Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000488554
• Subject: XM_006510877.3
• Aligned Length: 1608
• Identities: 1364
• Gaps: 87

Alignment

Query    1  ---ATGGAG-TCA----GCTCCGGCA--GC-CCCCGACCCCGCCGCCAGCGAGCCAGGCAGCA--GCGGCGCGG  61
               |.|||| |||    ||||...||  || .|||..|||||.|            .|.||.|  |..|||||.
Sbjct    1  ATGAAGGAGCTCATGTGGCTCTCTCATTGCTTCCCTTCCCCGTC------------TGTAGAATGGGAGCGCGA  62

Query   62  AC-GCGGCCGCCGGCTCCAGGGAGACCCCGC--TGAACCAGGAATCCGCCCG------CAAG--AGCGAGCCGC  124
            || |..|||.|   ||.||||||     .||  ||.||..||||       |      ||||  |.||||    
Sbjct   63  ACAGTTGCCTC---CTTCAGGGA-----TGCTGTGCACACGGAA-------GTCAAAACAAGCTAACGAG----  117

Query  125  CTGCCC----CGGTG-----CGCAGACAGAGCTATTCCAGCACCAGCAGAGGTATC-TCAGTAAC-----GAAG  183
              |.||    |..||     |||  |||||||   ||..|.||  .|.|.|.|.|| ||||| .|     |||.
Sbjct  118  --GTCCAAAACTTTGAAAACCGC--ACAGAGC---TCTGGAAC--TCTGGGCTGTCGTCAGT-GCTGCCGGAAA  181

Query  184  AAGACACATACATCTCAAATTGAAATTATTCCATGCAAGATCTGTGGAGACAAATCATCAGGAATCCATTATGG  257
            |.|.|       .|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||
Sbjct  182  ATGGC-------GCTCAAATTGAAATTATTCCATGCAAGATCTGTGGAGACAAATCGTCAGGAATCCATTATGG  248

Query  258  TGTCATTACATGTGAAGGCTGCAAGGGCTTTTTCAGGAGAAGTCAGCAAAGCAATGCCACCTACTCCTGTCCTC  331
            |||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||
Sbjct  249  TGTCATTACGTGTGAAGGCTGCAAGGGCTTTTTCAGGAGAAGTCAGCAGAGCAATGCCACCTACTCCTGTCCTC  322

Query  332  GTCAGAAGAACTGTTTGATTGATCGAACCAGTAGAAACCGCTGCCAACACTGTCGATTACAGAAATGCCTTGCC  405
            |||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.||.|||||..|.|||||||||||.|||
Sbjct  323  GTCAGAAGAACTGTTTGATTGATCGGACCAGCAGAAACCGCTGCCAGCATTGTCGGCTGCAGAAATGCCTGGCC  396

Query  406  GTAGGGATGTCTCGAGATGCTGTAAAATTTGGCCGAATGTCAAAAAAGCAGAGAGACAGCTTGTATGCAGAAGT  479
            ||.||||||||||||||||||||.||.|||||.||.|||||.||.||||||||||||||||||||.||.||.||
Sbjct  397  GTGGGGATGTCTCGAGATGCTGTCAAGTTTGGTCGGATGTCCAAGAAGCAGAGAGACAGCTTGTACGCCGAGGT  470

Query  480  ACAGAAACACCGGATGCAGCAGCAGCAGCGCGACCACCAGCAGCAGCCTGGAGAGGCTGAGCCGCTGACGCCCA  553
            .|||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||||
Sbjct  471  GCAGAAGCACCGGATGCAGCAGCAGCAGCGAGACCACCAGCAGCAGCCTGGGGAGGCGGAGCCGCTGACGCCCA  544

Query  554  CCTACAACATCTCGGCCAACGGGCTGACGGAACTTCACGACGACCTCAGTAACTACATTGACGGGCACACCCCT  627
            |||||||||||||.|||||.||||||||||||||.||.||.||||||||.|.|||.||.||.|||||||||||.
Sbjct  545  CCTACAACATCTCAGCCAATGGGCTGACGGAACTGCATGATGACCTCAGCACCTATATGGATGGGCACACCCCC  618

Query  628  GAGGGGAGTAAGGCAGACTCCGCCGTCAGCAGCTTCTACCTGGACATACAGCCTTCCCCAGACCAGTCAGGTCT  701
            |||||.||.|||||.|||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||||||.||..|
Sbjct  619  GAGGGCAGCAAGGCCGACTCAGCCGTCAGCAGCTTCTACCTGGACATCCAGCCCTCCCCAGACCAGTCGGGATT  692

Query  702  TGATATCAATGGAATCAAACCAGAACCAATATGTGACTACACACCAGCATCAGGCTTCTTTCCCTACTGTTCGT  775
            .||.||||||||.||||||||.|||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||.|
Sbjct  693  GGACATCAATGGGATCAAACCCGAACCCATATGTGACTACACACCAGCATCTGGCTTCTTCCCCTACTGTTCCT  766

Query  776  TCACCAACGGCGAGACTTCCCCAACTGTGTCCATGGCAGAATTAGAACACCTTGCACAGAATATATCTAAATCG  849
            ||||||||||.||||||||||||||.|||||||||||||||.|||||||||||||.|||||.|||||.|||||.
Sbjct  767  TCACCAACGGAGAGACTTCCCCAACCGTGTCCATGGCAGAACTAGAACACCTTGCCCAGAACATATCCAAATCC  840

Query  850  CATCTGGAAACCTGCCAATACTTGAGAGAAGAGCTCCAGCAGATAACGTGGCAGACCTTTTTACAGGAAGAAAT  923
            ||.||||||||||||||.||||||.|.||||||||||||||||||||||||||||||||..|.|||||.||.||
Sbjct  841  CACCTGGAAACCTGCCAGTACTTGCGGGAAGAGCTCCAGCAGATAACGTGGCAGACCTTCCTGCAGGAGGAGAT  914

Query  924  TGAGAACTATCAAAACAAGCAGCGGGAGGTGATGTGGCAATTGTGTGCCATCAAAATTACAGAAGCTATACAGT  997
            |||.|||||.||.|||||||||.|.||||||||||||||..|||||||||||||.||||||||||||||.||||
Sbjct  915  TGAAAACTACCAGAACAAGCAGAGAGAGGTGATGTGGCAGCTGTGTGCCATCAAGATTACAGAAGCTATCCAGT  988

Query  998  ATGTGGTGGAGTTTGCCAAACGCATTGATGGATTTATGGAACTGTGTCAAAATGATCAAATTGTGCTTCTAAAA  1071
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  989  ATGTGGTGGAGTTTGCCAAACGCATTGATGGATTTATGGAGCTGTGTCAAAATGATCAAATTGTGCTTCTAAAA  1062

Query 1072  GCAGGTTCTCTAGAGGTGGTGTTTATCAGAATGTGCCGTGCCTTTGACTCTCAGAACAACACCGTGTACTTTGA  1145
            |||||.||.|||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1063  GCAGGCTCGCTAGAGGTGGTGTTTATTAGGATGTGCCGTGCCTTTGACTCTCAGAACAACACCGTGTACTTTGA  1136

Query 1146  TGGGAAGTATGCCAGCCCCGACGTCTTCAAATCCTTAGGTTGTGAAGACTTTATTAGCTTTGTGTTTGAATTTG  1219
            .|||||||||||.||||||||.||||||||.|||.||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||||
Sbjct 1137  CGGGAAGTATGCGAGCCCCGATGTCTTCAAGTCCCTAGGTTGTGAAGACTTCATCAGCTTTGTGTTTGAATTTG  1210

Query 1220  GAAAGAGTTTATGTTCTATGCACCTGACTGAAGATGAAATTGCATTATTTTCTGCATTTGTACTGATGTCAGCA  1293
            |.||||||||.|||||||||||||||||.|||||.|||||.||.||||||||||||||.||||||||||||||.
Sbjct 1211  GGAAGAGTTTGTGTTCTATGCACCTGACCGAAGACGAAATCGCGTTATTTTCTGCATTCGTACTGATGTCAGCG  1284

Query 1294  GATCGCTCATGGCTGCAAGAAAAGGTAAAAATTGAAAAACTGCAACAGAAAATTCAGCTAGCTCTTCAACACGT  1367
            ||||||||.|||||.||.||||||||||||||.|||||.||||||||||||||||||||.||.|||||.|||||
Sbjct 1285  GATCGCTCGTGGCTTCAGGAAAAGGTAAAAATAGAAAAGCTGCAACAGAAAATTCAGCTGGCCCTTCAGCACGT  1358

Query 1368  CCTACAGAAGAATCACCGAGAAGATGGAATACTAACAAAGTTAATATGCAAGGTGTCTACATTAAGAGCCTTAT  1441
            ||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||.|||.|||||||||||||||||||.|||||||||.|||
Sbjct 1359  CCTACAGAAGAACCACCGAGAAGATGGAATTCTAACCAAGCTAATATGCAAGGTGTCTACGTTAAGAGCCCTAT  1432

Query 1442  GTGGACGACATACAGAAAAGCTAATGGCATTTAAAGCAATATACCCAGACATTGTGCGACTTCATTTTCCTCCA  1515
            |||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||
Sbjct 1433  GTGGACGACATACGGAAAAGCTAATGGCATTTAAAGCAATATACCCAGACATTGTGCGACTCCATTTTCCTCCA  1506

Query 1516  TTATACAAGGAGTTGTTCACTTCAGAATTTGAGCCAGCAATGCAAATTGATGGG  1569
            |||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||.||||||
Sbjct 1507  TTATACAAGGAATTGTTCACTTCAGAATTTGAGCCAGCCATGCAAATCGATGGG  1560