Nucleotide Global Alignment

Description

• Query: TRCN0000489060
• Subject: XM_011542724.2
• Aligned Length: 3939
• Identities: 3628
• Gaps: 309

Alignment

Query    1  ATGCCCGCCCGTATCGGCTACTACGAGATCGACCGCACCATCGGCAAGGGCAACTTCGCGGTGGTCAAGCGGGC  74
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query   75  CACGCACCTCGTCACCAAGGCCAAGGTTGCTATCAAGATCATAGATAAGACCCAGCTGGATGAAGAAAACTTGA  148
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  149  AGAAGATTTTCCGGGAAGTTCAAATTATGAAGATGCTTTGCCACCCCCATATCATCAGGCTCTACCAGGTTATG  222
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  223  GAGACAGAACGGATGATTTATCTGGTGACAGAATATGCTAGTGGAGGGGAAATATTTGACCACCTGGTGGCCCA  296
                                                                                      
Sbjct    1  --------------------------------------------------------------------------  0

Query  297  TGGTAGAATGGCAGAAAAGGAGGCACGTCGGAAGTTCAAACAGATCGTCACAGCTGTCTATTTTTGTCACTGTC  370
                   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct    1  -------ATGGCAGAAAAGGAGGCACGTCGGAAGTTCAAACAGATCGTCACAGCTGTCTATTTTTGTCACTGTC  67

Query  371  GGAACATTGTTCATCGTGATTTAAAAGCTGAAAATTTACTTCTGGATGCCAATCTGAATATCAAAATAGCAGAT  444
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct   68  GGAACATTGTTCATCGTGATTTAAAAGCTGAAAATTTACTTCTGGATGCCAATCTGAATATCAAAATAGCAGAT  141

Query  445  TTTGGTTTCAGTAACCTCTTCACTCCTGGGCAGCTGCTGAAGACCTGGTGTGGCAGCCCTCCCTATGCTGCACC  518
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  142  TTTGGTTTCAGTAACCTCTTCACTCCTGGGCAGCTGCTGAAGACCTGGTGTGGCAGCCCTCCCTATGCTGCACC  215

Query  519  TGAACTCTTTGAAGGAAAAGAATATGATGGGCCCAAAGTGGACATCTGGAGCCTTGGAGTTGTCCTCTACGTGC  592
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  216  TGAACTCTTTGAAGGAAAAGAATATGATGGGCCCAAAGTGGACATCTGGAGCCTTGGAGTTGTCCTCTACGTGC  289

Query  593  TTGTGTGCGGTGCCCTGCCATTTGATGGAAGCACACTGCAGAATCTGCGGGCCCGCGTGCTGAGTGGAAAGTTC  666
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  290  TTGTGTGCGGTGCCCTGCCATTTGATGGAAGCACACTGCAGAATCTGCGGGCCCGCGTGCTGAGTGGAAAGTTC  363

Query  667  CGCATCCCATTTTTTATGTCCACAGAATGTGAGCATTTGATCCGCCATATGTTGGTGTTAGATCCCAATAAGCG  740
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  364  CGCATCCCATTTTTTATGTCCACAGAATGTGAGCATTTGATCCGCCATATGTTGGTGTTAGATCCCAATAAGCG  437

Query  741  CCTCTCCATGGAGCAGATCTGCAAGCACAAGTGGATGAAGCTAGGGGACGCCGATCCCAACTTTGACAGGTTAA  814
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  438  CCTCTCCATGGAGCAGATCTGCAAGCACAAGTGGATGAAGCTAGGGGACGCCGATCCCAACTTTGACAGGTTAA  511

Query  815  TAGCTGAATGCCAACAACTAAAGGAAGAAAGACAGGTGGACCCCCTGAATGAGGATGTCCTCTTGGCCATGGAG  888
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  512  TAGCTGAATGCCAACAACTAAAGGAAGAAAGACAGGTGGACCCCCTGAATGAGGATGTCCTCTTGGCCATGGAG  585

Query  889  GACATGGGACTGGACAAAGAACAGACACTGCAGTCATTAAGATCAGATGCCTATGATCACTATAGTGCAATCTA  962
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  586  GACATGGGACTGGACAAAGAACAGACACTGCAGTCATTAAGATCAGATGCCTATGATCACTATAGTGCAATCTA  659

Query  963  CAGCCTGCTGTGTGATCGACATAAGAGACATAAAACCCTGCGTCTCGGAGCACTTCCTAGCATGCCCCGAGCCC  1036
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  660  CAGCCTGCTGTGTGATCGACATAAGAGACATAAAACCCTGCGTCTCGGAGCACTTCCTAGCATGCCCCGAGCCC  733

Query 1037  TGGCCTTTCAAGCACCAGTCAATATCCAGGCGGAGCAGGCAGGTACTGCTATGAACATCAGCGTTCCCCAGGTG  1110
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  734  TGGCCTTTCAAGCACCAGTCAATATCCAGGCGGAGCAGGCAGGTACTGCTATGAACATCAGCGTTCCCCAGGTG  807

Query 1111  CAGCTGATCAACCCAGAGAACCAAATTGTGGAGCCGGATGGGACACTGAATTTGGACAGTGATGAGGGTGAAGA  1184
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  808  CAGCTGATCAACCCAGAGAACCAAATTGTGGAGCCGGATGGGACACTGAATTTGGACAGTGATGAGGGTGAAGA  881

Query 1185  GCCTTCCCCTGAAGCATTGGTGCGCTATTTGTCAATGAGGAGGCACACAGTGGGTGTGGCTGACCCACGCACGG  1258
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  882  GCCTTCCCCTGAAGCATTGGTGCGCTATTTGTCAATGAGGAGGCACACAGTGGGTGTGGCTGACCCACGCACGG  955

Query 1259  AAGTTATGGAAGATCTGCAGAAGCTCCTACCTGGCTTTCCTGGAGTCAACCCCCAGGCTCCATTCCTGCAGGTG  1332
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct  956  AAGTTATGGAAGATCTGCAGAAGCTCCTACCTGGCTTTCCTGGAGTCAACCCCCAGGCTCCATTCCTGCAGGTG  1029

Query 1333  GCCCCTAATGTGAACTTCATGCACAACCTGTTGCCTATGCAAAACTTGCAACCAACCGGGCAACTTGAGTACAA  1406
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1030  GCCCCTAATGTGAACTTCATGCACAACCTGTTGCCTATGCAAAACTTGCAACCAACCGGGCAACTTGAGTACAA  1103

Query 1407  GGAGCAGTCTCTCCTACAGCCGCCCACGCTACAGCTGTTGAATGGAATGGGCCCCCTTGGCCGGAGGGCATCAG  1480
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1104  GGAGCAGTCTCTCCTACAGCCGCCCACGCTACAGCTGTTGAATGGAATGGGCCCCCTTGGCCGGAGGGCATCAG  1177

Query 1481  ATGGAGGAGCCAACATCCAACTGCATGCCCAGCAGCTGCTGAAGCGCCCACGGGGACCCTCTCCGCTTGTCACC  1554
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1178  ATGGAGGAGCCAACATCCAACTGCATGCCCAGCAGCTGCTGAAGCGCCCACGGGGACCCTCTCCGCTTGTCACC  1251

Query 1555  ATGACACCAGCAGTGCCAGCAGTTACCCCTGTGGACGAGGAGAGCTCAGACGGGGAGCCAGACCAGGAAGCTGT  1628
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1252  ATGACACCAGCAGTGCCAGCAGTTACCCCTGTGGACGAGGAGAGCTCAGACGGGGAGCCAGACCAGGAAGCTGT  1325

Query 1629  GCAGAGGTACTTGGCAAATAGGTCCAAAAGACATACACTGGCCATGACCAACCCTACAGCTGAGATCCCACCGG  1702
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1326  GCAGAGGTACTTGGCAAATAGGTCCAAAAGACATACACTGGCCATGACCAACCCTACAGCTGAGATCCCACCGG  1399

Query 1703  ACCTACAACGGCAGCTAGGACAGCAGCCTTTCCGTTCCCGGGTCTGGCCTCCTCACCTGGTACCTGATCAGCAT  1776
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1400  ACCTACAACGGCAGCTAGGACAGCAGCCTTTCCGTTCCCGGGTCTGGCCTCCTCACCTGGTACCTGATCAGCAT  1473

Query 1777  CGCTCTACCTACAAGGACTCCAACACTCTGCACCTCCCTACGGAGCGTTTCTCCCCTGTGCGCCGGTTCTCAGA  1850
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1474  CGCTCTACCTACAAGGACTCCAACACTCTGCACCTCCCTACGGAGCGTTTCTCCCCTGTGCGCCGGTTCTCAGA  1547

Query 1851  TGGGGCTGCGAGCATCCAGGCCTTCAAAGCTCACCTGGAAAAAATGGGCAACAACAGCAGCATCAAACAGCTGC  1924
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1548  TGGGGCTGCGAGCATCCAGGCCTTCAAAGCTCACCTGGAAAAAATGGGCAACAACAGCAGCATCAAACAGCTGC  1621

Query 1925  AGCAGGAGTGTGAGCAGCTGCAGAAGATGTACGGGGGGCAGATTGATGAAAGAACCCTGGAGAAGACCCAGCAG  1998
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1622  AGCAGGAGTGTGAGCAGCTGCAGAAGATGTACGGGGGGCAGATTGATGAAAGAACCCTGGAGAAGACCCAGCAG  1695

Query 1999  CAGCATATGTTATACCAGCAGGAGCAGCACCATCAAATTCTCCAGCAACAAATTCAAGACTCTATCTGTCCTCC  2072
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1696  CAGCATATGTTATACCAGCAGGAGCAGCACCATCAAATTCTCCAGCAACAAATTCAAGACTCTATCTGTCCTCC  1769

Query 2073  TCAGCCATCTCCACCTCTTCAGGCTGCATGTGAAAATCAGCCAGCCCTCCTTACCCATCAGCTCCAGAGGTTAA  2146
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1770  TCAGCCATCTCCACCTCTTCAGGCTGCATGTGAAAATCAGCCAGCCCTCCTTACCCATCAGCTCCAGAGGTTAA  1843

Query 2147  GGATTCAGCCTTCAAGCCCACCCCCCAACCACCCCAACAACCATCTCTTCAGGCAGCCCAGTAATAGTCCTCCC  2220
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1844  GGATTCAGCCTTCAAGCCCACCCCCCAACCACCCCAACAACCATCTCTTCAGGCAGCCCAGTAATAGTCCTCCC  1917

Query 2221  CCCATGAGCAGTGCCATGATCCAGCCTCACGGGGCTGCATCTTCTTCCCAGTTTCAAGGCTTACCTTCCCGCAG  2294
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1918  CCCATGAGCAGTGCCATGATCCAGCCTCACGGGGCTGCATCTTCTTCCCAGTTTCAAGGCTTACCTTCCCGCAG  1991

Query 2295  TGCAATCTTTCAGCAGCAACCTGAGAACTGTTCCTCTCCTCCCAACGTGGCACTAACCTGCTTGGGTATGCAGC  2368
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1992  TGCAATCTTTCAGCAGCAACCTGAGAACTGTTCCTCTCCTCCCAACGTGGCACTAACCTGCTTGGGTATGCAGC  2065

Query 2369  AGCCTGCTCAGTCACAGCAGGTCACCATCCAAGTCCAAGAGCCTGTTGACATGCTCAGCAACATGCCAGGCACA  2442
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2066  AGCCTGCTCAGTCACAGCAGGTCACCATCCAAGTCCAAGAGCCTGTTGACATGCTCAGCAACATGCCAGGCACA  2139

Query 2443  GCTGCAGGCTCCAGTGGGCGCGGCATCTCCATCAGCCCCAGTGCTGGTCAGATGCAGATGCAGCACCGTACCAA  2516
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2140  GCTGCAGGCTCCAGTGGGCGCGGCATCTCCATCAGCCCCAGTGCTGGTCAGATGCAGATGCAGCACCGTACCAA  2213

Query 2517  CCTGATGGCCACCCTCAGCTATGGGCACCGTCCCTTGTCCAAGCAGCTGAGTGCTGACAGTGCAGAGGCTCACA  2590
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2214  CCTGATGGCCACCCTCAGCTATGGGCACCGTCCCTTGTCCAAGCAGCTGAGTGCTGACAGTGCAGAGGCTCACA  2287

Query 2591  GCTTGAACGTGAATCGGTTCTCCCCTGCTAACTACGACCAGGCGCATTTACACCCCCATCTGTTTTCGGACCAG  2664
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2288  GCTTGAACGTGAATCGGTTCTCCCCTGCTAACTACGACCAGGCGCATTTACACCCCCATCTGTTTTCGGACCAG  2361

Query 2665  TCCCGGGGTTCCCCCAGCAGCTACAGCCCTTCAACAGGAGTGGGGTTCTCTCCAACCCAAGCCCTGAAAGTCCC  2738
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2362  TCCCGGGGTTCCCCCAGCAGCTACAGCCCTTCAACAGGAGTGGGGTTCTCTCCAACCCAAGCCCTGAAAGTCCC  2435

Query 2739  TCCACTTGACCAATTCCCCACCTTCCCTCCCAGTGCACATCAGCAGCCGCCACACTATACCACGTCGGCACTAC  2812
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2436  TCCACTTGACCAATTCCCCACCTTCCCTCCCAGTGCACATCAGCAGCCGCCACACTATACCACGTCGGCACTAC  2509

Query 2813  AGCAGGCCCTGCTGTCTCCCACGCCGCCAGACTATACAAGACACCAGCAGGTACCCCACATCCTTCAAGGACTG  2886
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2510  AGCAGGCCCTGCTGTCTCCCACGCCGCCAGACTATACAAGACACCAGCAGGTACCCCACATCCTTCAAGGACTG  2583

Query 2887  CTTTCTCCCCGGCATTCGCTCACCGGCCACTCGGACATCCGGCTGCCCCCAACAGAGTTTGCACAGCTCATTAA  2960
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2584  CTTTCTCCCCGGCATTCGCTCACCGGCCACTCGGACATCCGGCTGCCCCCAACAGAGTTTGCACAGCTCATTAA  2657

Query 2961  AAGGCAGCAGCAACAACGGCAGCAGCAGCAGCAACAGCAGCAACAGCAAGAATACCAGGAACTGTTCAGGCACA  3034
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2658  AAGGCAGCAGCAACAACGGCAGCAGCAGCAGCAACAGCAGCAACAGCAAGAATACCAGGAACTGTTCAGGCACA  2731

Query 3035  TGAACCAAGGGGATGCGGGGAGTCTGGCTCCCAGCCTTGGGGGACAGAGCATGACAGAGCGCCAGGCTTTATCT  3108
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2732  TGAACCAAGGGGATGCGGGGAGTCTGGCTCCCAGCCTTGGGGGACAGAGCATGACAGAGCGCCAGGCTTTATCT  2805

Query 3109  TATCAAAATGCTGACTCTTATCACCATCACACCAGCCCCCAGCATCTGCTACAAATCAGGGCACAAGAATGTGT  3182
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2806  TATCAAAATGCTGACTCTTATCACCATCACACCAGCCCCCAGCATCTGCTACAAATCAGGGCACAAGAATGTGT  2879

Query 3183  CTCACAGGCTTCCTCACCCACCCCGCCCCACGGGTATGCTCACCAGCCGGCACTGATGCATTCAGAGAGCATGG  3256
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2880  CTCACAGGCTTCCTCACCCACCCCGCCCCACGGGTATGCTCACCAGCCGGCACTGATGCATTCAGAGAGCATGG  2953

Query 3257  AGGAGGACTGCTCGTGTGAGGGGGCCAAGGATGGCTTCCAAGACAGTAAGAGTTCAAGTACATTGACCAAAGGT  3330
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2954  AGGAGGACTGCTCGTGTGAGGGGGCCAAGGATGGCTTCCAAGACAGTAAGAGTTCAAGTACATTGACCAAAGGT  3027

Query 3331  TGCCATGACAGCCCTCTGCTCTTGAGTACCGGTGGACCTGGGGACCGTGAATCTTTGCTAGGAACTGTGAGTCA  3404
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||.|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3028  TGCCATGACAGCCCTCTGCTCTTGAGTACCGGTGGACCTGGGGACCCTGAATCTTTGCTAGGAACTGTGAGTCA  3101

Query 3405  TGCCCAAGAATTGGGGATACATCCCTATGGTCATCAGCCAACTGCTGCATTCAGTAAAAATAAGGTGCCCAGCA  3478
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3102  TGCCCAAGAATTGGGGATACATCCCTATGGTCATCAGCCAACTGCTGCATTCAGTAAAAATAAGGTGCCCAGCA  3175

Query 3479  GAGAGCCTGTCATAGGGAACTGCATGGATAGAAGTTCTCCAGGACAAGCAGTGGAGCTGCCGGATCACAATGGG  3552
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3176  GAGAGCCTGTCATAGGGAACTGCATGGATAGAAGTTCTCCAGGACAAGCAGTGGAGCTGCCGGATCACAATGGG  3249

Query 3553  CTCGGGTACCCAGCACGCCCCTCCGTCCATGAGCACCACAGGCCCCGGGCCCTCCAGAGACACCACACGATCCA  3626
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3250  CTCGGGTACCCAGCACGCCCCTCCGTCCATGAGCACCACAGGCCCCGGGCCCTCCAGAGACACCACACGATCCA  3323

Query 3627  GAACAGCGACGATGCTTATGTACAGCTGGATAACTTGCCAGGAATGAGTCTCGTGGCTGGGAAAGCACTTAGCT  3700
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3324  GAACAGCGACGATGCTTATGTACAGCTGGATAACTTGCCAGGAATGAGTCTCGTGGCTGGGAAAGCACTTAGCT  3397

Query 3701  CTGCCCGGATGTCGGATGCAGTTCTCAATCAGTCTTCGCTCATGGGCAGCCAGCAGTTTCAGGATGGGGAAAAT  3774
            |||||||||||||||||||||||||||.||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3398  CTGCCCGGATGTCGGATGCAGTTCTCAGTCAGTCTTCGCTCATGGGCAGCCAGCAGTTTCAGGATGGGGAAAAT  3471

Query 3775  GAGGAATGTGGGGCAAGCCTGGGAGGTCATGAGCACCCAGACCTGAGTGATGGCAGCCAGCATTTAAACTCCTC  3848
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3472  GAGGAATGTGGGGCAAGCCTGGGAGGTCATGAGCACCCAGACCTGAGTGATGGCAGCCAGCATTTAAACTCCTC  3545

Query 3849  TTGCTATCCATCTACGTGTATTACAGACATTCTGCTCAGCTACAAGCACCCCGAAGTCTCCTTCAGCATGGAGC  3922
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3546  TTGCTATCCATCTACGTGTATTACAGACATTCTGCTCAGCTACAAGCACCCCGAAGTCTCCTTCAGCATGGAGC  3619

Query 3923  AGGCAGGCGTGTAAGCT  3939
            |||||||||||      
Sbjct 3620  AGGCAGGCGTG------  3630