Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000488866
• Subject: XM_011242709.1
• Aligned Length: 1297
• Identities: 1086
• Gaps: 125

Alignment

Query    1  ATGGACCATCCTAGTAGGGAAAAGGATGAAAGACAACGGACAACTAAACCCATGGCACAAAGGAGTGCACACTG  74
            |||||||||.|||.|||||||||||||||.||||||||||||||||||.|||||||||||||||.|.|||||||
Sbjct    1  ATGGACCATTCTAATAGGGAAAAGGATGATAGACAACGGACAACTAAAACCATGGCACAAAGGAATACACACTG  74

Query   75  CTCTCGACCATCTGGCTCCTCATCGTCCTCTGGGGTTCTTATGGTGGGACCCAACTTCAGGGTTGGCAAGAAGA  148
            .||..|||||||||||.|.|||.|.||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   75  TTCGAGACCATCTGGCACTTCAACATCCTCTGGGGTTCTCATGGTGGGACCCAACTTCAGGGTTGGCAAGAAGA  148

Query  149  TAGGATGTGGGAACTTCGGAGAGCTCAGATTAGGTAAAAATCTCTACACCAATGAATATGTAGCAATCAAACTG  222
            ||||.|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||
Sbjct  149  TAGGGTGTGGGAACTTCGGAGAGCTCAGATTAGGTAAAAATCTCTACACCAATGAATATGTAGCCATTAAACTG  222

Query  223  GAACCAATAAAATCACGTGCTCCACAGCTTCATTTAGAGTACAGATTTTATAAACAGCTTGGCAGTGCAGGTGA  296
            ||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  223  GAACCAATAAAATCACGTGCTCCACAACTTCATTTAGAGTACAGGTTTTATAAACAGCTTGGCAGTGCAGGTGA  296

Query  297  AGGTCTCCCACAGGTGTATTACTTTGGACCATGTGGGAAATATAATGCCATGGTGCTGGAGCTCCTTGGCCCTA  370
            |||.|||||||||||.|||||||||||||||||||||||.||.|||||||||||||||||.|||||||||||||
Sbjct  297  AGGCCTCCCACAGGTTTATTACTTTGGACCATGTGGGAAGTACAATGCCATGGTGCTGGAACTCCTTGGCCCTA  370

Query  371  GCTTGGAGGACTTGTTTGACCTCTGTGACCGAACATTTACTTTGAAGACGGTGTTAATGATAGCCATCCAGCTG  444
            |||||||.||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||
Sbjct  371  GCTTGGAAGACTTGTTTGACCTCTGTGACCGAACGTTTACTTTGAAGACGGTGTTAATGATAGCCATCCAGTTG  444

Query  445  CTTTCTCGAATGGAATACGTGCACTCAAAGAACCTCATTTACCGAGATGTCAAGCCAGAGAACTTCCTGATTGG  518
            ||||||||||||||.||.||.|||||||||||.||.|||||||||||||||||.||||||||||||.|||||||
Sbjct  445  CTTTCTCGAATGGAGTATGTACACTCAAAGAATCTTATTTACCGAGATGTCAAACCAGAGAACTTCTTGATTGG  518

Query  519  TCGACAAGGCAATAAGAAAGAGCATGTTATACACATTATAGACTTTGGACTGGCCAAGGAATACATTGACCCCG  592
            .||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||.||||||||||||||||||||..||||.||.|
Sbjct  519  CCGACAAGGCAATAAGAAAGAGCATGTAATACACATTATAGATTTTGGACTGGCCAAGGAATATGTTGATCCTG  592

Query  593  AAACCAAAAAACACATACCTTATAGGGAACACAAAAGTTTAACTGGAACTGCAAGATATATGTCTATCAACACG  666
            ||||||||||||||||||||||.||.||.|||||||||||.|||||||||||.|||||.||||||||||||||.
Sbjct  593  AAACCAAAAAACACATACCTTACAGAGAGCACAAAAGTTTGACTGGAACTGCGAGATACATGTCTATCAACACA  666

Query  667  CATCTTGGCAAAGAGCAAAGCCGGAGAGATGATTTGGAAGCCCTAGGCCATATGTTCATGTATTTCCTTCGAGG  740
            |||||.||||||||||||||||||.|||||||||||||||||.|||||||||||||||||||.|||||.|||||
Sbjct  667  CATCTAGGCAAAGAGCAAAGCCGGCGAGATGATTTGGAAGCCTTAGGCCATATGTTCATGTACTTCCTCCGAGG  740

Query  741  CAGCCTCCCCTGGCAAGGACTCAAGGCTGACACATTAAAAGAGAGATATCAAAAAATTGGTGACACCAAAAGGA  814
            ||||||.|||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||.|||||.||||||||||
Sbjct  741  CAGCCTACCCTGGCAAGGACTCAAGGCTGATACATTAAAAGAGAGATATCAAAAAATCGGTGATACCAAAAGGA  814

Query  815  ATACTCCCATTGAAGCTCTCTGTGAGAACTTTCCAGAGGAGATGGCAACCTACCTTCGATATGTCAGGCGACTG  888
            ||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|.
Sbjct  815  ATACTCCCATCGAAGCTCTCTGTGAGAACTTTCCAGAGGAGATGGCAACCTACCTTCGATATGTCAGGCGATTA  888

Query  889  GACTTCTTTGAAAAACCTGATTATGAGTATTTACGGACCCTCTTCACAGACCTCTTTGAAAAGAAAGGCTACAC  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.||.||||||..|||||||||.||
Sbjct  889  GACTTCTTTGAAAAACCTGATTATGAGTATTTACGGACCCTCTTCACAGATCTGTTTGAACGGAAAGGCTATAC  962

Query  963  CTTTGACTATGCCTATGATTGGGTTGGGAGACCTATTCCTACTCCAGTAGGGTCAGTTCACGTAGATTCTGGTG  1036
            |||||||||||||||||||||||||||.||.||||||||||||||||||||.||||||||.|||||||||||||
Sbjct  963  CTTTGACTATGCCTATGATTGGGTTGGAAGGCCTATTCCTACTCCAGTAGGATCAGTTCATGTAGATTCTGGTG  1036

Query 1037  CATCTGCAATAACTCGAGAAAGCCACACACATAGGGATCGGCCATCACAACAGCAGCCTCTTCGAAATCAG---  1107
            |||||||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||.|||||||||.||||||||   
Sbjct 1037  CATCTGCAATAACTCGAGAAAGCCACACACACAGGGATCGGCCATCACAACAACAGCCTCTTAGAAATCAGGTG  1110

Query 1108  ---AGCCTTA------GGA---CTG--------TTAC--------AGCTGAGCATTATGATG-----TTAACAA  1148
               || ||.|      |||   |||        |.||        ||||   ||.|...|||     .|.|||.
Sbjct 1111  GTTAG-CTCAACCAATGGAGAGCTGAATGTCGATGACCCCACTGGAGCT---CACTCCAATGCACCAATCACAG  1180

Query 1149  CTCA-GCC-ATCTGGCACAGG----GGAAGAGGC-ACC------------------------------------  1179
            |||| ||| |..|||   |||    |||.||.|| |.|                                    
Sbjct 1181  CTCATGCCGAAGTGG---AGGTAGTGGAGGAAGCTAACTGCCTGAAAATGCTCAACCTGTGGTGCTGCTGTTTC  1251

Query 1180  ---------------------------------------  1179
                                                   
Sbjct 1252  TTTAAGAGGAAAAGGAAGAAGACAGCCCAGCGACACAAG  1290