Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000488486
• Subject: XM_011515549.1
• Aligned Length: 2085
• Identities: 1611
• Gaps: 462

Alignment

Query    1  ATGGCCACCACGGTGACCTGCACCCGCTTCACCGACGAGTACCAGCTCTACGAGGATATTGGCAAGGGGGCTTT  74
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  ATGGCCACCACGGTGACCTGCACCCGCTTCACCGACGAGTACCAGCTCTACGAGGATATTGGCAAGGGGGCTTT  74

Query   75  CTCTGTGGTCCGACGCTGTGTCAAGCTCTGCACCGGCCATGAGTATGCAGCCAAGATCATCAACACCAAGAAGC  148
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  CTCTGTGGTCCGACGCTGTGTCAAGCTCTGCACCGGCCATGAGTATGCAGCCAAGATCATCAACACCAAGAAGC  148

Query  149  TGTCAGCCAGAGATCACCAGAAGCTGGAGAGAGAGGCTCGGATCTGCCGCCTTCTGAAGCATTCCAACATCGTG  222
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  149  TGTCAGCCAGAGATCACCAGAAGCTGGAGAGAGAGGCTCGGATCTGCCGCCTTCTGAAGCATTCCAACATCGTG  222

Query  223  CGTCTCCACGACAGCATCTCCGAGGAGGGCTTCCACTACCTGGTCTTCGATCTGGTCACTGGTGGGGAGCTCTT  296
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  CGTCTCCACGACAGCATCTCCGAGGAGGGCTTCCACTACCTGGTCTTCGATCTGGTCACTGGTGGGGAGCTCTT  296

Query  297  TGAAGACATTGTGGCGAGAGAGTACTACAGCGAGGCTGATGCCAGTCACTGTATCCAGCAGATCCTGGAGGCCG  370
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  297  TGAAGACATTGTGGCGAGAGAGTACTACAGCGAGGCTGATGCCAGTCACTGTATCCAGCAGATCCTGGAGGCCG  370

Query  371  TTCTCCATTGTCACCAAATGGGGGTCGTCCACAGAGACCTCAAGCCGGAGAACCTGCTTCTGGCCAGCAAGTGC  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  371  TTCTCCATTGTCACCAAATGGGGGTCGTCCACAGAGACCTCAAGCCGGAGAACCTGCTTCTGGCCAGCAAGTGC  444

Query  445  AAAGGGGCTGCAGTGAAGCTGGCAGACTTCGGCCTAGCTATCGAGGTGCAGGGGGACCAGCAGGCATGGTTTGG  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  445  AAAGGGGCTGCAGTGAAGCTGGCAGACTTCGGCCTAGCTATCGAGGTGCAGGGGGACCAGCAGGCATGGTTTGG  518

Query  519  TTTCGCTGGCACACCAGGCTACCTGTCCCCTGAGGTCCTTCGCAAAGAGGCGTATGGCAAGCCTGTGGACATCT  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  519  TTTCGCTGGCACACCAGGCTACCTGTCCCCTGAGGTCCTTCGCAAAGAGGCGTATGGCAAGCCTGTGGACATCT  592

Query  593  GGGCATGTGGGGTGATCCTGTACATCCTGCTCGTGGGCTACCCACCCTTCTGGGACGAGGACCAGCACAAGCTG  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  593  GGGCATGTGGGGTGATCCTGTACATCCTGCTCGTGGGCTACCCACCCTTCTGGGACGAGGACCAGCACAAGCTG  666

Query  667  TACCAGCAGATCAAGGCTGGTGCCTATGACTTCCCGTCCCCTGAGTGGGACACCGTCACTCCTGAAGCCAAAAA  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  667  TACCAGCAGATCAAGGCTGGTGCCTATGACTTCCCGTCCCCTGAGTGGGACACCGTCACTCCTGAAGCCAAAAA  740

Query  741  CCTCATCAACCAGATGCTGACCATCAACCCTGCCAAGCGCATCACAGCCCATGAGGCCCTGAAGCACCCGTGGG  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  741  CCTCATCAACCAGATGCTGACCATCAACCCTGCCAAGCGCATCACAGCCCATGAGGCCCTGAAGCACCCGTGGG  814

Query  815  TCTGCCAACGCTCCACGGTAGCATCCATGATGCACAGACAGGAGACTGTGGAGTGTCTGAAAAAGTTCAATGCC  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  815  TCTGCCAACGCTCCACGGTAGCATCCATGATGCACAGACAGGAGACTGTGGAGTGTCTGAAAAAGTTCAATGCC  888

Query  889  AGGAGAAAGCTCAAGGGAGCCATCCTCACCACCATGCTGGCCACACGGAATTTCTCAGTGGGCAGACAGACCAC  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  889  AGGAGAAAGCTCAAGGGAGCCATCCTCACCACCATGCTGGCCACACGGAATTTCTCAGTGGGCAGACAGACCAC  962

Query  963  CGCTCCGGCCACAATGTCCACCGCGGCCTCCGGCACCACCATGGGGCTGGTGGAACAAGCCAAGAGTTTACTCA  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  963  CGCTCCGGCCACAATGTCCACCGCGGCCTCCGGCACCACCATGGGGCTGGTGGAACAAGCCAAGAGTTTACTCA  1036

Query 1037  ACAAGAAAGCAGATGGAGTCAAGCCCCAGACGAATAGCACCAAAAACAGTGCAGCCGCCACCAGCCCCAAAGGG  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1037  ACAAGAAAGCAGATGGAGTCAAGCCCCAGACGAATAGCACCAAAAACAGTGCAGCCGCCACCAGCCCCAAAGGG  1110

Query 1111  ACGCTTCCTCCTGCCGCCCTGGAGCCT-----------CAA-ACCA----------------------------  1144
            ||||||||||||||||||||||||.||           ||| ||||                            
Sbjct 1111  ACGCTTCCTCCTGCCGCCCTGGAGTCTTCTGACAGTGCCAATACCACCATAGAGGATGAAGACGCTAAAGCCCC  1184

Query 1145  --------CCGTCATCCATAACCCAGTG----------------------------------------------  1164
                    |||.|||||..|.|.|||||                                              
Sbjct 1185  CAGGGTCCCCGACATCCTGAGCTCAGTGAGGAGGGGCTCGGGAGCCCCAGAAGCCGAGGGGCCCCTGCCCTGCC  1258

Query 1165  ---------------------------------------------------------------------GACGG  1169
                                                                                 ||.||
Sbjct 1259  CATCTCCGGCTCCCTTTAGCCCCCTGCCAGCCCCATCCCCCAGGATCTCTGACATCCTGAACTCTGTGAGAAGG  1332

Query 1170  GATTAAGGA-----------------------------------------------GTCT--------------  1182
            |.||.||||                                               ||||              
Sbjct 1333  GGTTCAGGAACCCCAGAAGCCGAGGGCCCCCTCTCAGCGGGGCCCCCGCCCTGCCTGTCTCCGGCTCTCCTAGG  1406

Query 1183  ----------------------------TCTGACA---------------------------------------  1189
                                        |||||||                                       
Sbjct 1407  CCCCCTGTCCTCCCCGTCCCCCAGGATCTCTGACATCCTGAACTCTGTGAGGAGGGGCTCAGGGACCCCAGAAG  1480

Query 1190  -------------------------------GTGCCAAT--------------------------ACCACCATA  1206
                                           .||||.||                          ||| ||||.
Sbjct 1481  CCGAGGGCCCCTCGCCAGTGGGGCCCCCGCCCTGCCCATCTCCGACTATCCCTGGCCCCCTGCCCACC-CCATG  1553

Query 1207  GA-GGATGA----------------------------------AGAC---------------------------  1218
            || ||||||                                  ||||                           
Sbjct 1554  GATGGATGACATCCCAGGGCTGCTGCCACCCCCACCTGTGGGGAGACACCAGACTGGGGGTGGTGTGGAGATAC  1627

Query 1219  -------------------------------------------------GCTAAAGCCCGGAAGCAGGAGATCA  1243
                                                             |||  ||||||||||||||||||||
Sbjct 1628  TCTTAGAGAAGAGGCTGCTGGGCCACGGGCTCGGCATGGCAGGGCAGTGGCT--AGCCCGGAAGCAGGAGATCA  1699

Query 1244  TTAAGACCACGGAGCAGCTCATCGAGGCCGTCAACAACGGTGACTTTGAGGCCTACGCGAAAATCTGTGACCCA  1317
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1700  TTAAGACCACGGAGCAGCTCATCGAGGCCGTCAACAACGGTGACTTTGAGGCCTACGCGAAAATCTGTGACCCA  1773

Query 1318  GGGCTGACCTCGTTTGAGCCTGAAGCACTGGGCAACCTGGTTGAAGGGATGGACTTCCACAGATTCTACTTCGA  1391
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1774  GGGCTGACCTCGTTTGAGCCTGAAGCACTGGGCAACCTGGTTGAAGGGATGGACTTCCACAGATTCTACTTCGA  1847

Query 1392  GAACCTGCTGGCCAAGAACAGCAAGCCGATCCACACGACCATCCTGAACCCACACGTGCACGTCATTGGAGAGG  1465
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1848  GAACCTGCTGGCCAAGAACAGCAAGCCGATCCACACGACCATCCTGAACCCACACGTGCACGTCATTGGAGAGG  1921

Query 1466  ATGCCGCCTGCATCGCTTACATCCGGCTCACGCAGTACATTGACGGGCAGGGCCGGCCCCGCACCAGCCAGTCT  1539
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1922  ATGCCGCCTGCATCGCTTACATCCGGCTCACGCAGTACATTGACGGGCAGGGCCGGCCCCGCACCAGCCAGTCT  1995

Query 1540  GAGGAGACCCGCGTGTGGCACCGCCGCGACGGCAAGTGGCAGAACGTGCACTTCCACTGCTCGGGCGCGCCTGT  1613
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1996  GAGGAGACCCGCGTGTGGCACCGCCGCGACGGCAAGTGGCAGAACGTGCACTTCCACTGCTCGGGCGCGCCTGT  2069

Query 1614  GGCCCCGCTGCAG  1626
            |||||||||||||
Sbjct 2070  GGCCCCGCTGCAG  2082