGATGCTTGGACAGAAAGCAACTCCACCCCCCTCCCCTCT  809
                                                                                      
Sbjct  594  --------------------------------------------------------------------------  593

Query  810  GCTGTCAGAGCTCTTGAAGAAGGGCAGCCTCCTGCCTACTAGCCCCAGACTGGTCAATGAGAGTGAAATGGCTG  883
                                                               |||.|||||||||||||||.|||
Sbjct  594  ---------------------------------------------------GGTGAATGAGAGTGAAATGCCTG  616

Query  884  TGGCTTCTGGCCACCTGAACAGTACAGGTGTCCTCCTGGAGGTAGGCGGGGTCCTTCCCATGATACATGGTGGG  957
            |..|..|||||||.||||||||.|||||.||.|||.||||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||
Sbjct  617  TACCCCCTGGCCATCTGAACAGCACAGGGGTTCTCTTGGAGGTAGGAGGGGTTCTTCCCATGATACATGGTGGG  690

Query  958  GAGATACAGCAAACACCCAATACTGTTGCAGCCTCCCCTGCTGCATCAGGTGCTCCCACTCTTTCCCGGCTTTT  1031
            ||||||||||.||||.|||.|.||||.||.||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  691  GAGATACAGCCAACAACCAGTGCTGTGGCGGCCTCCCCGGCTGCCTCAGGTGCTCCCACTCTTTCCCGGCTTTT  764

Query 1032  AGAAGCTGGTCCTACACAGTTCACCACACCTCTTGCTTCCTTCACTACTGTTGCCAGTGAGCCTCCAGTTAAAC  1105
            |||||||||.||.||||||||||||||.||||||.||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|
Sbjct  765  AGAAGCTGGGCCCACACAGTTCACCACTCCTCTTCCTTCCTTCACTACTGTTGCCAGTGAGCCGCCAGTTAAGC  838

Query 1106  TTGTGCCACCCCCTGTAGAGTCTGTGTCCCAAGCTACCATTGTCATGATGCCTGCGCTGCCAGCACCATCCTCT  1179
            |||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||
Sbjct  839  TTGTGCCACCCCCTGTAGAGTCTGTGTCCCAGGCTACCATTGTCATGATGCCCGCGCTGCCAGCACCATCCTCT  912

Query 1180  GCTCCGGCTGTCTCCACTACTGAAAGTGTAGCTCCAGTGAGTCAACCCGACAACTGTGTTCCCATGGAGGCTGT  1253
            |||.||||||||||||||.|||||||||.||||||||||||.||.||.||...||||||.|||.||||.|||||
Sbjct  913  GCTGCGGCTGTCTCCACTTCTGAAAGTGGAGCTCCAGTGAGCCAGCCTGAGCCCTGTGTACCCCTGGAAGCTGT  986

Query 1254  GGGGGATCCACATACTGTGACTGTTTCCATGGACAGCAGTGAAATATCCATGATCATCAATTCTATCAAAGAAG  1327
            |||||||||||||||||||||||||||||||||.||||.||||||.|||||||||||.|||||.||||||||||
Sbjct  987  GGGGGATCCACATACTGTGACTGTTTCCATGGATAGCAATGAAATCTCCATGATCATTAATTCCATCAAAGAAG  1060

Query 1328  AGTGTTTTCGATCAGGGGTAGCAGAGGCTCCTGTTGGATCAAAGGCTCCCAGCATAGATGGGAAGGAAGAATTA  1401
            |||||||.||.||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||.
Sbjct 1061  AGTGTTTCCGCTCAGGGGTAGCAGAGGCTCCTGGTGGATCAAAGGCTCCAAGCATAGATGGGAAGGAAGACTTG  1134

Query 1402  GATCTGGCTGAGAAGATGGATATTGCTGTGTCTTACACAGGTGAAGAGCTGGATTTTGAGACTGTTGGAGACAT  1475
            |||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||.|||||.||.|||||||||||
Sbjct 1135  GATCTAGCGGAGAAGATGGATATTGCTGTGTCTTACACAGGTGAAGAGTTGGACTTTGAAACAGTTGGAGACAT  1208

Query 1476  CATTGCCATCATTGAGGACAAGGTAGATGATCATCCTGAAGTGCTGGATGTGGCAGCAGTGGAAGCAGCACTGT  1549
            ||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||.||.|||||.||..|.|
Sbjct 1209  CATTGCCATCATTGAGGACAAGGTGGATGATCACCCTGAAGTGCTGGATGTGGCAGCGGTAGAAGCGGCGTTAT  1282

Query 1550  CATTTTGTGAAGAAAATGATGATCCTCAGTCCCTGCCTGGCCCCTGGGAGCATCCTATCCAGCAGGAGCGGGAC  1623
            |.||.||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||
Sbjct 1283  CGTTCTGTGAAGAGAATGATGACCCTCAGTCCCTGCCTGGCCCCTGGGAGCACCCTATCCAGCAGGAGCGCGAC  1356

Query 1624  AAGCCAGTACCTCTCCCTGCACCAGAAATGACGGTCAAGCAAGAGAGACTGGACTTTGAGGAAACGGAAAACAA  1697
            ||||||||||||||.||.||||||||.|||||.|||||.||||||||.||.|||||.||||||.|.||||||||
Sbjct 1357  AAGCCAGTACCTCTGCCAGCACCAGAGATGACAGTCAAACAAGAGAGGCTAGACTTCGAGGAATCAGAAAACAA  1430

Query 1698  GGGAATACATGAACTGGTGGACATCAGGGAGCCCAGTGCAGAGATCAAGGTGGAACCTGCAGAACCAGAGCCAG  1771
            .||..|.|||||.|||||||||||||||||..||.|||..|||||.|||||||||||..||||.||||||||||
Sbjct 1431  AGGGCTCCATGACCTGGTGGACATCAGGGATTCCGGTGTTGAGATTAAGGTGGAACCCACAGAGCCAGAGCCAG  1504

Query 1772  TCATTTCAGGAGCCGAAATAGTAGCTGGAGTTGTTCCAGCCACAAGTATGGAGCCACCAGAACTCAGGAGTCAG  1845
            .|||.||.||.||.||.||||||||||||||||.|||||...|||||||||||||||||||||||||||||||.
Sbjct 1505  GCATGTCTGGGGCTGAGATAGTAGCTGGAGTTGGTCCAGTTCCAAGTATGGAGCCACCAGAACTCAGGAGTCAA  1578

Query 1846  GACTTAGATGAGGAACTGGGAAGTACTGCAGCTGGAGAGATTGTTGAAGCAGATGTTGCCATTGGGAAAGGCGA  1919
            ||||.||||||.||||...|||||.|||||||||||||.||||.|||.|||||||.|.|||.||||||||||||
Sbjct 1579  GACTCAGATGAAGAACCTAGAAGTTCTGCAGCTGGAGACATTGGTGAGGCAGATGGTTCCAGTGGGAAAGGCGA  1652

Query 1920  TGAGACTCCACTTACAAATGTGAAGACAGAGGCATCCCCTGAAAGCATGTTGTCTCCATCACATGGCTCAAATC  1993
            |||||..||||||.||..||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1653  TGAGAGGCCACTTTCAGCTGTGAAGACAGAGGCATCCCCTGAGAGCATGTTGTCTCCATCACATGGCTCAAATC  1726

Query 1994  CCATTGAAGATCCTTTAGAGGCAGAGACTCAGCACAAGTTTGAAATGTCAGACTCATTGAAAGAAGAATCAGGG  2067
            ..|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1727  TTATTGAAGATCCTTTAGAGGCAGAGACTCAACACAAGTTTGAAATGTCAGACTCATTGAAAGAAGAATCAGGG  1800

Query 2068  ACTATTTTTGGAAGCCAGATAAAGGATGCCCCAGGTGAGGATGAGGAGGAAGATGGTGTCAGTGAAGCGGCCAG  2141
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||.|||||||||||.||.||
Sbjct 1801  ACTATTTTTGGAAGCCAGATAAAGGATGCCCCAGGTGACGATGAGGAAGAAGATGGAGTCAGTGAAGCAGCTAG  1874

Query 2142  CCTAGAGGAGCCTAAGGAAGAGGATCAAGGAGAAGGCTACTTGTCAGAAATGGATAATGAACCTCCTGTGAGCG  2215
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.|||||||||||.||.||||||||.|
Sbjct 1875  CCTAGAGGAGCCTAAGGAAGAGGATCAAGGAGAAGGCTATTTGTCTGAGATGGATAATGAGCCCCCTGTGAGTG  1948

Query 2216  AGAGTGATGATGGCTTCAGCATACACAATGCTACACTGCAGTCACACACACTGGCAGACTCCATCCCCAGCAGC  2289
            ||||||||||||||||.||.|||||.||.||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||.||||||
Sbjct 1949  AGAGTGATGATGGCTTTAGTATACATAACGCCACACTGCAGTCACACACTCTGGCAGACTCCATCCCAAGCAGC  2022

Query 2290  CCTGCTTCTTCACAGTTCTCTGTCTGTAGTGAGGATCAGGAAGCTATTCAGGCACAGAAAATTTGGAAGAAAGC  2363
            |||||.||.||.|||||.||.||.||.|||||.|||||.|||||.||||||||.||||||||.|||||||||||
Sbjct 2023  CCTGCCTCCTCCCAGTTTTCCGTGTGCAGTGAAGATCAAGAAGCAATTCAGGCTCAGAAAATATGGAAGAAAGC  2096

Query 2364  CATCATGCTTGTATGGAGAGCTGCAGCTAATCATAGGTATGCCAATGTCTTCCTGCAGCCTGTTACAGATGACA  2437
            ||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||||
Sbjct 2097  CATCATGCTTGTATGGAGGGCTGCAGCAAATCATAGGTATGCCAATGTGTTCCTGCAACCTGTTACAGATGACA  2170

Query 2438  TAGCACCTGGCTACCACAGCATTGTGCAGAGGCCTATGGATTTGTCAACTATTAAGAAAAACATAGAAAATGGA  2511
            ||||.|||||.|||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||.|||||||||
Sbjct 2171  TAGCTCCTGGTTACCATAGCATTGTACAGAGGCCTATGGATTTGTCAACTATAAAGAAAAACATTGAAAATGGA  2244

Query 2512  CTGATCCGAAGCACAGCTGAATTTCAGCGTGACATTATGCTGATGTTTCAGAATGCTGTAATGTACAATAGCTC  2585
            ||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||||||||
Sbjct 2245  CTGATCCGAAGCACAGCTGAGTTTCAGCGTGACATCATGCTGATGTTTCAGAATGCTGTTATGTACAATAGCTC  2318

Query 2586  AGACCATGATGTCTATCACATGGCAGTGGAGATGCAGCGAGATGTCTTGGAACAGATCCAGCAATTCTTGGCCA  2659
            |||||||||||||||||||||||||||.|||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2319  AGACCATGATGTCTATCACATGGCAGTAGAGATGCAGAGAGATGTCTTGGAACAGATCCAGCAATTCTTGGCCA  2392

Query 2660  CGCAGTTGATTATGCAAACATCCGAGTCTGGGATCAGTGCTAAAAGTCTTCGAGGGAGAGATTCTACCCGCAAA  2733
            |.||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||.||.||||||||.||||||||.|||
Sbjct 2393  CACAGTTGATTATGCAAACATCTGAGTCTGGAATCAGTGCTAAAAGTCTCCGGGGGAGAGACTCTACCCGAAAA  2466

Query 2734  CAGGATGCTTCAGAGAAGGACAGTGTCCCAATGGGCTCTCCTGCCTTCCTTCTCTCTCTCTTTGATGGAGGAAC  2807
            ||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||
Sbjct 2467  CAAGATGCTTCAGAGAAGGACAGTGTCCCCATGGGCTCTCCTGCCTTCCTTCTCTCTCTCTTTGATGGGGGAAC  2540

Query 2808  CAGGGGACGCCGCTGTGCCATTGAAGCAGATATGAAGATGAAAAAG  2853
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||
Sbjct 2541  CAGGGGACGCCGCTGTGCCATTGAAGCAGATATGAAGATGAAGAAG  2586