Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000487955
• Subject: XR_001782405.1
• Aligned Length: 3304
• Identities: 2344
• Gaps: 717

Alignment

Query    1  --------------------------------------------------------------------------  0
                                                                                      
Sbjct    1  CACATTACCCACGAGGCACCGCGAACGGATTCGCACTGTGTTTCCCAGAGTTCCCCGCGTCTGTCGCCAACGTT  74

Query    1  ------------------ATGGCGACGGGAACGGGCAAACACAAGCTGCTAAGCACTGGCCCCACAGAGCCATG  56
                              ||||||||.||.||.|||||.|||||||||||.||.||||||||.|||||||||||
Sbjct   75  GAAGACGTCGAAGCCAAGATGGCGACCGGGACAGGCAAGCACAAGCTGCTGAGTACTGGCCCAACAGAGCCATG  148

Query   57  GTCCATCCGAGAGAAGCTATGTTTAGCATCTTCTGTCATGAGAAGTGGCGATCAAAATTGGGTATCAGTTAGCA  130
            ||||||||||||||||.|.|||||||||||||||||||||||.|||||.|||||.||.||||||||||||||||
Sbjct  149  GTCCATCCGAGAGAAGTTGTGTTTAGCATCTTCTGTCATGAGGAGTGGGGATCAGAACTGGGTATCAGTTAGCA  222

Query  131  GAGCAATCAAGCCCTTTGCAGAACCTGGCCGCCCTCCAGACTGGTTCTCTCAAAAACATTGTGCTTCCCAGTAC  204
            |||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.
Sbjct  223  GAGCAATCAAGCCCTTTGCAGAACCTGGCCGGCCTCCAGACTGGTTCTCTCAAAAACATTGTGCTTCTCAGTAT  296

Query  205  TCGGAGCTTTTAGAGACCACTGAGACACCAAAACGGAAACGAGGTGAAAAGGGAGAAGTGGTGGAAACTGTTGA  278
            ||.|||||.||||||||.||||||||.||||||||||||||.||||||||.|||||||||||.|||||||||||
Sbjct  297  TCTGAGCTCTTAGAGACTACTGAGACTCCAAAACGGAAACGGGGTGAAAAAGGAGAAGTGGTAGAAACTGTTGA  370

Query  279  AGATGTTATTGTTCGGAAATTGACTGCTGAGCGAGTTGAAGAACTAAAGAAAGTGATAAAGGAAACCCAGGAGA  352
            |||||||||||||||.|||.|||||||||||.|||||||||||||.||||||||.||||||||.||.|||||||
Sbjct  371  AGATGTTATTGTTCGCAAACTGACTGCTGAGAGAGTTGAAGAACTGAAGAAAGTCATAAAGGAGACACAGGAGA  444

Query  353  GATATAGACGGCTAAAGAGAGATGCAGAACTAATTCAAGCTGGACACATGGACAGCAGACTGGATGAGCTTTGC  426
            ||||.||.||.||.||.|||||||||||||||||.|||||.||.||||||||||||||||||||||||||.|||
Sbjct  445  GATACAGGCGTCTGAAAAGAGATGCAGAACTAATCCAAGCCGGGCACATGGACAGCAGACTGGATGAGCTCTGC  518

Query  427  AATGACATTGCAACGAAAAAGAAATTGGAAGAAGAGGAGGCTGAAGTAAAGAGGAAGGCTACAGATGCTGCATA  500
            |||||||||||||.||||||||||||||||||.||.||||||||||||||.||||||||.||.||||||||.||
Sbjct  519  AATGACATTGCAATGAAAAAGAAATTGGAAGAGGAAGAGGCTGAAGTAAAAAGGAAGGCCACCGATGCTGCGTA  592

Query  501  CCAGGCTCGTCAAGCAGTAAAAACACCCCCCCGGAGGTTACCCACTGTGATGGTTCGCTCTCCTATAGATTCTG  574
            ||||||.||.||||||||.|||||.||.||.||.||||||||.|||||||||||.|||||||||.||||.||||
Sbjct  593  CCAGGCGCGACAAGCAGTGAAAACGCCTCCTCGAAGGTTACCGACTGTGATGGTCCGCTCTCCTGTAGACTCTG  666

Query  575  CCTCCCCAGGAGGTGATTATCCACTTGGGGACTTGACTCCAACCACTATGGAAGAGGCTACCTCTGGGGTAACC  648
            |||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       
Sbjct  667  CCTCCCCAGGAGGTGATTACCCACTTGGAGACTTGACTCCAACCACTATGGAAGAGGCTACCTCTGG-------  733

Query  649  CCCGGGACTTTGCCGAGTACCCCAGTCACCTCGTTTCCTGGGATTCCTGACACCCTTCCTCCAGGCTCTGCACC  722
                                                                                      
Sbjct  734  --------------------------------------------------------------------------  733

Query  723  CTTAGAAGCCCCCATGACCCCAGTAACAGATGATTCACCCCAGAAAAAGATGCTTGGACAGAAAGCAACTCCAC  796
                                                                                      
Sbjct  734  --------------------------------------------------------------------------  733

Query  797  CCCCCTCCCCTCTGCTGTCAGAGCTCTTGAAGAAGGGCAGCCTCCTGCCTACTAGCCCCAGACTGGTCAATGAG  870
                                                                            |||.||||||
Sbjct  734  ----------------------------------------------------------------GGTGAATGAG  743

Query  871  AGTGAAATGGCTGTGGCTTCTGGCCACCTGAACAGTACAGGTGTCCTCCTGGAGGTAGGCGGGGTCCTTCCCAT  944
            |||||||||.||||..|..|||||||.||||||||.|||||.||.|||.||||||||||.|||||.||||||||
Sbjct  744  AGTGAAATGCCTGTACCCCCTGGCCATCTGAACAGCACAGGGGTTCTCTTGGAGGTAGGAGGGGTTCTTCCCAT  817

Query  945  GATACATGGTGGGGAGATACAGCAAACACCCAATACTGTTGCAGCCTCCCCTGCTGCATCAGGTGCTCCCACTC  1018
            |||||||||||||||||||||||.||||.|||.|.||||.||.||||||||.|||||.||||||||||||||||
Sbjct  818  GATACATGGTGGGGAGATACAGCCAACAACCAGTGCTGTGGCGGCCTCCCCGGCTGCCTCAGGTGCTCCCACTC  891

Query 1019  TTTCCCGGCTTTTAGAAGCTGGTCCTACACAGTTCACCACACCTCTTGCTTCCTTCACTACTGTTGCCAGTGAG  1092
            ||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||.||||||.||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  892  TTTCCCGGCTTTTAGAAGCTGGGCCCACACAGTTCACCACTCCTCTTCCTTCCTTCACTACTGTTGCCAGTGAG  965

Query 1093  CCTCCAGTTAAACTTGTGCCACCCCCTGTAGAGTCTGTGTCCCAAGCTACCATTGTCATGATGCCTGCGCTGCC  1166
            ||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||
Sbjct  966  CCGCCAGTTAAGCTTGTGCCACCCCCTGTAGAGTCTGTGTCCCAGGCTACCATTGTCATGATGCCCGCGCTGCC  1039

Query 1167  AGCACCATCCTCTGCTCCGGCTGTCTCCACTACTGAAAGTGTAGCTCCAGTGAGTCAACCCGACAACTGTGTTC  1240
            ||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||.||||||||||||.||.||.||...||||||.|
Sbjct 1040  AGCACCATCCTCTGCTGCGGCTGTCTCCACTTCTGAAAGTGGAGCTCCAGTGAGCCAGCCTGAGCCCTGTGTAC  1113

Query 1241  CCATGGAGGCTGTGGGGGATCCACATACTGTGACTGTTTCCATGGACAGCAGTGAAATATCCATGATCATCAAT  1314
            ||.||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||.||||||.|||||||||||.|||
Sbjct 1114  CCCTGGAAGCTGTGGGGGATCCACATACTGTGACTGTTTCCATGGATAGCAATGAAATCTCCATGATCATTAAT  1187

Query 1315  TCTATCAAAGAAGAGTGTTTTCGATCAGGGGTAGCAGAGGCTCCTGTTGGATCAAAGGCTCCCAGCATAGATGG  1388
            ||.|||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||.|||||||||||
Sbjct 1188  TCCATCAAAGAAGAGTGTTTCCGCTCAGGGGTAGCAGAGGCTCCTGGTGGATCAAAGGCTCCAAGCATAGATGG  1261

Query 1389  GAAGGAAGAATTAGATCTGGCTGAGAAGATGGATATTGCTGTGTCTTACACAGGTGAAGAGCTGGATTTTGAGA  1462
            |||||||||.||.|||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||.|||||.|
Sbjct 1262  GAAGGAAGACTTGGATCTAGCGGAGAAGATGGATATTGCTGTGTCTTACACAGGTGAAGAGTTGGACTTTGAAA  1335

Query 1463  CTGTTGGAGACATCATTGCCATCATTGAGGACAAGGTAGATGATCATCCTGAAGTGCTGGATGTGGCAGCAGTG  1536
            |.|||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||.||.
Sbjct 1336  CAGTTGGAGACATCATTGCCATCATTGAGGACAAGGTGGATGATCACCCTGAAGTGCTGGATGTGGCAGCGGTA  1409

Query 1537  GAAGCAGCACTGTCATTTTGTGAAGAAAATGATGATCCTCAGTCCCTGCCTGGCCCCTGGGAGCATCCTATCCA  1610
            |||||.||..|.||.||.||||||||.||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||
Sbjct 1410  GAAGCGGCGTTATCGTTCTGTGAAGAGAATGATGACCCTCAGTCCCTGCCTGGCCCCTGGGAGCACCCTATCCA  1483

Query 1611  GCAGGAGCGGGACAAGCCAGTACCTCTCCCTGCACCAGAAATGACGGTCAAGCAAGAGAGACTGGACTTTGAGG  1684
            |||||||||.|||||||||||||||||.||.||||||||.|||||.|||||.||||||||.||.|||||.||||
Sbjct 1484  GCAGGAGCGCGACAAGCCAGTACCTCTGCCAGCACCAGAGATGACAGTCAAACAAGAGAGGCTAGACTTCGAGG  1557

Query 1685  AAACGGAAAACAAGGGAATACATGAACTGGTGGACATCAGGGAGCCCAGTGCAGAGATCAAGGTGGAACCTGCA  1758
            ||.|.||||||||.||..|.|||||.|||||||||||||||||..||.|||..|||||.|||||||||||..||
Sbjct 1558  AATCAGAAAACAAAGGGCTCCATGACCTGGTGGACATCAGGGATTCCGGTGTTGAGATTAAGGTGGAACCCACA  1631

Query 1759  GAACCAGAGCCAGTCATTTCAGGAGCCGAAATAGTAGCTGGAGTTGTTCCAGCCACAAGTATGGAGCCACCAGA  1832
            ||.||||||||||.|||.||.||.||.||.||||||||||||||||.|||||...|||||||||||||||||||
Sbjct 1632  GAGCCAGAGCCAGGCATGTCTGGGGCTGAGATAGTAGCTGGAGTTGGTCCAGTTCCAAGTATGGAGCCACCAGA  1705

Query 1833  ACTCAGGAGTCAGGACTTAGATGAGGAACTGGGAAGTACTGCAGCTGGAGAGATTGTTGAAGCAGATGTTGCCA  1906
            ||||||||||||.||||.||||||.||||...|||||.|||||||||||||.||||.|||.|||||||.|.|||
Sbjct 1706  ACTCAGGAGTCAAGACTCAGATGAAGAACCTAGAAGTTCTGCAGCTGGAGACATTGGTGAGGCAGATGGTTCCA  1779

Query 1907  TTGGGAAAGGCGATGAGACTCCACTTACAAATGTGAAGACAGAGGCATCCCCTGAAAGCATGTTGTCTCCATCA  1980
            .|||||||||||||||||..||||||.||..||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||
Sbjct 1780  GTGGGAAAGGCGATGAGAGGCCACTTTCAGCTGTGAAGACAGAGGCATCCCCTGAGAGCATGTTGTCTCCATCA  1853

Query 1981  CATGGCTCAAATCCCATTGAAGATCCTTTAGAGGCAGAGACTCAGCACAAGTTTGAAATGTCAGACTCATTGAA  2054
            |||||||||||||..|||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||            
Sbjct 1854  CATGGCTCAAATCTTATTGAAGATCCTTTAGAGGCAGAGACTCAACACAAGTTTGAAATGTC------------  1915

Query 2055  AGAAGAATCAGGGACTATTTTTGGAAGCCAGATAAAGGATGCCCCAGGTGAGGATGAGGAGGAAGATGGTGTCA  2128
                                               ||||||||||||||||.||||||||.||||||||.||||
Sbjct 1916  -----------------------------------AGGATGCCCCAGGTGACGATGAGGAAGAAGATGGAGTCA  1954

Query 2129  GTGAAGCGGCCAGCCTAGAGGAGCCTAAGGAAGAGGATCAAGGAGAAGGCTACTTGTCAGAAATGGATAATGAA  2202
            |||||||.||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||.||.|||||||||||.
Sbjct 1955  GTGAAGCAGCTAGCCTAGAGGAGCCTAAGGAAGAGGATCAAGGAGAAGGCTATTTGTCTGAGATGGATAATGAG  2028

Query 2203  CCTCCTGTGAGCGAGAGTGATGATGGCTTCAGCATACACAATGCTACACTGCAGTCACACACACTGGCAGACTC  2276
            ||.||||||||.|||||||||||||||||.||.|||||.||.||.|||||||||||||||||.|||||||||||
Sbjct 2029  CCCCCTGTGAGTGAGAGTGATGATGGCTTTAGTATACATAACGCCACACTGCAGTCACACACTCTGGCAGACTC  2102

Query 2277  CATCCCCAGCAGCCCTGCTTCTTCACAGTTCTCTGTCTGTAGTGAGGATCAGGAAGCTATTCAGGCACAGAAAA  2350
            ||||||.|||||||||||.||.||.|||||.||.||.||.|||||.|||||.|||||.||||||||.|||||||
Sbjct 2103  CATCCCAAGCAGCCCTGCCTCCTCCCAGTTTTCCGTGTGCAGTGAAGATCAAGAAGCAATTCAGGCTCAGAAAA  2176

Query 2351  TTTGGAAGAAAGCCATCATGCTTGTATGGAGAGCTGCAGCTAATCATAGGTATGCCAATGTCTTCCTGCAGCCT  2424
            |.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||.|||
Sbjct 2177  TATGGAAGAAAGCCATCATGCTTGTATGGAGGGCTGCAGCAAATCATAGGTATGCCAATGTGTTCCTGCAACCT  2250

Query 2425  GTTACAGATGACATAGCACCTGGCTACCACAGCATTGTGCAGAGGCCTATGGATTTGTCAACTATTAAGAAAAA  2498
            |||||||||||||||||.|||||.|||||.||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||
Sbjct 2251  GTTACAGATGACATAGCTCCTGGTTACCATAGCATTGTACAGAGGCCTATGGATTTGTCAACTATAAAGAAAAA  2324

Query 2499  CATAGAAAATGGACTGATCCGAAGCACAGCTGAATTTCAGCGTGACATTATGCTGATGTTTCAGAATGCTGTAA  2572
            |||.|||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||.|
Sbjct 2325  CATTGAAAATGGACTGATCCGAAGCACAGCTGAGTTTCAGCGTGACATCATGCTGATGTTTCAGAATGCTGTTA  2398

Query 2573  TGTACAATAGCTCAGACCATGATGTCTATCACATGGCAGTGGAGATGCAGCGAGATGTCTTGGAACAGATCCAG  2646
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||.|||||||||||||||||||||||
Sbjct 2399  TGTACAATAGCTCAGACCATGATGTCTATCACATGGCAGTAGAGATGCAGAGAGATGTCTTGGAACAGATCCAG  2472

Query 2647  CAATTCTTGGCCACGCAGTTGATTATGCAAACATCCGAGTCTGGGATCAGTGCTAAAAGTCTTCGAGGGAGAGA  2720
            ||||||||||||||.||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||||||.||.||||||||
Sbjct 2473  CAATTCTTGGCCACACAGTTGATTATGCAAACATCTGAGTCTGGAATCAGTGCTAAAAGTCTCCGGGGGAGAGA  2546

Query 2721  TTCTACCCGCAAACAGGATGCTTCAGAGAAGGACAGTGTCCCAATGGGCTCTCCTGCCTTCCTTCTCTCTCTCT  2794
            .||||||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2547  CTCTACCCGAAAACAAGATGCTTCAGAGAAGGACAGTGTCCCCATGGGCTCTCCTGCCTTCCTTCTCTCTCTCT  2620

Query 2795  TTGATGGAGGAACCAGGGGACGCCGCTGTGCCATTGAAGCAGATATGAAGATGAAAAAG---------------  2853
            |||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||               
Sbjct 2621  TTGATGGGGGAACCAGGGGACGCCGCTGTGCCATTGAAGCAGATATGAAGATGAAGAAGTGAATGCCCTCTTTG  2694

Query 2854  --------------------------------------------------------------------------  2853
                                                                                      
Sbjct 2695  AGCTGAGCCTGAAATAGAAATAAGCAAGATACTTTAGCTTGGGCTTGTGGGCTCAGTTCCACACTTGATCTTAG  2768

Query 2854  --------------------------------------------------------------------------  2853
                                                                                      
Sbjct 2769  TCAAAAGGCTGAGAAGCAGGGAGTCCAGAAGTGGAATTACAGAAGAGGAGGTGCCTGGGCCAAATGACATGAGT  2842

Query 2854  --------------------------------------------------------------------------  2853
                                                                                      
Sbjct 2843  TGAGAAAATCTCTTTTCAGAGAGTTGGAGTAGCACAGATGCCTGTTTTAGGGCAGAAATCATGGGCTCTGTTAA  2916

Query 2854  --------------------------------------------------------------------------  2853
                                                                                      
Sbjct 2917  TGCCCTAATGTGTAACTAGCAGATTGTAGCTAATTTGTACTGTCTTGTGAAGTGTACAGATTTTTTAAATAATA  2990

Query 2854  ------------------------------------------------  2853
                                                            
Sbjct 2991  ATAATAATAAACCTGTGAAGTGTGTATATATAACAATCAGAAGGAAAA  3038