Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000488064
• Subject: XM_011242707.1
• Aligned Length: 1408
• Identities: 1089
• Gaps: 236

Alignment

Query    1  ATGGACCATCCTAGTAGGGAAAAGGATGAAAGACAACGGACAACTAAACCCATGGCACAAAGGAGTGCACACTG  74
            |||||||||.|||.|||||||||||||||.||||||||||||||||||.|||||||||||||||.|.|||||||
Sbjct    1  ATGGACCATTCTAATAGGGAAAAGGATGATAGACAACGGACAACTAAAACCATGGCACAAAGGAATACACACTG  74

Query   75  CTCTCGACCATCTGGCTCCTCATCGTCCTCTGGGGTTCTTATGGTGGGACCCAACTTCAGGGTTGGCAAGAAGA  148
            .||..|||||||||||.|.|||.|.||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  TTCGAGACCATCTGGCACTTCAACATCCTCTGGGGTTCTCATGGTGGGACCCAACTTCAGGGTTGGCAAGAAGA  148

Query  149  TAGGATGTGGGAACTTCGGAGAGCTCAGATTAGGTAAAAATCTCTACACCAATGAATATGTAGCAATCAAACTG  222
            ||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||
Sbjct  149  TAGGGTGTGGGAACTTCGGAGAGCTCAGATTAGGTAAAAATCTCTACACCAATGAATATGTAGCCATTAAACTG  222

Query  223  GAACCAATAAAATCACGTGCTCCACAGCTTCATTTAGAGTACAGATTTTATAAACAGCTTGGCAGTGCAGGTGA  296
            ||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  GAACCAATAAAATCACGTGCTCCACAACTTCATTTAGAGTACAGGTTTTATAAACAGCTTGGCAGTGCAGGTGA  296

Query  297  AGGTCTCCCACAGGTGTATTACTTTGGACCATGTGGGAAATATAATGCCATGGTGCTGGAGCTCCTTGGCCCTA  370
            |||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.|||||||||||||
Sbjct  297  AGGCCTCCCACAGGTTTATTACTTTGGACCATGTGGGAAGTACAATGCCATGGTGCTGGAACTCCTTGGCCCTA  370

Query  371  GCTTGGAGGACTTGTTTGACCTCTGTGACCGAACATTTACTTTGAAGACGGTGTTAATGATAGCCATCCAGTTG  444
            |||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  GCTTGGAAGACTTGTTTGACCTCTGTGACCGAACGTTTACTTTGAAGACGGTGTTAATGATAGCCATCCAGTTG  444

Query  445  CTTTCTCGAATGGAATACGTGCACTCAAAGAACCTCATTTACCGAGATGTCAAGCCAGAGAACTTCCTGATTGG  518
            ||||||||||||||.||.||.|||||||||||.||.|||||||||||||||||.||||||||||||.|||||||
Sbjct  445  CTTTCTCGAATGGAGTATGTACACTCAAAGAATCTTATTTACCGAGATGTCAAACCAGAGAACTTCTTGATTGG  518

Query  519  TCGACAAGGCAATAAGAAAGAGCATGTTATACACATTATAGACTTTGGACTGGCCAAGGAATACATTGACCCCG  592
            .||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||..||||.||.|
Sbjct  519  CCGACAAGGCAATAAGAAAGAGCATGTAATACACATTATAGATTTTGGACTGGCCAAGGAATATGTTGATCCTG  592

Query  593  AAACCAAAAAACACATACCTTATAGGGAACACAAAAGTTTAACTGGAACTGCAAGATATATGTCTATCAACACG  666
            ||||||||||||||||||||||.||.||.|||||||||||.|||||||||||.|||||.||||||||||||||.
Sbjct  593  AAACCAAAAAACACATACCTTACAGAGAGCACAAAAGTTTGACTGGAACTGCGAGATACATGTCTATCAACACA  666

Query  667  CATCTTGGCAAAGAGCAAAGCCGGAGAGATGATTTGGAAGCCCTAGGCCATATGTTCATGTATTTCCTTCGAGG  740
            |||||.||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||||.|||||.|||||
Sbjct  667  CATCTAGGCAAAGAGCAAAGCCGGCGAGATGATTTGGAAGCCTTAGGCCATATGTTCATGTACTTCCTCCGAGG  740

Query  741  CAGCCTCCCCTGGCAAGGACTCAAGGCTGACACATTAAAAGAGAGATATCAAAAAATTGGTGACACCAAAAGGA  814
            ||||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||
Sbjct  741  CAGCCTACCCTGGCAAGGACTCAAGGCTGATACATTAAAAGAGAGATATCAAAAAATCGGTGATACCAAAAGGA  814

Query  815  ATACTCCCATTGAAGCTCTCTGTGAGAACTTTCCAGAGGAGATGGCAACCTACCTTCGATATGTCAGGCGACTG  888
            ||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|.
Sbjct  815  ATACTCCCATCGAAGCTCTCTGTGAGAACTTTCCAGAGGAGATGGCAACCTACCTTCGATATGTCAGGCGATTA  888

Query  889  GACTTCTTTGAAAAACCTGATTATGAGTATTTACGGACCCTCTTCACAGACCTCTTTGAAAAGAAAGGCTACAC  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||..|||||||||.||
Sbjct  889  GACTTCTTTGAAAAACCTGATTATGAGTATTTACGGACCCTCTTCACAGATCTGTTTGAACGGAAAGGCTATAC  962

Query  963  CTTTGACTATGCCTATGATTGGGTTGGGAGACCTATTCCTACTCCAGTAGGGTCAGTTCACGTAGATTCTGGTG  1036
            |||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||
Sbjct  963  CTTTGACTATGCCTATGATTGGGTTGGAAGGCCTATTCCTACTCCAGTAGGATCAGTTCATGTAGATTCTGGTG  1036

Query 1037  CATCTGCAATAACTCGAGAAAGCCACACACATAGGGATCGGCCATCACAACAGCAGCCTCTTCGAAATCAGA--  1108
            |||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||||||.|||||||||  
Sbjct 1037  CATCTGCAATAACTCGAGAAAGCCACACACACAGGGATCGGCCATCACAACAACAGCCTCTTAGAAATCAGACT  1110

Query 1109  -------------GCCTTAGGACTGT------TACA---------GCTGAGCATTA---------TGATGTTAA  1145
                         ||| .||||..||      |.||         ||.||.||.||         |||.||   
Sbjct 1111  ACATCATCAGAGCGCC-GAGGAGAGTGGGAAATCCAGCCCAGCCGGCAGACCAATACCTCATACCTGACGT---  1180

Query 1146  CAACTCA--------------GCCATCTG------GCACAGGGG--------AA------GAG-GC--------  1176
               ||||              |||||..|      |.|||||.|        ||      ||| ||        
Sbjct 1181  ---CTCACTTGGCCGCAGACCGCCATGGGGGTTCAGTACAGGTGGTTAGCTCAACCAATGGAGAGCTGAATGTC  1251

Query 1177  ----ACC-------------------------------------------------------------------  1179
                |||                                                                   
Sbjct 1252  GATGACCCCACTGGAGCTCACTCCAATGCACCAATCACAGCTCATGCCGAAGTGGAGGTAGTGGAGGAAGCTAA  1325

Query 1180  --------------------------------------------------------------------------  1179
                                                                                      
Sbjct 1326  CTGCCTGAAAATGCTCAACCTGTGGTGCTGCTGTTTCTTTAAGAGGAAAAGGAAGAAGACAGCCCAGCGACACA  1399

Query 1180  --  1179
              
Sbjct 1400  AG  1401